AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_profile005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238218 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0100 156 glutamate racemase (murI) #1 BB0107 28 N-utilization substance protein B (nusB) #2 BB0108 79 basic membrane protein #3 BB0109 136 acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA) #4 BB0246 196 B. burgdorferi predicted coding region BB0246 #5 BB0301 35 cell division protein (divIB) #6 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #7 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #8 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #9 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #10 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #11 BB0701 179 B. burgdorferi predicted coding region BB0701 #12 BB0732 263 penicillin-binding protein (pbp-3) Motif 1 CATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGAT 0 79 1 TTCAATAAGTTTATTAAGACTTTAGGAGTAATT 3 113 1 TGTAAAATTATTGTTATAATTTTACACTATGTA 12 176 0 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTT 8 7 1 ACAAGCTAAAATGTTATAATTTTAAA 3 3 0 ATAATAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAA 0 66 0 AGTGATTTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTT 11 110 1 TAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAA 11 124 1 TTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAGG 4 80 1 TTTTTAGGGGTGATTATTATTTTGTA 0 140 1 AATAATAAAGTATTTATGAGTTTAATTGTATAA 4 16 1 CTTCAAATTGTTTTAAACAGTTTTACACAAATA 12 12 1 AGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTA 8 31 0 ATTTTATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAA 0 44 1 TCAAACAAGAAAATTAAAAATTTATTTTAACAC 4 146 0 AACTTTGTTAATATTTATACTTTACTTTTTAGG 0 115 1 ATAGCTTAATTGTTTTAAACTTTTTTATTTGTG 12 37 0 GATGATGGTATGTTTTTGATTTTAAGGGTAGAT 12 96 0 CAATATTAATAAGTTAAGTATTTAGG 0 3 0 TGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGG 11 146 1 AAAAAGCTGAAGATTTAAAGTTTTGATTTTTTG 11 57 1 TTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAAT 10 17 0 GGTTTAATTGTGCTTTTGTCTTTAAAAAGCTGA 11 34 1 ACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 11 1 CAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAAT 8 54 0 TTAAGGGTAGATTTATTGATTTTTGGCTAAGCG 12 75 0 TTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTAATATTT 0 98 1 ATTTTATACCTTTAAATCTGTTT 9 30 0 TATTTAATAAAAATAAACTATTTAACCTGAATT 3 45 0 CCATTCTTATTAAATTTCAATGAGGG 11 3 1 TGGTTTTAAGTATTATTCTCTTTAATTTTGTGT 4 55 1 TTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAAT 3 26 1 TAAATCTAGTTAATAAAACATTT 2 0 0 AATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATA 9 16 1 TAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTT 2 22 0 ** **** * *** MAP Score: 41.1196 Motif 2 ATAAAATTGATTTAACAATATTAATAAGTTA 0 20 0 AGTTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTAACA 0 34 0 TAAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAA 0 58 1 AAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTT 0 71 1 TATCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAA 0 82 0 AAGTATAAATATTAACAAAGTTAATATCAAG 0 106 0 TACAAAATAATAATCACCCCTAAAAA 0 140 0 ATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 1 6 0 TACCCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTA 2 31 0 ACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAAATG 3 23 0 TTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAACCTG 3 49 0 TTTATTTTTATTAAATAAACTTAGTTTTTAT 3 61 1 CTATATAATAATAAAGTATTTATG 4 3 1 GAATAATACTTAAAACCAATATAATTATACA 4 42 0 TCTAAGGTGTTAAAATAAATTTTTAATTTTC 4 140 1 GTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 8 4 0 TATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAG 8 53 1 TAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 9 10 0 AATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGG 10 22 1 AAGTTTTTCAAAAAATCAAAACTTTAAATCT 11 67 0 TCAAAAAAATAAAAACAAATATTTAAGAACA 11 118 0 CTTAACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTC 11 147 0 TAAAACTGTTTAAAACAATTTGAAGCT 12 6 0 GTTTTACACAAATAAAAAAGTTTAAAACAAT 12 31 1 ATAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGCTATAAA 12 42 1 ACGCTTAGCCAAAAATCAATAAATCTACCCT 12 74 1 AATCTACCCTTAAAATCAAAAACATACCATC 12 95 1 AGTGTAAAATTATAACAATAATTTTACACTA 12 181 1 AATTTTACACTATAACAATCAACCCATAACA 12 200 1 GTGCATAAGAATTAATAATGTTATGGGTTGA 12 218 0 ********* * MAP Score: 33.9937 Motif 3 CTATATAATAATAAAGTATTTATGAGTTTAATTGTATAATTA 4 8 1 ATCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTC 10 25 0 AAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATT 0 71 1 TGTTTATAGCTTAATTGTTTTAAACTTTTTTATTTGTGTAAAAC 12 31 0 TTTAAAATTATAACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCA 3 7 1 TATTAATTCTTATGCACTTATAGTATACTTTAGTAAAAAGT 12 232 1 TTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTG 8 18 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 4 1 GTTTTAAGTATTATTCTCTTTAATTTTGTGTACTTATTAAGTAT 4 57 1 ATAAAATTGATTTAACAATATTAATAAGTTAAGTATTTAGG 0 7 0 ATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGTT 3 43 1 ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGAT 9 17 0 TGAAAAACTTTCAGGCTATGTGAGTGATTTTGTTCTTAAATATT 11 88 1 AACTTAGTTTTTATATGATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAG 3 78 1 TGAGTTTAATTGTATAATTATATTGGTTTTAAGTATTATTCTCT 4 32 1 TTTTGTTAAATTAGTGGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTAT 2 42 1 TTACATAGTGTAAAATTATAACAATAATTTTACACTATAACAAT 12 175 1 TTTATTTGTGTAAAACTGTTTAAAACAATTTGAAGCT 12 3 0 ATCAATTTTATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTT 0 40 1 GAGAGGTGGATGATGGTATGTTTTTGATTTTAAGGGTAGATTTA 12 93 0 AATATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGAGTTAATT 11 155 1 AAAAGCACAATTAAACCCTCATTGAAATTTAATAAGAATGG 11 7 0 TGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATATTT 11 118 1 AAGCTGAAGATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACTTTCAGGC 11 60 1 TTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAATAAAACATTT 2 8 0 TACTTTACTTTTTAGGGGTGATTATTATTTTGTA 0 132 1 TAAACAGCATTTTGTAAGTTTTGTTAATTGAAAGATGCTGTGAG 12 134 0 * * * * * **** * MAP Score: 30.8658 Motif 4 ATTAACTAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAG 2 19 1 TTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATA 11 135 1 AAATCAAAACTTTAAATCTTCAGCTTTTTAAAGACAA 11 49 0 ATCAATTTTATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAA 0 40 1 ATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAA 3 43 1 TGTACCAGGTTTTTATCGAAAAAATTTGGATTTTTGT 4 104 1 TTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAATTTTT 0 57 1 TTTAAAATTATAACATTTTAGCTTGTTT 3 1 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 8 1 AGAATAATACTTAAAACCAATATAATTATACAATTAA 4 37 0 GTTTTAAGTATTATTCTCTTTAATTTTGTGTACTTAT 4 57 1 ATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAA 9 13 1 AGCTTCAAATTGTTTTAAACAGTTTTACACAAATAA 12 9 1 ATATCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATGTT 0 77 0 ATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTAATATTT 0 94 1 TTTAACAATATTAATAAGTTAAGTATTTAGG 0 4 0 ACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAAT 3 22 1 TAGTGTAAAATTATAACAATAATTTTACACTATAACA 12 180 1 ATTAACTTTGTTAATATTTATACTTTACTTTTTAGGG 0 112 1 AAATTAAAAATTTATTTTAACACCTTAGACAAAAATC 4 132 0 TTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTA 8 28 1 AAATCTACCCTTAAAATCAAAAACATACCATCATCCA 12 94 1 TTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 10 4 0 AATTATACAATTAAACTCATAAATACTTTATTATTAT 4 14 0 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATA 8 9 1 ATATGATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTTTAT 3 90 1 CTAAGCGTGTTTATAGCTTAATTGTTTTAAACTTTTT 12 45 0 TAAAATAAATTTTTAATTTTCTTGTTTGATCATGGTA 4 150 1 CTTCAGCTTTTTAAAGACAAAAGCACAATTAAACCCT 11 32 0 AGTGATTTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTT 11 110 1 ** ** ** * *** MAP Score: 28.3325 Motif 5 CCTAAATACTTAACTTATTAATATTGTTAAA 0 3 1 TTTTTTAAAAAAAGTTTTAAGCTATAATAAAATTGATT 0 39 0 TAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTTAA 0 57 0 TTTATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTAATAT 0 91 1 CCTAAAAAGTAAAGTATAAATATTAACAAAGTTAATAT 0 110 0 AATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 1 6 0 CTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAATA 2 18 0 TAAACAAGCTAAAATGTTATAATTTTAAA 3 1 0 CTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTT 3 31 1 AATTACTCCTAAAGTCTTAATAAACTTATTGAATTATA 3 108 0 TTAAACTCATAAATACTTTATTATTATATAG 4 3 0 AAAACCAATATAATTATACAATTAAACTCATAAATACT 4 24 0 ATATTGGTTTTAAGTATTATTCTCTTTAATTTTGTGTA 4 51 1 CCTGGTACAAAAATACTTAATAAGTACACAAAATTAAA 4 75 0 ACAAAAATCCAAATTTTTTCGATAAAAACCTGGTACAA 4 103 0 ACAAGAAAATTAAAAATTTATTTTAACACCTTAGACAA 4 137 0 CAAACCTTACTAAAAATTACCATGATCAAACAAGAAAA 4 166 0 GTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAA 8 13 1 TAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAAT 8 31 1 AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAA 10 2 1 ATCAAAACTTTAAATCTTCAGCTTTTTAAAGACAAAAG 11 46 0 AAATAAAAACAAATATTTAAGAACAAAATCACTCACAT 11 105 0 TATAAAAAATAAATATTTACTCTTCAAAAAAATAAAAA 11 134 0 TATTTGTGTAAAACTGTTTAAAACAATTTGAAGCT 12 7 0 TAATTGTTTTAAACTTTTTTATTTGTGTAAAACTGTTT 12 26 0 AAAAAGTTTAAAACAATTAAGCTATAAACACGCTTAGC 12 45 1 CAAAAATCAATAAATCTACCCTTAAAATCAAAAACATA 12 83 1 TTATAGTGTAAAATTATTGTTATAATTTTACACTATGT 12 177 0 AATCAACCCATAACATTATTAATTCTTATGCACTTATA 12 216 1 *** * ** * * * * MAP Score: 27.6672 Motif 6 TAATTGTTTTAAACTTTTTTATTTGTGTAAA 12 33 0 CTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTA 2 25 0 AATTATTGTTATAATTTTACACTATGTAAAC 12 173 0 AATTATAACAATAATTTTACACTATAACAAT 12 188 1 AAACTCATAAATACTTTATTATTATATAG 4 8 0 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTA 9 10 1 TAAACAAGCTAAAATGTTATAATTTTAAA 3 8 0 ACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCT 10 14 0 ACATAGCCTGAAAGTTTTTCAAAAAATCAAA 11 78 0 AGCTTCAAATTGTTTTAAACAGTTTTA 12 6 1 AATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT 8 26 0 CACTTATAGTATACTTTAGTAAAAAGT 12 246 1 AACATATTTTTATTTATATAATTT 1 3 1 TTTTATTTATATAATTTTATT 1 17 1 TGGGTAAGTGATTCTTTAATAAGAGGTTATG 2 56 1 TTTAACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAA 3 27 0 AGGGGTGATTATTATTTTGTA 0 145 1 TTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACA 0 50 1 AACATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCT 0 77 1 AAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGA 10 28 1 TGATCATGGTAATTTTTAGTAAGGTTTGTT 4 176 1 AAATGTTTTATTAACTAGATTT 2 1 1 TTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATA 3 47 1 AAGAAAATTAAAAATTTATTTTAACACCTTA 4 142 0 TGTTAAATCAATTTTATTATAGCTTAAAACT 0 34 1 ATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAA 8 38 0 AAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGT 0 62 0 *** ******* MAP Score: 26.549 Motif 7 ATAAAATTGATTTAACAATATTAATAAGTTAAG 0 18 0 TATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACA 0 48 1 ATAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAG 0 63 0 ATTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATA 0 80 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTAT 1 4 1 TAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAGTG 2 25 1 TTTAAAATTATAACATTTTAGCT 3 0 1 TCATAAATACTTTATTATTATATAG 4 2 0 TAATAAAGTATTTATGAGTTTAATTGTATAATT 4 18 1 ATTGTATAATTATATTGGTTTTAAGTATTATTC 4 40 1 TTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAGG 4 80 1 ACAAGAAAATTAAAAATTTATTTTAACACCTTA 4 142 0 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA 8 9 1 ATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTT 8 26 1 AGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAATA 8 53 0 TAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 9 8 0 TATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT 9 27 1 TTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 10 8 0 TCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTT 10 26 0 CCATTCTTATTAAATTTCAATGAGGGTTT 11 6 1 TCACATAGCCTGAAAGTTTTTCAAAAAATCAAA 11 78 0 CTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTA 11 122 1 TTTTGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTA 11 143 1 TTTATTTGTGTAAAACTGTTTAAAACAATTTGA 12 14 0 CTTAATTGTTTTAAACTTTTTTATTTGTGTAAA 12 33 0 TAAGGGTAGATTTATTGATTTTTGGCTAAGCGT 12 74 0 ATTGTTATAATTTTACACTATGTAAACAGCATT 12 167 0 ATAACAATAATTTTACACTATAACAATCAACCC 12 192 1 ***** * *** * MAP Score: 7.15747