AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons023_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237710
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0189	22	ribosomal protein L35 (rpmI)
#1	BB0190	89	translation initiation factor 3 (infC)
#2	BB0402	52	prolyl-tRNA synthetase (proS)
#3	BB0403	165	B. burgdorferi predicted coding region BB0403
#4	BB0508	77	GTP-binding protein
#5	BB0511	91	B. burgdorferi predicted coding region BB0511
#6	BB0714	300	B. burgdorferi predicted coding region BB0714
#7	BB0720	165	threonyl-tRNA synthetase (thrZ)

Motif 1
ATTCCTAGAATTTACTTTTTAGTGAATGTATA	1	11	1
ACATTAATAATTAATTTTATTATACATTCACT	1	31	0
TTTAGGAGTATATATTTTTTAG          	1	77	1
 ATATAATTATTTAGTTTTTTAAAGAAGTGAA	2	9	1
AACTTAATATTTAAATTTTTGGGATAAATTT 	3	9	0
AATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAACA	3	24	1
AAATAGTATATCAAAGTTTTGAATTTGAAATG	3	55	1
TATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTTT	5	50	1
  GATATGGCTTGAGTTTTTTAAACTTATCGC	5	71	0
GGTAGATCGCACGATTTTTTTAGCGATAAAAA	6	198	1
CATCATCTCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAA	6	214	0
 AAATTTATTTTCAGGTTTTTGTTTTCTTATC	7	9	1
TTTTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTTT	7	31	1
ATTTTTTTAGAAAATTTTTTTGTATATTTTAA	7	44	1
GAGTGTGAATTTTAATTTTTTAATAAAAAGCG	7	124	1
          ** * *******
MAP Score: 19.5761

Motif 2
TTCCTAGAATTTACTTTTTAGTGAATGTATAATAAAATTAA	1	12	1
ATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAA	5	23	1
TAGTAGATAATTTATTGTTATTAAACTTATACAAAGCTT  	3	136	1
TATAATTATTTAGTTTTTTAAAGAAGTGAAATGCTTTATTG	2	11	1
ATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAACAAATAGTATAT	3	25	1
ATTATTAATGTTAATTATTAATTGATTTAGGAGTATATATT	1	52	1
TTGCCTTTCGCTTTTTATTAAAAAATTAAAATTCACACTCA	7	123	0
ATAGCAAATATTAGTATTTATGCCAATTACACATGA     	4	5	0
ACCTCAAATATTTATAATTACTAAATTAAAATATACAAAAA	7	60	0
TCATCTCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGAT	6	203	0
GAAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGCTAAATTAA	3	81	1
    TTAAAACTCTCTTTTAGGTCAATGAAATTAAGCTGAC	6	273	0
          **  ** ***    *   * *
MAP Score: 13.8895

Motif 3
AAATATATACTCCTAAATCAATTAATAATTAACATTAATAATTAA	1	49	0
GCATTTCACTTCTTTAAAAAACTAAATAATTATAT          	2	0	0
    AAATTTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTAT	3	6	1
AACAAATAGTATATCAAAGTTTTGAATTTGAAATGCTGTTTTGAT	3	52	1
ATTTTAAGTAAGGCTAAATTAATTATAAATAAGATTTAGTAGATA	3	100	1
TAAGATTTAGTAGATAATTTATTGTTATTAAACTTATACAAAGCT	3	129	1
CTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATA	5	32	1
AGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGAAAATTACCGCCGTA	6	26	1
AATACAGGCAAGATAAACCTCATTAGGAGCAAGATCAAGTATGTA	6	122	1
TAGAGATAAGAAAACAAAAACCTGAAAATAAATTT          	7	0	0
AAATTAAAATATACAAAAAAATTTTCTAAAAAAATAGAGATAAGA	7	34	0
TTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATTATAAATATTTGAGGTGCG	7	59	1
GCGTATTTTTACGTAAAAGTGATGAGTGTGAATTTTAATTTTTTA	7	101	1
          *    **  *  * *     ** **
MAP Score: 12.6202

Motif 4
ATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAAATTTT	5	23	1
TACAAAAAAATTTTCTAAAAAAATAGAGATAAGAAAACAAAAACCT	7	22	0
ATCGCACGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGATGGCA	6	203	1
AAATATTAAGTTTTTAATCTATAAACAAATAGTATATCAAAGTTTT	3	29	1
ATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCCATATC 	5	56	1
TAGAATTTACTTTTTAGTGAATGTATAATAAAATTAATTATTAATG	1	16	1
CTCACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGATAAACCTCATTA	6	101	1
TGAAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGCTAAATTAATTAT	3	80	1
TGCCTTTCGCTTTTTATTAAAAAATTAAAATTCACACTCATCACTT	7	117	0
TTTAGAAAATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATTATAAATATT	7	49	1
TTAAAACTCTCTTTTAGGTCAATGAAATTAAGCTGACACCCATAAG	6	264	0
GTAAGGCTAAATTAATTATAAATAAGATTTAGTAGATAATTTATTG	3	107	1
       AAATTTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGTTTTTAATCT	3	3	1
AAGCATTTCACTTCTTTAAAAAACTAAATAATTATAT         	2	1	0
TATTCCGATATTTCCATTATAATAGCAAATATTAGTATTTATGCCA	4	21	0
          ****      **    *   *  * *
MAP Score: 8.81748

Motif 5
ATTATTTAGTTTTTTAAAGAAGTGAAATGCTTTATTG	2	15	1
CCTTTCGCTTTTTATTAAAAAATTAAAATTCACACTC	7	124	0
TAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAG	5	57	1
ACAAAAAAATTTTCTAAAAAAATAGAGATAAGAAAAC	7	30	0
TCACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGATAAA	6	102	1
TGATATACTATTTGTTTATAGATTAAAAACTTAATAT	3	31	0
TGAAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTAAGGCTAA	3	80	1
ATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAG	5	23	1
ATCTCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCG	6	205	0
ATAATGGAAATATCGGAATAAATAAAGAGGTGTATTT	4	47	1
TTTAGAAAATTTTTTTGTATATTTTAATTTAGTAATT	7	49	1
     AAATTTATCCCAAAAATTTAAATATTAAGTTT	3	5	1
GGTGCGTATTTTTACGTAAAAGTGATGAGTGTGAATT	7	98	1
          *** *  * ** *  **
MAP Score: 7.69248

Motif 6
TTAGTGAATGTATAATAAAATTAATTATTAATGTTAATT	1	29	1
ATATACTATTTGTTTATAGATTAAAAACTTAATATTTAA	3	27	0
TGATATTATTTTAAGTAAGGCTAAATTAATTATAAATAA	3	93	1
TTTGTATAAGTTTAATAACAATAAATTATCTACTAAATC	3	132	0
     TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCT	4	5	1
TATAATATATTTTATTTAACAAAAAAGCACACCGATTCT	5	20	0
TTAAATAAAATATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAG	5	40	1
AGCTCACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGATAA	6	99	1
ATCGCACGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGAT	6	203	1
TTCTTATCTCTATTTTTTTAGAAAATTTTTTTGTATATT	7	33	1
ATTACTAAATTAAAATATACAAAAAAATTTTCTAAAAAA	7	46	0
TATATTTTAATTTAGTAATTATAAATATTTGAGGTGCGT	7	66	1
TTCGCTTTTTATTAAAAAATTAAAATTCACACTCATCAC	7	119	0
          * ** **     ****  *
MAP Score: 0.884994