AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons029_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237933
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0346	183	B. burgdorferi predicted coding region BB0346
#1	BB0508	77	GTP-binding protein
#2	BB0511	91	B. burgdorferi predicted coding region BB0511
#3	BB0515	70	thioredoxin reductase (trxB)
#4	BB0729	76	glutamate transporter (gltP)
#5	BB0732	263	penicillin-binding protein (pbp-3)

Motif 1
TAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACACCT	0	25	0
TTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAATAA	0	52	0
CTATTAATAATAGTTTATTTCCATGATATG	0	75	1
TGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGT	0	129	1
AGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAA	0	140	1
TTAATAGCTTAAGCTTAATAATAAGAGTTC	0	158	1
        TCATGTGTAATTGGCATAAATA	1	2	1
TTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCC	2	66	1
TAGCAATGTTAAGATTAATATTCAAATTTT	3	27	1
GAGAGGCCTGAAGTTTAGAT          	3	60	1
       AACAAGATTAATTAATTTTTGAA	4	3	1
ATACCCCCTTAAGTTTAAAAAAGAATGCAC	4	34	1
AGAATGCACTAAGCTTATATAAGAGGTAAT	4	55	1
 AGCTTCAAATTGTTTTAAACAGTTTTACA	5	9	1
ACTTTTTTATTTGTGTAAAACTGTTTAAAA	5	22	0
ACAAATAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGCT	5	38	1
AGCGTGTTTATAGCTTAATTGTTTTAAACT	5	49	0
ATTTTAAGGGTAGATTTATTGATTTTTGGC	5	81	0
AGCATTTTGTAAGTTTTGTTAATTGAAAGA	5	143	0
GCTGTTTACATAGTGTAAAATTATAACAAT	5	170	1
TTGATTGTTATAGTGTAAAATTATTGTTAT	5	192	0
          **********
MAP Score: 27.297

Motif 2
CATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAA	0	30	0
TTAATAGCTTAAGCTTAATAATAAGAGTTCAT	0	158	1
TTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCCAT	2	66	1
TAGCAATGTTAAGATTAATATTCAAATTTTTA	3	27	1
       AACAAGATTAATTAATTTTTGAATA	4	3	1
ATACCCCCTTAAGTTTAAAAAAGAATGCACTA	4	34	1
AGAATGCACTAAGCTTATATAAGAGGTAATA 	4	55	1
ACAAATAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGCTAT	5	38	1
CGCTTAGCCAAAAATCAATAAATCTACCCTTA	5	75	1
TCAATTAACAAAACTTACAAAATGCTGTTTAC	5	147	1
TACATAGTGTAAAATTATAACAATAATTTTAC	5	176	1
ATCAACCCATAACATTATTAATTCTTATGCAC	5	217	1
          *** *** ****
MAP Score: 9.90007

Motif 3
TGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTT	0	28	1
GTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTT	0	39	0
ATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACT	0	71	0
TTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATAATAC	0	107	0
AAACTACATTTAAACTATTTATTGTCAATAA	0	125	0
TTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACA	0	148	0
TGCTTTTTTGTTAAATAAAATATATTATAGT	2	30	1
TATATTATAGTCAAATTTTTAGCGATAAGTT	2	50	1
TTTTTAGCGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCC	2	65	1
TTAACATTGCTAAAACTAATATTCAATGC  	3	8	0
TTAGCAATGTTAAGATTAATATTCAAATTTT	3	26	1
GATTAATATTCAAATTTTTAAGAGAGGCCTG	3	39	1
        AACAAGATTAATTAATTTTTGAA	4	2	1
TATACCCCCTTAAGTTTAAAAAAGAATGCAC	4	33	1
AAGAATGCACTAAGCTTATATAAGAGGTAAT	4	54	1
ACACAAATAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGC	5	36	1
TTAAAACAATTAAGCTATAAACACGCTTAGC	5	52	1
AATCTACCCTTAAAATCAAAAACATACCATC	5	95	1
TTACATAGTGTAAAATTATAACAATAATTTT	5	175	1
          **** ******
MAP Score: 9.68778

Motif 4
TAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACACCTTGAAA	0	20	0
ACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTT	0	39	0
TCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTTT	0	66	0
CATGATATGTAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTG	0	96	1
TCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTAC	0	149	0
AATATTTGCTATTATAATGGAAATATCGGAATAAA	1	34	1
TATAATATATTTTATTTAACAAAAAAGCACACCGA	2	24	0
ATATGGCTTGAGTTTTTTAAACTTATCGCTAAAAA	2	65	0
AATCTTAACATTGCTAAAACTAATATTCAATGC  	3	8	0
AGCAATGTTAAGATTAATATTCAAATTTTTAAGAG	3	28	1
ATTGTTTTAAACAGTTTTACACAAATAAAAAAGTT	5	18	1
CAAATAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGCTATAAAC	5	39	1
AGCTATAAACACGCTTAGCCAAAAATCAATAAATC	5	64	1
CAATAAATCTACCCTTAAAATCAAAAACATACCAT	5	90	1
CTGTTTACATAGTGTAAAATTATAACAATAATTTT	5	171	1
TTATAACAATAATTTTACACTATAACAATCAACCC	5	190	1
AACATTATTAATTCTTATGCACTTATAGTATACTT	5	227	1
CACTTATAGTATACTTTAGTAAAAAGT        	5	246	1
          *   *** * *****
MAP Score: 1.84555