AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237864
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0207	52	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase (gtaB)
#1	BB0260	206	B. burgdorferi predicted coding region BB0260
#2	BB0438	240	DNA polymerase III, subunit beta (dnaN)
#3	BB0439	90	conserved hypothetical protein
#4	BB0440	91	ribosomal protein L34 (rpmH)
#5	BB0444	45	nucleotide sugar epimerase
#6	BB0454	56	lipopolysaccharide biosynthesis-related protein
#7	BB0572	199	glycosyl transferase (lgtD)

Motif 1
TTCAACTTACAAATTACTTTTATTTTAAGTAAATAA	1	75	0
ATTTGGGTTGATGTTTTTTAAATTTTTTACTTTTAA	7	21	1
TGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTA	2	54	0
ACTTCACAACAAATTCTTTTAATTTTTTGCATAACA	7	139	0
AAGCTTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTGCA	3	44	1
AACCTAGAAAAGCTTATTTTAATATTCAAAATAGCA	3	23	0
CAATACAAACTTGTTAATTATATATTACAATTTAAT	7	103	1
TTTGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAAT	2	30	0
    AGTGAGTTATTAATGCTATTTTGAATATTAAA	3	6	1
ACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTATATG	2	114	0
GTTGAATATCACATTATTTATATTATATTATAGTTA	1	105	1
ATGATGATGCAAATTAATGGGATATTTTTAATTTAG	1	21	0
TTATAGCAAAAATTTAATTTTATATATTCA      	0	4	0
TTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATAT	2	172	0
ATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTGGATTTTG	2	194	0
        GATGCCTCCTTATATATTCTATTACATT	2	222	0
CCTCTTTGCTTTGTTAATTTTATTGAAACCAAACTT	1	171	0
TGCAAGTAAATATCTTGTTAAATTGTAGGTTGTTTT	2	77	0
TATAATATATTTGCTACTTGGATTATAATTTACTTT	6	11	0
          *  **  **  *****
MAP Score: 28.1849

Motif 2
       TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATAA	0	3	1
   ATTTTTCTCTCTTAAAATAAGATTATAGCAAAAA	0	28	0
ATCATCATAGTTACTTTTAATAAAAGTTATTTACTTA	1	49	1
TAAAAGTTATTTACTTAAAATAAAAGTAATTTGTAAG	1	69	1
TGAATATCACATTATTTATATTATATTATAGTTATAA	1	107	1
ATATTATATTATAGTTATAATAATAATGATAACTATA	1	124	1
GTGCGTAAGTTTGGTTTCAATAAAATTAACAAAGCAA	1	165	1
TTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTCA	2	17	0
AGATATTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATT	2	98	1
TTATAGATATATAGTAGTAATAGTAGTAAGCTACTGT	2	145	0
TTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAGTAGTAA	2	162	0
TCTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTGGATTT	2	196	0
GCTTATTTTAATATTCAAAATAGCATTAATAACTCAC	3	11	0
TTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTG	3	48	1
       TTATTATTGACAATTGCATTTATATGCTAT	4	3	1
ATTAATGGGCTTGCTTTGTATTGAATTTTAAAGAGGA	5	10	1
ATTTTTTACTTTTAATAATATAGCAATTTCTGCTAAA	7	42	1
TGCTAAACTTTTCATTAAAATAAGTTTGAAACAATAC	7	72	1
AATTCTTTTAATTTTTTGCATAACAATTAAATTGTAA	7	127	0
          **  **   **** * *
MAP Score: 25.8739

Motif 3
GATTATAGCAAAAATTTAATTTTATATATTCA 	0	9	0
TATTGCTCCTAAATTAAAAATATCCCATTAATT	1	13	1
AATATCCCATTAATTTGCATCATCATAGTTACT	1	31	1
TCATCATAGTTACTTTTAATAAAAGTTATTTAC	1	50	1
AAAAGTTATTTACTTAAAATAAAAGTAATTTGT	1	70	1
AACTATAATATAATATAAATAATGTGATATTCA	1	107	0
TATTATATTATAGTTATAATAATAATGATAACT	1	125	1
TGCGTAAGTTTGGTTTCAATAAAATTAACAAAG	1	166	1
TTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCT	2	20	0
TGAACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAA	2	45	1
TTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAACAA	2	108	1
TACTACTATATATCTATAAAAAATAAAAATACA	2	163	1
TATAAAAAATAAAAATACAAAATCCACAAAATC	2	177	1
TTATTAATGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCT	3	16	1
TGCAAAAAACAATATTGAATAAACCTAGAAAAG	3	47	0
TTTTGCATTGTGGTATAAAAAATTGAT      	3	73	1
TAAAAGTAAAAAATTTAAAAAACATCAACCCAA	7	23	0
TTAAATTTTTTACTTTTAATAATATAGCAATTT	7	38	1
ATTTCTGCTAAACTTTTCATTAAAATAAGTTTG	7	67	1
TCATTAAAATAAGTTTGAAACAATACAAACTTG	7	83	1
ATTAAATTGTAATATATAATTAACAAGTTTGTA	7	106	0
TGTTATGCAAAAAATTAAAAGAATTTGTTGTGA	7	139	1
          ** *** *** **
MAP Score: 4.49439