AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_operons031_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237990
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0408	173	PTS system, fructose-specific IIABC component (fruA-1)
#1	BB0452	90	B. burgdorferi predicted coding region BB0452
#2	BB0629_BB0630	81	BB0629: PTS system, fructose-specific IIABC component (fruA-2), BB0630: 1-phosphofructokinase (fruK)

Motif 1
CCCTGTTTAGTTTAAAAAATATTTTTTATA	0	83	1
TATTGTATATTATACAATATGTTTAATTAC	0	138	1
AGCCACCTAATATAAAAAATATTTTTTAAA	0	93	0
TCTCCTTTGATTTATAAAATCAATTAAATA	2	15	1
TATTGTATAATATACAATAAAAATAGCATA	0	127	0
TTTTATATTATTTAAAATAATCAGTTT   	0	7	0
GTATATACACTATATAATATATAAAG    	2	65	1
AATAGTAAAATTTAATAAATGTATATACAC	2	45	1
TTGTTTTACCTTTTCAATATTGCGATATGT	0	38	1
CCTTCCGGGCTTTACATAAATTAATTGAAT	1	20	1
TTTTAAATAATATAAAAATTGTTTTACCTT	0	20	1
TTTATTAAATTTTACTATTTATTTAATTGA	2	34	0
GATATGTATTTAGATAAAATTTCCCTGTTT	0	61	1
          **********
MAP Score: 16.6069

Motif 2
AACTGATTATTTTAAATAATATAAAAATTG	0	11	1
CCCTGTTTAGTTTAAAAAATATTTTTTATA	0	83	1
ATACAATATGTTTAATTACTAGGAGACCAC	0	149	1
CTATAATTCAATTAATTTATGTAAAGCCCG	1	25	0
ATTTAATTGATTTTATAAATCAAAGGAGAT	2	14	0
AATTTTACTATTTATTTAATTGATTTTATA	2	27	0
AATAGTAAAATTTAATAAATGTATATACAC	2	45	1
          **********
MAP Score: 8.21171

Motif 3
  AAACTGATTATTTTAAATAATATAAAAATTGTTT	0	8	1
TTTCCCTGTTTAGTTTAAAAAATATTTTTTATATTA	0	80	1
AAACATATTGTATAATATACAATAAAAATAGCATAC	0	126	0
TTTTGTGCTATAATTCAATTAATTTATGTAAAGCCC	1	26	0
AATTGAATTATAGCACAAAAAACAAACAAGCCTTCC	1	42	1
TAATCTCCTTTGATTTATAAAATCAATTAAATAAAT	2	12	1
ATAAAATCAATTAAATAAATAGTAAAATTTAATAAA	2	28	1
TAAATGTATATACACTATATAATATATAAAG     	2	60	1
          *    **** *** **
MAP Score: 4.14988

Motif 4
  AAACTGATTATTTTAAATAATATAAAAATT	0	8	1
GATATGTATTTAGATAAAATTTCCCTGTTTAG	0	61	1
TAAAAAATATTTTTTAAACTAAACAGGGAAAT	0	79	0
GTTTAAAAAATATTTTTTATATTAGGTGGCTG	0	92	1
GTATGCTATTTTTATTGTATATTATACAATAT	0	126	1
TATTATACAATATGTTTAATTACTAGGAGACC	0	145	1
TTTACATAAATTAATTGAATTATAGCACAAAA	1	30	1
TTTAATTGATTTTATAAATCAAAGGAGATTAT	2	11	0
ATTTATAAAATCAATTAAATAAATAGTAAAAT	2	24	1
TGTATATACATTTATTAAATTTTACTATTTAT	2	42	0
TTAATAAATGTATATACACTATATAATATATA	2	56	1
         CTTTATATATTATATAGTGTATA	2	68	0
          * **** *****
MAP Score: 2.50778