AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_profile002_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238134 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0006 24 conserved hypothetical integral membrane protein #1 BB0007 96 B. burgdorferi predicted coding region BB0007 #2 BB0151 76 N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (nagA) #3 BB0152 26 glucosamine-6-phosphate isomerase (nagB) #4 BB0557 138 phosphocarrier protein HPr (ptsH-2) #5 BB0608 116 aminoacyl-histidine dipeptidase (pepD) #6 BB0644 154 conserved hypothetical protein #7 BB0770 50 conserved hypothetical protein #8 BB0771 300 RNA polymerase sigma factor (rpoS) #9 BB0841 178 arginine deiminase (arcA) #10 BB0842 64 ornithine carbamoyltransferase, catabolic (arcB) #11 BB0843 27 conserved hypothetical integral membrane protein #12 BBB04_BBB05 276 BBB04: PTS system, cellobiose-specific IIC component (celB), BBB05: PTS system, cellobiose-specific IIA component (celC) Motif 1 TTAAAGATTAATTTAGTATATTATATTATTA 5 38 1 AATTAATATTATTTAATATATCTTACAAATA 12 44 1 AACTTACAATATTTATTATAATATAATTTAT 12 220 0 TTTTCCTTTTATTTATTTTATTTTACTATAA 2 49 0 ATATACTTGGATTTAATTTATAATTAATAAT 5 62 0 AACTATAGTATTTTAATATATGACAATTTTC 9 141 1 TTCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAA 1 72 0 ATTATATCCTATTTAGTTTAAAACCATTTTT 8 192 1 AACTGTGCCAATTTAATTTAAAAATGGTTTT 8 211 0 TAATAAAATTATTTATTTTAAATATATCTTA 12 83 0 ATATTTATGGATTTAATTTAATCAAAGGAAA 5 89 1 AGTTGATGTTTTTTAATATAAACTATAGTAT 9 121 1 AAATAAATAATTTTATTATAAATATATCTTA 12 96 1 TTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTTC 6 46 1 AGCTTATATTTTTTATTTTAAA 2 1 0 GGCCTTGCCGATTTAATTTACAATCAATTAC 8 119 1 CTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAATAT 6 131 0 TTTTTGAATTATTTACTTTTTTGTAATTGAT 8 141 0 AAATTTAATTTCACATAAAAAAT 11 14 0 GGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAA 4 64 1 AATATTAAAAATATAATATAAATATAAAAAA 9 81 0 ATTGTAAGTTATTAATTATAACTTTTAATTA 12 241 1 ATTGTAAGTCATTAATTATAACTTTTAATTA 12 175 1 GTGCTTATTTATATATTTTATATTATACTAA 1 39 0 TATTTTTTCAATTTTTTATATTTATATTATA 9 70 1 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