AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile003_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238183
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0224	68	B. burgdorferi predicted coding region BB0224
#1	BB0277	45	flagellar motor switch protein (fliN)
#2	BB0278	37	flagellar motor switch protein (fliM)
#3	BB0279	48	flagellar protein (fliL)
#4	BB0282	22	flagellar protein (flbD)
#5	BB0293	23	flagellar basal-body rod protein (flgC)
#6	BB0294	33	flagellar basal-body rod protein (flgB)
#7	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#8	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#9	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#10	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#11	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#12	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#13	BB0775	178	flagellar hook-basal body complex protein (flhO)

Motif 1
GATTTAACAATTATTTATTCTTTTTTAGGAGGAATTGTTA	0	37	1
TTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA         	2	1	0
      GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATG	3	4	1
         TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT         	4	1	1
          TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGGTTTC	6	0	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATA	10	6	1
TGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATA	10	36	1
 ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAA	11	14	0
TTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTAT	12	11	0
AAAAAAAGAGCTATAATTTGGTTTTAAGGAGGA       	13	3	0
ATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCTTA	13	55	0
ATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAA	13	90	1
TTTTATATTTTTTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAA	13	113	0
CCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAG	13	133	0
          ** *   *   **** *  *
MAP Score: 23.1093

Motif 2
ATAAACGAGCTGATTTAACAATTATTTATTCTTT	0	26	1
      TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAAT	1	4	1
AACCTCTTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAA	1	16	0
AAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA          	2	0	0
    TTAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTT	2	17	0
      GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAA	3	4	1
  TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT          	4	8	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTT	10	6	1
   AAAAGGGTGATTTATCAGCTATCTAATATAT	10	71	0
CACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT	12	10	0
AATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAAG	13	25	1
GTAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA	13	54	1
TTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG	13	91	1
TCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAA	13	104	0
TGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGG	13	132	0
          *  ***** * ***
MAP Score: 21.6997

Motif 3
      CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATT	11	4	1
ACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAAC	13	98	1
TTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT        	12	2	0
       TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAAT	1	3	1
TATTCTTTTTTAGGAGGAATTGTTAT         	0	52	1
AATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA          	2	22	1
         TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGG	6	1	1
     TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGA	2	5	1
TGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTC	13	136	0
ATTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAA	3	17	0
TTATTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAA	1	18	1
AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTT	10	25	1
TCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTCA	12	24	0
 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAA	10	9	1
AACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATG	13	20	1
TTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGATAAAT	10	58	1
CCTAAAAAAGAATAAATAATTGTTAAATCAGCTCG	0	31	0
ATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCT	13	57	0
       TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT      	4	3	1
          * * *  **** ***
MAP Score: 16.3724

Motif 4
          TATATAATATGTTAGAATAAACG	0	0	1
ATAAACGAGCTGATTTAACAATTATTTATTCTT	0	26	1
      TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAA	1	4	1
       TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAA	2	3	1
AGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA      	2	20	1
TTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGA	3	17	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGT	10	6	1
ATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTT	10	26	1
ATCAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAA	10	56	0
TGTTTATAACAATTTGATTAATTTG        	11	2	0
AATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATA	11	16	1
TAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATT	12	16	0
TAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGAT       	12	34	1
GTAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAAC	13	54	1
TTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAA	13	91	1
TTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTT	13	130	0
          *******   ***
MAP Score: 7.63255

Motif 5
AGAATAAACGAGCTGATTTAACAATTATTTATTCTTT	0	23	1
          TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAA	1	0	1
TTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA          	2	0	0
       TTAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTCTTTT	2	17	0
        GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAAT	3	2	1
      TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT         	4	4	1
      AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTA	10	4	1
ATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTT	10	22	1
CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTA	11	10	1
CCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATT	12	16	0
          TCCTCCTTAAAACCAAATTATAGCTCT	13	0	1
ACCAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGTAA	13	21	1
CATGTAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA	13	51	1
TTAGCCACAAACATCATTATACAACTTATTTTATAAT	13	75	1
GTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTG	13	96	0
          *  *  ******   **
MAP Score: 6.8085

Motif 6
         TATATAATATGTTAGAATAAACGAGCT	0	1	1
     TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAA	2	5	1
TTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGA	3	15	0
         ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA    	5	1	1
          TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGG	6	0	1
TTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATAT	10	18	1
AATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAA	11	16	1
        AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAAT	12	2	1
TGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGAT	12	24	1
TCTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTATAAT	13	90	0
AGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACACAACA	13	135	1
          *** **  * **  **
MAP Score: 1.88878