AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_profile005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238239 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0100 156 glutamate racemase (murI) #1 BB0107 28 N-utilization substance protein B (nusB) #2 BB0108 79 basic membrane protein #3 BB0109 136 acetyl-CoA C-acetyltransferase (fadA) #4 BB0246 196 B. burgdorferi predicted coding region BB0246 #5 BB0301 35 cell division protein (divIB) #6 BB0304 22 UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF) #7 BB0308 30 B. burgdorferi predicted coding region BB0308 #8 BB0309 92 B. burgdorferi predicted coding region BB0309 #9 BB0312 43 purine-binding chemotaxis protein (cheW-1) #10 BB0313 50 cell division protein (ftsJ) #11 BB0690 51 neutrophil activating protein (napA) #12 BB0691 73 translation elongation factor G (fus-2) #13 BB0693 158 xylose operon regulatory protein (xylR-1) #14 BB0694 53 signal recognition particle protein (ffh) #15 BB0700 79 B. burgdorferi predicted coding region BB0700 #16 BB0701 179 B. burgdorferi predicted coding region BB0701 #17 BB0732 263 penicillin-binding protein (pbp-3) Motif 1 ATCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATG 0 79 0 TTTACTCTTCAAAAAAATAAAAACAAATATTTA 16 124 0 TACATAGTGTAAAATTATAACAATAATTTTACA 17 176 1 ATTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAA 10 17 1 AACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 8 7 0 AAAATATTTAAAATAATTAAAAA 15 0 0 AAATAAAAACAAATATTTAAGAACAAAATCACT 16 110 0 CCTGGTACAAAAATACTTAATAAGTACACAAAA 4 80 0 TTAAAATAAAAAAAATATTATAAAATATCATAT 13 117 0 TTATGGTATTAAAACCATAATTATATCTCATT 11 29 1 TACACAAATAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGCT 17 35 1 AATAAAATTATATAAATAAAAATATG 1 12 0 GATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAAC 8 37 0 TTATGGTTTTAATACCATAATAAATAAAAAGGA 11 16 0 TACAAAATAATAATCACCCCTAAAAA 0 140 0 CCCTCATTGAAATTTAATAAGAATGG 16 3 0 CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAA 9 10 1 ATTTAACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAA 3 26 0 AAAACTGTTTAAAACAATTTGAAGCT 17 3 0 ATAATAAATAAAAAGGATATTTA 11 0 0 AGAAAATTAAAAATTTATTTTAACACCTTAGAC 4 139 0 CAATTTTATTAAAAGGTTTAACCT 12 1 1 TTAAACTCATAAATACTTTATTATTATATAG 4 8 0 AAATGTTTTATTAACTAGATTTA 2 0 1 TAACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTCAAAA 16 143 0 CAATGCAGATAAATTCATTAGCACAGGTTAAAC 12 25 0 TTATGAGTTTAATTGTATAATTATATTGGTTTT 4 29 1 AATATTATAAAATATCATATCAAAAAAACCAAT 13 104 0 TTTTTTAAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTA 0 65 1 TAACAATATTAATAAGTTAAGTATTTAGG 0 6 0 TAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGGTCA 15 14 1 TCAAAAACAATTTTTAACCTCAATCT 15 63 0 ATTATGATGTAAAATGTTTTTTAGCCTTATAAA 13 35 1 ATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAACAT 0 49 1 AGTATACTATAAGTGCATAAGAATTAATAATGT 17 228 0 TGTATAATTCAATAAGTTTATTAAGACTTTAGG 3 106 1 AAACCAATACAATATTTTATCTATTCTTAAAAG 13 79 0 GCTATAATAAAATTGATTTAACAATATTAATAA 0 24 0 AATATTAACAAAGTTAATATCAAGAATTAAAAT 0 97 0 **** **** ** MAP Score: 53.6629 Motif 2 TAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGCTATAAAC 17 43 1 CCTTTATTTTTAAAATAAAAAAAATATTATA 13 128 0 CTAAAATATTTAAAATAATTAAAAA 15 4 0 TATCAAGAATTAAAATAATAAAAATTGTTAA 0 82 0 AATTTTACACTATAACAATCAACCCATAACA 17 200 1 TAAAACTGTTTAAAACAATTTGAAGCT 17 6 0 AGTGTAAAATTATAACAATAATTTTACACTA 17 181 1 CTATATAATAATAAAGTATTTATG 4 3 1 TCTAAGGTGTTAAAATAAATTTTTAATTTTC 4 140 1 TAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 9 10 0 AGTTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTAACA 0 34 0 AATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGG 10 22 1 TCAAAAAAATAAAAACAAATATTTAAGAACA 16 118 0 CTTAACTATAAAAAATAAATATTTACTCTTC 16 147 0 TCAAAAACAATTTTTAACCTCAA 15 66 0 TACAAAATAATAATCACCCCTAAAAA 0 140 0 CCTTATTCTCAAAAATAATCTTGTCAAATAT 14 31 0 TTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAACCTG 3 49 0 ACCTGAATTATTTAATAAACAAGCTAAAATG 3 23 0 TTTATTTTTATTAAATAAACTTAGTTTTTAT 3 61 1 TACCCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTA 2 31 0 AAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTT 0 71 1 ATAAAATTGATTTAACAATATTAATAAGTTA 0 20 0 GGTTAAACCTTTTAATAAAATTG 12 2 0 GAATAATACTTAAAACCAATATAATTATACA 4 42 0 ATTATGGTATTAAAACCATAATTATATCTCA 11 28 1 AATCTACCCTTAAAATCAAAAACATACCATC 17 95 1 TATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAG 8 53 1 ATAAAATTATATAAATAAAAATATGTT 1 6 0 TAATACCATAATAAATAAAAAGGATATTTA 11 9 0 AAACTTTTTTTAAAAAAAACATTTAACAATT 0 60 1 AAGTATAAATATTAACAAAGTTAATATCAAG 0 106 0 GTTATAAATTTATAAAAAACACCCT 8 4 0 GTGCATAAGAATTAATAATGTTATGGGTTGA 17 218 0 ATCATATCAAAAAAACCAATACAATATTTTA 13 93 0 TATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTT 8 29 1 AAGTTTTTCAAAAAATCAAAACTTTAAATCT 16 67 0 ACGCTTAGCCAAAAATCAATAAATCTACCCT 17 74 1 ********* * MAP Score: 47.8331 Motif 3 TTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGGAGGTG 13 127 1 TGATGGTATGTTTTTGATTTTAAGGGTAGATTTATTG 17 90 0 TTTAACAATTTTTATTATTTTAATTCTTGATATTAAC 0 81 1 TAATAAAGTATTTATGAGTTTAATTGTATAATTATAT 4 18 1 ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACA 9 24 0 AAGCTGAAGATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACT 16 60 1 TTAAAATAAATTTTTAATTTTCTTGTTTGATCATGGT 4 149 1 GTAAAATTATTGTTATAATTTTACACTATGTAAACAG 17 171 0 TAAGGGTAGATTTATTGATTTTTGGCTAAGCGTGTTT 17 70 0 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATA 8 9 1 AGCTTAATTGTTTTAAACTTTTTTATTTGTGTAAAAC 17 31 0 TTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGGTCAT 15 11 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAAACCA 11 9 1 TTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTATAATATT 13 100 1 TTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 10 4 0 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 8 1 TATAAAGGCATGTTTGTCTTTTAAGAATAGATAAAAT 13 62 1 GTTTTAAGTATTATTCTCTTTAATTTTGTGTACTTAT 4 57 1 ATAACAATAATTTTACACTATAACAATCAACCCATAA 17 192 1 TTTAAAATTATAACATTTTAGCTTGTT 3 0 1 GAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGAGT 16 147 1 ATATTAACTTTGTTAATATTTATACTTTACTTTTTAG 0 110 1 GGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAACTTAGTTT 3 51 1 CTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATA 16 122 1 CCATTCTTATTAAATTTCAATGAGGGTTTAATT 16 6 1 TTAAAAAAAGTTTTAAGCTATAATAAAATTGATTTAA 0 36 0 GTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATA 8 37 1 TTTGATTTTTTGAAAAACTTTCAGGCTATGTGAGTGA 16 78 1 ATAAAATTGATTTAACAATATTAATAAGTTAAGTATT 0 14 0 ATTGTATAATTATATTGGTTTTAAGTATTATTCTCTT 4 40 1 TAGATTTAAATGTAAAATTTTGTTAAATTAGTGGGTA 2 25 1 TTAGCACAGGTTAAACCTTTTAATAAAATTG 12 4 0 TCAAATTGTTTTAAACAGTTTTACACAAATAAAAAAG 17 14 1 TAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 9 4 0 TATTGCCTTTTTTTGTATCTTATATTTGACAAGA 14 7 1 ATAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTT 0 59 0 TTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAGGTTTT 4 80 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGATATTATGA 13 5 1 ***** *** * * MAP Score: 43.3986 Motif 4 TGATATGATATTTTATAATATTTTTTTTATTTT 13 115 1 TTTTTAATTATTTTAAATATTTT 15 0 1 TTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG 9 10 0 TACCCACTAATTTAACAAAATTTTACATTTAAA 2 29 0 TGTAAAACTGTTTAAAACAATTTGAAGCT 17 6 0 ATAAAATTGATTTAACAATATTAATAAGTTAAG 0 18 0 AATAAAAAAGTTTAAAACAATTAAGCTATAAAC 17 41 1 TTATTAAGACTTTAGGAGTAATT 3 123 1 TCATAAATACTTTATTATTATATAG 4 2 0 AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGT 8 6 1 AAAAAAAACATTTAACAATTTTTATTATTTTAA 0 71 1 TTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT 10 8 0 TTTAAAATTATAACATTTTAGCT 3 0 1 ATAACAATAATTTTACACTATAACAATCAACCC 17 192 1 TGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAAT 8 36 1 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGA 13 1 1 GACAAGATTATTTTTGAGAATAAGGG 14 37 1 TTTTAAACAGTTTTACACAAATAAAAAAGTTTA 17 22 1 ACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAACTATTTAA 3 53 0 AGCCTGAAAGTTTTTCAAAAAATCAAAACTTTA 16 72 0 CCTCCTTTATTTTTAAAATAAAAAAAATATTAT 13 129 0 AATCCAAATTTTTTCGATAAAAACCTGGTACAA 4 103 0 GTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAGTTTTAAGCT 0 54 0 TAATAAAGTATTTATGAGTTTAATTGTATAATT 4 18 1 TGATGGTATGTTTTTGATTTTAAGGGTAGATTT 17 94 0 TTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTCAGGTTAAA 3 25 1 TTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAGG 4 80 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAA 11 9 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 6 1 AGGTTAAACCTTTTAATAAAATTG 12 1 0 TAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAA 16 124 1 **** * ***** MAP Score: 29.8903 Motif 5 TAAATCAATTTTATTATAGCTTAAAACTTTTTTTAAAAAAAAC 0 37 1 GTGAGTGATTTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAA 16 107 1 TTTAAAATTATAACATTTTAGCTTGTTTATTAAATAATTC 3 7 1 TTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT 8 18 1 ATGAGTTTAATTGTATAATTATATTGGTTTTAAGTATTATTCT 4 31 1 TTTTTGTATCTTATATTTGACAAGATTATTTTTGAGAATAAGG 14 19 1 AAACATGCCTTTATAAGGCTAAAAAACATTTTACATCATAATA 13 34 0 TGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTT 16 132 1 ACCCATAACATTATTAATTCTTATGCACTTATAGTATACTTTA 17 221 1 TATTAAATAATTCAGGTTAAATAGTTTATTTTTATTAAATAAA 3 37 1 GGTTTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAA 13 107 1 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAAACCATAATTA 11 9 1 AACATATTTTTATTTATATAATTTTATT 1 3 1 ATTAAAAGGTTTAACCTGTGCTAATGAATTTATCTGCATTGAG 12 17 1 ATCTATTGTATTGTATAATTCAATAAGTTTATTAAGACTTTAG 3 95 1 ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGAT 9 17 0 TTTAACAAAATTTTACATTTAAATCTAGTTAATAAAACATTT 2 9 0 ATTATTTTAATTCTTGATATTAACTTTGTTAATATTTATACTT 0 94 1 TTAAACTTTTTTATTTGTGTAAAACTGTTTAAAACAATTTGAA 17 13 0 CTCTTTAATTTTGTGTACTTATTAAGTATTTTTGTACCAGGTT 4 72 1 ACAATAGATCATATAAAAACTAAGTTTATTTAATAAAAATAAA 3 61 0 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGG 15 1 1 TTAAGAATAGATAAAATATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATA 13 82 1 AATTAAAATAATAAAAATTGTTAAATGTTTTTTTTAAAAAAAG 0 63 0 CTATATAATAATAAAGTATTTATGAGTTTAATT 4 0 1 TACCAGGTTTTTATCGAAAAAATTTGGATTTTTGTCTAAGGTG 4 106 1 TCAATGAGGGTTTAATTGTGCTTTTGTCTTTAAAAAGCTGAAG 16 26 1 ** * ** ***** MAP Score: 25.119