AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons026_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237848 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0382 86 basic membrane protein B (bmpB) #1 BB0383 41 basic membrane protein A (bmpA) #2 BB0384 300 basic membrane protein C (bmpC) #3 BB0385 40 basic membrane protein D (bmpD) #4 BB0386 24 ribosomal protein S7 (rpsG) #5 BB0387 67 ribosomal protein S12 (rpsL) #6 BB0389 82 DNA-directed RNA polymerase (rpoB) #7 BB0390 70 ribosomal protein L7/L12 (rplL) #8 BB0393 51 ribosomal protein L11 (rplK) #9 BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) #10 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #11 BB0396 173 ribosomal protein L33 (rpmG) #12 BB0398 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0398 #13 BB0677 242 ribose/galactose ABC transporter, ATP-binding protein (mglA) Motif 1 TTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTTAT 12 117 1 TTTATTAAGGTTTTTATATTTTAAGCATTT 13 67 1 ATTTTAAGCATTTTTATTTATTAGCAATTA 13 84 1 CAATTTATATATTTTATTTTTAAGTATAAA 0 19 1 GATTATTAAAATTTTATTTTATAAATAAAG 2 193 1 ATTTAATATTAACCCACCTT 4 14 0 AGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGG 12 170 1 CTTTTGTAATAATTTATTTATTCTTTTATT 13 18 1 TAAAGCTTAAAATTTATATTTTCAATAGCA 13 154 0 TTATGTTTGATATTTATATTAGGATTAAAG 13 218 1 TTTGATATATTTTTAATTTT 6 0 0 CAAGTACTAAATTTAATTTTC 11 1 0 AAAGTTAATATTTTAATTTTTAAAAAATTT 2 244 1 TTTTATAGATAATTTATTTTGTTTATTAAA 13 116 1 ATTTATTAGCAATTAATTTTTATAGATAAT 13 99 1 CTCTCCTTATATTTTTTTTAAAAATTCTAA 2 272 0 AGACGATTGCTTTTTAAATAGGTATTAAAT 12 13 1 GTTGTCAAAATTTTTATAAATACTAACTTA 12 224 0 TTTTATTATAAGAAGGGTAA 9 0 1 TTAAATTAACATTTATTATAGGTCATTATA 12 37 1 ATTTGCTACCATTTTATTAATAGTTTCAAG 5 28 1 TTTATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTTAG 12 142 1 TTTTGACAACTTTTTAAATTGAGGTGTGCA 12 244 1 TACTACTGTGTTTTTATTAATGCTAGAAGT 2 149 1 TTTCAATAGCATTTTAAATTTTAATAAACA 13 135 0 TTATTTATTCTTTTATTTTAACATTAATTT 13 31 1 ATGCTAGAAGTATTTTTTTAAAAGGGATTA 2 168 1 TGAGGTGTGCATTTTATTATGTGTAGTTTA 12 263 1 TTGTAATTTGAATTTAAATTAATCTTGCAA 2 70 1 ATGTAGGAAAAATTATTTTTCCTACTACTG 2 127 1 TTTAAATAGGTATTAAATTAACATTTATTA 12 25 1 TTTTAAAGGGTTTTTTAATTGTTGTAATTT 2 49 1 ********** MAP Score: 28.7135 Motif 2 AGCTGATTTGTGAAAAATCTTTTTAATTCTTTAAAG 2 7 1 TATGAAATGATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTT 12 106 1 GGTGTGCATTTTATTATGTGTAGTTTATATTGTAAAATA 12 266 1 ATAATAAAGCTTAAAATTTATATTTTCAATAGCATTTTA 13 149 0 AAGAATCAATTTATATATTTTATTTTTAAGTATAAAAAA 0 13 1 ATTTTAAGCTTTATTATATTTCATTAGAATAGAATATTG 13 171 1 AAATTAACATTTATTATAGGTCATTATAAGATTATTTTT 12 39 1 TTTAAAGATGTTTTAAAGGGTTTTTTAATTGTTGTAATT 2 39 1 TTTAGACGATTGCTTTTTAAATAGGTATT 12 0 1 TATTCTTTATTTATAAAATAAAATTTTAATAATCCCTTT 2 188 0 AAATTTAGGCTTTAGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACA 12 157 1 ATTAATCCTCTCCTTATATTTTTTTTAAAAATTCTAAAT 2 270 0 ATACTCTCTTTTGTAATAATTTATTTATTCTTTTATTTT 13 11 1 TAGCAATTAATTTTTATAGATAATTTATTTTGTTTATTA 13 105 1 AAAGACACCTTTTTAAGGTGTCTTTTTTTGTTTATATGC 3 10 1 TTTAAACCCTTTTGCAAGATTAATTTAAATTCAAATTAC 2 72 0 ATTTGCTACCATTTTATTAATAGTTTCAAGAAAAGGAGA 5 28 1 TAAAATAAAGTTAATATTTTAATTTTTAAAAAATTTAGA 2 238 1 TTTATAAAAATTTTGACAACTTTTTAAATTGAGGTGTGC 12 234 1 ATAATTTATTTTGTTTATTAAAATTTAAAATGCTATTGA 13 124 1 TATATTGGAGTTTTATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTT 12 131 1 TTCGAATCCCTCCTGACCTGTTGTTAGAATTAAAGTGAG 10 71 1 ATGGTAGCAAATATATCACTTATTTTCAAG 5 1 0 ATTAACTCCTTATATATTTTCATTTCACAGTGATAGCA 7 42 0 TGTAAGTCATTTATGTTTGATATTTATATTAGGATTAAA 13 208 1 ** * * * *** ** MAP Score: 26.3241 Motif 3 TTTTAAAGGGTTTTTTAATTGTTGTAATTTGA 2 49 1 CTACTGTGTTTTTATTAATGCTAGAAGTATTT 2 151 1 TTGCTACCATTTTATTAATAGTTTCAAGAAAA 5 30 1 GTGAAAAATCTTTTTAATTCTTTAAAGATGTT 2 19 1 TGTCAAAATTTTTATAAATACTAACTTAACAT 12 220 0 TAAATTAACATTTATTATAGGTCATTATAAGA 12 38 1 AACCAATGTGTTTTTTATACTTAAAAATAAAA 0 30 0 AAATTCTAAATTTTTTAAAAATTAAAATATTA 2 249 0 ATTTATTTTGTTTATTAAAATTTAAAATGCTA 13 127 1 AATTTTAAGCTTTATTATATTTCATTAGAATA 13 170 1 TCCTTATATTTTTTTTAAAAATTCTAAATTTT 2 267 0 TATTTTAAGCATTTTTATTTATTAGCAATTAA 13 83 1 ACTTTGATATATTTTTAATTTT 6 0 0 ATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTTAT 12 115 1 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TCTTTAAAGATGTTTTAAAGGGTTTTTTAATTGTTGTAATT 2 37 1 TTAAGGTTTTTATATTTTAAGCATTTTTATTTATTAGCAAT 13 71 1 AATTAATCCTCTCCTTATATTTTTTTTAAAAATTCTAAAT 2 270 0 AGCTGATTTGTGAAAAATCTTTTTAATTCTTTAAAGA 2 6 1 GCTTTAGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTGTTAA 12 165 1 CATTTTTATTTATTAGCAATTAATTTTTATAGATAATTTAT 13 92 1 TTTAGACGATTGCTTTTTAAATAGGTATTAA 12 0 1 TTTAAATAGGTATTAAATTAACATTTATTATAGGTCATTAT 12 25 1 TATATTGGAGTTTTATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTTAG 12 131 1 AAAATTTATATTTTCAATAGCATTTTAAATTTTAATAAACA 13 135 0 TTTAAACCCTTTTGCAAGATTAATTTAAATTCAAATTACAA 2 70 0 AAAGACACCTTTTTAAGGTGTCTTTTTTTGTTTATATGCC 3 10 1 AAAATAAAATTTTAATAATCCCTTTTAAAAAAATACTTCTA 2 172 0 GGTGTGCATTTTATTATGTGTAGTTTATATTGTAAAATACT 12 266 1 ATAAGTGATATATTTGCTACCATTTTATTAATAGTTTCAAG 5 17 1 AATACTCTCTTTTGTAATAATTTATTTATTCTTTTATT 13 7 1 TTTTTAAAAATTAAAATATTAACTTTATTTTACTAACAAGT 2 229 0 ATAAAGAATCAATTTATATATTTTATTTTTAAGTATAAA 0 8 1 AACTCTTTATTATCTTAGTTGATTGTTTAGAAAAAAACAAG 11 27 0 TAAAAGACTCCTTTTTTAAGACATAACAAGC 6 61 0 AAAAATTATTTTTCCTACTACTGTGTTTTTATTAATGCTAG 2 134 1 * * * ****** * MAP Score: 24.1933 Motif 5 GCTAGAAGTATTTTTTTAAAAGGGATTATTAAAATTTTAT 2 170 1 CGGCTTGTTATGTCTTAAAAAAGGAGTCTTTTA 6 59 1 CTTTATTATATTTCATTAGAATAGAATATTGTAAGTCATT 13 179 1 TTTTATTATAAGAAGGGTAAATT 9 3 1 TCAACGTTTTTGTGGTCATAATTGTCAGTTATGAAATGAT 12 77 1 AGTAGTATTCTTTATTTATAAAATAAAATTTTAATAATCC 2 192 0 ATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTTATGCTAAATT 12 115 1 TTATTTATTCTTTTATTTTAACATTAATTTGCTCTCTTTA 13 31 1 AATATTTTAATTTTTAAAAAATTTAGAATTTTTAAAAAAA 2 250 1 AATTTAAAATGCTATTGAAAATATAAATTTTAAGCTTTAT 13 145 1 AGTTTTATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTTAGTTTTGTT 12 139 1 ATTGTTGTAATTTGAATTTAAATTAATCTTGCAAAAGGGT 2 66 1 TTAGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTGTTAATG 12 168 1 TAAAACTCTTTATTATCTTAGTTGATTGTTTAGAAAAAAA 11 31 0 ATTCTTTAAAGATGTTTTAAAGGGTTTTTTAATTGTTGTA 2 35 1 TGTAAAATGTGGTGATGTTAAGTTAGTATTTATAAAAATT 12 206 1 AATACTCTCTTTTGTAATAATTTATTTATTCTTTTAT 13 7 1 ATTTATTATAGGTCATTATAAGATTATTTTTCAACGTTTT 12 47 1 TTTTAAAAATTAAAATATTAACTTTATTTTACTAACAAGT 2 229 0 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