AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons032_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237997 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0020 300 pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase, beta subunit (pfpB) #1 BB0464 283 B. burgdorferi predicted coding region BB0464 #2 BB0533 193 phnP protein (phnP) #3 BB0534 24 exodeoxyribonuclease III (exoA) #4 BB0813 74 B. burgdorferi predicted coding region BB0813 #5 BB0814 77 pantothenate permease (panF) Motif 1 TAATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTT 4 25 1 ACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAA 5 28 1 TTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGCATTTTAGGAGAATTC 1 80 1 AACATAAGGGTAATTTACAACTTATTCCTTTTAAGAGATAGA 1 20 0 ACTATTGTTTTAAGTTTGTTGACATGCTTTTTACAAATTTTC 0 54 1 TGCTCGTTTCTTCATTTGCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTT 0 120 1 TTAATTCTAAATAATATATAGATATTAGTTGTGAATTATTTT 0 218 1 TTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAATTTATGATAAAGGCT 0 242 1 TTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTTAT 1 202 1 CCATAAGAAAAAAATTTATAACCTTTATTTATAGCTTCTTCA 0 166 0 AATTAGATTAACACTATTTAATAATCAATTCTGTAAACTATT 2 60 0 TGCTTATAATTATTTAAGGAAAAATTATTTTT 2 0 0 TAAGAGTTGTTTGATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATA 2 112 1 ATTCTGTAAACTATTTTGGAAAAATTGCTTTTATGCTTATAA 2 33 0 TGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTATAATTGGTTAT 1 150 1 ACATTATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGT 1 175 1 AAATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 4 0 0 TAATTAGTAAAACTTGATACATTATTGATATTTTT 5 3 1 TATAAAATGTTGTGTTAAAATAGATTATGTTTACAGGCGAAA 2 150 1 * *** * ** ** * MAP Score: 20.7764 Motif 2 CAGGTCAGCAAAGTACAAATCTTTTTATTTATCCTGGCAA 0 12 1 TTATCCTGGCAAGAACTATTGTTTTAAGTTTGTTGACATG 0 40 1 TTTGCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTATGAAGAAG 0 134 1 CTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTGATGC 0 174 1 ACAACTAATATCTATATATTATTTAGAATTAACATAGCAT 0 210 0 TAGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAATTTATGA 0 236 1 ATTCTGAAATAAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATT 1 62 1 TTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGCATTTTAGGAGAATTC 1 82 1 TGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTATAATTGGTT 1 150 1 TAAATTTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTAT 1 197 1 TCAATTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTCTTGTGAAAAATA 1 250 1 TTTCCAAAATAGTTTACAGAATTGATTATTAAATAGTGTT 2 53 1 TTGTTTGATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATAAAAT 2 118 1 TATTATATAATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTG 4 18 1 TTAGTAAAACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTT 5 13 1 AAACCTACCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAAT 5 55 0 * ** * * *** ** MAP Score: 17.393 Motif 3 CAGGATAAATAAAAAGATTTGTACTTTGCTGACCTGTT 0 3 0 ACAAACTTAAAACAATAGTTCTTGCCAGGATAAATAAAAAGATTT 0 28 0 AGAAGCTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTGATGC 0 169 1 TAATTAATTAAATAAGCCTTTATCATAAATTAAATATTAAAATAA 0 253 0 ATTCTGAAATAAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGC 1 62 1 TGCATTTTAGGAGAATTCTTGTATAGAAGATTGTTCTTAAGAGCA 1 104 1 GATTGTTCTTAAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTAC 1 132 1 AACTTTATCAAATAAAATTTATTTACATAACCAATTATAATGTAA 1 173 0 AATTTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTTAT 1 199 1 TTTTCACAAGACTAAAAATTTTTTCTATTTCAATTGACAATCTAT 1 242 0 AAAAATAATTTTTCCTTAAATAATTATAAGCATAA 2 0 1 TTATAAGCATAAAAGCAATTTTTCCAAAATAGTTTACAGAATTGA 2 33 1 AAATTAGATTAACACTATTTAATAATCAATTCTGTAAACTATTTT 2 58 0 TTCTTAATCAAACAACTCTTATTAAATCTAAAATTAGATTAACAC 2 88 0 TTGTTTGATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATAAAATGTTGT 2 118 1 TCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATCAAGTTTTACTAATT 5 11 0 ** ** ** ** * * MAP Score: 17.38 Motif 4 TCTTAAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTATA 1 138 1 CTTAAAAGGAATAAGTTGTAAATTACCCTTATGTTATTCTGAAAT 1 27 1 TTATGCTTATAATTATTTAAGGAAAAATTATTTTT 2 0 0 ATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTG 4 33 1 ATTTTAGGAGAATTCTTGTATAGAAGATTGTTCTTAAGAGCAGTG 1 107 1 AAAATAGTTTACAGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATTT 2 58 1 AAAACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTT 5 18 1 ATATATAGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAATTTATGA 0 231 1 ACCTCAATCTACTCTTTTGATGCTCGTTTCTTCATTTGCAGGCAA 0 100 1 AAATAAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGCATTTTA 1 68 1 TTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTTATAGA 1 202 1 TTACATTATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTT 1 173 1 AGCTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTGATGCTAT 0 172 1 ATTTAATAAGAGTTGTTTGATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTTAAT 2 106 1 TTTTCCTCCTAATTAATTAAATAAGCCTTTATCATAAATTAAATA 0 262 0 ATAATATATATTATATAATATACATTATATTTGAATTTATAA 4 7 1 ATTTGCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTATGAAGAAGCTAT 0 133 1 * * ** * * * * ** MAP Score: 15.1754 Motif 5 ACAAAAGTACAAAAATTGCTCTTATTTCAGAATAACATAAGGG 1 52 0 TCTTAAAAGGAATAAGTTGTAAATTACCCTTATGTTATTCTGA 1 26 1 TAATTAGTAAAACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTT 5 8 1 ATTTTAACACAACATTTTATATTAAACAAAAATAAACTTTCTT 2 128 0 TTTGCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTATGAAGAAGCTA 0 134 1 TGTTTTACATTATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGAT 1 169 1 TTTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTTAT 1 201 1 TATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTT 4 37 1 TAGATTTAATAAGAGTTGTTTGATTAAGAAAGTTTATTTTTGT 2 103 1 TTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTCTTGTGAAAAATATTT 1 254 1 TTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAATAGAGGTAGGT 5 42 1 AACTAATATCTATATATTATTTAGAATTAACATAGCATCACCA 0 205 0 ACTATTTTGGAAAAATTGCTTTTATGCTTATAATTATTTAAGG 2 23 0 ACCATAAGAAAAAAATTTATAACCTTTATTTATAGCTTCTTCA 0 166 0 GTTGTGTTAAAATAGATTATGTTTACAGGCGAAAGGTAGTAAC 2 158 1 TGTTATGTTTTATAGATTGTCAATTGAAATAGAAAAAATTTTT 1 231 1 AAATAGTTTACAGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATT 2 59 1 TTATCCTGGCAAGAACTATTGTTTTAAGTTTGTTGACATGCTT 0 40 1 ATAATATATATTATATAATATACATTATATTTGAA 4 2 1 ** * ** * * * ** MAP Score: 13.8374 Motif 6 AAGTTTGTTGACATGCTTTTTACAAATTTTCACACACCTC 0 65 1 GCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTATGAAGAAGCTA 0 137 1 AAGAAGCTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTATGG 0 168 1 TCTATATATTATTTAGAATTAACATAGCATCACCATAAGA 0 200 0 AATATATAGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAAT 0 230 1 ATAAGTTGTAAATTACCCTTATGTTATTCTGAAATAAGAG 1 37 1 AAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTAT 1 142 1 TATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGT 1 189 1 AATGTTGTGTTGTTATGTTTTATAGATTGTCAATTGAAAT 1 221 1 ATAGATTGTCAATTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTCTTGT 1 242 1 AAAAATAATTTTTCCTTAAATAATTATAAGCATAAAA 2 7 1 TAGTTTACAGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATT 2 62 1 TGTTAATCTAATTTTAGATTTAATAAGAGTTGTTTGATTA 2 89 1 AAGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATAAAATGTTGTGTTAA 2 128 1 AATTCAAATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 4 7 0 ATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTT 4 27 1 TAATTAGTAAAACTTGATACATTATTGATATTTTT 5 5 1 TATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGA 5 32 1 * ** ** * * * * * MAP Score: 13.8218 Motif 7 AGCTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTGA 0 172 1 TTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTT 1 202 1 ATTTGCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTATGAAGA 0 133 1 GTTATGTTTTATAGATTGTCAATTGAAATAGAAAAAATT 1 232 1 AAAGGACATCAAAATTTATAAATTCAAATATAATGTATA 4 28 0 CTTAAAAGGAATAAGTTGTAAATTACCCTTATGTTATTC 1 27 1 AGTTTACAGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATT 2 63 1 ATTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTCTTGTGAAAAATATT 1 253 1 AGGATAAATAAAAAGATTTGTACTTTGCTGACCTGTT 0 8 0 ATATATAGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAAT 0 231 1 ATAATATATATTATATAATATACATTATA 4 0 1 ATTTATGATAAAGGCTTATTTAATTAATTAGGAGGAAAA 0 268 1 AACAACTCTTATTAAATCTAAAATTAGATTAACACTATT 2 84 0 AAAAATAATTTTTCCTTAAATAATTATAAGC 2 2 1 TTTTGGAAAAATTGCTTTTATGCTTATAATTATTTAAGG 2 23 0 AAATTTGTAAAAAGCATGTCAACAAACTTAAAACAATAG 0 55 0 TTACATTATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGAT 1 173 1 **** ** * * * * MAP Score: 10.6405 Motif 8 TTATCCTGGCAAGAACTATTGTTTTAAGTTTGT 0 40 1 TTTGCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTAT 0 134 1 AAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTGA 0 178 1 AGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTG 1 73 1 TGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTATA 1 150 1 TGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTT 1 185 1 GATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTT 1 209 1 CAAGACTAAAAATTTTTTCTATTTCAATTGACA 1 248 0 AGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATTT 2 70 1 GATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATAAAA 2 124 1 TGTTTAATATAAAATGTTGTGTTAAAATAGATT 2 143 1 GTTGTGTTAAAATAGATTATGTTTACAGGCGAA 2 158 1 TTTAACTTTAGTTAGAGAGGATT 3 0 1 ATAATATATATTATATAATATACATTA 4 4 1 TATTATATAATATACATTATATTTGAATTTATA 4 18 1 TGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA 4 59 1 TGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGAT 5 24 1 TTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAA 5 40 1 AACCTACCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCT 5 53 0 **** ** **** MAP Score: 10.2307 Motif 9 TACAAATCTTTTTATTTATCCTGGCAAGAACTATTGTTTTAAGT 0 25 1 GAACTATTGTTTTAAGTTTGTTGACATGCTTTTTACAAATTTTC 0 52 1 GATGCTCGTTTCTTCATTTGCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTT 0 118 1 GGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTGATGCTATGTTAATTCTAAA 0 185 1 AAATAATATATAGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAAT 0 226 1 TTATTTTAATATTTAATTTATGATAAAGGCTTATTTAATTAATT 0 253 1 TTTATAAGTCTATCTCTTAAAAGGAATAAGTTGTAAATTACCCT 1 12 1 TGTTTGAATTTTTGCATTTTAGGAGAATTCTTGTATAGAAGATT 1 92 1 TGTATAGAAGATTGTTCTTAAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTT 1 123 1 TTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTATAATTGGTTATGTAAATA 1 155 1 GTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGT 1 187 1 CTTTTATGCTTATAATTATTTAAGGAAAAATTATTTTT 2 4 0 AGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATAAAATGTTGTGTTAAAATAG 2 129 1 ATAATATATATTATATAATATACATTATATTTGAATTT 4 4 1 * * *** * * ** * MAP Score: 8.14906 Motif 10 CCAGGATAAATAAAAAGATTTGTACTTTGCTGACCTGTT 0 8 0 GTCAACAAACTTAAAACAATAGTTCTTGCCAGGATAAATAA 0 36 0 GTTTTAAGTTTGTTGACATGCTTTTTACAAATTTTCACACA 0 60 1 AATCTACTCTTTTGATGCTCGTTTCTTCATTTGCAGGCAAA 0 105 1 ATGAAGAAGCTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTAT 0 165 1 ATATTTAATTTATGATAAAGGCTTATTTAATTAATTAGGAG 0 261 1 TCTATCTCTTAAAAGGAATAAGTTGTAAATTACCCTTATGT 1 20 1 TATTCTGAAATAAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATT 1 61 1 TTTTTGCATTTTAGGAGAATTCTTGTATAGAAGATTGTTCT 1 100 1 AAGATTGTTCTTAAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTG 1 130 1 AAAAACTTTATCAAATAAAATTTATTTACATAACCAATTAT 1 180 0 TTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTTATAGATTGTCAATTGAA 1 218 1 TGTCAATTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTCTTGTGAAAAAT 1 248 1 TAAACTATTTTGGAAAAATTGCTTTTATGCTTATAATTATT 2 28 0 CCAAAATAGTTTACAGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATC 2 56 1 CTAATTTTAGATTTAATAAGAGTTGTTTGATTAAGAAAGTT 2 96 1 CATAATCTATTTTAACACAACATTTTATATTAAACAAAAAT 2 138 0 CTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTT 5 22 1 * * * ** ** ** * MAP Score: 2.2496