AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238275
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#1	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#2	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#3	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#4	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#5	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#6	BB0636	129	glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (zwf)
#7	BB0706	61	polynucleotide adenylyltransferase (papS)
#8	BB0735	66	rare lipoprotein A (rlpA)
#9	BB0736	51	B. burgdorferi predicted coding region BB0736
#10	BB0813	74	B. burgdorferi predicted coding region BB0813
#11	BB0814	77	pantothenate permease (panF)
#12	BB0820	35	B. burgdorferi predicted coding region BB0820

Motif 1
          TTTTTTAAATTATTTTTTTATTAA	9	0	1
         TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAA	8	1	1
ATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAA	11	39	1
TGCAAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAA	8	35	0
AATTATTTTTTTATTAAAATTATTTATTAACTTT	9	17	1
ACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAG	11	21	1
        ACTTATTTAATATGTTTGGTTTATAA	12	2	1
TGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATC	3	36	1
      CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGAT	4	4	1
TCTGCTAATCTTTATGAATATGTTTTTTGTGATA	6	73	1
TGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA      	10	56	1
TAAGCTCAAATTAAATATCATTTTTTTATAAACA	6	32	0
  AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAA	3	8	1
TTTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT   	5	7	0
ATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTTTGT	10	36	1
TCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTC	5	25	0
     AAAATTTTAAAAAGTTAATAAATAATTTT	9	32	0
TATTATAGTGTAAATAATTTTTTTCTAAAATTGA	7	28	0
  TCTCCTTATTATATACTAGTTTTGTTTATAAA	6	8	1
ATAATGTATATTATATAATATATATTAT      	10	4	0
TTATTTACACTATAATATAATTTTAT        	7	45	1
ATATGTTTGGTTTATAAGGAGATTAA        	12	19	1
ACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCAAAAAAAAT	8	17	1
ATATATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTAT	3	22	0
TAAATTAAAATTGTAAATCAATTTTAGAAAAAAA	7	11	1
         ATTTTATACCTTTAAATCTGTTTAT	4	28	0
      TAATTAGTAAAACTTGATACATTATTGA	11	4	1
          ***** *  ** **
MAP Score: 34.6502

Motif 2
  AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTA	3	8	1
GCAAAAAATATATTAAATATTTTAACAAGTTAT	3	30	0
CAGCTATCTAATATATTGATTTTAGCAAAAAAT	3	54	0
TTTATACCTTTAAATCTGTTTATAACAATTTGA	4	18	0
TACTTTTTCATTATAATTCTTATT         	5	1	0
TAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATT	5	16	0
TCTCCTTATTATATACTAGTTTTGTTTATAAAA	6	10	1
GCTCAAATTAAATATCATTTTTTTATAAACAAA	6	30	0
ATTGATTTACAATTTTAATTTAT          	7	0	0
ATTAAAATTGTAAATCAATTTTAGAAAAAAATT	7	14	1
ATTATAGTGTAAATAATTTTTTTCTAAAATTGA	7	28	0
        ATAAAATTATATTATAGTGTAAATA	7	46	0
         TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATA	8	1	1
GACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCAAAAAAA	8	16	1
CAAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAAT	8	34	0
          TTTTTTAAATTATTTTTTTATTA	9	0	1
AATTATTTTTTTATTAAAATTATTTATTAACTT	9	17	1
TTAAAATTATTTATTAACTTTTTAAAATTTT  	9	30	1
GTATATTATATAATATATATTAT          	10	0	0
AATTCAAATATAATGTATATTATATAATATATA	10	14	0
ATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGAT	10	27	1
TGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA        	10	59	1
ACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTA	11	21	1
ATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAA	11	37	1
AACCTACCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCT	11	53	0
          TTAATCTCCTTATAAACCAAACA	12	22	0
          ***** *  ****
MAP Score: 24.1851

Motif 3
ATTTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAA	3	26	1
TTAATATATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTG	3	47	1
     TCTCCTTATTATATACTAGTTTTGTTTATAAAAAA	6	5	1
ACTAGTTTTGTTTATAAAAAAATGATATTTAATTTGAGCT	6	24	1
AAAATGATATTTAATTTGAGCTTAATTTTTGTCTGCTAAT	6	42	1
TCTGCTAATCTTTATGAATATGTTTTTTGTGATATATAAT	6	73	1
TAAAATTATATTATAGTGTAAATAATTTTTTTCTAAAATT	7	30	0
       TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCA	8	3	1
TTATTTACATTTTTTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAAAA	8	19	0
ATAAATAATTTTAATAAAAAAATAATTTAAAAAA      	9	4	0
TTTTATTAAAATTATTTATTAACTTTTTAAAATTTT    	9	25	1
AATATAATGTATATTATATAATATATATTAT         	10	1	0
ATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTTTG	10	29	1
TTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA          	10	54	1
GTAAAACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGA	11	16	1
TGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAAT	11	35	1
    ACTTATTTAATATGTTTGGTTTATAAGGAGATTAA 	12	6	1
          ***   * *     **** *
MAP Score: 5.15754