AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons025_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237792
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0254	275	single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ)
#1	BB0339	49	ribosomal protein L13 (rplM)
#2	BB0346	183	B. burgdorferi predicted coding region BB0346
#3	BB0709	300	conserved hypothetical protein
#4	BB0771	300	RNA polymerase sigma factor (rpoS)

Motif 1
TTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCGCTAAAA	0	136	1
AAAAGATCACAATAAAAATTATAAAAAGGCAAAC	3	121	0
CTCCCCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGT	4	175	1
TTTTCTAAATAGACAAAAATAAAAGCACCAAAAT	3	174	0
TGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGC	1	19	1
TTTGTAATTGATTGTAAATTAAATCGGCAAGGCC	4	119	0
TTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGGATATAAT	4	192	0
AATAACTACTACTTAAAATTAATTAATCTATGGT	0	193	1
AATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAAT	0	75	1
GAATTTTAACAGTTAAAATTATGACCATTAATTT	0	105	1
ACAATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAA	4	138	1
ATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATGAAT	0	61	0
TTAGCTATCAATTAAAAATTTTAATTGATAGCTA	3	234	1
TAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATAT	2	33	0
GTTATTATTGGTTATAAAATATGATGTTAGCTAT	3	208	1
TTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAA	2	51	1
ACATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTAC	2	72	0
GAAATTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATTC	4	250	1
TTGAAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAAG	0	248	1
TAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAA	2	105	1
          * * **** ** **
MAP Score: 20.5695

Motif 2
GAAATCTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATT	0	17	1
CAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTT	0	45	1
TTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATGAAT	0	61	0
ATAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAAT	0	88	1
ATCCAAATTAATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAAT	0	107	0
AATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCGCTAAAA	0	134	1
ATACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTACTTA	0	172	1
ACTTCACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTT	0	196	0
AAGTTAGTAAAGAATAATCCTTGAAAAATCGATTAA	0	228	1
ACAATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGG	1	11	1
TAAAGCTTAGATATAAACACCTTGAAAGAATTAGGA	2	11	0
TTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATAT	2	33	0
CATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAG	2	69	0
AAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTT	2	121	1
AATTATAAAAAGGCAAACGCTTATAATTTCACTAAA	3	103	0
TTAAAAGATCACAATAAAAATTATAAAAAGGCAAAC	3	121	0
ACTTTTCTAAATAGACAAAAATAAAAGCACCAAAAT	3	174	0
TGTTAGCTATCAATTAAAAATTTTAATTGATAGCTA	3	232	1
CAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCC	4	143	1
TTTTGCATGGAAATTAAGTAGTAAAAACTTAATCAC	4	241	1
          * * ***  * ** **
MAP Score: 18.6188

Motif 3
CTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATTTTATGG	0	22	1
AACTTTTCTAAATAGACAAAAATAAAAGCACCAAAAT	3	174	0
ATTTACAATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAA	4	134	1
GTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTT	2	39	0
TTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGGATATAA	4	193	0
CACCCTCCCCAATTTAGTGAAATTATAAGCGTTTGCC	3	91	1
TAAAAATTACAATCCGCTAAAACTATACCATTCGATA	0	148	1
ATCCTTGAAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAA	0	244	1
TCACAATAAAAATTATAAAAAGGCAAACGCTTATAAT	3	112	0
AATCCAAATTAATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAAT	0	107	0
AATATTCAAGAAAGGGGAGAAAATATAATAACT    	4	277	1
ATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTAT	0	50	1
ACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTACTTAAAA	0	174	1
GCTATCAATTAAAAATTTTAATTGATAGCTAAAGTGT	3	237	1
TTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGT	0	81	1
AGAGCAAAACAAATGGCACAAGCTCAAAGCTTTGGCC	4	86	1
          ***    * ***  ***
MAP Score: 10.2916

Motif 4
TCTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATTTT	0	21	1
TAAAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCCATAAA	0	52	0
TATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAAT	0	65	0
TTAATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAATTCTCA	0	102	0
ATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTTATTATG	0	190	0
CTCTAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGA	0	245	0
TTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGCGCTAT	1	24	1
GGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTTTAAT	2	63	0
AAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATG	2	116	1
AGCTTAAGCTTAATAATAAGAGTTCATAGA    	2	163	1
CAATTTAGTGAAATTATAAGCGTTTGCCTTTTTA	3	100	1
TATTTTTGTCTATTTAGAAAAGTTATTATTGGTT	3	187	1
TATCAATTAAAATTTTTAATTGATAGCTAACATC	3	230	0
TTGCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAG	4	123	1
GTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAAACTAA	4	204	0
          ****** **  * *
MAP Score: 8.77936

Motif 5
TGTTTTGTTATAATTAGCTTAGGAGATTTCA	0	16	0
ATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAA	0	61	1
AATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAA	0	79	0
TTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCC	0	139	0
TACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTA	0	173	1
ACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTT	0	196	0
ATCTATGGTGAAGTTAGTAAAGAATAATCCT	0	218	1
GCTATACCCTTTATAATTTTATGCATAAATC	1	22	0
TTTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATT	2	20	1
AAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAAC	2	39	1
AGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGAT	2	71	1
GTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAA	2	107	1
TTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTT	2	125	1
TGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAA	2	148	1
GTTTGCCTTTTTATAATTTTTATTGTGATCT	3	121	1
CTATTTAGAAAAGTTATTATTGGTTATAAAA	3	196	1
GATAGCTAACATCATATTTTATAACCAATAA	3	212	0
AAATTTTTAATTGATAGCTAACATCATATTT	3	224	0
AGCTATCAATTAAAAATTTTAATTGATAGCT	3	236	1
AAAATTTTAATTGATAGCTAAAGTGTAATTA	3	248	1
AGCTAAAGTGTAATTAGCAAAGACTTTTGTT	3	263	1
ACAAAGATCAAAATTTGCTAAACGGAGGCCA	4	18	1
AATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAA	4	140	1
TAGGATATAATTTTGAGTTTAGGGGGAGTAT	4	172	0
AATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTT	4	191	1
AACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTT	4	211	0
          ** ********
MAP Score: 2.56395