AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons030_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237952 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0026 129 methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (folD) #1 BB0107 28 N-utilization substance protein B (nusB) #2 BB0108 79 basic membrane protein #3 BB0109 136 acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA) #4 BB0214 162 translation elongation factor P (efp) #5 BB0437 172 chromosomal replication initiator protein (dnaA) #6 BB0438 240 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #7 BB0439 90 conserved hypothetical protein #8 BB0440 91 ribosomal protein L34 (rpmH) #9 BB0444 45 nucleotide sugar epimerase #10 BB0445 166 fructose-bisphosphate aldolase (fba) Motif 1 GGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGTT 3 51 1 GTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTA 5 32 0 ATTAATGGGCTTGCTTTGTATTGAATTTTAAAGAGG 9 10 1 TATTCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCCTT 0 5 1 GATTTAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAGTGGGTAA 2 27 1 CTTGGCAGCATAAAATTGTTTTTAATGGAGGAGCGT 8 64 1 TTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAAC 6 103 1 AATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGAT 6 23 0 TATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAATTTAATT 0 34 1 AATTAGTGGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTAT 2 50 1 TTTAAAATAATTTTTGATTCTTCAATTAAGT 6 5 0 AGTAAGCTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAAT 6 122 0 TGCAAAATAATAAATTTTTAATAAATTTTATGTTTG 10 25 1 GTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTGGTTC 6 46 0 AATCAAAAAATAAATAATTATTAAATCAAAACCAAA 10 57 0 ACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAA 3 22 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 6 1 CAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATTAATT 4 11 1 TCAATTCAACTTCTTAGGTGTATAATTTATTATAGG 10 98 1 AATTTGTAATTGACTTATTTTAAATTAATGCTATTA 4 33 0 AATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACTACTAGAT 4 107 1 TTATATGATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTT 3 88 1 AGCATATAAATGCAATTGTCAATAATAA 8 2 0 TAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTA 5 112 0 GGATTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGT 5 84 0 ATGTAGAATTTATCTGTGTCTAGATTTTAATTAA 5 8 0 AATAAGCTTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTT 7 41 1 TATGCTATACCATGTTAGTGTTTAATTTGTAGCTTG 8 32 1 CCTTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGCCTA 10 130 0 TAATTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCAACT 10 73 1 TATTCCTCAATTATAACTTAATCAATAAAGTTAATT 4 65 0 GAGTTATTAATGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCT 7 13 1 * ** ** ** *** MAP Score: 41.1698 Motif 2 GATTGTTTAATTGTATTTAATACTATATGAT 6 112 0 ATAAATGCAATTGTCAATAATAA 8 2 0 CAGCATAAAATTGTTTTTAATGGAGGAGCGT 8 69 1 ATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAAT 0 29 1 AGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTA 5 32 0 AACATATTTTTATTTATATAATTTTAT 1 6 1 CCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGCCTA 10 130 0 AAATTTCAAATTGTAATTAAATTTATTTTAA 0 53 0 ACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGG 3 22 1 AAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGT 3 55 1 AAATAATAAATTTTTAATAAATTTTATGTTT 10 29 1 TATACCATGTTAGTGTTTAATTTGTAGCTTG 8 37 1 TTATGTTTGGTTTTGATTTAATAATTATTTA 10 52 1 ATTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCA 10 75 1 AATTGACTTATTTTAAATTAATGCTATTATA 4 31 0 ATAAATCTAGTAGTAATTTATACCAAAAAAT 4 116 0 TGATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTT 3 93 1 GGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCT 6 20 0 CATTTAAATCTAGTTAATAAAACATTT 2 6 0 TTTAAAATTATAACATTTTAG 3 0 1 TCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCCTTGTT 0 13 1 CAAAAAACAATATTGAATAAACCTAGAAAAG 7 47 0 TTGCTTTGTATTGAATTTTAAAGAGGAATAA 9 20 1 TAATGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCTTT 7 20 1 TTTATTATAGTTTAAAATAAATTTAATTACA 0 42 1 TATCTGTGTCTAGATTTTAATTAA 5 3 0 TTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAA 2 20 0 TCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTT 5 81 0 TTTAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAG 5 119 0 GGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATA 6 171 0 ATAGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAAT 4 101 1 TATACTTAGATTGTCAATATAAGGAAAGTCA 0 91 0 ACAATCTAAGTATAATATTAAGGTAATCTTA 0 108 1 GTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAG 5 135 0 TAAATAAACTTAGTTTTTATATGATCTATTG 3 72 1 TTATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAAAA 10 18 0 TCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAA 5 43 0 TTCTTAGGTGTATAATTTATTATAGGCATTT 10 108 1 TAAAATGTAATAGAATATATAAGGAGGCATC 6 219 1 **** ****** MAP Score: 33.6275 Motif 3 TTCTTTTAAAATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAAT 0 19 1 AATTTCAAATTGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAATAAA 0 42 0 TGAAATTTGGTCGTTTGACTTTCCTTATATTGACAATCTAA 0 76 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 3 1 AAATGTTTTATTAACTAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTAA 2 10 1 TAAAATTATAACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGG 3 12 1 TGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTA 3 33 1 AGATCATATAAAAACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTA 3 58 0 CTTATTTTAAATTAATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAG 4 15 0 TTATAACTTAATCAATAAAGTTAATTTGTAATTGACTTATT 4 50 0 AATAATAGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATAAATTACTAC 4 97 1 GGTATAAATTACTACTAGATTTATATGTTAAGTTTTGCGAG 4 123 1 CCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTA 5 32 0 AGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTAAATTGTTTGTGA 5 96 0 TTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAAT 5 122 0 ATTTTTGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTT 6 28 0 TGATGCAAGTAAATATCTTGTTAAATTGTAGGTTGTTTTTT 6 75 0 TTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCA 6 103 1 ATTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAG 6 168 0 TCCTTATATATTCTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTG 6 203 0 TCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTGGTATAAA 7 51 1 TTATTATTGACAATTGCATTTATATGCTATACCATGTTAG 8 9 1 ATTAATGGGCTTGCTTTGTATTGAATTTTAA 9 0 1 TTTATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAAAAGTTTAAAA 10 9 0 AATAAATTTTATGTTTGGTTTTGATTTAATAATTATTTATT 10 44 1 ATAATTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCAACTTCTT 10 72 1 CCTTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGCCTATAATA 10 125 0 * * * ** ** *** MAP Score: 32.5371 Motif 4 ATTGTATTGTATAATTCAATAAGTTTATTAA 3 99 1 ATTCCTCTTTAAAATTCAATACAAAGCAAGC 9 18 0 TTTTATTTATATAATTTTATT 1 17 1 AACATATTTTTATTTATATAATTT 1 3 1 ATAATAGCAAATATTTTAATTTTTTGGTATA 4 98 1 TTATTAAGATAAAATGTAATAGAATATATAA 6 210 1 TAAACAAGCTAAAATGTTATAATTTTAAA 3 8 0 CTAGAAAAGCTTATTTTAATATTCAAAATAG 7 25 0 ATCAATTTTTTATACCACAATGCA 7 76 0 TGGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTATG 2 56 1 CAAAATAATAAATTTTTAATAAATTTTATGT 10 27 1 TTTAACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAA 3 27 0 CTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAATTTAAT 0 38 1 TTTGCATAAAAAAGTTTAAAA 10 0 0 AACAAGGATAATAATTTTAAAAGAATGGAGA 0 13 0 GAAATACCAAAAACTTTTAAAAATTCACAAA 5 72 1 ACCAAATTTCAAATTGTAATTAAATTTATTT 0 56 0 GTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTT 3 52 1 CTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATA 6 121 0 AAATGTTTTATTAACTAGATTT 2 1 1 TTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAGT 6 167 0 ATTATACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGC 5 129 1 ATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCT 5 113 0 TATAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATT 4 31 1 TTTTTTGATTTAAATTCAATTCAACTTCTTA 10 83 1 AGAATCAAAAATTATTTTAAACAATTGAACC 6 20 1 ATAATTTTTGATTCTTCAATTAAGT 6 4 0 ATTGACAATCTAAGTATAATATTAAGGTAAT 0 104 1 CTTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTTG 7 47 1 TTAGGTGTATAATTTATTATAGGCATTTGAT 10 111 1 CAATAAAGTTAATTTGTAATTGACTTATTTT 4 48 0 TGTTAAAAGTATAGTGCTAAAACCAACAAGG 5 143 1 CTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAA 6 107 1 TAACTAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTAAA 2 21 1 CTTACTACTATTACTACTATATATCTATAAA 6 152 1 GTATAGCATATAAATGCAATTGTCAATAATA 8 11 0 AGTGAGTTATTAATGCTATTTTGAATATTA 7 9 1 ATAAAAAATAAAAATACAAAATCCACAAAAT 6 178 1 AAAAAATAAATAATTATTAAATCAAAACCAA 10 58 0 AGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTA 5 32 0 TTTAAACTTTTTTATGCAAAATAATAAATTT 10 11 1 *** ******* MAP Score: 31.453 Motif 5 TTAAGTTATAATTGAGGAATAATAGCAAATATTTTAATTTTTT 4 80 1 ACTTAATTGAAGAATCAAAAATTATTTTAAACAATTGA 6 5 1 ATTAAATACAATTAAACAATCAAACAGTAGCTTACTACTATTA 6 122 1 TTATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAA 3 36 1 TTAAATTTATTTTAAACTATAATAAACAAGGATAATAATTTTA 0 25 0 AAATGTTTTATTAACTAGATTTAAATGTAAAATTTTGT 2 5 1 ATTATAGGCATTTGATAAAAGAAAAAATAAAATGGAAAGGAGT 10 126 1 GCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGA 5 117 0 ATATAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATTACAAATTAACT 4 30 1 GAACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAAAAACAACCTAC 6 46 1 ACAAAATCTTATTAAGATAAAATGTAATAGAATATATAAGGAG 6 202 1 AACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAAATGTTATAATTTTA 3 12 0 CTTGCTTTGTATTGAATTTTAAAGAGGAATAATAGT 9 19 1 CTTTCCTTATATTGACAATCTAAGTATAATATTAAGGTAATCT 0 94 1 AAAAGCTTATTTTAATATTCAAAATAGCATTAATAACTCACT 7 9 0 AAAATAAATAATTATTAAATCAAAACCAAACATAAAATTTATT 10 44 0 TGGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTATGTT 2 56 1 ACCAAAAACTTTTAAAAATTCACAAACAATTTAGATAGAATCC 5 77 1 AATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 1 5 0 ACTATATATCTATAAAAAATAAAAATACAAAATCCACAAAATC 6 167 1 ATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAAAAGTTTAAAA 10 4 0 ATCAATTTTTTATACCACAATGCAAAAAACAATATTGA 7 62 0 ACACAGATAAATTCTACATTAAAAAAAAAATAATATCTATTAC 5 25 1 TAATTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCAACTTCTTAGG 10 73 1 ATACAATACAATAGATCATATAAAAACTAAGTTTATTTAATAA 3 68 0 AAATAATATCTATTACATAGGAAATACCAAAAACTTTTAAAAA 5 52 1 TTAATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAGTTTGC 4 2 0 *** * ** * * * * MAP Score: 28.3271 Motif 6 TAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAGTGGGTA 2 31 1 TAATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAGTT 4 13 0 CTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAA 6 107 1 AACAAGGATAATAATTTTAAAAGAATGGAGA 0 13 0 ATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCT 5 113 0 ATTATACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGC 5 129 1 CTAAAATGTTATAATTTTAAA 3 0 0 AGAATCAAAAATTATTTTAAACAATTGAACC 6 20 1 ATATAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAAT 4 30 1 AACATATTTTTATTTATATAATTT 1 3 1 CCAAACATAAAATTTATTAAAAATTTATTAT 10 31 0 AATAAAATTATATAAATAAAAA 1 16 0 TAATAAACTTATTGAATTATACAATACAATA 3 98 0 AACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAGGAAT 4 69 1 TTGTAATTAAATTTATTTTAAACTATAATAA 0 43 0 ATCAATTTTTTATACCACAATGCA 7 76 0 TTAGGTGTATAATTTATTATAGGCATTTGAT 10 111 1 AACTTAATCAATAAAGTTAATTTGTAATTGA 4 56 0 GCAGCATAAAATTGTTTTTAATGGAGGAGCG 8 68 1 AATTTATACCAAAAAATTAAAATATTTGCTA 4 102 0 AAGAAGTTGAATTGAATTTAAATCAAAAAAT 10 82 0 TATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGT 5 40 0 GGTTTATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTGG 7 55 1 AATTACTCCTAAAGTCTTAATAAACTTATTG 3 115 0 ATTTAACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTA 3 28 0 ATTTATTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAA 10 20 0 ACTCCTTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCA 10 138 0 CTTGCTTTGTATTGAATTTTAAAGAGGAATA 9 19 1 ATCAAAAAATAAATAATTATTAAATCAAAAC 10 61 0 AAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGT 3 55 1 CAAAATCCACAAAATCTTATTAAGATAAAAT 6 194 1 AAATGTTTTATTAACTAGATTT 2 1 1 ATTTTGCATAAAAAAGTTTAAAA 10 2 0 CAATTGAACCAAATAATTTATCAAAAATACA 6 41 1 AGGAAATACCAAAAACTTTTAAAAATTCACA 5 70 1 ***** ***** MAP Score: 26.8174 Motif 7 ATTATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAATTTAATT 0 29 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 1 1 AAATGTTTTATTAACTAGATTTAAATGTAAA 2 0 1 AATTATAACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTA 3 15 1 AGTTTTTATATGATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTT 3 83 1 GCAAACTCCTTTGTTTAAGTATATAATAGCATTAATT 4 6 1 GTCAATTACAAATTAACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAG 4 55 1 TATAAATTACTACTAGATTTATATGTTAAGTTTTGCGAGGT 4 125 1 AATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGT 5 25 0 ACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTA 5 112 0 TTTTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTA 5 140 0 TTTAAAATAATTTTTGATTCTTCAATTAAGT 6 0 0 TTTGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTG 6 25 0 TGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTGG 6 49 0 TTTACTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCA 6 103 1 TAATAAGATTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGA 6 175 0 GAGTTATTAATGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCTTTTCT 7 13 1 CAATATTGTTTTTTGCATTGTGGTATAAAAAATTGAT 7 63 1 TTTTTAATAAATTTTATGTTTGGTTTTGATTTAATAATTAT 10 39 1 ATTTAATAATTATTTATTTTTTGATTTAAATTCAATTCAAC 10 67 1 TCAATTCAACTTCTTAGGTGTATAATTTATTATAGGCATTT 10 98 1 CCTTTCCATTTTATTTTTTCTTTTATCAAATGCCTATAATA 10 125 0 * * ** * * ** * * MAP Score: 21.705 Motif 8 TATTCTCCATTCTTTTAAAATTATTATCCTTG 0 5 1 ATTATCCTTGTTTATTATAGTTTAAAATAAATTTAAT 0 32 1 CCTTATATTGACAATCTAAGTATAATATTAAGGTAAT 0 98 1 AATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 1 5 0 ATTTTACATTTAAATCTAGTTAATAAAACATTT 2 6 0 TGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTTT 3 33 1 AAAAACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAA 3 53 0 TACAATACAATAGATCATATAAAAACTAAGTTTATTT 3 73 0 ATAAACTTATTGAATTATACAATACAATAGATCATAT 3 90 0 AATTAATGCTATTATATACTTAAACAAAGGAGTTTGC 4 10 0 AGTATATAATAGCATTAATTTAAAATAAGTCAATTAC 4 27 1 ATTAACTTTATTGATTAAGTTATAATTGAGGAATAAT 4 66 1 AGATAAATTCTACATTAAAAAAAAAATAATATCTATT 5 29 1 TCTATTACATAGGAAATACCAAAAACTTTTAAAAATT 5 60 1 AACATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATC 5 110 0 TAATGTTAAAAGTATAGTGCTAAAACCAACAAGGACA 5 140 1 ACTTAATTGAAGAATCAAAAATTATTTTAAACA 6 6 1 ATTGAACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAAAA 6 43 1 TTAATACTATATGATGCAAGTAAATATCTTGTTAAAT 6 90 0 CATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCAAACAGTA 6 114 1 TTTTTATAGATATATAGTAGTAATAGTAGTAAGCTAC 6 148 0 ACTATATATCTATAAAAAATAAAAATACAAAATCCAC 6 167 1 AATGCTATTTTGAATATTAAAATAAGCTTTTCTAGGT 7 21 1 AAAACAATATTGAATAAACCTAGAAAAGCTTATTTTA 7 38 0 TTTTTATACCACAATGCAAAAAACAATATTGAATAAA 7 57 0 TGTATTGAATTTTAAAGAGGAATAATAGT 9 26 1 TTAAAAATTTATTATTTTGCATAAAAAAGTTTAAAA 10 9 0 AACCAAACATAAAATTTATTAAAAATTTATTATTTTG 10 27 0 TTTAAATCAAAAAATAAATAATTATTAAATCAAAACC 10 60 0 TTATAGGCATTTGATAAAAGAAAAAATAAAATGGAAA 10 127 1 * ** * ***** * MAP Score: 3.54571