AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238207
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0147	50	flagellar filament 41 kDa core protein (flaB)
#1	BB0180	83	flagellar protein, putative {Borrelia burgdorferi
#2	BB0293	23	flagellar basal-body rod protein (flgC)
#3	BB0294	33	flagellar basal-body rod protein (flgB)
#4	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#5	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#6	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#7	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#8	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#9	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#10	BB0526	103	B. burgdorferi predicted coding region BB0526
#11	BB0647	99	ferric uptake regulation protein (fur)
#12	BB0648	194	serine/threonine kinase, putative

Motif 1
TATAAGCTATTATAAACATATTTACAAATCAATT	1	44	0
ATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAA	8	17	1
ATCTTTAAATTATAAAGACAAAGAATTT      	12	176	1
TAATAAGTAGTAAAATATTAATAACTGGGTATAA	11	11	1
TACCCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATAT	12	18	1
ATTGATTGCATAAAAACAAAAAAAATAATAGAAT	10	43	0
TTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 	7	9	0
ATTTTTATTATATAATGTAAATATTGACTAATCT	12	146	1
TCCTCCATGATAAAATTTAAATTTCTGACTTTGG	0	19	0
 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGT	9	9	1
CTAGCTAACCTATAATTCTATTATTTTTTTTGTT	10	29	1
ATTCTAATCATAAAAAATCAAAATATCAATATTG	10	73	0
TATAATAGCTTATAATTAATTTCATAAAA     	1	64	1
TATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGC	7	29	1
TTTATTGTGTTATAATACATTAAAGT        	1	2	0
AAGAAGAACATAAAAAGTATTTAATCTTTAATTT	11	54	1
CTCCCTCATTTAAAATTGCTTTTAA         	3	1	0
TATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTG	7	53	1
CTATGCATCAAAAAATACAAAATATACAAAACCA	12	106	1
CATTATATAATAAAAATTTTTACTGGTTTTGTAT	12	129	0
GAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGA	9	25	1
ATAACACAATAAAAAAGACAAAATTGATTTGTAA	1	23	1
TAATTTAAACAAAAAAGGTATAATCAT       	11	82	1
          ******   *** *
MAP Score: 26.5607

Motif 2
TTATTTATAGAAAGGGGTAAAATTTTT      	12	4	0
AAACAGATTTAAAGGTATAAAAT          	8	30	1
AATTTAAACAAAAAAGGTATAATCAT       	11	83	1
AAAATATACAAAACCAGTAAAAATTTTTATTAT	12	124	1
      ATAATAAGTAGTAAAATATTAATAACT	11	4	1
AACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT   	7	7	0
CTATGCATCAAAAAATACAAAATATACAAAACC	12	106	1
TAACACAATAAAAAAGACAAAATTGATTTGTAA	1	24	1
TTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAA	7	35	0
AAAAACAAAAAAAATAATAGAATTATAGGTTAG	10	33	0
TTCTAATCATAAAAAATCAAAATATCAATATTG	10	73	0
GAAGAACATAAAAAGTATTTAATCTTTAATTTA	11	56	1
AGCTAGTTAAATAGGAGTAAAATAT        	10	2	0
CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAA	8	10	1
        AATAAGAATTATAATGAAAAAGTAT	9	2	1
ATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATA	7	22	1
TTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGA	7	55	1
CCCTTTCTATAAATAAAAATAATTTACATATAA	12	21	1
AAATATTAATAACTGGGTATAAAATTATCCTAA	11	23	1
TGATTTGTAAATATGTTTATAATAGCTTATAAT	1	47	1
AGTCAATATTTACATTATATAATAAAAATTTTT	12	142	0
TCCTCCATGATAAAATTTAAATTTCTGACTTTG	0	20	0
AAATATTGACTAATCTTTAAATTATAAAGACAA	12	164	1
GAATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATT	9	15	1
TTTAAATTATAAAGACAAAGAATTT        	12	179	1
          ***   *******
MAP Score: 24.8311

Motif 3
CCAAAGTCAGAAATTTAAATTTTATCATGGAGGAA	0	19	1
TTATAAGCTATTATAAACATATTTACAAATCAATT	1	44	0
TTATAATAGCTTATAATTAATTTCATAAAA     	1	63	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTA	7	6	1
AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTT	7	25	1
ATCAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAAT	7	54	0
     CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTT	8	5	1
TAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCT	9	14	0
GCTAACCTATAATTCTATTATTTTTTTTGTTTTTA	10	32	1
ATCAATATTGATATTTTGATTTTTTATGATTAGAA	10	71	1
TATGTTCTTCTTAGGATAATTTTATACCCAGTTAT	11	31	0
AAAGATTAAATACTTTTTATGTTCTTCTTAGGATA	11	48	0
AAAAAGTATTTAATCTTTAATTTAAACAAAAAAGG	11	65	1
TATATTGTTATATGTAAATTATTTTTATTTATAGA	12	26	0
TGTATTAAGTTTATGTTAATCTTATATTGTTATAT	12	48	0
GTTTTGTATATTTTGTATTTTTTGATGCATAGAAG	12	103	0
TTACATTATATAATAAAAATTTTTACTGGTTTTGT	12	131	0
TTTTATTATATAATGTAAATATTGACTAATCTTTA	12	148	1
AAATATTGACTAATCTTTAAATTATAAAGACAAAG	12	164	1
          ** * ** ** ** *
MAP Score: 9.05437