AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile009_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238345
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0476	300	translation elongation factor TU (tuf)
#1	BB0477	50	ribosomal protein S10 (rpsJ)
#2	BB0478	35	ribosomal protein L3 (rplC)
#3	BB0481	21	ribosomal protein L2 (rplB)
#4	BB0488	21	ribosomal protein L14 (rplN)
#5	BB0557	138	phosphocarrier protein HPr (ptsH-2)
#6	BB0828	74	DNA topoisomerase I (topA)
#7	BB0836	114	excinuclease ABC, subunit B (uvrB)

Motif 1
TTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAAAATAG	0	234	0
          TTTATTCTCCTAAACTTTAGAGAGTAT	1	33	0
TGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATG	7	76	1
AATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAA	5	26	1
         ATTTATTTTTCTCCAAAACCA       	3	3	0
GAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAA	5	65	1
  TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAATTA	7	8	1
ATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTAT	5	91	0
AATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCTAT	0	201	1
       AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTC	0	3	1
GCTACTTACATTTAATCTCTTTAAAAAATTTTTAACA	0	263	0
ACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTATAT	6	15	1
CCTATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAATATA	6	41	0
        TTTTGATTTTTCTAAAGGAGG        	4	2	1
TTTTAATAGCTTTAAAATTCTACACATTTTACAAAAT	0	125	0
ATTATATTGATTTATAATGAATTATATACTTGATATA	7	46	1
TATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATA	0	25	1
TATAAATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTTTAATA	7	25	0
TAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTATA	0	46	1
    ATGATATTTTAAGTATATGAATTTGAGGTATTT	2	6	1
          ****** *  *  *  *
MAP Score: 35.2749

Motif 2
    AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTT	0	6	1
ATAAGAATAAATTTGTTAAAAATTTTTTAAAGA	0	250	1
GACTTTAAGGATATATTAATACTCTCTAAAGTT	1	15	1
       ATGATATTTTAAGTATATGAATTTGA	2	3	1
TTGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAA	7	75	1
ATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGAATATA	5	39	1
ATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATAT	6	13	1
AAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTT	0	197	1
GTGCGGGTCAATTTCTAAAAAATTGATTTTTTT	0	181	1
AATTATATTTATATATTATAATACAATATATAA	6	38	1
AATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATT	0	47	1
AATTATATTGATTTATAATGAATTATATACTTG	7	45	1
TTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAA	0	227	1
TGTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTAT	5	57	1
CACTACGTGTTTTTCTAAAAAATTTTAATAGCT	0	151	0
ATTGACTATATTTTGTAAAATGTGTAGAATTTT	0	116	1
 TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAA	7	9	1
TTATAATACAATATATAAACATAGGGAATTT  	6	53	1
TTAAACAAAGATTAATTAAATTATATTGATTTA	7	27	1
          **** **** * *
MAP Score: 24.6046

Motif 3
        AAATTCCCTATGTTTATATATTGTATTATA	6	54	0
ATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAA	0	16	1
AGCTACTTACATTTAATCTCTTTAAAAAATTTTTAACA	0	263	0
AAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCTA	0	199	1
        TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATT	7	2	1
ATTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAATTT	0	226	1
GTTTAAGCGTATTGACTATATTTTGTAAAATGTGTAGA	0	106	1
AAAATAAATTATATATTCCCTTTACATAAGAAATATAG	5	45	0
       AAAATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAAT	6	3	1
TTTTTAATTCTTAAATTATATTTATATATTATAATACA	6	25	1
GATTAATTAAATTATATTGATTTATAATGAATTATATA	7	36	1
       TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTAT	5	3	1
TATACTTGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAA	7	70	1
TAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTATAT	0	46	1
TTCTAAAAAATTTTAATAGCTTTAAAATTCTACACATT	0	134	0
CTCATTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTAC	5	96	0
ATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAGTTA	5	69	1
ATTGACCCGCACTACGTGTTTTTCTAAAAAATTTTAAT	0	155	0
TTTTAATAAGAATAAATTTGTTAAAAATTTTTTAAAGA	0	245	1
          ***   *   ***  ***
MAP Score: 20.2363

Motif 4
      AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTT	0	4	1
TATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTA	0	25	1
TTATATTAATTTTTAATGCTATTATATGTGTAGTG	0	57	1
TTCTAAAAAATTTTAATAGCTTTAAAATTCTACAC	0	137	0
AAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGT	0	197	1
TTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAAT	0	227	1
ATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAA	5	27	1
ATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAG	5	69	1
ATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATT	5	93	0
CTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTATA	6	16	1
AATTCTTAAATTATATTTATATATTATAATACAAT	6	30	1
   TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAA	7	7	1
ATTAATTAAATTATATTGATTTATAATGAATTATA	7	37	1
GATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAAT	7	77	1
          **** **   *** *
MAP Score: 16.3919

Motif 5
AAGCACAAAATATTAAAAAATAAAGCT       	0	3	0
TATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTT	0	25	1
TAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATT	0	46	1
AGTTTAAAAGTTTAAGCGTATTGACTATATTTTG	0	97	1
ATTCTACACATTTTACAAAATATAGTCAATACGC	0	112	0
TGTGTAGAATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAG	0	136	1
TAATCAAAAAAATAAAAAAATCAATTTTTTAGAA	0	193	0
TATTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATA	0	225	1
TTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAA	0	246	0
TTAAAAATTTTTTAAAGAGATTAAATGTAAGTAG	0	265	1
  GTTAAGACTTTAAGGATATATTAATACTCTCT	1	8	1
CTCTCTAAAGTTTAGGAGAATAAA          	1	36	1
   ATGATATTTTAAGTATATGAATTTGAGGTAT	2	7	1
     CCTCCTTTAGAAAAATCAAAA        	4	2	0
ACATAAGAAATATAGCATAATAAAGATAGTAATT	5	26	0
GAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTA	5	65	1
TGTATTATAATATATAAATATAATTTAAGAATTA	6	29	0
ATTTATATATTATAATACAATATATAAACATAGG	6	44	1
   TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTA	7	7	1
AATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTTTAATAA	7	24	0
TATAATTCATTATAAATCAATATAATTTAATTAA	7	38	0
TCTTATAAATTATATGATAATAAATTCTATATCA	7	76	0
          *****   *** **
MAP Score: 14.7016

Motif 6
TTAAAAATTAATATAAACTTTACATTAATT	0	43	0
ACTACACATATAATAGCATTAAAAATTAAT	0	61	0
AAATAGCTACAAATAATCAAAAAAATAAAA	0	210	0
TTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAA	0	242	0
GAGAGTATTAATATATCCTTAAAGTCTTAA	1	11	0
TACCTCAAATTCATATACTTAAAATATCAT	2	10	0
TAAAGATAGTAATTAAACTTATTCTAACAA	5	10	0
TACATAAGAAATATAGCATAATAAAGATAG	5	31	0
TGTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATG	5	57	1
ACATTATAATACATAAAAATAAATTATATA	5	68	0
TATAATATATAAATATAATTTAAGAATTAA	6	28	0
AATTATATTTATATATTATAATACAATATA	6	38	1
ATAATACAATATATAAACATAGGGAATTT 	6	55	1
AATATAATTTAATTAATCTTTGTTTAATAA	7	24	0
TTATAATGAATTATATACTTGATATAGAAT	7	57	1
TATATACTTGATATAGAATTTATTATCATA	7	68	1
          **********
MAP Score: 1.93623

Motif 7
    AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATG	0	6	1
TTCACTACACATATAATAGCATTAAAAATTAATATAAACTTTACA	0	49	0
GTTTAAGCGTATTGACTATATTTTGTAAAATGTGTAGAATTTTAA	0	106	1
AATGTGTAGAATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACACG	0	134	1
GTGCGGGTCAATTTCTAAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATT	0	181	1
TATTTTTTTGATTATTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAAT	0	213	1
TCTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAAA	0	238	0
          ATTCTAAATAGCTACTTACATTTAATCTCTTTAAA	0	275	0
GACTTTAAGGATATATTAATACTCTCTAAAGTTTAGGAGAATAAA	1	15	1
CATAAGAAATATAGCATAATAAAGATAGTAATTAAACTTATTCTA	5	14	0
TAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAG	5	59	1
CTCATTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAA	5	89	0
         AAAATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATAT	6	1	1
ATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAATATAATTTAAGAATT	6	30	0
         TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAATTAA	7	1	1
CAAGTATATAATTCATTATAAATCAATATAATTTAATTAATCTTT	7	33	0
ATAATGAATTATATACTTGATATAGAATTTATTATCATATAATTT	7	59	1
          ***   *   * *   *  *  * *
MAP Score: 0.162627