AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons025_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237816
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0254	275	single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ)
#1	BB0339	49	ribosomal protein L13 (rplM)
#2	BB0346	183	B. burgdorferi predicted coding region BB0346
#3	BB0709	300	conserved hypothetical protein
#4	BB0771	300	RNA polymerase sigma factor (rpoS)

Motif 1
TTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCGCTAAAA	0	136	1
AAAAGATCACAATAAAAATTATAAAAAGGCAAAC	3	121	0
TTTTCTAAATAGACAAAAATAAAAGCACCAAAAT	3	174	0
CTCCCCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGT	4	175	1
GAATTTTAACAGTTAAAATTATGACCATTAATTT	0	105	1
TGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGC	1	19	1
TTTGTAATTGATTGTAAATTAAATCGGCAAGGCC	4	119	0
ACAATCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAA	4	138	1
ATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATGAAT	0	61	0
AATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAAT	0	75	1
AATAACTACTACTTAAAATTAATTAATCTATGGT	0	193	1
TAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATAT	2	33	0
TTAGCTATCAATTAAAAATTTTAATTGATAGCTA	3	234	1
TTTAAAAATGGTTTTAAACTAAATAGGATATAAT	4	192	0
GTTATTATTGGTTATAAAATATGATGTTAGCTAT	3	208	1
GAAATTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATTC	4	250	1
TTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAA	2	51	1
ACATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTAC	2	72	0
AATAGCTTAAGCTTAATAATAAGAGTTCATAGA 	2	160	1
TAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAA	2	105	1
GTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTT	2	123	1
          * * **** ** **
MAP Score: 20.0648

Motif 2
GAAATCTCCTAAGCTAATTATAACAAAACAAATATT	0	17	1
CAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTT	0	45	1
TTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATGAAT	0	61	0
ATAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAAT	0	88	1
ATCCAAATTAATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAAT	0	107	0
AATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCGCTAAAA	0	134	1
ATACCATTCGATAATAAGCATAATAACTACTACTTA	0	172	1
ACTTCACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTT	0	196	0
AAGTTAGTAAAGAATAATCCTTGAAAAATCGATTAA	0	228	1
ACAATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGG	1	11	1
TAAAGCTTAGATATAAACACCTTGAAAGAATTAGGA	2	11	0
TTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATAT	2	33	0
CATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAG	2	69	0
AAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTT	2	121	1
AATTATAAAAAGGCAAACGCTTATAATTTCACTAAA	3	103	0
TTAAAAGATCACAATAAAAATTATAAAAAGGCAAAC	3	121	0
ACTTTTCTAAATAGACAAAAATAAAAGCACCAAAAT	3	174	0
TGTTAGCTATCAATTAAAAATTTTAATTGATAGCTA	3	232	1
CAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCC	4	143	1
TTTTGCATGGAAATTAAGTAGTAAAAACTTAATCAC	4	241	1
          * * ***  * ** **
MAP Score: 18.6188

Motif 3
ATTTGTTTTGTTATAATTAGCTTAGGAGATTTCAAGTTTT     	0	5	0
AAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATA	0	46	1
ATTTTAACTGTTAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAA	0	79	0
TTTACTATAATCCAAATTAATGGTCATAATTTTAACTGTTAAAAT	0	107	0
ATAGTAAAAATTACAATCCGCTAAAACTATACCATTCGATAATAA	0	144	1
TAACTACTACTTAAAATTAATTAATCTATGGTGAAGTTAGTAAAG	0	195	1
TAGAATTCATTTTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTCTTTACTAA	0	231	0
GCTATACCCTTTATAATTTTATGCATAAATCTCATTCATTGTA  	1	8	0
         ATCCTAATTCTTTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTT	2	1	1
ATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTA	2	33	1
GTTTGCCTTTTTATAATTTTTATTGTGATCTTTTAAATGTGTTAT	3	121	1
CAATTAAAATTTTTAATTGATAGCTAACATCATATTTTATAACCA	3	216	0
CAATTAAAAATTTTAATTGATAGCTAAAGTGTAATTAGCAAAGAC	3	242	1
TTAACAAAGATCAAAATTTGCTAAACGGAGGCCAAGTAGAAGAAA	4	15	1
TGTAATTGATTGTAAATTAAATCGGCAAGGCCAAAGCTTTGAGCT	4	106	0
GGGAGTATTTTTTGAATTATTTACTTTTTTGTAATTGATTGTAAA	4	135	0
CCCCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTT	4	177	1
TAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTTTTTGCATGGAAAT	4	210	1
AGTTTTTGCATGGAAATTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATT	4	238	1
          **  ****   *         * **
MAP Score: 16.3262

Motif 4
TATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTAT	0	54	1
CTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTATTAT	0	70	0
ATAATAACTACTACTTAAAATTAATTAATCTATGGT	0	191	1
CTTGAAAAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAAGT	0	247	1
TAGCGCTATACCCTTTATAATTTTATGCATAAATCT	1	21	0
TAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGA	2	65	1
GAAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGT	2	115	1
AAGCGTTTGCCTTTTTATAATTTTTATTGTGATCTT	3	117	1
TTATTTTTGTCTATTTAGAAAAGTTATTATTGGTTA	3	186	1
GCTAACATCATATTTTATAACCAATAATAACTTTTC	3	203	0
TGTTAGCTATCAATTAAAAATTTTAATTGATAGCTA	3	232	1
CTTGCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAGT	4	122	1
ATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAA	4	195	1
          *  ** * ***  ***
MAP Score: 10.0471

Motif 5
GGTATAGTTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTA	0	133	0
TCATATTTTATAACCAATAATAACTTTTCTAAATAGACAAAAAT	3	188	0
TGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCT	2	129	1
TATTATAAAATAATAAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAATTATG	0	84	1
TTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTC	2	52	1
ACAAAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAATTTTTT	0	39	1
AAGAATCTCCTAGCTAAACAAAAGTCTTTGCTAATTACACTTTA	3	266	0
ATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACA	4	195	1
ATGGTGAAGTTAGTAAAGAATAATCCTTGAAAAATCGATTAAAA	0	222	1
    AACTCTTAACAAAGATCAAAATTTGCTAAACGGAGGCCAA	4	6	1
CACCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTTATTATGCTTATT	0	184	0
CTTGCCGATTTAATTTACAATCAATTACAAAAAAGTAAATAATT	4	122	1
GGAAATTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATTCAAGAAAGGG	4	249	1
AAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAA	2	24	1
TTAAAATTTTTAATTGATAGCTAACATCATATTTTATAACCAAT	3	214	0
          ** *  *     * * **   * *
MAP Score: 4.9515

Motif 6
TTAACAGTTAAAATTATGACCATTAATTTGGATT	0	110	1
TGAAATTATAAGCGTTTGCCTTTTTATAATTTTT	3	108	1
TTTATAATTTTTATTGTGATCTTTTAAATGTGTT	3	130	1
TTATGTCGTTTCATTTTGGTGCTTTTATTTTTGT	3	162	1
GCTAAACAAAAGTCTTTGCTAATTACACTTTAGC	3	264	0
TCCGTTTAGCAAATTTTGATCTTTGTTAAGAGTT	4	10	0
CTTGTGCCATTTGTTTTGCTCTTTGTTCGCAAAG	4	74	0
CAAAGCTTTGAGCTTGTGCCATTTGTTTTGCTCT	4	86	0
CACAAGCTCAAAGCTTTGGCCTTGCCGATTTAAT	4	102	1
TTCCATGCAAAAACTGTGCCAATTTAATTTAAAA	4	219	0
ATTGTGATTAAGTTTTTACTACTTAATTTCCATG	4	246	0
          *  *******  **
MAP Score: 0.319106