AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons024_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237756
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0196	300	peptide chain release factor 1 (prfA)
#1	BB0254	275	single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ)
#2	BB0649	194	heat shock protein (groEL)
#3	BB0650	23	B. burgdorferi predicted coding region BB0650
#4	BB0652	85	protein-export membrane protein (secD)
#5	BB0767	148	UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG)
#6	BB0770	50	conserved hypothetical protein
#7	BB0771	300	RNA polymerase sigma factor (rpoS)
#8	BB0776	178	B. burgdorferi predicted coding region BB0776
#9	BB0777	61	adenine phosphoribosyltransferase (apt)

Motif 1
GTAAAGCTCAATTTATATATAAATACAACAAAACCTAA	0	46	1
AATACAACAAAACCTAATTTAACTTTAATATCCAACTT	0	67	1
TTTATATAATAAATGTTATTAAGTTGGATATTAAAGTT	0	87	0
TTATATAAAAAAACATGAAAAAATATAATTGATTTTTT	0	116	1
TATTTAATAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGTTAAAAT	0	173	1
AGATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTTT	0	194	0
TAACAAAAAAATCTAAAATTAATATAAACTATTACTAT	0	254	1
GAAATCTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATTTT	1	17	1
TATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTAT	1	49	1
TCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAA	1	67	0
ATGACCATTAATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCC	1	125	1
AAACTATACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTAC	1	167	1
AATCCTTGAAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAA	1	243	1
   AAATTCTTTGTCTTTATAATTTAAAGATTAGTCAA	2	7	1
ATTAGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATTTTTAC	2	36	1
TATTACTTCTATGCATCAAAAAATACAAAATATACAAA	2	78	0
ACATATAACAATATAAGATTAACATAAACTTAATACAT	2	130	0
TTTTACCCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATATA	2	161	0
TAATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGATTTGTAT	4	56	1
      ATTTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGAT	5	4	1
TTGTACCAAGAAATTGATTCAATCTTAAAAATTGAATT	5	25	0
TGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAA	5	72	1
AATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTAAATGCTTTATTG	5	99	1
TGCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAGTAAAT	7	124	1
ACTCAAAATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTT	7	185	1
TTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGT	7	203	1
AGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACACAACAGG	8	25	0
GTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATA	8	59	1
TAAAATTATAAAATAAGTTGTATAATGATGTTTGTGGC	8	82	1
AAGAGCTATAATTTGGTTTTAAGGAGGA          	8	160	1
TGGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATATAGATG	9	20	1
          ** *   ** **  * **
MAP Score: 29.3901

Motif 2
          AGTTAAAAAAAAGGTATTGTTT	4	0	1
ATTTACAATCAATTACAAAAAAGTAAATAATT	7	134	1
TATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAA	1	67	0
ATAACATTTATTATATAAAAAAACATGAAAAA	0	106	1
CCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATATA	2	161	0
AATCCTTAAAATTTTTAAAAAATACCATTATT	4	57	0
TAATAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGTTAAA	0	177	1
TTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAAT	8	140	1
TAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAA	8	75	1
TAAAAAAGAATGTTAAAATAAAACATAAATAT	0	192	1
TGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAA	5	78	1
ATGCATCAAAAAATACAAAATATACAAAACCA	2	74	0
AATATTTACATTATATAATAAAAATTTTTACT	2	43	1
CTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATTT	1	22	1
TCTACACAAAACTTATTAAAAAGTCTAACAAA	0	229	1
ATTTATATATAAATACAACAAAACCTAATTTA	0	56	1
AAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCCCCT	7	151	1
AGAATAAGCGTGATTAAAAAAATCAATTATAT	0	138	0
AATAACTACTACTTAAAATTAATTAATCTATG	1	193	1
AGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACAC	8	31	0
TTAATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCG	1	132	1
AAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA	8	110	0
ATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTAT	1	55	1
AAAAATCTAAAATTAATATAAACTATTACTAT	0	260	1
AAAACTGCTTTTATTAAATAAATAGAATAAGC	0	161	0
ATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTAAATGCTT	5	100	1
          * *** ******
MAP Score: 29.1547

Motif 3
TCAATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTA	0	107	0
TTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATCAATTT	5	12	1
TAAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAA	8	140	0
ATGTTTTATTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTTTATTA	0	177	0
TAGTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGGGGAGAAAA	7	259	1
TTAATCACGCTTATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTA	0	153	1
 ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACA	9	9	1
TCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACA	7	198	1
ATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTAC	8	103	1
ACAAACATCATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATT	8	76	0
ATAGTAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTTTTTGTTAGAC	0	251	0
CCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGG	8	25	1
TAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTCTTTA	1	235	0
TTAAATTAAATTGGCACAGTTTTTGCATGGAAATTAAGTAG	7	221	1
GGAGGCCAAGTAGAAGAAATTTTTGAAGATATGCTTTGCGA	7	41	1
TAATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTGCAA	5	77	0
ATAAATGTTATTAAGTTGGATATTAAAGTTAAATTAGGTTT	0	76	0
TGTTAGCTAATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGATTT	4	49	1
TAAATTAGGTTTTGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTTA	0	47	0
GTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTAGATTCCCATATTTA	0	217	0
CATGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTATTCT	0	129	1
CATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGA	1	64	1
ACAAAACCAGTAAAAATTTTTATTATATAATGTAAATATTG	2	42	0
    AAATTCTTTGTCTTTATAATTTAAAGATTAGTCAATA	2	6	1
ATTTACTTTTTTGTAATTGATTGTAAATTAAATCGGCAAGG	7	121	0
TGGTTTTGTATATTTTGTATTTTTTGATGCATAGAAGTAAT	2	74	1
TTGTTATATGTAAATTATTTTTATTTATAGAAAGGGGTAAA	2	157	1
          **       *****  * * *
MAP Score: 27.5721

Motif 4
TAAAGCTCAATTTATATATAAATACAACAAAACCTAATTT	0	47	1
AAAACTGCTTTTATTAAATAAATAGAATAAGCGTGATTAA	0	153	0
ATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAATTTTA	1	73	1
ATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAACCTAGACAAA	8	56	0
AACTATACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTACTTA	1	168	1
   ATTTTTATTTACTCATGAAAACAATAAAGCATTTACT	5	121	0
TTAGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATTTTTACTGG	2	37	1
CAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATTACA	5	80	1
GCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAGTAAATAAT	7	125	1
GGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATATAGATGGGA	9	21	1
AAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGTTAAAATAAAACATAAA	0	181	1
GACCACTGACTTACAAGTAGACCAGAACATGTCATGAATG	6	16	0
ATTAGCTGCCTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATA	8	130	1
CTTAATAACATTTATTATATAAAAAAACATGAAAAAATAT	0	102	1
AAAAATAATTTACATATAACAATATAAGATTAACATAAAC	2	139	0
GATAAAAACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAA	8	34	0
CTAATTTAACTTTAATATCCAACTTAATAACATTTATTAT	0	80	1
CAAAACTTATTAAAAAGTCTAACAAAAAAATCTAAAATTA	0	235	1
TGACTAATCTTTAAATTATAAAGACAAAGAATTT      	2	4	0
AATTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGG	7	252	1
TGACCATTAATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCGCT	1	126	1
AATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGATTTGTATA  	4	57	1
TCTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATTTTATGGAA	1	21	1
          **   * *  *  * ** **
MAP Score: 26.6393

Motif 5
TAATTTTTACTATAATCCAAATTAATGGTCATA	1	124	0
ATTTACATTATATAATAAAAATTTTTACTGGTT	2	46	1
AAGTTGGATATTAAAGTTAAATTAGGTTTTGTT	0	72	0
    TCCTCCTTAAAACCAAATTATAGCTCTTT	8	159	0
TAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTTT	7	210	1
TTTGTTGTATTTATATATAAATTGAGCTTTACG	0	45	0
TCTTATATTGTTATATGTAAATTATTTTTATTT	2	150	1
AATGTTAAAATAAAACATAAATATGGGAATCTA	0	200	1
AAAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAA	1	41	1
TATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAA	5	75	1
AAACTGCTTTTATTAAATAAATAGAATAAGCGT	0	159	0
GTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATAA	8	65	1
TATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAA	1	66	0
TACCCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATA	2	163	0
TAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGGATATAATT	7	191	0
GTAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAAC	8	111	0
GATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATGGAATT	5	15	0
TATAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGTTA	1	87	1
ATACTCCCCCTAAACTCAAAATTATATCCTATT	7	172	1
AAGGTATTGTTTAAAGGTAAAATTAGAACTGTT	4	20	1
AAATATTGACTAATCTTTAAATTATAAAGACAA	2	17	0
GAAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAAGT	1	250	1
AATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAAGGATTT	4	57	1
TAATAACATTTATTATATAAAAAAACATGAAAA	0	104	1
TTGGTCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATA	9	19	1
AATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAA	7	140	1
ACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAA	8	34	0
AGTCTAACAAAAAAATCTAAAATTAATATAAAC	0	250	1
CTATGCATCAAAAAATACAAAATATACAAAACC	2	75	0
          *****   *****
MAP Score: 26.2858

Motif 6
TTACATTATATAATAAAAATTTTTACTGGTTTTGT	2	48	1
TGTTAGCTAATAATGGTATTTTTTAAAAATTTTAA	4	49	1
ATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGT	0	170	1
TAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATC	5	13	1
CTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGG	7	200	1
CTAACAGTTCTAATTTTACCTTTAAACAATACCTT	4	20	0
TTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGT	8	68	1
ATATCCAACTTAATAACATTTATTATATAAAAAAA	0	94	1
ATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAAAATA	1	61	1
TGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTA	0	131	1
ATTTACTTTGTAATAAATTTTTTCACATTTTATTT	5	93	0
TTTTATTATATAATGTAAATATTGACTAATCTTTA	2	31	0
AGTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGGGGA	7	260	1
TAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAAT	1	89	1
AATCTAAAATTAATATAAACTATTACTATCTTTCA	0	263	1
TTTCTATAAATAAAAATAATTTACATATAACAATA	2	155	0
TAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTAA	1	132	0
GAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTC	1	239	0
          ****   * **** *
MAP Score: 25.5848