AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile006_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238270
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0277	45	flagellar motor switch protein (fliN)
#1	BB0278	37	flagellar motor switch protein (fliM)
#2	BB0279	48	flagellar protein (fliL)
#3	BB0282	22	flagellar protein (flbD)
#4	BB0293	23	flagellar basal-body rod protein (flgC)
#5	BB0294	33	flagellar basal-body rod protein (flgB)
#6	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#7	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#8	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#9	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#10	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#11	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#12	BB0452	90	B. burgdorferi predicted coding region BB0452

Motif 1
    TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATTAT	0	6	1
CCTTTAAATTTAAAATTCTTTTAAATTTA      	1	4	0
         TTAAAATTCCTTTAAATTTAAAATTC	1	21	0
ATTCCTCCCATTAATTTCTTTTTTAAAGTTAAAAA	2	17	0
        TCTAAGATTGTTTTTTTAGTAT     	3	2	1
         TTTACATTCCTTAAGATATTAAT   	4	7	0
CTCCCTCATTTAAAATTGCTTTTAA          	5	0	0
          TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATT	6	0	1
  AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAA	9	8	1
AAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAAT	9	26	0
  CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAA	10	8	1
         ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTATA	10	27	0
TAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATTCT	11	14	0
CTTCCGGGCTTTACATAAATTAATTGAATTATAGC	12	21	1
          * * ***  **** *
MAP Score: 21.5074

Motif 2
TTAATAATTTAAGTTTTAATAAATAAAACAACT	0	11	0
ATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT  	0	24	1
         TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTT	1	1	1
AAAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA    	1	18	1
TTCTTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC      	2	4	0
      ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA    	4	4	1
  TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGGAGGTTTCA	5	8	1
       AAGATTTTAGAATGAGGTTTGA    	7	3	1
ACAAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT    	9	6	0
AATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTT	9	24	0
TAATATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAA	9	46	0
     AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAAT	11	5	1
TTATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAA	11	18	1
TAATTGAATTATAGCACAAAAAACAAACAAGCC	12	41	1
          ** *** ** ***
MAP Score: 21.0066

Motif 3
    TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATT	0	6	1
TTTATTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAAT	0	21	1
      TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAA	1	4	1
GAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA       	1	21	1
TTTTTTAAAGTTAAAAAGAATTAC         	2	1	0
TCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATTAATGGGAG	2	15	1
       ATACTAAAAAAACAATCTTAGA    	3	6	0
 TTTACATTCCTTAAGATATTAAT         	4	1	0
          TTAAAAGCAATTTTAAATGAGGG	5	0	1
  AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTA	9	8	1
ATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTATA	9	21	0
TGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAAT	9	36	1
ATATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGC	9	52	1
TTTAAATCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG	10	10	0
TATAAACAGATTTAAAGGTATAAAAT       	10	27	1
  AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAAA	11	8	1
 ATCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTT	11	28	0
CCTTCCGGGCTTTACATAAATTAATTGAATTAT	12	20	1
          ******  * ***
MAP Score: 18.6175

Motif 4
         TAGTTGTTTTATTTATTAAAACTTAAATT	0	1	1
TTAAAACTTAAATTATTAAGAGGTTGAATT        	0	25	1
        TAAATTTAAAAGAATTTTAAATTTAAAGGA	1	2	1
AAGAATTTTAAATTTAAAGGAATTTTAA          	1	19	1
        GTAATTCTTTTTAACTTTAAAAAAGAAATT	2	2	1
      ATTAATATCTTAAGGAATGTAAA         	4	4	1
AACCTCCCTCATTTAAAATTGCTTTTAA          	5	0	0
      TTAGATTTTTCTAGTAGTGTAAATTGAGTTAG	6	4	1
      AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA	9	4	1
TAAATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT	9	23	1
TTAATCAAATTGTTATAAACAGATTTAAAGGTATAAAA	10	14	1
TATAATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGATT	11	19	1
          * ** * *     *****
MAP Score: 12.8909