AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile003_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238173
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0224	68	B. burgdorferi predicted coding region BB0224
#1	BB0277	45	flagellar motor switch protein (fliN)
#2	BB0278	37	flagellar motor switch protein (fliM)
#3	BB0279	48	flagellar protein (fliL)
#4	BB0282	22	flagellar protein (flbD)
#5	BB0293	23	flagellar basal-body rod protein (flgC)
#6	BB0294	33	flagellar basal-body rod protein (flgB)
#7	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#8	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#9	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#10	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#11	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#12	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#13	BB0775	178	flagellar hook-basal body complex protein (flhO)

Motif 1
AACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT  	10	8	0
CTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTAT	13	93	0
AAACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAA	13	129	1
AAACAGATTTAAAGGTATAAAAT         	11	30	1
TTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACA	10	36	0
ATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTA	12	17	1
   TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGG	2	7	1
       TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAG	6	3	1
TTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA         	2	24	1
ATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA    	1	6	0
         CAAATTAATCAAATTGTTATAAA	11	1	1
TTCCTCCTAAAAAAGAATAAATAATTGTTAAA	0	39	0
TTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTG	10	55	1
TAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGAATT	3	21	1
TCGTTTATTCTAACATATTATATA        	0	2	0
AGGTGGGGAGAAAGTAGTTATA          	9	18	1
  ATACTAAAAAAACAATCTTAGA        	4	2	0
AATTATAAAATAAGTTGTATAATGATGTTTGT	13	81	0
TATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATA	10	21	1
TTACATTCCTTAAGATATTAAT          	5	0	0
TTATTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTT	1	18	1
CTTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAA	13	27	0
TTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGA	11	18	0
 TCCTCCTTAAAACCAAATTATAGCTCTTTTT	13	9	1
          ***  *******
MAP Score: 29.2398

Motif 2
  TATATAATATGTTAGAATAAACGAGCTGATTTA	0	8	1
AGAATAAATAATTGTTAAATCAGCTCGTTTATTCT	0	23	0
TTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACTA 	1	9	0
ATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT    	1	24	1
         TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAA	2	1	1
AAAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA      	2	18	1
TTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC        	3	2	0
  TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGGTTTCAAT	6	8	1
      TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATTGAGT	7	4	1
       AAGATTTTAGAATGAGGTTTGA      	8	3	1
ACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT      	10	4	0
AATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTAT	10	22	0
TAATATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATA	10	44	0
ATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTAT	11	13	1
TTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGG	12	18	1
TTACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAATTTG	13	23	0
TTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTACATG	13	51	0
AATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAATGAT	13	87	0
          ** *** **  ** *
MAP Score: 27.7294

Motif 3
GAATAAATAATTGTTAAATCAGCTCGTTTAT	0	26	0
GATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAG	0	37	1
       TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTT	1	3	1
ATTCAACCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATA	1	23	0
TTTAAAATTCTTTTAAATTTA          	2	0	0
TTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTT	2	14	1
   GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAA	3	7	1
ATTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTA	3	21	0
   TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT      	4	7	1
         ATTAATATCTTAAGGAATGTAA	5	1	1
TCAAACCTCATTCTAAAATCTT         	8	1	0
 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTT	10	9	1
AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATAT	10	25	1
GTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAA	10	37	1
TTATAACAATTTGATTAATTTG         	11	1	0
TACTTTTTCATTATAATTCTTATT       	12	3	0
TTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATA	12	19	0
TATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAG	13	28	1
TTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTAC	13	54	0
ATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAA	13	93	1
TTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAA	13	111	0
TTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTT	13	130	0
          ** ********
MAP Score: 21.5865

Motif 4
TCAGCTCGTTTATTCTAACATATTATATA        	0	2	0
GATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAATTG	0	37	1
       TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTA	1	3	1
       TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGA	2	3	1
AGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA          	2	20	1
      GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTA	3	4	1
    ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA          	5	6	1
ACCTCCCTCATTTAAAATTGCTTTTAA          	6	0	0
    TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATTGAGTTAGG	7	6	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAA	10	6	1
AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTG	10	25	1
AATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT	11	16	1
TCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATT	12	22	0
TAAAACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCAT	13	17	1
ATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCC	13	58	0
ACAAACATCATTATACAACTTATTTTATAATTTTAAT	13	81	1
GTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAAT	13	102	0
CCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTC	13	136	0
          ** *  *    ******
MAP Score: 20.0331