AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_profile001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238085 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0008 96 conserved hypothetical protein #1 BB0046 79 ribonuclease H (rnhB) #2 BB0132 37 transcription elongation factor (greA) #3 BB0133 162 B. burgdorferi predicted coding region BB0133 #4 BB0136 129 penicillin-binding protein (pbp-1) #5 BB0201 271 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase (murE) #6 BB0230 79 transcription termination factor Rho (rho) #7 BB0235 32 conserved hypothetical protein #8 BB0236 148 B. burgdorferi predicted coding region BB0236 #9 BB0254 275 single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ) #10 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #11 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #12 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #13 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #14 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #15 BB0359 64 carboxyl-terminal protease (ctp) #16 BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) #17 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #18 BB0396 173 ribosomal protein L33 (rpmG) #19 BB0398 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0398 #20 BB0461 300 DNA polymerase III, subunits gamma and tau (dnaX) #21 BB0463 170 nucleoside-diphosphate kinase (ndk) #22 BB0464 283 B. burgdorferi predicted coding region BB0464 #23 BB0472 44 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase (murA) #24 BB0476 300 translation elongation factor TU (tuf) #25 BB0477 50 ribosomal protein S10 (rpsJ) #26 BB0478 35 ribosomal protein L3 (rplC) #27 BB0481 21 ribosomal protein L2 (rplB) #28 BB0488 21 ribosomal protein L14 (rplN) #29 BB0577 115 B. burgdorferi predicted coding region BB0577 #30 BB0578 252 methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-1) #31 BB0579 88 DNA polymerase III, subunit alpha (dnaE) #32 BB0610 300 trigger factor (tig) #33 BB0690 51 neutrophil activating protein (napA) #34 BB0691 73 translation elongation factor G (fus-2) #35 BB0693 158 xylose operon regulatory protein (xylR-1) #36 BB0694 53 signal recognition particle protein (ffh) #37 BB0700 79 B. burgdorferi predicted coding region BB0700 #38 BB0701 179 B. burgdorferi predicted coding region BB0701 #39 BB0703 63 ribosomal protein L32 (rpmF) #40 BB0704 23 acyl carrier protein #41 BB0714 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0714 #42 BB0767 148 UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG) #43 BB0770 50 conserved hypothetical protein #44 BB0771 300 RNA polymerase sigma factor (rpoS) #45 BB0813 74 B. burgdorferi predicted coding region BB0813 #46 BB0814 77 pantothenate permease (panF) Motif 1 CTATATTAGTATAATATAAAATATATAAATA 0 51 0 ATAACCAATTATAATGTAAAACACAAAATCA 22 161 0 ATAAATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAAT 1 57 1 AATAAAAAAAATATTATAAAATATCATATCA 35 115 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30 17 0 CTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAA 44 209 0 TACATTGGTGTTAATGTAAAATGTGGTGATG 19 192 1 TTACTCTTCAAAAAAATAAAAACAAATATTT 38 125 0 GAAAGGGGAGAAAATATAATAACT 44 286 1 TTCCTAATGCAAAAATTAAAACTTGATTTTA 15 36 0 ATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATAAA 3 31 1 TTTTATTATAAAATAATAAAATGAGAATTTT 9 81 1 ACCAATGTAAAAATATTAAAACAACAAAACT 19 170 0 GATATTCTTTAAATTTTAATAATCTTATCT 23 24 1 TTTTTCTAAAAAATTTTAATAGCTTTAAAAT 24 144 0 TTATTATTAATTAATAAAAAACACTGACC 6 8 0 ATTGCTTAGTTTATTAAAAAAATAGAAAATT 5 174 1 CAAAATTTATAAATTCAAATATAATGTATAT 45 27 0 TTGTCAATTGAAATAGAAAAAATTTTTAGTC 22 247 1 TTTTACCATTTAAATGTAAAAATATTTTTTG 30 130 1 AACTAAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATAA 19 143 0 AAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCCCC 44 151 1 ATATAATAACATATAATAATATAGATGCAAA 4 48 1 GACTTTAAGGATATATTAATACTCTCTAAAG 25 15 1 TTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGA 41 213 1 AAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGT 46 28 0 CAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACT 0 15 1 CAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAA 42 80 1 ATAATAAATGTTAATTTAATACCTATTTAAA 19 25 0 AATAATACAAAAAAATTAATACTATCATATA 8 78 0 TAACTTTTCCAAAAAATAATACAAAAAAATT 8 92 0 TAATAGCATTAAAAATTAATATAAACTTTAC 24 50 0 TTAATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCC 9 132 1 TTTACCCTTCTTATAATAAAA 16 0 0 AGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAATT 24 232 1 ACCTTAATCAAATAAATAAAAATT 31 74 0 CTTAACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTC 38 147 0 ATTTTCTTAAAAAAAGAAATAGAGGTAGGTT 46 55 1 ATGTTACTAATAATAGTAAAAAAGAGGAAAA 8 10 0 AAAAGAATAATAAATGAAATATTGTTATTTT 3 48 1 ***** ***** MAP Score: 76.6826 Motif 2 TTTTAAAATATTTTTATTTATTATAATATGAA 1 46 0 TGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTT 21 117 1 AAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTG 24 199 1 TAATAAAATATTTTGATTTCTTTAATAAAATT 29 32 1 ACTTTTTTAATTTTTATTTATTTGATTAAGGT 31 66 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAA 33 9 1 AGATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACTTT 38 67 1 TAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAA 38 124 1 AATGAATAATTTTTTATTTCATATAGTCATAA 4 83 1 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTTA 7 6 1 AAATAACAATATTTCATTTATTATTCTTTTAA 3 46 0 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAAGT 6 9 1 TTCTTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTAAAA 5 240 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTT 37 1 1 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TATGTATTATTTTAATTTATCTTTAATAAAAATGCTTTAAG 5 11 1 GTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAA 15 11 1 CTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAAT 42 71 1 AGCTATTATATAAATATAATAAAATACAAATTTTATTAAAG 29 51 0 AAAAAAATATTATAAAATATCATATCAAAAAAACCAATACA 35 101 0 TACACTTTATATAATTATATCATTTATCAATTTTTAGTCAA 3 94 0 TTAATTAATAATAAGTAGATTTTTATAAAATCCTTTCTTAA 6 25 1 AAAAAAATAAAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGACCCGCAC 24 181 0 AAACCAATACAATATTTTATCTATTCTTAAAAGACAAACAT 35 71 0 CACTACACATATAATAGCATTAAAAATTAATATAAACTTTA 24 51 0 AATTATGGTTTTAATACCATAATAAATAAAAAGGATATTTA 33 10 0 ATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAAAATATCAA 46 34 0 AAAATCTTATATTATAATATTAAAAAGAAAATT 3 2 0 AAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATTAGGAATGAATAA 15 37 1 CTTAGCTATTTTTATTAGTTTTATGTAAAATTTTAATGT 5 242 1 TCAATTACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCCCCT 44 142 1 GGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATA 12 12 1 AAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAAAATA 24 235 0 CTTGGTTAATATATATATTATTAAGATAATTTAATGTAGT 39 9 1 AGATAAGATTATTAAAATTTAAAGAATATCTAA 23 21 0 AAAAAGTCATAATAATTTTTAAATCTCTAATTTAAATTATT 31 32 0 AAGTAAATGCTTTATTGTTTTCATGAGTAAATAAAAAT 42 120 1 AATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 14 7 0 ATTAATACTCTCTAAAGTTTAGGAGAATAAA 25 29 1 GTATATATTTACTAATATTTTACTTATTAAAGCATAGGGAG 20 258 1 AATAAATAAAAATACTTATTCAATACAAAAATTATATCTGA 21 98 0 TCAAAAACAATTTTTAACCTCAATCTAATTTGAT 37 55 0 CAATAAACAAAAAATATTTTTACATTTAAATGGTAAAAATT 30 127 0 TAACAAAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATAATAAT 9 37 1 AACACCAATGTAAAAATATTAAAACAACAAAACTAAAGCCT 19 163 0 AACACAACATTAAAAACTTTATCAAATAAAATTTATTTACA 22 191 0 TAAATTCAAATATAATGTATATTATATAATATATATTAT 45 8 0 ATTATGCTTCAATAGAAAATATATTTACAATTTTCTATTTT 5 192 0 GTTTTACATTATAATTGGTTATGTAAATAAATTTTATTTGA 22 170 1 ATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTTTTTTG 8 61 1 TTTAGACGATTGCTTTTTAAATAGGTATTAA 19 0 1 ATAATAACATATAATAATATAGATGCAAAAAAAAATGAATA 4 50 1 * ** * ** * *** MAP Score: 53.9621 Motif 6 AAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATAT 12 41 1 ATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACTTTCAGGCT 38 69 1 AATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATATTT 38 126 1 TACTTTGTAATAAATTTTTTCACATTTTATTTTAAT 42 89 0 TATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGA 8 80 1 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTT 24 3 1 AATAAAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGACCCGCAC 24 181 0 TGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAATATAGG 0 47 1 GTTATGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTTTTTAA 22 187 1 TAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACACGTAGTG 24 148 1 TAATAAAATTTGTATTTTATTATATTTATATAATAG 29 54 1 AATGATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTTAT 19 111 1 TTTGTAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTT 20 173 1 CCTCTACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTTTATA 6 48 0 TTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAATCCAAATTA 9 133 0 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAA 37 3 1 ATATAATAGCTTTAATTTTTGGCAATTTTTATCAGG 29 81 1 TTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATCAATTT 42 17 1 AAGAAATCAAAATATTTTATTATATACTAATTATAA 29 18 0 ATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTATTAATTT 8 61 1 TTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAAATTATT 9 72 0 ATTATAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATAA 3 25 1 TTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATAAAAAATAT 20 194 0 TTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCCTA 21 128 1 TAACAAAACAAATATTTTATGGAAATTCATTTAATA 9 37 1 AATCTCTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTA 24 251 0 AGATGAAAGCTTAAATTTATTTCAAAGTAATTAATT 30 95 1 TATATTTGACAAGATTATTTTTGAGAATAAGGG 36 30 1 ATAATATATATTATATAATATACATTATATTT 45 6 1 TTTCAAAGTAATTAATTTTTACCATTTAAATGTAAA 30 114 1 TCACAAGACTAAAAATTTTTTCTATTTCAATTGACA 22 248 0 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATTAT 35 4 1 TGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTT 46 24 1 TTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTGTTAATG 19 172 1 CTACCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAAT 46 47 0 TTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 12 6 0 ATAATAAATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAATT 1 54 1 TTTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTTTTTTAT 35 109 1 AATCTACAATTTCATATTATAATAAATAAAAATATT 1 36 1 AAGCGTATTGACTATATTTTGTAAAATGTGTAGAAT 24 110 1 TATTAAAACCATAATTATATCTCATT 33 35 1 CCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGTTTAAAA 44 179 1 TTGCATCTATATTATTATATGTTATTATATTCTGAA 4 42 0 ATTCAATACAAAAATTATATCTGATTAATTACATTT 21 86 0 CAATAAACAAAAAATATTTTTACATTTAAATGGTAA 30 132 0 TTTCCATAATATAATATTTTAAAACT 15 0 0 GATCAAGTCAAAAATATTTTTATACTTAAGGACATA 5 53 0 AACATAATGGTGTAATATATTTAACATTATCATTAA 8 36 1 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1 GCGGTAAGCGATTTTTTTGATGAGTACGTAAGT 20 77 1 TGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCTA 24 204 1 TAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGGTCA 37 14 1 AAATAAAAACAAATATTTAAGAACAAAATCACT 38 110 0 AAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT 12 26 0 AATTTAGGATATATATTTAAAAATAATTAAATA 21 135 0 TAATAAATAAAAATATTTTAAAAAAAGGTCAAT 1 55 1 AAAGAAATCAAAATATTTTATTATATACTAATT 29 22 0 CTATCATATAAAATTATTAATGATAATGTTAAA 8 55 0 TTTAATTTTTATTTATTTGATTAAGGT 31 71 1 GGACCTCTTAAATTATTTTATGACTATATGAAA 4 99 0 AAGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATA 21 122 1 CCTCAATTAAATTTTATTGATAATTATTAAAAA 32 269 0 TAAAATACAAATTTTATTAAAGAAATCAAAATA 29 40 0 AAAATATTTAAAATAATTAAAAA 37 0 0 ACAAAAAAGTAAATAATTCAAAAAATACTCCCC 44 148 1 ATTTAATTTAATTTAATTTAAAACTAATTTTAA 30 17 0 GGCCTTGCCGATTTAATTTACAATCAATTACAA 44 119 1 AACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTTAA 44 209 0 TTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAACT 0 13 1 ATTTAATTTAAAATTAGTTTTAA 30 0 1 AAATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTAAATGCT 42 98 1 AACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 12 7 0 CAATTTTATTAAAAGGTTTAACCT 34 1 1 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AAAAATCTACTTATTATTAATTAATAAAAAACA 6 16 0 ATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGGAGG 35 129 1 TAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATAAA 3 29 1 TGTAAATAAATTTTATTTGATAAAGTTTTTAAT 22 191 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAA 33 9 1 ACTTAAAGCATTTTTATTAAAGATAAATTAAAA 5 20 0 TATTATATAAATATAATAAAATACAAATTTTAT 29 56 0 CTTTTCCAAAAAATAATACAAAAAAATTAATAC 8 87 0 ******** * * MAP Score: 47.8594