AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons024_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237729 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0196 300 peptide chain release factor 1 (prfA) #1 BB0254 275 single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ) #2 BB0649 194 heat shock protein (groEL) #3 BB0650 23 B. burgdorferi predicted coding region BB0650 #4 BB0652 85 protein-export membrane protein (secD) #5 BB0767 148 UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG) #6 BB0776 178 B. burgdorferi predicted coding region BB0776 #7 BB0777 61 adenine phosphoribosyltransferase (apt) Motif 1 AAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGTTAAAATAAAACAT 0 181 1 CAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATT 5 80 1 GGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATATAGATG 7 21 1 GCTTTATTGTTTTCATGAGTAAATAAAAAT 5 128 1 ATTAGCTGCCTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCT 6 130 1 ATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAACCTAGAC 6 59 0 CATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAA 1 67 0 ACTGCTTTTATTAAATAAATAGAATAAGCGTGATTAA 0 153 0 AACTATACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTAC 1 168 1 TGACTAATCTTTAAATTATAAAGACAAAGAATTT 2 7 0 AATTTACATATAACAATATAAGATTAACATAAACTTA 2 136 0 TTAAAAAGTCTAACAAAAAAATCTAAAATTAATATAA 0 244 1 ATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAATGATGTT 6 77 1 AACATTTATTATATAAAAAAACATGAAAAAATATAAT 0 108 1 TAAATTCAATTTTTAAGATTGAATCAATTTCTTGGTA 5 23 1 ATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTAAATGCTTTATTG 5 100 1 TATAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAAT 1 87 1 TTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTTA 0 47 0 TGTTATTAAGTTGGATATTAAAGTTAAATTAGGTTTT 0 75 0 CCTTAAAATTTTTAAAAAATACCATTATTAGCTAACA 4 49 0 CCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATTTTATGGAA 1 24 1 TTTTACCCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATAT 2 162 0 GACCATTAATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCG 1 127 1 AACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACAC 6 31 0 AACACACCGCAAATAATAATACGTAAAGCTCAATTTA 0 24 1 TAGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATTTTTACT 2 38 1 TAGCTAACAGTTCTAATTTTACCTTTAAACAATACCT 4 21 0 GGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACATCATTAT 6 103 0 ** ** * ** * ** MAP Score: 32.6581 Motif 2 CTATGCATCAAAAAATACAAAATATACAAAACCAGT 2 72 0 CTATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATG 0 168 1 AAGCGTGATTAAAAAAATCAATTATATTTTTTCATG 0 129 0 ATTTACATATAACAATATAAGATTAACATAAACTTA 2 136 0 ACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACAC 6 31 0 ACACACCGCAAATAATAATACGTAAAGCTCAATTTA 0 25 1 TAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAATGATGTT 6 78 1 ATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAATTTGGTTTT 6 144 1 TAAAAAGTCTAACAAAAAAATCTAAAATTAATATAA 0 245 1 AATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATT 5 81 1 AAAAGAATGTTAAAATAAAACATAAATATGGGAATC 0 195 1 ATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATGAA 1 62 0 ATTTACATTATATAATAAAAATTTTTACTGGTTTTG 2 46 1 ACATTTATTATATAAAAAAACATGAAAAAATATAAT 0 109 1 AAAATTTTTAAAAAATACCATTATTAGCTAACAGTT 4 46 0 GAAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAAGTAA 1 250 1 AAAATCTAAAATTAATATAAACTATTACTATCTTTC 0 261 1 TTTATTATAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGT 1 82 1 TACTCATGAAAACAATAAAGCATTTACTTTGTAATA 5 113 0 GTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATATAGATG 7 22 1 TGTTTAAAGGTAAAATTAGAACTGTTAGCTAATAAT 4 27 1 AGCTAATTATAACAAAACAAATATTTTATGGAAATT 1 28 1 AGTTAAAAAAAAGGTATTGTTTAAAGGT 4 2 1 GATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATGGAATTTAA 5 12 0 ATATAAATACAACAAAACCTAATTTAACTTTAATAT 0 62 1 ** **** * * ** MAP Score: 30.6305 Motif 3 AAACAATACCTTTTTTTTAACT 4 0 0 ATAAAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCCAT 1 55 0 CCAGTAAAAATTTTTATTATATAATGTAAATA 2 45 0 TATATGTAAATTATTTTTATTTATAGAAAGGG 2 161 1 ATAGTAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTTT 0 260 0 ATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAA 6 140 0 CATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTTATT 1 193 0 ATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGA 1 73 1 TAAGTTTATGTTAATCTTATATTGTTATATGT 2 136 1 GTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCT 6 31 1 ATTTTTATTTACTCATGAAAACA 5 135 0 TTTTCAAGGATTATTCTTTACTAACTTCACCA 1 223 0 TTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTATT 0 105 0 GATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTC 0 199 0 ATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATT 6 76 0 TTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTGCA 5 78 0 TGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTA 6 58 1 ATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTATTCT 0 138 1 TTTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTAGA 0 229 0 AGTAAATGCTTTATTGTTTTCATGAGTAAATA 5 121 1 CATCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCA 7 26 0 GCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTTT 0 161 1 AATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGATT 4 57 1 TTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTATTA 0 177 0 TAAAGCTCAATTTATATATAAATACAACAAAA 0 47 1 ***** **** * MAP Score: 29.7918 Motif 4 ATGTTTTATTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTAT 0 179 0 AATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGA 5 67 1 TGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATA 6 58 1 ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAA 7 9 1 AAATTCTTTGTCTTTATAATTTAAAGATTAGTCAA 2 6 1 TATATGTAAATTATTTTTATTTATAGAAAGGGGTAAAAT 2 161 1 TAGCTAACAGTTCTAATTTTACCTTTAAACAATACCTTT 4 19 0 AAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTAT 1 73 0 TAGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATTTTTACTGG 2 38 1 ATCACGCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTAA 0 156 1 ATAATCCAAATTAATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAAT 1 107 0 ATTAGCTGCCTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTAT 6 130 1 ATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTAT 0 106 0 AAATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTT 0 48 0 TTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTA 0 231 0 TATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCT 6 102 1 GCTTTATTGTTTTCATGAGTAAATAAAAAT 5 128 1 TAATTTAACTTTAATATCCAACTTAATAACATTTATTAT 0 81 1 TATGGTTTCTCCTGAAAGATAGTAATAGTTTATAT 0 275 0 TAACTTCACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTTA 1 195 0 AAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTT 1 42 1 ATTTTGTATTTTTTGATGCATAGAAGTAATACGCTACTA 2 85 1 TATGTTAATCTTATATTGTTATATGTAAATTATTTTTAT 2 142 1 CTGTTAGCTAATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGA 4 48 1 TTAAGATTGAATCAATTTCTTGGTACAAAGGAAATACTG 5 35 1 ACATGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTAT 0 128 1 TTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAAT 1 131 0 ** * ** ** *** MAP Score: 28.1633 Motif 5 ATCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCAAGACCAAAAG 7 16 0 TTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTATTAA 0 103 0 ATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAA 1 61 1 ATTTAAAGATTAGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATT 2 28 1 TAATAAAAATTTTTACTGGTTTTGTATATTTTGTATTTTTT 2 58 1 TTAATTGGCCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTT 6 17 1 AAAAATTTTACCCCTTTCTATAAATAAAAATAATTT 2 168 0 AAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAG 6 139 0 TAGATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTTTTA 0 192 0 GTAATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTGCA 5 78 0 CATGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTATTCT 0 129 1 TGTTAGCTAATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGATTT 4 49 1 TTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTAGA 0 229 0 TTAAATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTT 0 48 0 ATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTAC 6 103 1 TCCTGAAAGATAGTAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTTT 0 260 0 AAATTCTTTGTCTTTATAATTTAAAGATTAGTCA 2 3 1 TTATATTTTTTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAAT 6 47 1 ATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGTTAAAAT 0 170 1 AAGTTTATGTTAATCTTATATTGTTATATGTAAATTATTTT 2 137 1 AAAATTATTATTAAATGAATTTCCATAAAATATTTGTTTTG 1 40 0 AAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAATTATGACCATTAATTT 1 98 1 AACATCATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG 6 73 0 TTACTTCTCTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTC 1 250 0 AATGGTATAGTTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCC 1 139 0 * * *** ** ** * MAP Score: 20.0531 Motif 6 AACACACCGCAAATAATAATACGTAAAGCTC 0 24 1 TGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTTACG 0 45 0 TTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTATTA 0 104 0 ATAAAAAAACATGAAAAAATATAATTGATTT 0 120 1 ACTGCTTTTATTAAATAAATAGAATAAGCGT 0 159 0 TAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGTTAAAAT 0 180 1 TTAAAAAAGAATGTTAAAATAAAACATAAAT 0 191 1 TAACAAAAAAATCTAAAATTAATATAAACTA 0 254 1 TAAAATTAATATAAACTATTACTATCTTTCA 0 267 1 ATATTTGTTTTGTTATAATTAGCTTAGGAGA 1 21 0 ATGAATTTCCATAAAATATTTGTTTTGTTAT 1 36 0 AAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCCATAA 1 53 0 ATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATG 1 64 0 AATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGAG 1 75 1 GAATTTTAACAGTTAAAATTATGACCATTAA 1 105 1 TTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCGCTA 1 136 1 AATAACTACTACTTAAAATTAATTAATCTAT 1 193 1 TGAAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGA 1 249 1 TATTATATAATGTAAATATTGACTAATCTTT 2 32 0 ATACAAAACCAGTAAAAATTTTTATTATATA 2 54 0 ACTTCTATGCATCAAAAAATACAAAATATAC 2 81 0 TTCTATAAATAAAAATAATTTACATATAACA 2 158 0 AGTTAAAAAAAAGGTATTGTT 4 0 1 TATTGTTTAAAGGTAAAATTAGAACTGTTAG 4 24 1 AATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGATTTG 4 60 1 TTTTATTTTAATAATATATTGCAATATCAGT 5 70 0 AAATAAAATGTGAAAAAATTTATTACAAAGT 5 93 1 AGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACA 6 32 0 ATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAAC 6 65 0 AATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAA 6 76 1 AGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA 6 110 0 TATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAG 6 139 0 GTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATAT 7 22 1 ** ******** MAP Score: 4.71881