AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237941
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0026	129	methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (folD)
#1	BB0107	28	N-utilization substance protein B (nusB)
#2	BB0108	79	basic membrane protein
#3	BB0109	136	acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA)
#4	BB0214	162	translation elongation factor P (efp)
#5	BB0445	166	fructose-bisphosphate aldolase (fba)

Motif 1
TTTATTGATTAAGTTATAATTGAGGAATAATAGCAA	4	72	1
ATCAAAACCAAACATAAAATTTATTAAAAATTTATT	5	33	0
ATTTATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAAAAGTT	5	15	0
GATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTTTATTAA	3	94	1
         AAATGTTTTATTAACTAGATTTAAATG	2	1	1
ATTATAGTTTAAAATAAATTTAATTACAATTTGAAA	0	45	1
ACAAGCTAAAATGTTATAATTTTAAA          	3	0	0
          AACATATTTTTATTTATATAATTTTA	1	0	1
GATCATATAAAAACTAAGTTTATTTAATAAAAATAA	3	62	0
AGTCAATTACAAATTAACTTTATTGATTAAGTTATA	4	54	1
CCTTAATATTATACTTAGATTGTCAATATAAGGAAA	0	95	0
TTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGCCTATA	5	128	0
AATTAATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAGTTTG	4	11	0
AATTTATTTTAAACTATAATAAACAAGGATAATAAT	0	29	0
TGATTTAATAATTATTTATTTTTTGATTTAAATTCA	5	65	1
ACTAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAGTGG	2	23	1
TTTAACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAAATGT	3	22	0
AATAGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACT	4	100	1
ATAAACAAGGATAATAATTTTAAAAGAATGGAGAAT	0	11	0
TTATTTAATAAAAATAAACTATTTAACCTGAATTAT	3	43	0
TACCTCGCAAAACTTAACATATAAATCTAGTAGTAA	4	131	0
         TAAGATTACCTTAATATTATACTTAGA	0	112	0
TAATTGACTTATTTTAAATTAATGCTATTATATACT	4	27	0
     AACATAACCTCTTATTAAAGAATCACTTACC	2	58	0
          **  *** *** *  *
MAP Score: 21.0379

Motif 2
       AAATGTTTTATTAACTAGATTTAAATGTAA	2	3	1
ACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAAT	3	22	1
GGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTATGTT     	2	57	1
ATAATTCAATAAGTTTATTAAGACTTTAGGAGTAATT	3	109	1
ACCAAACATAAAATTTATTAAAAATTTATTATTTTGC	5	26	0
TGTTTGGTTTTGATTTAATAATTATTTATTTTTTGAT	5	55	1
CTTAGGTGTATAATTTATTATAGGCATTTGATAAAAG	5	110	1
     AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT    	1	5	1
AGTTTAAAATAAATTTAATTACAATTTGAAATTTGGT	0	50	1
TAATAGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACT	4	99	1
TTAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAGTGGGTAAGTGA	2	30	1
ATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAATTT	0	29	1
AAAACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAAC	3	52	0
ATTACAAATTAACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAG	4	59	1
TATTCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCCTTGTTTAT	0	10	1
    GCAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATT	4	6	1
GTAATTGACTTATTTTAAATTAATGCTATTATATACT	4	27	0
CACTCCTTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGC	5	133	0
          *  ********     *
MAP Score: 20.8746

Motif 3
  TATTCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCC	0	8	1
TTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATA	0	30	1
TGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAATAAA	0	42	0
ACCAAATTTCAAATTGTAATTAAATTTATTT	0	56	0
ATTGACAATCTAAGTATAATATTAAGGTAAT	0	104	1
       AACATATTTTTATTTATATAATTT	1	3	1
         AATAAAATTATATAAATAAAAA	1	16	0
         AAATGTTTTATTAACTAGATTT	2	1	1
TAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAAT	2	19	0
TAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAGTGGGTA	2	31	1
TGGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTATG	2	56	1
CTAAAATGTTATAATTTTAAA          	3	0	0
CATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGT	3	23	1
GTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTT	3	52	1
GATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTTT	3	94	1
CCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATTAATTT	4	17	1
ATATAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAAT	4	30	1
CAATAAAGTTAATTTGTAATTGACTTATTTT	4	48	0
AACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAGGAAT	4	69	1
AATAATAGCAAATATTTTAATTTTTTGGTAT	4	97	1
TAAATCTAGTAGTAATTTATACCAAAAAATT	4	115	0
TTTGCATAAAAAAGTTTAAAA          	5	0	0
ATTTATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAA	5	20	0
CCAAACATAAAATTTATTAAAAATTTATTAT	5	31	0
TATGTTTGGTTTTGATTTAATAATTATTTAT	5	53	1
TAAATCAAAAAATAAATAATTATTAAATCAA	5	64	0
TTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCAA	5	76	1
AAATGCCTATAATAAATTATACACCTAAGAA	5	108	0
          *** *******
MAP Score: 14.8224

Motif 4
 TATTCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCCTTGTTTAT	0	9	1
ATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAATTTAATT	0	32	1
AAGATTACCTTAATATTATACTTAGATTGTCAATATAA	0	100	0
      AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT    	1	4	1
TTTTATTAACTAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTAAAT	2	15	1
TTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAG	3	47	1
TTAAATAAACTTAGTTTTTATATGATCTATTGTATTGT	3	71	1
TATAATTCAATAAGTTTATTAAGACTTTAGGAGTAATT	3	108	1
 GCAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATTAATT	4	9	1
AATTACAAATTAACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAG	4	58	1
AGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACTACTAG	4	103	1
AAATTACTACTAGATTTATATGTTAAGTTTTGCGAGGT	4	128	1
ATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAAAAGTTTAAAA 	5	9	0
AAATTTTTAATAAATTTTATGTTTGGTTTTGATTTAAT	5	36	1
ATGTTTGGTTTTGATTTAATAATTATTTATTTTTTGAT	5	54	1
TTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCAACTTCTTA	5	76	1
CCTTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGCCTATA	5	128	0
          **  *****   *  * *
MAP Score: 8.6039

Motif 5
TCTTTTAAAATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAAT	0	20	1
AAATTGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAATAAACAAGGATAA	0	33	0
TTTGGTCGTTTGACTTTCCTTATATTGACAATCTAAGTATAATA	0	81	1
      AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT          	1	4	1
    AAATGTTTTATTAACTAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTA	2	6	1
ACTTACCCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTA	2	21	0
CTATTTAACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAAATGTTATAA	3	17	0
TCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGTTTTTAT	3	48	1
TAAATAAACTTAGTTTTTATATGATCTATTGTATTGTATAATTC	3	72	1
GCAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATTAATTTAAAATA	4	10	1
AATTTGTAATTGACTTATTTTAAATTAATGCTATTATATACTTA	4	25	0
TTAACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAGGAATAATAGCAAATA	4	67	1
AGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACTACTAGATTTAT	4	103	1
TTATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAAAAGTTTAAAA     	5	5	0
ATCAAAACCAAACATAAAATTTATTAAAAATTTATTATTTTGCA	5	25	0
ATTTTATGTTTGGTTTTGATTTAATAATTATTTATTTTTTGATT	5	49	1
ATTTAATAATTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCAACTTC	5	67	1
CTTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGCCTATAATAAATT	5	121	0
          *   ***  **  **  *     *
MAP Score: 6.81552