AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons028_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237900
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0207	52	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase (gtaB)
#1	BB0209	26	B. burgdorferi predicted coding region BB0209
#2	BB0347	183	fibronectin/fibrinogen-binding protein, putative
#3	BB0348	97	pyruvate kinase (pyk)
#4	BB0508	77	GTP-binding protein
#5	BB0511	91	B. burgdorferi predicted coding region BB0511
#6	BB0724	87	K+ transport protein (ntpJ)
#7	BB0727	27	pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase (pfk)
#8	BBG11	47	B. burgdorferi predicted coding region BBG11

Motif 1
TTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTT	2	121	1
GTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAATAAGAGTTC	2	15	0
GCTATAATCTTATTTTAAGAGAGAAAAAT       	0	33	1
TATAGCATAATATTTTAACATTGAAATATTATCATA	6	29	0
TATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAA	2	56	0
TTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCCATATC 	5	66	1
  TCTAAAATAAGTATAATGGGAAAAGA        	1	8	1
GACTATAATATATTTTATTTAACAAAAAAGCACACC	5	26	0
CAATGACAAAAAGCATAAAATTTATAAAAGTGGAGG	3	62	1
TAATATTTGCTATTATAATGGAAATATCGGAATAAA	4	33	1
CTATTAATAATAGTTTATTTCCATGATATGTAGTAT	2	92	0
ATTAAAAATTTATCTTATATAGCATAATATTTTAAC	6	46	0
CCATGATATGTAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTG	2	72	0
TAAAGTTTTGAATTTTTTACAAAATATTGTTATTCA	3	28	1
GTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTAT	2	138	0
ATATAAGATAAATTTTTAATAATTTAAACAACTTT 	6	62	1
ATTGAAATATTATCATAATTACATTATTTTTAATAT	6	10	0
TTATAGCAAAAATTTAATTTTATATATTCA      	0	4	0
          ********     * *
MAP Score: 20.4618

Motif 2
TAAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATAT	4	26	1
TAGTGATTTTTTTTTGTAATATAAGAGAATGCAA	8	13	0
AATTTTATGCTTTTTGTCATTGAATAACAATATT	3	50	0
TCAATAAACTTTATTTCCATAATACTACATATCA	2	71	1
AAAAATAATGTAATTATGATAATATTTCAATGTT	6	15	1
CTTCCTCCACTTTTATAAATTTTATGCTTTTTGT	3	67	0
GGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTTTAAT	2	106	1
TAAGATAAATTTTTAATAATTTAAACAACTTT  	6	65	1
TAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTAT	2	124	0
AAGTTTTGAATTTTTTACAAAATATTGTTATTCA	3	30	1
TCTTTTCCCATTATACTTATTTTAGA        	1	2	0
TCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTAT	5	24	1
   ATACTCCTTTATAGAATTATAACCTAA    	7	6	0
AAATTTATCTTATATAGCATAATATTTTAACATT	6	43	0
ACCTCTTTATTTATTCCGATATTTCCATTATAAT	4	44	0
TAATAATAGTTTATTTCCATGATATGTAGTATTA	2	90	0
      TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTAT	0	4	1
AAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACATTTAAACT	2	29	1
GAAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAAT	2	54	0
   TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTT	4	7	1
TAAAATTAAATTTTTGCTATAATCTTATTTTAAG	0	18	1
          *****   *** **
MAP Score: 19.4993

Motif 3
CATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTATTATAA	4	11	1
TATGAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACT	2	12	1
ATTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGATA	2	100	0
TGTTATTCAATGACAAAAAGCATAAAATTTATAAAAGTGG	3	55	1
  TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATAATCTTATTT	0	8	1
TAAAATATTATGCTATATAAGATAAATTTTTAATAATTTA	6	48	1
TGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAAATTT	5	28	1
AACATTGAAATATTATCATAATTACATTATTTTTAATAT 	6	9	0
GTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAA	2	133	1
AACTATTTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATAATACTAC	2	59	1
AACAATATTTTGTAAAAAATTCAAAACTTTACTTTGCTAT	3	19	0
          **  ** **   **   * *
MAP Score: 7.0449

Motif 4
        TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATAATCT	0	2	1
CAATAAACTTTATTTCCATAATACTACATATCATGGAAATA	2	72	1
ATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTTTAATACATA	2	104	1
TAGTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAG	2	125	1
ATAACAATATTTTGTAAAAAATTCAAAACTTTACTTTGCTA	3	20	0
CAAAATATTGTTATTCAATGACAAAAAGCATAAAATTTATA	3	47	1
TATTTCCATTATAATAGCAAATATTAGTATTTATGCCAATT	4	18	0
TCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAAA	5	24	1
TTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCCATATC       	5	67	1
ATATAGCATAATATTTTAACATTGAAATATTATCATAATTA	6	25	0
TTAAAATATTATGCTATATAAGATAAATTTTTAATAATTTA	6	47	1
GCATTCTCTTATATTACAAAAAAAAATCACTATGACCAAAT	8	15	1
          *   *  **** * **    *
MAP Score: 5.20771

Motif 5
      TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATAATCT	0	4	1
AGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAA	2	24	0
TTTAAACTATTTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATAAT	2	55	1
ATTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGAT	2	101	0
ATAGTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCT	2	124	1
TGAATAACAATATTTTGTAAAAAATTCAAAACTTTACTT	3	25	0
ACAAAAAGCATAAAATTTATAAAAGTGGAGGAAGAACTT	3	67	1
   TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTAT	4	7	1
ATATTTGCTATTATAATGGAAATATCGGAATAAATAAAG	4	35	1
TAATATATTTTATTTAACAAAAAAGCACACCGATTCTCA	5	18	0
AAATAAAATATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTT	5	42	1
AATTTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCCATATC 	5	63	1
AAAAATAATGTAATTATGATAATATTTCAATGTTAAAAT	6	15	1
AAATTTATCTTATATAGCATAATATTTTAACATTGAAAT	6	38	0
 AAAGTTGTTTAAATTATTAAAAATTTATCTTATATAGC	6	59	0
TCATAGTGATTTTTTTTTGTAATATAAGAGAATGCAAGC	8	11	0
          ** **   * ****    *
MAP Score: 3.80805

Motif 6
          TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATA	0	0	1
AAAATTAAATTTTTGCTATAATCTTATTTTAAGAGAGAA	0	19	1
       TCTTTTCCCATTATACTTATTTTAGA      	1	4	0
GTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAATAAGAGTTC	2	15	0
TTAAACTATTTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATAATA	2	56	1
ATACTACATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTAC	2	92	1
AAACTATTATTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAATAA	2	112	1
ATGCTTTTTGTCATTGAATAACAATATTTTGTAAAAAAT	3	39	0
 TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTATTA	4	9	1
ATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTC	5	23	1
TAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCC	5	57	1
         ATATTAAAAATAATGTAATTATGATAATAT	6	1	1
GTAATTATGATAATATTTCAATGTTAAAATATTATGCTA	6	24	1
ATTAAAAATTTATCTTATATAGCATAATATTTTAACATT	6	43	0
     AAAGTTGTTTAAATTATTAAAAATTTATCTTATA	6	63	0
          TTAGGTTATAATTCTATAAAGGAGTAT  	7	0	1
TTGCATTCTCTTATATTACAAAAAAAAATCACTATGACC	8	13	1
          * *    * **   *****
MAP Score: 0.235217