AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238193
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0147	50	flagellar filament 41 kDa core protein (flaB)
#1	BB0180	83	flagellar protein, putative {Borrelia burgdorferi
#2	BB0293	23	flagellar basal-body rod protein (flgC)
#3	BB0294	33	flagellar basal-body rod protein (flgB)
#4	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#5	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#6	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#7	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#8	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#9	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#10	BB0526	103	B. burgdorferi predicted coding region BB0526
#11	BB0647	99	ferric uptake regulation protein (fur)
#12	BB0648	194	serine/threonine kinase, putative

Motif 1
CTTTAATGTATTATAACACAATAAAAAAGACAAAATT	1	11	1
ATGAAATTAATTATAAGCTATTATAAACATATTTACA	1	52	0
         TTTACATTCCTTAAGATATTAAT     	2	5	0
          TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGGT	3	0	1
TTTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT   	7	7	0
TTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTA	7	28	1
AATCAATATATTAGATAGCTGATAAATCACCCTTTT 	7	66	1
TTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTA	8	15	0
        AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATA	9	2	1
TGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGAT 	9	24	1
GGTTAGCTAGTTAAATAGGAGTAAAATAT        	10	2	0
ATTGATTGCATAAAAACAAAAAAAATAATAGAATTAT	10	40	0
   ATGATGATTCTAATCATAAAAAATCAAAATATCA	10	79	0
         ATAATAAGTAGTAAAATATTAATAACTG	11	1	1
AGTAAAATATTAATAACTGGGTATAAAATTATCCTAA	11	19	1
AAAATTATCCTAAGAAGAACATAAAAAGTATTTAATC	11	43	1
CCTTTTTTGTTTAAATTAAAGATTAAATACTTTTTAT	11	63	0
TTTTACCCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATAT	12	15	1
TAAAAATAATTTACATATAACAATATAAGATTAACAT	12	34	1
AGCGTATTACTTCTATGCATCAAAAAATACAAAATAT	12	94	1
ATACAAAATATACAAAACCAGTAAAAATTTTTATTAT	12	120	1
TAGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATTTTTACT	12	139	0
AATCTTTAAATTATAAAGACAAAGAATTT        	12	175	1
          *** **     ** ***
MAP Score: 35.7709

Motif 2
TTAATGTATTATAACACAATAAAAAAGACAAAATT	1	13	1
ATTGATTTGTAAATATGTTTATAATAGCTTATAAT	1	45	1
TTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT   	7	7	0
TTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATA	7	20	1
GATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAA	7	35	0
TATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGA	7	53	1
  CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAA	8	8	1
ATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT          	8	28	1
          AATAAGAATTATAATGAAAAAGTAT	9	0	1
TTAGCTAGTTAAATAGGAGTAAAATAT        	10	2	0
ATAAAAACAAAAAAAATAATAGAATTATAGGTTAG	10	33	0
GATTCTAATCATAAAAAATCAAAATATCAATATTG	10	73	0
        ATAATAAGTAGTAAAATATTAATAACT	11	2	1
TAAAATATTAATAACTGGGTATAAAATTATCCTAA	11	21	1
AAGAAGAACATAAAAAGTATTTAATCTTTAATTTA	11	54	1
TTAATTTAAACAAAAAAGGTATAATCAT       	11	81	1
TTTTATTTATAGAAAGGGGTAAAATTTTT      	12	4	0
ACCCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATATAA	12	19	1
TAATTTACATATAACAATATAAGATTAACATAAAC	12	40	1
TTCTATGCATCAAAAAATACAAAATATACAAAACC	12	104	1
ACAAAATATACAAAACCAGTAAAAATTTTTATTAT	12	122	1
TTAGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATTTTT	12	142	0
TCTTTAAATTATAAAGACAAAGAATTT        	12	177	1
          * ***    ******
MAP Score: 23.5051