AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_operons032_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238021 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0020 300 pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase, beta subunit (pfpB) #1 BB0461 300 DNA polymerase III, subunits gamma and tau (dnaX) #2 BB0463 170 nucleoside-diphosphate kinase (ndk) #3 BB0464 283 B. burgdorferi predicted coding region BB0464 #4 BB0533 193 phnP protein (phnP) #5 BB0534 24 exodeoxyribonuclease III (exoA) #6 BB0813 74 B. burgdorferi predicted coding region BB0813 #7 BB0814 77 pantothenate permease (panF) Motif 1 ATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATAT 2 120 1 AAATTTTTTCTATTTCAATTGACAATCTATAAAACATAAC 3 232 0 TTAATAAGAGTTGTTTGATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTT 4 108 1 ATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTT 6 27 1 CTACCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAA 7 43 0 TCAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTATTTTTATTTAT 2 98 1 ACATTATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAA 3 175 1 AAAAATAATTTTTCCTTAAATAATTATAAGCATAAAA 4 7 1 AATTTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA 6 51 1 AAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTAT 3 142 1 CTTAAGAACAATCTTCTATACAAGAATTCTCCTAAAATGC 3 105 0 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTT 2 4 1 AAATCCTCCTAAAATTTAGGATATATATTTAAAAAT 2 144 0 TAAAATGTTGTGTTAAAATAGATTATGTTTACAGGCGAAA 4 152 1 GCAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTATGAAGAAGCTA 0 137 1 AAGTTTGTTGACATGCTTTTTACAAATTTTCACACACCTC 0 65 1 ATCTCAGAGCTATTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATA 1 202 0 TGAGATATAAATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATAT 1 236 1 ACTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATTC 1 179 1 AGTTGTGAATTATTTTAATATTTAATTTATGATAAAGGCT 0 244 1 TTCAAATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 6 5 0 ATACAATGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATAT 2 46 1 TACCTCCCTATGCTTTAATAAGTAAAATATTAGTAAATAT 1 262 0 ATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATTTTAGATTTAAT 4 73 1 TAAGATATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTTTATT 1 154 1 CTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCT 7 22 1 * ** ** * ** * * MAP Score: 27.6851 Motif 2 AGCTATTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATAAAAAA 1 197 0 AATTAAATAAATAAAAATACTTATTCAATACAAAAATT 2 106 0 AATTATAAGCATAAAAGCAATTTTTCCAAAATAGTTTA 4 31 1 AATTTTAGATTTAATAAGAGTTGTTTGATTAAGAAAGT 4 98 1 ATAATCTATTTTAACACAACATTTTATATTAAACAAAA 4 140 0 TTATTCTGAAATAAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTG 3 60 1 TGATGCTATGTTAATTCTAAATAATATATAGATATTAG 0 208 1 TTTTTATAAGTCTATCTCTTAAAAGGAATAAGT 3 5 1 TGAAGAAGCTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTT 0 166 1 TAAAACAACCTTAACAAAAGGACATCAAAATTTATAAA 6 45 0 AAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATCAAGT 7 21 0 GGATATATATTTAAAAATAATTAAATAAATAAAAATAC 2 124 0 TCTATAAAACATAACAACACAACATTAAAAACTTTATC 3 209 0 GAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATTTTAGATT 4 71 1 TAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATATAAATGTA 2 55 1 ATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTTTTT 3 183 1 ATTCAATACAAAAATTATATCTGATTAATTACATTTAT 2 84 0 ATAATATATATTATATAATATACATTAT 6 0 1 GTGAATTATTTTAATATTTAATTTATGATAAAGGCTTA 0 248 1 TTGAAAAATCAAAATATAACTTTTACAAAATTAAAAA 2 9 0 TGAAAATTTGTAAAAAGCATGTCAACAAACTTAAAACA 0 59 0 CTTGCCAGGATAAATAAAAAGATTTGTACTTTGCTGAC 0 15 0 TGAAACATAAAAAATATAATAAAATTGAAAGTTACAAA 1 173 0 TTTAATAAGTAAAATATTAGTAAATATATACTATACAA 1 251 0 CACAAGACTAAAAATTTTTTCTATTTCAATTGACAATC 3 245 0 AAAAATAATTTTTCCTTAAATAATTATAAGCA 4 4 1 CTCTGAGATATAAATATGTTGTATAGTATATATTTACT 1 233 1 AAATCCTCCTAAAATTTAGGATATATATTTAAAAATA 2 143 0 AGAATTCTCCTAAAATGCAAAAATTCAAACAAAAGTAC 3 85 0 **** * * * ** * MAP Score: 25.8345 Motif 3 CAGGCAAAGATTTTGTGTTTAGTTTTTATGAAGAAGCTA 0 138 1 TAGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAATTTATG 0 236 1 AAATGCAATGTTTTGCTTTATGTTAAGATATGGATTTGT 1 131 1 AAGATATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTTTATT 1 155 1 TTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATTCTTTTAAAGT 1 189 1 ATTTACTAATATTTTACTTATTAAAGCATAGGGAGGTAA 1 264 1 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGA 2 0 1 AAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAATGTTAAGTGCT 2 24 1 CAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTATTTTTATTTAT 2 99 1 TGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATAT 2 117 1 TAAGTTGTAAATTACCCTTATGTTATTCTGAAATAAGAG 3 38 1 AAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGCATTT 3 72 1 AGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTAT 3 143 1 TGATTTTGTGTTTTACATTATAATTGGTTATGTAAATAA 3 161 1 TATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTTTTTAATGTTG 3 189 1 AAAAATAATTTTTCCTTAAATAATTATAAGCATAAAA 4 8 1 GTTAATCTAATTTTAGATTTAATAAGAGTTGTTTGATTA 4 90 1 GATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATAAAATGTTGT 4 124 1 TATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTT 6 28 1 ATAAATTTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA 6 48 1 TTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCT 7 23 1 **** ** *** * MAP Score: 25.3999 Motif 4 AATTCAAACAAAAGTACAAAAATTGCTCTTATTT 3 68 0 GAATTCTCCTAAAATGCAAAAATTCAAACAAAAG 3 88 0 TTGTCAATTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTCTTG 3 247 1 GAAAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTA 7 27 0 CATTGTATTGAAAAATCAAAATATAACTTTTACA 2 20 0 AAAGGACATCAAAATTTATAAATTCAAATATAAT 6 33 0 ATATCTTAACATAAAGCAAAACATTGCATTTGGG 1 128 0 TCTTGCCAGGATAAATAAAAAGATTTGTACTTTG 0 20 0 TAATTAGTAAAACTTGATACATTAT 7 1 1 CATAAAAACTAAACACAAAATCTTTGCCTGCAAA 0 134 0 ATAATTAAATAAATAAAAATACTTATTCAATACA 2 112 0 GAAACATAAAAAATATAATAAAATTGAAAGTTAC 1 176 0 TCTGTAAACTATTTTGGAAAAATTGCTTTTATGC 4 39 0 CCTATGCTTTAATAAGTAAAATATTAGTAAATAT 1 262 0 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGAT 2 6 1 TTCAATTGACAATCTATAAAACATAACAACACAA 3 225 0 TAGCATCACCATAAGAAAAAAATTTATAACCTTT 0 182 0 CATAAATTAAATATTAAAATAATTCACAACTAAT 0 241 0 ATAATATATATTATATAATATACATTATATT 6 7 1 TCTATCTCTTAAAAGGAATAAGTTGTAAATTACC 3 20 1 TTTATATGGAATAATACAAATTATAAAGCACTTA 2 55 0 ATATATATTTAAAAATAATTAAATAAATAAAAAT 2 126 0 TCCTGACGGGATTCAGCAATACTTGATAGTACGG 1 30 0 TGCTATGTTAATTCTAAATAATATATAGATATTA 0 211 1 *** * **** ** MAP Score: 22.4221 Motif 5 ATAGATTGTCAATTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTCTTGTGA 3 242 1 TTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATC 7 25 0 CTTTATCATAAATTAAATATTAAAATAATTCACAACTAATAT 0 239 0 TAAAAGAATTTTATGAAACATAAAAAATATAATAAAATTGAA 1 182 0 TTCAAATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 6 3 0 ATATTAGTAAATATATACTATACAACATATTTATATCTCAGA 1 234 0 CAACATTAAAAACTTTATCAAATAAAATTTATTTACATAACC 3 186 0 AAAATTTAGGATATATATTTAAAAATAATTAAATAAATAAAA 2 128 0 ACAACATTTTATATTAAACAAAAATAAACTTTCTTAATCAAA 4 121 0 TGGTGATGCTATGTTAATTCTAAATAATATATAGATATTAGT 0 205 1 CATATAAATGTAATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAATA 2 81 1 TGCTTATAATTATTTAAGGAAAAATTATTTTT 4 0 0 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATTT 2 0 1 GTAAAACACAAAATCAAGGTAAAAACACTGCTCTTAAGAACA 3 135 0 AATATAATAAAATTGAAAGTTACAAAAAGACAAATCCATATC 1 157 0 AAACAACTCTTATTAAATCTAAAATTAGATTAACACTATTTA 4 82 0 AAGAAGCTATAAATAAAGGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTG 0 168 1 TAAGTCTATCTCTTAAAAGGAATAAGTTGTAAATTACCCTTA 3 16 1 GATTAATTACATTTATATGGAATAATACAAATTATAAAGCAC 2 58 0 TCAATTGACAATCTATAAAACATAACAACACAACATTAAAAA 3 216 0 TACCTCCCTATGCTTTAATAAGTAAAATATTAGTAAATATAT 1 260 0 ATTTTCCTCCTAATTAATTAAATAAGCCTTTATCATAAATTA 0 266 0 CTTGATTTTGTGTTTTACATTATAATTGGTTATGTAAATAAA 3 159 1 TTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAATAGAGGTAGGTTT 7 49 1 ACAAGAATTCTCCTAAAATGCAAAAATTCAAACAAAAGTACA 3 84 0 CACTATTTAATAATCAATTCTGTAAACTATTTTGGAAAAATT 4 49 0 * * ** * ** * * * MAP Score: 22.1983 Motif 6 AGGTTATAAATTTTTTTCTTATGGTGATGCTATGTTAATTCTAAAT 0 184 1 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCAA 2 1 1 AGATATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTTT 1 156 1 TTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTTATAGATTGTCA 3 207 1 AGAACTATTGTTTTAAGTTTGTTGACATGCTTTTTACAAATTTTCA 0 51 1 ACAGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATTTTAGATTTAATA 4 68 1 TTAATAAGAGTTGTTTGATTAAGAAAGTTTATTTTTGTTTAATATA 4 108 1 ATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAATA 7 30 1 TCAGATATAATTTTTGTATTGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATT 2 98 1 AATTTACAACTTATTCCTTTTAAGAGATAGACTTATAAAAA 3 5 0 CATAAAATTCTTTTAAAGTAATAGCTCTGAGATATAAATATGTTGT 1 209 1 TATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTAAATTTTAGGAGGATTT 2 135 1 TGATTTTGTGTTTTACATTATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTAT 3 161 1 CAATACAATGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATATAAAT 2 44 1 ATTAAAATAATTCACAACTAATATCTATATATTATTTAGAATTAAC 0 217 0 ACACACCTCAATCTACTCTTTTGATGCTCGTTTCTTCATTTGCAGG 0 96 1 AATTTATAAATTCAAATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 6 9 0 ATAAATTTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA 6 48 1 AGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGCATTTTAGGAGAA 3 73 1 AGATATAAATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTTTACTTA 1 238 1 GAAAAATTGCTTTTATGCTTATAATTATTTAAGGAAAAATTATTTT 4 11 0 CTTAAGAACAATCTTCTATACAAGAATTCTCCTAAAATGCAAAAAT 3 99 0 ** * ** * * * ** MAP Score: 19.8731 Motif 7 ACAACTAATATCTATATATTATTTAGAATTAACATAGCATCA 0 208 0 AGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAATTTATGATAA 0 237 1 ATTTTCCTCCTAATTAATTAAATAAGCCTTTATCATAAATTA 0 266 0 TATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTT 1 159 1 TTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATTCTTTTAAAGTAA 1 188 1 GAGATATAAATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTTT 1 237 1 TAACTTTTTACCTCCCTATGCTTTAATAAGTAAAAT 1 274 0 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATTT 2 0 1 TTCAATACAATGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCAT 2 42 1 CATATAAATGTAATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAATA 2 81 1 TGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATA 2 117 1 TTTTTATAAGTCTATCTCTTAAAAGGAATAAG 3 0 1 AAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGCATTTTAG 3 72 1 AAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTATAA 3 142 1 TATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTTTTT 3 179 1 TGTGTTGTTATGTTTTATAGATTGTCAATTGAAATAGAAAAA 3 226 1 TGCTTATAATTATTTAAGGAAAAATTATTTTT 4 0 0 TTCTGTAAACTATTTTGGAAAAATTGCTTTTATGCTTATAAT 4 32 0 AGATTAACACTATTTAATAATCAATTCTGTAAACTATTTTGG 4 56 0 TATTAAATAGTGTTAATCTAATTTTAGATTTAATAAGAGTTG 4 79 1 AGTTTATTTTTGTTTAATATAAAATGTTGTGTTAAAATAGAT 4 133 1 AAATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 6 0 0 TAATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTT 6 25 1 ACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAA 7 28 1 * **** * * ** * MAP Score: 19.1414 Motif 8 CAAGAACTATTGTTTTAAGTTTGTTGACATGCTTTTTACAAATTT 0 49 1 CTCAATCTACTCTTTTGATGCTCGTTTCTTCATTTGCAGGCAAAG 0 102 1 ATATAGATATTAGTTGTGAATTATTTTAATATTTAATTTATGATA 0 233 1 ATTTAATTTATGATAAAGGCTTATTTAATTAATTAGGAGGAAAAT 0 263 1 TTTTATTATATTTTTTATGTTTCATAAAATTCTTTTAAAGTAATA 1 187 1 TATAAATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTTTACTTATT 1 241 1 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAA 2 7 1 TTCAATACAATGTTAAGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATATA 2 42 1 AATACAAAAATTATATCTGATTAATTACATTTATATGGAATAATA 2 73 0 GATATAATTTTTGTATTGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTAT 2 101 1 TTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTAAATTTTAGGAGGAT 2 133 1 ATAAGAGCAATTTTTGTACTTTTGTTTGAATTTTTGCATTTTAGG 3 70 1 TTAAGAGCAGTGTTTTTACCTTGATTTTGTGTTTTACATTATAAT 3 140 1 TTGATAAAGTTTTTAATGTTGTGTTGTTATGTTTTATAGATTGTC 3 207 1 ACAGAATTGATTATTAAATAGTGTTAATCTAATTTTAGATTTAAT 4 68 1 ATAATATATATTATATAATATACATTATATTTGAAT 6 1 1 TTATAAATTTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA 6 46 1 TAGTAAAACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTT 7 14 1 * * ** * * * *** MAP Score: 16.9474