AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238299
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0039	187	B. burgdorferi predicted coding region BB0039
#1	BB0061	73	thioredoxin (trxA)
#2	BB0339	49	ribosomal protein L13 (rplM)
#3	BB0346	183	B. burgdorferi predicted coding region BB0346
#4	BB0436	172	DNA gyrase, subunit B (gyrB)
#5	BB0714	300	B. burgdorferi predicted coding region BB0714

Motif 1
ACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATGAAAACGAATCGC	0	44	0
TGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAGC	0	67	1
ATTGAAAAATTATTGCAATTGAAATATCTAACTTAAGCTA	0	103	0
AATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTAC	0	140	1
AATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTA	1	17	1
AATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGC	2	13	1
TAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACACCTTGAAA	3	20	0
TAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAA	3	45	1
AAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTT	3	116	1
GAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACA	3	148	0
TCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAG	4	17	1
TAGAATCCTAATTTAACATTATACTATATAATGTTAAAAG	4	40	0
ATTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGG	4	74	1
AAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTT	4	104	1
TAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGT	4	125	1
CGCACGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGAT	5	205	1
          *****    * ** *    *
MAP Score: 13.0335

Motif 2
ACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAA	0	59	1
ATTGCAATTGAAATATCTAACTTAAGCTATACGCTTAAG	0	93	0
TCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGT	0	121	1
ATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAG	0	150	1
TCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTAAG	1	20	1
AATTTTATGCATAAATCTCATTCATTGTA          	2	0	0
ATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGT	3	35	1
TTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATT	3	55	1
TAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTT	3	135	1
AGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTAAATTGTTTGT	4	55	1
GTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCT	4	124	1
AGCTCACCGCTTATTTAGCAATAAATACAGGCAAGATAA	5	99	1
          **** * * * *     **
MAP Score: 7.97015

Motif 3
GTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGAT	3	72	1
CTATACCCTTTATAATTTTATGCATAAATC	2	22	0
GTATTTGTGATATAATTTTAAGTCGATAGG	1	37	1
GTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAA	3	149	1
TATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTT	3	126	1
ATAGAACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGT	0	59	0
GTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATA	4	26	1
TTATTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAA	3	55	0
AGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAAC	3	40	1
TAACTTAAGCTATACGCTTAAGTATTATAG	0	85	0
GTAAGCATACTAATAATTTAACTACTAAAT	0	150	0
GGAAATACCAAAAACTTTTAAAAATTCACA	4	91	0
CATTATATAGTATAATGTTAAATTAGGATT	4	47	1
AAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACA	3	28	0
TCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATAT	1	20	1
TATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAA	3	108	1
ATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGT	4	122	1
TTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGAT	0	119	1
          **********
MAP Score: 7.20419

Motif 4
ATATCTAACTTAAGCTATACGCTTAAGTATTATAGAACTAAAAAAA	0	74	0
AGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTGTTTT   	0	154	1
TTATAATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTAAG	1	13	1
 TACAATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGCGC	2	9	1
TTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTA	3	21	1
TAAACTATTATTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAATTT	3	46	0
TTTATTTCCATGATATGTAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACA	3	88	1
CTATGAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACATT	3	146	0
ATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTAT	4	115	1
  ATGCTAGGTAATGCCTAGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGC	5	8	1
ATTACCGCCGTAAAAGGTAAGGGTGAAAAGGTGAGGTAAGAGCTCA	5	59	1
          * *    ** *  *    **   * *
MAP Score: 6.9422

Motif 5
ACGCTTAAGTATTATAGAACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATG	0	56	0
CAATTGAAAAATTATTGCAATTGAAATATCTAACTTAAGCTATACG	0	99	0
TAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCT	0	131	1
CACAAATACAATATTAATAATAAGGAATTATAAGAA          	1	0	0
TTTAATACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACACCTTG	3	23	0
AATACTACATATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGTTT	3	66	0
GATATGTAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTT	3	99	1
TTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTT	3	128	1
ATACTATATAATGTTAAAAGTATAGTGCTAAAACCAACAAGGACAA	4	14	0
          **  *   * *  *    * * *  *
MAP Score: 3.45223