AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons026_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237841 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0382 86 basic membrane protein B (bmpB) #1 BB0383 41 basic membrane protein A (bmpA) #2 BB0384 300 basic membrane protein C (bmpC) #3 BB0385 40 basic membrane protein D (bmpD) #4 BB0386 24 ribosomal protein S7 (rpsG) #5 BB0387 67 ribosomal protein S12 (rpsL) #6 BB0389 82 DNA-directed RNA polymerase (rpoB) #7 BB0390 70 ribosomal protein L7/L12 (rplL) #8 BB0393 51 ribosomal protein L11 (rplK) #9 BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) #10 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #11 BB0677 242 ribose/galactose ABC transporter, ATP-binding protein (mglA) Motif 1 TAAAGTTAATATTTTAATTTTTAAAAAATTT 2 243 1 CAATTTATATATTTTATTTTTAAGTATAAAA 0 19 1 GTGAAAAATCTTTTTAATTCTTTAAAGATGT 2 19 1 TTTAAAGGGTTTTTTAATTGTTGTAATTTGA 2 50 1 CTTTGATATATTTTTAATTTT 6 0 0 TTTCAATAGCATTTTAAATTTTAATAAACAA 11 134 0 ATTTTAAGCATTTTTATTTATTAGCAATTAA 11 84 1 ATAAAATAAAATTTTAATAATCCCTTTTAAA 2 184 0 ATTTGCTACCATTTTATTAATAGTTTCAAGA 5 28 1 TAGATAATTTATTTTGTTTATTAAAATTTAA 11 121 1 CTTTTGTAATAATTTATTTATTCTTTTATTT 11 18 1 TTTATTAAGGTTTTTATATTTTAAGCATTTT 11 67 1 TACTACTGTGTTTTTATTAATGCTAGAAGTA 2 149 1 TTAAAATTTTATTTTATAAATAAAGAATACT 2 198 1 TTAAAGCCTCACTTTAATTCTAACAACAGGT 10 86 0 AAGGTGTCTTTTTTTGTTTATATGCC 3 24 1 AATTTAATACTAATGGGAGCT 8 0 1 GCACTTCTCCATTTCAATTATTCAAACAAAA 0 60 0 TAAAGCTTAAAATTTATATTTTCAATAGCAT 11 153 0 CCTTATATTTTTTTTAAAAATTCTAAATTTT 2 267 0 TTATTCTTTTATTTTAACATTAATTTGCTCT 11 35 1 TAATTGTTGTAATTTGAATTTAAATTAATCT 2 64 1 ********* * MAP Score: 32.8728 Motif 2 AAAAATAAAATATATAAATTGATTCTTTAT 0 10 0 TTTTATACTTAAAAATAAAATATATAAATT 0 20 0 TCTTTAAAGAATTAAAAAGATTTTTCACAA 2 17 0 TTTTGCAAGATTAATTTAAATTCAAATTAC 2 72 0 ACTTCTAGCATTAATAAAAACACAGTAGTA 2 149 0 TAATCCCTTTTAAAAAAATACTTCTAGCAT 2 168 0 TTTAAAAGGGATTATTAAAATTTTATTTTA 2 184 1 TCTTTATTTATAAAATAAAATTTTAATAAT 2 194 0 TTTTATTTTATAAATAAAGAATACTACTTG 2 204 1 ACTTGTTAGTAAAATAAAGTTAATATTTTA 2 229 1 AAATTTTTTAAAAATTAAAATATTAACTTT 2 244 0 TAATTTTTAAAAAATTTAGAATTTTTAAAA 2 257 1 ATTTAGAATTTTTAAAAAAAATATAAGGAG 2 270 1 GGCATATAAACAAAAAAAGACACCTT 3 24 0 CTTGAAACTATTAATAAAATGGTAGCAAAT 5 28 0 AAAATTAAAAATATATCAAA 6 0 1 CATGCACTCAAAAATTAAGACTAACACTGT 7 14 0 CTGTGAAATGAAAATATATAAGGAGTTAAT 7 50 1 TTACCCTTCTTATAATAAAA 9 0 0 AATAAAAGAATAAATAAATTATTACAAAAG 11 18 0 AAATTAATGTTAAAATAAAAGAATAAATAA 11 31 0 TATAAAAACCTTAATAAAGAGAGCAAATTA 11 55 0 AAATGCTTAAAATATAAAAACCTTAATAAA 11 67 0 TAATTGCTAATAAATAAAAATGCTTAAAAT 11 84 0 ATTATCTATAAAAATTAATTGCTAATAAAT 11 99 0 TTTAATAAACAAAATAAATTATCTATAAAA 11 116 0 ATTTATTTTGTTTATTAAAATTTAAAATGC 11 127 1 AATGCTATTGAAAATATAAATTTTAAGCTT 11 152 1 CTTTAATCCTAATATAAATATCAAACATAA 11 218 0 ********** MAP Score: 22.1765 Motif 3 CTATTTCCCCTTTACAAACAAAGCTATATTTAAGTAGT 1 8 0 AATACTCTCTTTTGTAATAATTTATTTATTCTTTTATTTT 11 10 1 ATTTGCTCTCTTTATTAAGGTTTTTATATTTTAAGCATTT 11 57 1 AAATTTATATTTTCAATAGCATTTTAAATTTTAATAAACA 11 135 0 AATTCTAAATTTTTTAAAAATTAAAATATTAACTTTATTT 2 240 0 CTTGAAAATAAGTGATATATTTGCTACCATT 5 1 1 TTTAAAGATGTTTTAAAGGGTTTTTTAATTGTTGTAATTT 2 39 1 TTTAAAGCCTCACTTTAATTCTAACAACAG 10 88 0 CTTTATTATATTTCATTAGAATAGAATATTGTAAGTCATT 11 179 1 TTTTTAATTGTTGTAATTTGAATTTAAATTAATCTTGCAA 2 60 1 AGCAATTAATTTTTATAGATAATTTATTTTGTTTATTAAA 11 106 1 AAAGACACCTTTTTAAGGTGTCTTTTTTTGTTTATATGC 3 9 1 TTAAATTAATCTTGCAAAAGGGTTTAAATTTGGATATTAT 2 83 1 GCTAGAAGTATTTTTTTAAAAGGGATTATTAAAATTTTAT 2 170 1 AGTAGTATTCTTTATTTATAAAATAAAATTTTAATAATCC 2 192 0 CAATGTGTTTTTTATACTTAAAAATAAAATATATAAATTG 0 19 0 TTATTTATTCTTTTATTTTAACATTAATTTGCTCTCTTTA 11 31 1 GAATAACAACTTTGATATATTTTTAATTTT 6 0 0 CTATTGAAAATATAAATTTTAAGCTTTATTATATTTCATT 11 156 1 CTGAAAGGTGGGTTAATATTAAAT 4 0 1 AGCTGATTTGTGAAAAATCTTTTTAATTCTTTAAAGA 2 7 1 AATTAATCCTCTCCTTATATTTTTTTTAAAA 2 279 0 CTCTCCTTTTCTTGAAACTATTAATAAAATGGTAGCAAAT 5 28 0 TTTTATTATAAGAAGGGTAAATT 9 3 1 TTTAAGCATTTTTATTTATTAGCAATTAATTTTTATAGAT 11 86 1 AAAAAACACATTGGTTTTGTTTGAATAATTGAAATGGAGA 0 46 1 TGTAAGTCATTTATGTTTGATATTTATATTAGGATTAAAG 11 208 1 *** * ****** MAP Score: 19.8024 Motif 4 ATAAAGAATCAATTTATATATTTTATTTTTA 0 10 1 GTGTTTTTTATACTTAAAAATAAAATATATA 0 24 0 AAATTACAACAATTAAAAAACCCTTTAAAAC 2 48 0 TTGCAAGATTAATTTAAATTCAAATTACAAC 2 69 0 TTTAAAAGGGATTATTAAAATTTTATTTTAT 2 184 1 AGTATTCTTTATTTATAAAATAAAATTTTAA 2 198 0 ATTTTTTAAAAATTAAAATATTAACTTTATT 2 241 0 TATTTTAATTTTTAAAAAATTTAGAATTTTT 2 252 1 CCTTATATTTTTTTTAAAAATTCTAAATTTT 2 267 0 TCTTGAAACTATTAATAAAATGGTAGCAAAT 5 28 0 AAAATTAAAAATATATCAAAGT 6 1 1 ATCACTGTGAAATGAAAATATATAAGGAGTT 7 46 1 AAAATAAAAGAATAAATAAATTATTACAAAA 11 19 0 AGAGCAAATTAATGTTAAAATAAAAGAATAA 11 35 0 AAATGCTTAAAATATAAAAACCTTAATAAAG 11 66 0 TAATTGCTAATAAATAAAAATGCTTAAAATA 11 83 0 ATTTATTTTGTTTATTAAAATTTAAAATGCT 11 127 1 TTAAAATGCTATTGAAAATATAAATTTTAAG 11 148 1 AAATATAATAAAGCTTAAAATTTATATTTTC 11 161 0 *** ******* MAP Score: 4.37593 Motif 5 ATAAAATATATAAATTGATTCTTTAT 0 4 0 ACTACTTAAATATAGCTTTGTTTGTAAA 1 6 1 GCTTTGTTTGTAAAGGGGAAATAGTTT 1 24 1 TTTAAAGAATTAAAAAGATTTTTCACAAATCA 2 13 0 TTTAATTCTTTAAAGATGTTTTAAAGGGTTTT 2 31 1 TAATCCCTTTTAAAAAAATACTTCTAGCATTA 2 166 0 TTTTATTTTATAAATAAAGAATACTACTTGTT 2 204 1 AAAAAAAATATAAGGAGAGGATTAATT 2 283 1 CTGAAAGGTGGGTTAATATTAAAT 4 3 1 CTTGAAAATAAGTGATATATTTGCTA 5 4 1 AGTTTCAAGAAAAGGAGAGCGTTGATAA 5 49 1 TGTTATGTCTTAAAAAAGGAGTCTTTTA 6 64 1 AATTTAATACTAATGGGAGCTTTGAAGGCGTT 8 10 1 GTTACTACCATAAGGAGATTAT 8 39 1 TTTTATTATAAGAAGGGTAAATT 9 8 1 TAACAACAGGTCAGGAGGGATTCGAACCCCCA 10 65 0 TTGTTAGAATTAAAGTGAGGCTTTAAA 10 91 1 AAATTATTACAAAAGAGAGTATT 11 1 0 AATAAAAGAATAAATAAATTATTACAAAAGAG 11 16 0 AAAACCTTAATAAAGAGAGCAAATTAATGTTA 11 49 0 TTTAATAAACAAAATAAATTATCTATAAAAAT 11 114 0 TATTCTATTCTAATGAAATATAATAAAGCTTA 11 175 0 ********* * MAP Score: 2.86993 Motif 6 ATAAAGCACTTCTCCATTTCAATTATTCA 0 67 0 TTAAAGAATTAAAAAGATTTTTCACAAATCAGCT 2 5 0 TACAACAATTAAAAAACCCTTTAAAACATCTTTAAAGAA 2 36 0 ATATCCAAATTTAAACCCTTTTGCAAGATTAATTTAAAT 2 81 0 AGTAGTAGGAAAAATAATTTTTCCTACATCACCATAATA 2 117 0 TCCCTTTTAAAAAAATACTTCTAGCATTAATAAAAACAC 2 156 0 TTTATTTATAAAATAAAATTTTAATAATCCCTTTTAAAA 2 183 0 ATTAAAATATTAACTTTATTTTACTAACAAGTAGTATTC 2 222 0 TAAAGTTAATATTTTAATTTTTAAAAAATTTAGAATTTT 2 243 1 AATCCTCTCCTTATATTTTTTTTAAAAATTCTAAATTTT 2 267 0 AAAGACACCTTTTTAAGGTGTCTTTTTTT 3 0 1 ATGGTAGCAAATATATCACTTATTTTCAAG 5 1 0 CTACCATTTTATTAATAGTTTCAAGAAAAGGAGAGCGTT 5 33 1 CGACATGCGGAATAACAACTTTGATATATTTTTAATTTT 6 10 0 TAAAAGACTCCTTTTTTAAGACATAACAAGC 6 61 0 ATTAACTCCTTATATATTTTCATTTCACA 7 51 0 ATAATCTCCTTATGGTAGTAACGCCTTCA 8 32 0 AATACTCTCTTTTGTAATAATTTATTTATT 11 1 1 GTAATAATTTATTTATTCTTTTATTTTAACATTAATTTG 11 23 1 TGCTTAAAATATAAAAACCTTAATAAAGAGAGCAAATTA 11 55 0 GTTTTTATATTTTAAGCATTTTTATTTATTAGCAATTAA 11 76 1 ATTTATTAGCAATTAATTTTTATAGATAATTTATTTTGT 11 99 1 AAAGCTTAAAATTTATATTTTCAATAGCATTTTAAATTT 11 144 0 AATATCAAACATAAATGACTTACAATATTCTATTCTAAT 11 193 0 *** * **** * * MAP Score: 2.52648