AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons029_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237928
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0346	183	B. burgdorferi predicted coding region BB0346
#1	BB0508	77	GTP-binding protein
#2	BB0511	91	B. burgdorferi predicted coding region BB0511
#3	BB0515	70	thioredoxin reductase (trxB)
#4	BB0729	76	glutamate transporter (gltP)
#5	BB0732	263	penicillin-binding protein (pbp-3)

Motif 1
AGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTA	0	25	1
TTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAA	0	52	1
CATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAG	0	75	0
TATTTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATA	0	111	0
ACAAAACTACATTTAAACTATTTATTGTCA	0	129	0
TTAAGCTATTAACAAAACTACATTTAAACT	0	140	0
GAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAA	0	158	0
GGCTTGAGTTTTTTAAACTTATCGCTAAAA	2	66	0
AAAATTTGAATATTAATCTTAACATTGCTA	3	27	0
          ATCTAAACTTCAGGCCTCTC	3	60	0
TTCAAAAATTAATTAATCTTGTT       	4	3	0
GTGCATTCTTTTTTAAACTTAAGGGGGTAT	4	34	0
AAAAAGAATGCACTAAGCTTATATAAGAGG	4	51	1
AGCTTAATTGTTTTAAACTTTTTTATTTGT	5	38	0
AGTTTAAAACAATTAAGCTATAAACACGCT	5	49	1
GCCAAAAATCAATAAATCTACCCTTAAAAT	5	81	1
TCTTTCAATTAACAAAACTTACAAAATGCT	5	143	1
ATTGTTATAATTTTACACTATGTAAACAGC	5	170	0
ATAACAATAATTTTACACTATAACAATCAA	5	192	1
          **********
MAP Score: 26.5027