AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons027_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237877 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0207 52 UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase (gtaB) #1 BB0260 206 B. burgdorferi predicted coding region BB0260 #2 BB0437 172 chromosomal replication initiator protein (dnaA) #3 BB0438 240 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #4 BB0439 90 conserved hypothetical protein #5 BB0440 91 ribosomal protein L34 (rpmH) #6 BB0444 45 nucleotide sugar epimerase #7 BB0454 56 lipopolysaccharide biosynthesis-related protein #8 BB0572 199 glycosyl transferase (lgtD) Motif 1 AATTAAATTGTAATATATAATTAACAAGTTTGTA 8 106 0 ATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTA 2 22 0 AAAATCTTATTAAGATAAAATGTAATAGAATATA 3 204 1 AACAAAAAAACAACCTACAATTTAACAAGATATT 3 71 1 TAAAAGTTATTTACTTAAAATAAAAGTAATTTGT 1 69 1 TCATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCAAAC 3 113 1 TTAATTAAAATCTAGACACAGATA 2 0 1 TCCTCCTAGCTTAAGTATAATATATTTGCTACTT 7 28 0 ATGCAAAAAACAATATTGAATAAACCTAGAAAAG 4 47 0 ATGTGATATTCAACTTACAAATTACTTTTATTTT 1 85 0 TTTATGCTGCCAAGCTACAAATTAAACACTAACA 5 44 0 ATCATCATAGTTACTTTTAATAAAAGTTATTTAC 1 49 1 TTCATTAAAATAAGTTTGAAACAATACAAACTTG 8 82 1 TTATACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGCTAAA 2 130 1 AAGCTTATTTTAATATTCAAAATAGCATTAATAA 4 16 0 TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTA 0 3 1 CATTATTATTATAACTATAATATAATATAAATAA 1 118 0 CGTATTGCTCCTAAATTAAAAATATCCCATTAAT 1 11 1 TTACTACTATATATCTATAAAAAATAAAAATACA 3 162 1 TAAAGTAAATTATAATCCAAGTAGCAAAT 7 5 1 TTGTTATGCAAAAAATTAAAAGAATTTGTTGTGA 8 138 1 ATTAAAAGTAAAAAATTTAAAAAACATCAACCCA 8 24 0 TATTCCTCTTTAAAATTCAATACAAAGCAAGCCC 6 16 0 AATTCACAAACAATTTAGATAGAATCCTAATTTA 2 93 1 CTTTGCTTTGTTAATTTTATTGAAACCAAACTTA 1 170 0 *** ** *** ** MAP Score: 32.9845 Motif 2 GTATTGCTCCTAAATTAAAAATATCCCATTAAT 1 12 1 AGATAAATTCTACATTAAAAAAAAAATAATATC 2 29 1 TATACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGCTAAA 2 131 1 TGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCTTTTCTAG 4 23 1 TGTTATGCAAAAAATTAAAAGAATTTGTTGTGA 8 139 1 GTAAATAACTTTTATTAAAAGTAACTATGATGA 1 50 0 TAAAAGTTATTTACTTAAAATAAAAGTAATTTG 1 69 1 TTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTC 3 21 0 TGCTAAACTTTTCATTAAAATAAGTTTGAAACA 8 72 1 AATTAAATTGTAATATATAATTAACAAGTTTGT 8 107 0 TATATCTATAAAAAATAAAAATACAAAATCCAC 3 171 1 ATAACTATAATATAATATAAATAATGTGATATT 1 109 0 AAATTGCTATATTATTAAAAGTAAAAAATTTAA 8 38 0 TAAGTTTGGTTTCAATAAAATTAACAAAGCAAA 1 170 1 ATATTATATTATAGTTATAATAATAATGATAAC 1 124 1 TATCTGTGTCTAGATTTTAATTAA 2 1 0 TTAAAAGTAAAAAATTTAAAAAACATCAACCCA 8 24 0 TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCT 0 3 1 TAGTATTAAATACAATTAAACAATCAAACAGTA 3 118 1 GATAGAATCCTAATTTAACATTATACTATATAA 2 110 1 GAAATACCAAAAACTTTTAAAAATTCACAAACA 2 72 1 AAAAACAACCTACAATTTAACAAGATATTTACT 3 76 1 TTGAACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAA 3 44 1 CGCACTAATTATAGTTATCATTATTATTATAAC 1 137 0 ATTTTTCTCTCTTAAAATAAGATTATAGCA 0 32 0 ** ****** ** MAP Score: 30.7886 Motif 3 TGAAGAATCAAAAATTATTTTAAACAATTGAACCAAATAATT 3 17 1 ATTACAATTTAATTGTTATGCAAAAAATTAAAAGAATTTGTT 8 126 1 ACTATTATTCCTCTTTAAAATTCAATACAAAGCAA 6 20 0 ATCAATTTTTTATACCACAATGCAAAAAACAATAT 4 65 0 CTTTTCATTAAAATAAGTTTGAAACAATACAAACTTGTTAAT 8 79 1 CTTTTAATAAAAGTTATTTACTTAAAATAAAAGTAATTTGTA 1 62 1 CAATTGAACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAAAAACA 3 41 1 AAAATACAACAAAAAAACAACCTACAATTTAACAAGATATTT 3 64 1 TAGTTATCATTATTATTATAACTATAATATAATATAAATAAT 1 117 0 TCTCTTAAAATAAGATTATAGCAAAAATTTAATTTTATATAT 0 13 0 ACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCAAACA 3 106 1 AAAAATTCACAAACAATTTAGATAGAATCCTAATTTAACATT 2 90 1 CTATACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATT 2 115 0 AATCCACAAAATCTTATTAAGATAAAATGTAATAGAATATAT 3 197 1 CTATTACTACTATATATCTATAAAAAATAAAAATACAAAATC 3 159 1 ATTAGTGCGTAAGTTTGGTTTCAATAAAATTAACAAAGCAAA 1 161 1 GATGTTTTTTAAATTTTTTACTTTTAATAATATAGCAATTTC 8 30 1 AGTGAGTTATTAATGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCTT 4 8 1 AACGCTCCTCCATTAAAAACAATTTTATGCTG 5 69 0 TAGACACAGATAAATTCTACATTAAAAAAAAAATAATATCTA 2 22 1 CACAATGCAAAAAACAATATTGAATAAACCTAGAAAAGCTTA 4 43 0 GGTATAGCATATAAATGCAATTGTCAATAATAA 5 1 0 ATATAATGTTAAAAGTATAGTGCTAAAACCAACAAGGACAAA 2 137 1 TATTTTAATGAAAAGTTTAGCAGAAATTGCTATATTATTAAA 8 52 0 AATAAAAACTGCTAAGCAAAATCAACGCTAAAACAC 8 173 0 ** * * * *** ** MAP Score: 27.086 Motif 4 ACTTAATTGAAGAATCAAAAATTATTTTAAAC 3 2 1 TAATAAAAGTTATTTACTTAAAATAAAAGTAATTTGTAAG 1 66 1 TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATAA 0 0 1 TGCTATAATCTTATTTTAAGAGAGAAAAAT 0 32 1 TACTACTATATATCTATAAAAAATAAAAATACAAAATCCA 3 163 1 TAGACACAGATAAATTCTACATTAAAAAAAAAATAATATC 2 22 1 ATGGGCTTGCTTTGTATTGAATTTTAAAGAGGAATAATAG 6 14 1 TCGTATTGCTCCTAAATTAAAAATATCCCATTAAT 1 5 1 CTAGAAAAGCTTATTTTAATATTCAAAATAGCATTAATAA 4 16 0 CTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTA 2 112 0 GATATTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAAC 3 99 1 TATTGTTTTTTGCATTGTGGTATAAAAAATTGAT 4 66 1 GATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGAT 3 23 0 CAGAAATTGCTATATTATTAAAAGTAAAAAATTTAAAAAA 8 34 0 TATTGTTTCAAACTTATTTTAATGAAAAGTTTAGCAGAAA 8 68 0 TTCTTTTAATTTTTTGCATAACAATTAAATTGTAATATAT 8 122 0 TCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTA 2 76 0 TGCATCATCATAGTTACTTTTAATAAAAGTTATTTACTTA 1 46 1 GCTCCTTATTTGGGTTGATGTTTTTTAAATTTTTTACTTT 8 14 1 GGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTGGTTC 3 46 0 ATTCTCCTCCTAGCTTAAGTATAATATATTTGCTACTTGG 7 26 0 AATATCACATTATTTATATTATATTATAGTTATAATAATA 1 109 1 AACGCTCCTCCATTAAAAACAATTTTATGCT 5 70 0 TGCGTAAGTTTGGTTTCAATAAAATTAACAAAGCAAAGAG 1 166 1 GTATAGCATATAAATGCAATTGTCAATAATAA 5 2 0 GAAACAATACAAACTTGTTAATTATATATTACAATTTAAT 8 99 1 ATATATTTGCTACTTGGATTATAATTTACTTTA 7 3 0 ACTTACGCACTAATTATAGTTATCATTATTATTATAACTA 1 135 0 * * * * * **** * MAP Score: 21.6948 Motif 5 TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATAATCTTATTTTA 0 6 1 TCGTATTGCTCCTAAATTAAAAATATCCCATTAATTTGCATCA 1 9 1 AATTACTTTTATTTTAAGTAAATAACTTTTATTAAAAGTAACTA 1 56 0 CATTATTTATATTATATTATAGTTATAATAATAATGATAACTAT 1 116 1 AAATTCTACATTAAAAAAAAAATAATATCTATTACATAGGAAAT 2 33 1 TCTATTACATAGGAAATACCAAAAACTTTTAAAAATTCACAAAC 2 60 1 TACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATC 2 110 0 ACTTAATTGAAGAATCAAAAATTATTTTAAACAA 3 0 1 ATCAAAAATTATTTTAAACAATTGAACCAAATAATTTATCAAAA 3 23 1 TGAACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAAAAACAACCTAC 3 45 1 ATTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCAAA 3 102 1 AAATACAATTAAACAATCAAACAGTAGCTTACTACTATTACTAC 3 125 1 TACTACTATATATCTATAAAAAATAAAAATACAAAATCCACAAA 3 163 1 CTCCTTATATATTCTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTG 3 201 0 AAAGCTTATTTTAATATTCAAAATAGCATTAATAACTCACT 4 7 0 AATGCAAAAAACAATATTGAATAAACCTAGAAAAGCTTATTTTA 4 38 0 TGGTATAGCATATAAATGCAATTGTCAATAATAA 5 0 0 CTTGCTTTGTATTGAATTTTAAAGAGGAATAATAGT 6 19 1 TTGCTATATTATTAAAAGTAAAAAATTTAAAAAACATCAACCCA 8 24 0 TTTCAAACTTATTTTAATGAAAAGTTTAGCAGAAATTGCTATAT 8 59 0 ATTTTTTGCATAACAATTAAATTGTAATATATAATTAACAAGTT 8 110 0 TACAATTTAATTGTTATGCAAAAAATTAAAAGAATTTGTTGTGA 8 128 1 * ** ** * * * ** MAP Score: 20.876 Motif 6 TGAATATCACATTATTTATATTATATTATAGTTATAA 1 107 1 TAAAAAAAAAATAATATCTATTACATAGGAAATACCA 2 44 1 AAACAATACAAACTTGTTAATTATATATTACAATTTA 8 100 1 AATTCTTTTAATTTTTTGCATAACAATTAAATTGTAA 8 127 0 CTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCA 3 107 1 AATTTCTGCTAAACTTTTCATTAAAATAAGTTTGAAA 8 66 1 AGACACAGATAAATTCTACATTAAAAAAAAAATAATA 2 23 1 ATGCCTCCTTATATATTCTATTACATTTTATCTTAAT 3 212 0 GTGCGTAAGTTTGGTTTCAATAAAATTAACAAAGCAA 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