AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile002_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238164
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0006	24	conserved hypothetical integral membrane protein
#1	BB0007	96	B. burgdorferi predicted coding region BB0007
#2	BB0151	76	N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (nagA)
#3	BB0152	26	glucosamine-6-phosphate isomerase (nagB)
#4	BB0554	261	B. burgdorferi predicted coding region BB0554
#5	BB0557	138	phosphocarrier protein HPr (ptsH-2)
#6	BB0605	70	serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase (dacA)
#7	BB0608	116	aminoacyl-histidine dipeptidase (pepD)
#8	BB0644	154	conserved hypothetical protein
#9	BB0770	50	conserved hypothetical protein
#10	BB0771	300	RNA polymerase sigma factor (rpoS)
#11	BB0841	178	arginine deiminase (arcA)
#12	BB0842	64	ornithine carbamoyltransferase, catabolic (arcB)
#13	BB0843	27	conserved hypothetical integral membrane protein
#14	BBB04_BBB05	276	BBB04: PTS system, cellobiose-specific IIC component (celB), BBB05: PTS system, cellobiose-specific IIA component (celC)

Motif 1
TAAATTATATTATAATAAATATTGTAAGTT	14	221	1
GCAACAATCTTAAAATAAATTAATAAAAAA	4	148	0
TATAGTAAAATAAAATAAATAAAAGGAAAA	2	50	1
AAGATATATTTAAAATAAATAATTTTATTA	14	84	1
AAGATATATTTATAATAAAATTATTTATTT	14	96	0
        TTTAAAATAAAAAATATAAGCT	2	2	1
ATTTGTAAGATATATTAAATAATATTAATT	14	44	0
TTATTAATTATAAATTAAATCCAAGTATAT	7	63	1
TTCCTTTGATTAAATTAAATCCATAAATAT	7	89	0
TAATTGATTGTAAATTAAATCGGCAAGGCC	10	119	0
TTGTAATTATTAAATTAAATTGTTTTTGAA	1	73	1
AAACCATTTTTAAATTAAATTGGCACAGTT	10	212	1
TACTATAGTTTATATTAAAAAACATCAACT	11	121	0
AAAATTGTCATATATTAAAATACTATAGTT	11	141	0
TATAATACATAAAAATAAATTATATATTCC	5	64	0
AATAATATAATATACTAAATTAATCTTTAA	7	38	0
AATTAAAAGTTATAATTAATAACTTACAAT	14	241	0
AATTAAAAGTTATAATTAATGACTTACAAT	14	175	0
AATAACATGGTATAATTAATAGCAATGATA	14	139	0
AAAATGGTTTTAAACTAAATAGGATATAAT	10	192	0
AAAAGGATTAAAAAATAAAACCTCAAAAAC	4	199	0
AAAAAATTGAAAAAATAAAAGTTCTAAAAA	11	57	0
TAGTATAATATAAAATATATAAATAAGCAC	1	40	1
     ACAAAAAAATTAAATTAGTAAAAAC	4	246	0
AAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAA	8	46	0
TATTTTTTAAGAAAATAAATTTTACAGGAG	8	132	1
ATATTAAAAATATAATATAAATATAAAAAA	11	81	0
AAATATATCTTATAATATAATATTTGTAAG	14	65	0
     GTTGTAATATTAAAATTATATATTA	6	55	0
TATTTTTAATAATATTAAAAATATAATATA	11	92	0
ATAATATAAATATAAAAAATTGAAAAAATA	11	70	0
TATTGAGAGATAAATTATATTATAATAAAT	14	211	1
TAATAGCAATGATAATAAAATCCTTATAAG	14	123	0
TAAATAAAAGGAAAATAAAAA         	2	65	1
TTTTTTATGTGAAATTAAATTT        	13	15	1
ATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTT	8	80	0
TAACATTGCATAAATAAAAAGGATTAAAAA	4	215	0
TTTATAAAGCAATAATTAATATTATTTAAT	14	31	1
ACAATCAATAAATAATATATAATTTTAATA	6	43	1
AGAAAACATCTATAATTTATAATGTTAGCA	4	29	1
ATTTATAATTAATAATATAATATACTAAAT	7	48	0
TTTTTAAATAAAAAATATAATCTGTATTTA	8	94	1
TATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAAT	8	119	0
AAAATAAATTAATAAAAAATTCACTTAAAA	4	137	0
CCCTAAACTCAAAATTATATCCTATTTAGT	10	179	1
ATAAAAGGAGTATATTTTATAC        	14	2	0
ATTATTGCTTTATAAATAAAAGGAGTATAT	14	17	0
AGAAAGGGGAGAAAATATAATAACT     	10	285	1
ATCAAAAACATAAACAAAAAATTATGCTAA	11	20	0
TTAAGTAGTAAAAACTTAATCACAATATTC	10	254	1
          **********
MAP Score: 75.1557