AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons028_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237915
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0207	52	UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase (gtaB)
#1	BB0209	26	B. burgdorferi predicted coding region BB0209
#2	BB0347	183	fibronectin/fibrinogen-binding protein, putative
#3	BB0348	97	pyruvate kinase (pyk)
#4	BB0508	77	GTP-binding protein
#5	BB0511	91	B. burgdorferi predicted coding region BB0511
#6	BB0724	87	K+ transport protein (ntpJ)
#7	BB0727	27	pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase (pfk)
#8	BBG11	47	B. burgdorferi predicted coding region BBG11

Motif 1
AAAACTACATTTAAACTATTTATTGTCAAT	2	46	1
TATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTA	2	100	1
CTTGAGTTTTTTAAACTTATCGCTAAAAAT	5	64	0
ATATATAAAATTAAATTTTTGCTATAATCT	0	13	1
TATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTA	2	139	0
ATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTA	2	23	1
  AAAGTTGTTTAAATTATTAAAAATTTAT	6	69	0
ATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATA	2	119	0
GCTATATAAGATAAATTTTTAATAATTTAA	6	59	1
TATTTCAATGTTAAAATATTATGCTATATA	6	37	1
TTTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATAAT	2	64	1
TCTTTTCCCATTATACTTATTTTAGA    	1	6	0
TTTATAAATTTTATGCTTTTTGTCATTGAA	3	60	0
AATTTTTGCTATAATCTTATTTTAAGAGAG	0	26	1
TTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAA	5	34	1
ATTATCATAATTACATTATTTTTAATAT  	6	8	0
AAGTAAAGTTTTGAATTTTTTACAAAATAT	3	25	1
TATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGT	5	50	1
TATTTTAACATTGAAATATTATCATAATTA	6	25	0
          **********
MAP Score: 21.7077

Motif 2
TCAATAAACTTTATTTCCATAATACTACATATCA	2	71	1
TAATAATAGTTTATTTCCATGATATGTAGTATTA	2	90	0
AAGTTTTGAATTTTTTACAAAATATTGTTATTCA	3	30	1
ATAGTGATTTTTTTTTGTAATATAAGAGAATGCA	8	14	0
TAAATACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATAT	4	26	1
AAAAATAATGTAATTATGATAATATTTCAATGTT	6	15	1
ATAAGATAAATTTTTAATAATTTAAACAACTTT 	6	64	1
CTTCCTCCACTTTTATAAATTTTATGCTTTTTGT	3	67	0
TCTTTTCCCATTATACTTATTTTAGA        	1	2	0
TAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTAT	2	124	0
TTTAAACTATTTATTGTCAATAAACTTTATTTCC	2	55	1
TCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTAT	5	24	1
ACCTCTTTATTTATTCCGATATTTCCATTATAAT	4	44	0
   ATACTCCTTTATAGAATTATAACCTAA    	7	6	0
   ACACTGCTTATAGCAAAGTAAAGTTTTGAAT	3	7	1
TAAAATAAGATTATAGCAAAAATTTAATTTTATA	0	16	0
ATAAAATATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAA	5	44	1
   TCATGTGTAATTGGCATAAATACTAATATTT	4	7	1
AAATTTATCTTATATAGCATAATATTTTAACATT	6	43	0
AAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACATTTAAACT	2	29	1
CTATGAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAA	2	11	1
AATTTTATGCTTTTTGTCATTGAATAACAATATT	3	50	0
TTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTA	2	148	0
          *****   ** ***
MAP Score: 18.1955

Motif 3
          TGAATATATAAAATTAAATTTTTG	0	0	1
TTAAAATAAGATTATAGCAAAAATTTAATTTTAT	0	17	0
       TCTAAAATAAGTATAATGGGAAAAGA 	1	3	1
TTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGT	2	44	0
TATTTCCATGATATGTAGTATTATGGAAATAAAG	2	79	0
CATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACT	2	98	1
TAGTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTTAA	2	125	1
GAATAACAATATTTTGTAAAAAATTCAAAACTTT	3	29	0
ATTCAATGACAAAAAGCATAAAATTTATAAAAGT	3	59	1
TGTAATTGGCATAAATACTAATATTTGCTATTAT	4	15	1
ACTATAATATATTTTATTTAACAAAAAAGCACAC	5	27	0
TATCGCTAAAAATTTGACTATAATATATTTTATT	5	43	0
TCATAATTACATTATTTTTAATAT          	6	0	0
AAAATAATGTAATTATGATAATATTTCAATGTTA	6	16	1
AATTTATCTTATATAGCATAATATTTTAACATTG	6	42	0
TATATAAGATAAATTTTTAATAATTTAAACAACT	6	61	1
CATAGTGATTTTTTTTTGTAATATAAGAGAATGC	8	15	0
          *****   *** **
MAP Score: 3.22916

Motif 4
     TGAATATATAAAATTAAATTTTTGCTATA	0	5	1
       TCTAAAATAAGTATAATGGGAAAAGA 	1	3	1
GCTATTAACAAAACTACATTTAAACTATTTATTG	2	37	1
AGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAAT	2	63	0
TCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTT	2	102	1
CTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTT	2	130	1
AATTTTTTACAAAATATTGTTATTCAATGACAAA	3	38	1
ATTCAATGACAAAAAGCATAAAATTTATAAAAGT	3	59	1
CTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGTCAAAT	5	32	1
TATCATAATTACATTATTTTTAATAT        	6	2	0
ATATTATGCTATATAAGATAAATTTTTAATAATT	6	52	1
 AATTTGGTCATAGTGATTTTTTTTTGTAATATA	8	24	0
          * * **  ******
MAP Score: 1.72342