AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238286
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0301	35	cell division protein (divIB)
#1	BB0304	22	UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D-alanyl-D-alanine ligase (murF)
#2	BB0308	30	B. burgdorferi predicted coding region BB0308
#3	BB0309	92	B. burgdorferi predicted coding region BB0309
#4	BB0312	43	purine-binding chemotaxis protein (cheW-1)
#5	BB0313	50	cell division protein (ftsJ)
#6	BB0636	129	glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase (zwf)
#7	BB0706	61	polynucleotide adenylyltransferase (papS)
#8	BB0735	66	rare lipoprotein A (rlpA)
#9	BB0736	51	B. burgdorferi predicted coding region BB0736
#10	BB0813	74	B. burgdorferi predicted coding region BB0813
#11	BB0814	77	pantothenate permease (panF)
#12	BB0820	35	B. burgdorferi predicted coding region BB0820

Motif 1
TGCAAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAAT	8	34	0
AATTATTTTTTTATTAAAATTATTTATTAACTTTT	9	17	1
TGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA       	10	56	1
ACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGA	11	21	1
          TTTTTTAAATTATTTTTTTATTAAA	9	0	1
        ACTTATTTAATATGTTTGGTTTATAAG	12	2	1
TCTGCTAATCTTTATGAATATGTTTTTTGTGATAT	6	73	1
TGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAATCA	3	36	1
ATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAA	11	39	1
      CAAATTAATCAAATTGTTATAAACAGATT	4	4	1
TAAGCTCAAATTAAATATCATTTTTTTATAAACAA	6	31	0
          TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAA	8	0	1
AATAATTTTTTTCTAAAATTGATTTACAATTTTAA	7	15	0
  TCTCCTTATTATATACTAGTTTTGTTTATAAAA	6	8	1
    AGGGTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTA	3	6	1
TTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAATT	5	16	0
ATATGTTTGGTTTATAAGGAGATTAA         	12	19	1
ATAATGTATATTATATAATATATATTAT       	10	3	0
TAGAAAAAAATTATTTACACTATAATATAATTTTA	7	35	1
          ** ** *  ** ***
MAP Score: 30.4578

Motif 2
AAGCTCAAATTAAATATCATTTTTTTATAAACAAAA	6	29	0
CTAATCTTTATGAATATGTTTTTTGTGATATATAAT	6	77	1
TTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT         	5	1	0
   TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAAATCA	8	7	1
     TTTTTTAAATTATTTTTTTATTAAAATTATT	9	5	1
GATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGA	11	36	1
TATTATAGTGTAAATAATTTTTTTCTAAAATTGATT	7	26	0
   TCTCCTTATTATATACTAGTTTTGTTTATAAAA	6	7	1
TGCAAATTGCTTATTTACATTTTTTTTGATTTAATT	8	33	0
TCTGTTTATAACAATTTGATTAATTTG         	4	1	0
TGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA        	10	56	1
CCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATTATAAT	5	17	0
GTGTTTTTTATAAATTTATAACTTGTTAAAATATTT	3	13	1
ACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTT	10	31	1
TCCAATCTGGTCAATTTATTATATATCACAAAAAAC	6	94	0
AAAACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTA	11	18	1
    ACTTATTTAATATGTTTGGTTTATAAGGAGAT	12	6	1
AACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTTGCTAAAA	3	32	1
TATAATGTATATTATATAATATATATTAT       	10	3	0
ATTATTTATTAACTTTTTAAAATTTT          	9	35	1
AATTATTTACACTATAATATAATTTTAT        	7	43	1
 AAACCTACCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTA	11	52	0
ATTTAATTTGAGCTTAATTTTTGTCTGCTAATCTTT	6	50	1
          *  ****  ** ** *
MAP Score: 24.7885

Motif 3
 TATAACTACTTTCTCCCCACCTTAATTTAT         	2	1	0
TATTAAATATTTTAACAAGTTATAAATTTATAAAAAACAC	3	13	0
ATATATTGATTTTAGCAAAAAATATATTAAATATTTTAAC	3	37	0
TTATTATACTTTTTCATTATAATTCTTATT          	5	0	0
  ATCAATCCCTTTAATACACTTTATTATACTTTTTCATT	5	22	0
  TCTCCTTATTATATACTAGTTTTGTTTATAAAAAAATG	6	8	1
ATTAAGCTCAAATTAAATATCATTTTTTTATAAACAAAAC	6	28	0
TTGAGCTTAATTTTTGTCTGCTAATCTTTATGAATATGTT	6	57	1
ATGAATATGTTTTTTGTGATATATAATAAATTGACCAGAT	6	86	1
TGTAAATAATTTTTTTCTAAAATTGATTTACAATTTTAAT	7	14	0
          TTTTTAGACTTTTTTCTTTTTATAATTAAA	8	0	1
CTTATTTACATTTTTTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAAA	8	20	0
          TTTTTTAAATTATTTTTTTATTAAAATTAT	9	0	1
TTTATTAAAATTATTTATTAACTTTTTAAAATTTT     	9	26	1
        ATAATATATATTATATAATATACATTATATTT	10	2	1
TATAATATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTC	10	23	1
TTTTGATGTCCTTTTGTTAAGGTTGTTTTAA         	10	53	1
AACTTGATACATTATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTT	11	20	1
CCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAAAA	11	40	0
TTAATCTCCTTATAAACCAAACATATTAAATAAGT     	12	5	0
          ****        **  ****
MAP Score: 6.06902

Motif 4
AAGTTATAAATTTATAAAAAACACCCT      	3	4	0
TTATAACTTGTTAAAATATTTAATATATTTTTT	3	28	1
ATTTTTTGCTAAAATCAATATATTAGATAGCTG	3	54	1
   AATAAGAATTATAATGAAAAAGTATAATAA	5	7	1
ATGAAAAAGTATAATAAAGTGTATTAAAGGGAT	5	23	1
     TCTCCTTATTATATACTAGTTTTGTTTA	6	5	1
ATATCATTTTTTTATAAACAAAACTAGTATATA	6	19	0
AATTAAGCTCAAATTAAATATCATTTTTTTATA	6	36	0
AAAAAACATATTCATAAAGATTAGCAGACAAAA	6	68	0
TCTGGTCAATTTATTATATATCACAAAAAACAT	6	92	0
          ATAAATTAAAATTGTAAATCAAT	7	0	1
ATTAAAATTGTAAATCAATTTTAGAAAAAAATT	7	14	1
TTAGAAAAAAATTATTTACACTATAATATAATT	7	34	1
         ATAAAATTATATTATAGTGTAAAT	7	47	0
TTTTGATTTAATTATAAAAAGAAAAAAGTCTAA	8	13	0
TTTTTATAATTAAATCAAAAAAAATGTAAATAA	8	26	1
TTTTAATAAAAAAATAATTTAAAAAA       	9	3	0
AGTTAATAAATAATTTTAATAAAAAAATAATTT	9	16	0
       AAAATTTTAAAAAGTTAATAAATAAT	9	35	0
          ATAATATATATTATATAATATAC	10	0	1
TATATATTATATAATATACATTATATTTGAATT	10	14	1
GACATCAAAATTTATAAATTCAAATATAATGTA	10	30	0
GAAAATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGT	11	28	0
CTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATA	11	46	0
TAAACCAAACATATTAAATAAGT          	12	0	0
          ******** *  *
MAP Score: 1.20016