AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons031_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237983
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0408	173	PTS system, fructose-specific IIABC component (fruA-1)
#1	BB0452	90	B. burgdorferi predicted coding region BB0452
#2	BB0629_BB0630	81	BB0629: PTS system, fructose-specific IIABC component (fruA-2), BB0630: 1-phosphofructokinase (fruK)

Motif 1
CCCTGTTTAGTTTAAAAAATATTTTTTATA	0	83	1
AGCCACCTAATATAAAAAATATTTTTTAAA	0	93	0
TCTCCTTTGATTTATAAAATCAATTAAATA	2	15	1
TGTATATACATTTATTAAATTTTACTATTT	2	44	0
GTATATACACTATATAATATATAAAG    	2	65	1
GATATGTATTTAGATAAAATTTCCCTGTTT	0	61	1
ATTTTTATATTATTTAAAATAATCAGTTT 	0	9	0
TTTTAAATAATATAAAAATTGTTTTACCTT	0	20	1
ATAAAATCAATTAAATAAATAGTAAAATTT	2	28	1
GTATGCTATTTTTATTGTATATTATACAAT	0	126	1
TTTACATAAATTAATTGAATTATAGCACAA	1	30	1
TATTGTATATTATACAATATGTTTAATTAC	0	138	1
          **********
MAP Score: 14.0474

Motif 2
   AAACTGATTATTTTAAATAATATAAAAATT	0	7	1
ATTGCGATATGTATTTAGATAAAATTTCCCTGT	0	56	1
ATTTCCCTGTTTAGTTTAAAAAATATTTTTTAT	0	79	1
TTAAAAAATATTTTTTATATTAGGTGGCTGTGG	0	94	1
ACATATTGTATAATATACAATAAAAATAGCATA	0	127	0
TATTATACAATATGTTTAATTACTAGGAGACCA	0	145	1
CTTCCGGGCTTTACATAAATTAATTGAATTATA	1	21	1
GATAATCTCCTTTGATTTATAAAATCAATTAAA	2	10	1
ATTTATAAAATCAATTAAATAAATAGTAAAATT	2	24	1
AAATAAATAGTAAAATTTAATAAATGTATATAC	2	40	1
ATATACACTATATAATATATAAAG         	2	67	1
          * * *** *****
MAP Score: 8.66812

Motif 3
   AAACTGATTATTTTAAATAATATAAAAAT	0	7	1
ACAGGGAAATTTTATCTAAATACATATCGCAA	0	57	0
ATTTCCCTGTTTAGTTTAAAAAATATTTTTTA	0	79	1
AGTTTAAAAAATATTTTTTATATTAGGTGGCT	0	91	1
TATGCTATTTTTATTGTATATTATACAATATG	0	127	1
ATTGTATATTATACAATATGTTTAATTACTAG	0	139	1
TATAATTCAATTAATTTATGTAAAGCCCGGAA	1	22	0
ATAATCTCCTTTGATTTATAAAATCAATTAAA	2	11	1
TTATTAAATTTTACTATTTATTTAATTGATTT	2	31	0
ATAGTAAAATTTAATAAATGTATATACACTAT	2	46	1
TATATATTATATAGTGTATATACATTTATTAA	2	56	0
          *** * ******
MAP Score: 8.10282