AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238264
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0277	45	flagellar motor switch protein (fliN)
#1	BB0278	37	flagellar motor switch protein (fliM)
#2	BB0279	48	flagellar protein (fliL)
#3	BB0282	22	flagellar protein (flbD)
#4	BB0293	23	flagellar basal-body rod protein (flgC)
#5	BB0294	33	flagellar basal-body rod protein (flgB)
#6	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#7	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#8	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#9	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#10	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#11	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#12	BB0452	90	B. burgdorferi predicted coding region BB0452

Motif 1
TTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACT	0	11	0
ATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT  	0	24	1
         TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTT	1	1	1
AAAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA    	1	18	1
TTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC      	2	4	0
      ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA    	4	4	1
  TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGGTTTCA	5	8	1
       AAGATTTTAGAATGAGGTTTGA    	7	3	1
ACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT    	9	6	0
AATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTT	9	24	0
TAATATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAA	9	46	0
     AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAAT	11	5	1
TTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAA	11	18	1
TAATTGAATTATAGCACAAAAAACAAACAAGCC	12	41	1
          ** *** ** ***
MAP Score: 21.0066

Motif 2
        TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGG	5	2	1
   ATACTAAAAAAACAATCTTAGA      	3	4	0
    TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAA	1	6	1
ATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA       	1	23	1
TTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC         	2	1	0
TTTTAATAAATAAAACAACTA          	0	0	0
TAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG	10	10	0
TTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGA	2	19	1
TTTTGTGCTATAATTCAATTAATTTATGTAA	12	31	0
TAAATTTATAAAAAACACCCT          	9	0	0
ATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGC	9	54	1
AGATAGCTGATAAATCACCCTTTT       	9	78	1
TCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTT	11	28	0
TTATAGCACAAAAAACAAACAAGCCTTCCAA	12	49	1
          AATAAGAATTATAATGAAAAA	11	0	1
      AACCTAACTCAATTTACACTACTAG	6	20	0
          **** ******
MAP Score: 20.2065

Motif 3
AGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAG	0	11	1
AAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT        	0	27	1
      TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGA	1	4	1
GAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA          	1	21	1
      GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATT	2	4	1
          TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGG	5	0	1
   TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATTGAGTTAGG	6	7	1
    AAGATTTTAGAATGAGGTTTGA          	7	6	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA	9	6	1
AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT	9	25	1
AATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAA	10	16	1
          **  **  *  *****
MAP Score: 18.8535

Motif 4
       TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATT	0	3	1
AAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA	1	11	1
     GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTA	2	5	1
    TTTACATTCCTTAAGATATTAAT         	4	1	0
     AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTA	9	5	1
AATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT	9	25	1
TCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAAT	9	45	0
GTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT        	10	25	1
     AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAA	11	5	1
ATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGAT         	11	33	1
TTCCTTCCGGGCTTTACATAAATTAATTGAATTATA	12	18	1
TAAATTAATTGAATTATAGCACAAAAAACAAACAAG	12	36	1
          *  *** *   *****
MAP Score: 9.06171

Motif 5
CCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA      	1	4	0
         TTAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTC	1	21	0
TTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAGGAATT	2	18	1
          TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAG	5	0	1
          TCAAACCTCATTCTAAAATCTT   	7	7	0
TGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAACA	9	36	0
TATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTGA	9	53	1
ATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG       	10	3	0
TCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT	10	18	1
AAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATTGAT 	11	26	1
CTTTACATAAATTAATTGAATTATAGCACAAAAAA	12	29	1
          * ***    ******
MAP Score: 6.1904