AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile008_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238321
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0039	187	B. burgdorferi predicted coding region BB0039
#1	BB0061	73	thioredoxin (trxA)
#2	BB0339	49	ribosomal protein L13 (rplM)
#3	BB0346	183	B. burgdorferi predicted coding region BB0346
#4	BB0436	172	DNA gyrase, subunit B (gyrB)
#5	BB0714	300	B. burgdorferi predicted coding region BB0714

Motif 1
ACTAAAAAAATTTTACATTTCTAGTATGAAAACGAATCGC	0	44	0
TGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAGC	0	67	1
TCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAG	4	17	1
AATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTA	1	17	1
TAGAATCCTAATTTAACATTATACTATATAATGTTAAAAG	4	40	0
AATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTAC	0	140	1
AATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGC	2	13	1
ATTGAAAAATTATTGCAATTGAAATATCTAACTTAAGCTA	0	103	0
GAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACA	3	148	0
TAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGT	4	125	1
AAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTT	4	104	1
ATTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGG	4	74	1
TAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACACCTTGAAA	3	20	0
CTATTATTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAATAAAAAT	3	48	0
CGCACGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGAT	5	205	1
AAATAAAGTTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTT	3	116	1
          *****    * ** *    *
MAP Score: 12.6371

Motif 2
TAGCGATTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGT	0	42	1
TGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAGCTT	0	67	1
ATTGCAATAATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATT	0	124	1
TATAATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTT	1	14	1
AATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGCGC	2	13	1
TTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAA	3	43	1
AAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGATATGTAG	3	66	1
GAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACATT	3	146	0
TCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGTA	4	17	1
TTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTT	4	98	1
ATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTG	4	122	1
TGCCTAGGGGTTTTAAACCTAAGAAAGTGTCGCAGAAAATTA	5	21	1
TTACCTCACCTTTTCACCCTTACCTTTTACGGCGGTAATTTT	5	56	0
TCTCTTATTTTTTTATCGCTAAAAAAATCGTGCGATCTACCC	5	197	0
          ****     **   ** *   *
MAP Score: 10.2884

Motif 3
GTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATA	4	26	1
GTATTTGTGATATAATTTTAAGTCGATAGG	1	37	1
CTATACCCTTTATAATTTTATGCATAAATC	2	22	0
ACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTAT	0	59	1
TTATTGTCAATAAACTTTATTTCCATAATA	3	108	0
TTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGAT	0	119	1
AAACTACATTTAAACTATTTATTGTCAATA	3	126	0
GGAAATACCAAAAACTTTTAAAAATTCACA	4	91	0
ATCATGGAAATAAACTATTATTAATAGTAC	3	72	0
AATTTAACATTATACTATATAATGTTAAAA	4	41	0
TAAGCATACTAATAATTTAACTACTAAATT	0	149	0
TACATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATA	3	34	0
TTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAG	0	76	1
      TTCTTATAATTCCTTATTATTAAT	1	4	1
TTAAAAAAAAAATAATATCTATTACATAGG	4	119	0
TTATTTCCATAATACTACATATCATGGAAA	3	92	0
AGCTATTAACAAAACTACATTTAAACTATT	3	137	0
          **********
MAP Score: 9.96805

Motif 4
TTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTAGTTCTAT	0	48	1
TTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTTTTCAATTGTGA	0	107	1
TTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGC	0	135	1
AATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTAA	1	17	1
TTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTAT	3	52	1
CCATGATATGTAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGACAAT	3	95	1
TGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAA	3	129	1
TATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTAAATTGTTTG	4	52	1
AAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTT	4	104	1
          ** **   * * * *  *  *
MAP Score: 4.50437

Motif 5
AGCGATTCGTTTTCATACTAGAAATGTAAAATTTTTTTA	0	43	1
AATGTAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTAT	0	65	1
ACTACTAAATTATCACAATTGAAAAATTATTGCAATTGA	0	121	0
ATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCTTAC	0	141	1
TTATTATTAATATTGTATTTGTGATATAATTTTAAGTCG	1	23	1
ATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGC	2	14	1
AAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACACCTTGAAA	3	20	0
AAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTA	3	39	1
TTCCATGATATGTAGTATTATGGAAATAAAGTTTATTGA	3	93	1
CAATAAATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAG	3	132	1
GTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAATGT	4	26	1
TATAGTATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTAAATTGTT	4	52	1
CTAAATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTC	4	81	1
TTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTAT	4	99	1
TAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTG	4	125	1
TACCTCACCTTTTCACCCTTACCTTTTACGGCGGTAATT	5	58	0
TTATCTTGCCTGTATTTATTGCTAAATAAGCGGTGAGCT	5	99	0
GCACGATTTTTTTAGCGATAAAAAAATAAGAGAGATGAT	5	206	1
          ***     **   ** ***
MAP Score: 2.26638

Motif 6
GTTTTTGGTATTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAAT	4	106	1
TTGATCTCATTCTCCTTTTTTATCCATAGCGATTCGTTTTCATA	0	16	1
TAAAATTTTTTTAGTTCTATAATACTTAAGCGTATAGCTTAAGT	0	69	1
          TACAATGAATGAGATTTATGCATAAAATTATAAA	2	0	1
TAATAATAGTTTATTTCCATGATATGTAGTATTATGGAAATAAA	3	79	1
CCTAATTCTTTCAAGGTGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTAT	3	12	1
TTTTTTGTCCTTGTTGGTTTTAGCACTATACTTTTAACATTATA	4	10	1
AGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGCTTAATAATAAGA	3	140	1
GTTAAATTATTAGTATGCTTACTTATTAAAGGTTGTTTT     	0	158	1
CTTAAGCGTATAGCTTAAGTTAGATATTTCAATTGCAATAATTT	0	93	1
         TTCTTATAATTCCTTATTATTAATATTGTATTTGT	1	1	1
ATTTTTCAATTGTGATAATTTAGTAGTTAAATTATTAGTATGCT	0	133	1
TTTTATTTTATGTATTAAACTAGTACTATTAATAATAGTTTATT	3	50	1
          *    *   * **   **  * **
MAP Score: 2.02942