AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile009_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238362
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0476	300	translation elongation factor TU (tuf)
#1	BB0477	50	ribosomal protein S10 (rpsJ)
#2	BB0478	35	ribosomal protein L3 (rplC)
#3	BB0481	21	ribosomal protein L2 (rplB)
#4	BB0488	21	ribosomal protein L14 (rplN)
#5	BB0554	261	B. burgdorferi predicted coding region BB0554
#6	BB0557	138	phosphocarrier protein HPr (ptsH-2)
#7	BB0828	74	DNA topoisomerase I (topA)
#8	BB0836	114	excinuclease ABC, subunit B (uvrB)

Motif 1
TAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGTTG	5	140	1
ATTAATTAAATTATATTGATTTATAATGAATTATATA	8	37	1
TGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATA	6	90	0
   AAGGTCCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCTATAA	5	7	1
AATTCTTAAATTATATTTATATATTATAATACAATAT	7	30	1
AATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTATAT	0	47	1
GTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTTATTTAT	5	199	1
GATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCTATTTTC	0	205	1
TAGCCGGGGGCTATTTTTATTGACAAATAGTGCTGTT	5	90	1
TTTTAATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTTTTTA	5	216	1
AATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAA	6	66	1
AATGTTAGGTTTTTACTAATTTAATTTTTTTGT    	5	238	1
TATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATA	0	25	1
   AAATTCCCTATGTTTATATATTGTATTATAATAT	7	50	0
        AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTT	0	2	1
TTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAATTT	0	227	1
ATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTAT	7	13	1
CTATTTTTATCTCTTTTGATAAATGGACAAATTATGC	5	56	0
AGTTTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTAT	6	21	1
TTTAATTAATCTTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAATA	8	10	0
GATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATGT	8	77	1
GCACTACGTGTTTTTCTAAAAAATTTTAATAGCTTTA	0	148	0
ACAAATAGTGCTGTTTTCAAATTAGTTTTAAGTGAAT	5	112	1
          ** * ** *** *   *
MAP Score: 36.4403

Motif 2
TGCGGGTCAATTTCTAAAAAATTGATTTTTTTATTTT	0	182	1
TTTTTGATTATTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAA	0	217	1
CTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAA	0	245	0
TTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGT	5	138	1
CAATGTTAGGTTTTTACTAATTTAATTTTTTTGT   	5	237	1
ATTATATTGATTTATAATGAATTATATACTTGATATA	8	46	1
AAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCT	0	199	1
TACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTATA	7	14	1
ATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTAT	6	91	0
ATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAGTT	6	69	1
ATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTTTAATAAAATA	8	20	0
AGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTTATTTATGCAATGT	5	206	1
ATTCCCTATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAA	7	45	0
TGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATG	8	76	1
        TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGAT	8	2	1
TTATATTAATTTTTAATGCTATTATATGTGTAGTGAA	0	57	1
CCCCCGGCTATTTTTATCTCTTTTGATAAATGGACAA	5	63	0
       AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTC	0	3	1
TGTGTAGAATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAA	0	136	1
AATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAA	6	26	1
          *** **   * **  **
MAP Score: 25.1519

Motif 3
TCTAAATAGCTACTTACATTTAATCTCTTTAAAAAATTTT	0	268	0
TGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATA	6	87	0
          TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATT	8	0	1
CCTATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAATATAATT	7	38	0
ATACCTCAAATTCATATACTTAAAATATCAT         	2	1	0
CAAAATATAGTCAATACGCTTAAACTTTTAAACTCAATTC	0	91	0
GTTTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGTT	5	136	1
GGGTCGGATGTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTT	5	190	1
AATTAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTATA	0	43	1
AGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAA	6	62	1
ATAAATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTTTAATAAAAT	8	21	0
CTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTATATATTA	7	16	1
AGAGAGTATTAATATATCCTTAAAGTCTTAAC        	1	2	0
AATTTCTAAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTT	0	190	1
          AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTC	0	0	1
GTGTAGAATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACA	0	137	1
ATACTTGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAA	8	71	1
AATGTTAGGTTTTTACTAATTTAATTTTTTTGT       	5	238	1
TTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAAAATAGCTAC	0	230	0
ATAAAGATAGTAATTAAACTTATTCTAACAA         	6	1	0
TAATATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATA	0	22	1
TTCAGAAAACATCTATAATTTATAATGTTAGCATAATTTG	5	26	1
ATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGA	6	27	1
          *  **    ****  * * *
MAP Score: 22.365

Motif 4
       AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTT	0	3	1
GTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATATTAATTTTT	0	31	1
CTAAAAAATTTTAATAGCTTTAAAATTCTACACATTTTAC	0	130	0
TTCTAAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTA	0	193	1
AGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAATTTGTTAAAAA	0	232	1
          TTTATTCTCCTAAACTTTAGAGAGTATTAA	1	30	0
ATACCTCAAATTCATATACTTAAAATATCAT         	2	1	0
GGTCCTTGTTTTTATTCAGAAAACATCTATAATTTATAAT	5	12	1
ACATCTATAATTTATAATGTTAGCATAATTTGTCCATTTA	5	34	1
GGGGGCTATTTTTATTGACAAATAGTGCTGTTTTCAAATT	5	95	1
AAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGTTGCATG	5	141	1
TTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTTATTTATGCAA	5	200	1
CAATGTTAGGTTTTTACTAATTTAATTTTTTTGT      	5	237	1
          TTGTTAGAATAAGTTTAATTACTATCTTTA	6	0	1
AATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGG	6	26	1
GTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGT	6	58	1
ATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAAT	6	88	0
CTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTATATATTATA	7	18	1
CCTATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAATATAATT	7	38	0
TTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAATTAAATTATAT	8	13	1
AAGTATATAATTCATTATAAATCAATATAATTTAATTAAT	8	37	0
TGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTGT	8	76	1
          ** ***    **   * * *
MAP Score: 22.1915

Motif 5
        AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTT	0	2	1
TGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATATTAATTTTT	0	30	1
TAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTATATGTGTAGTG	0	51	1
ATTTTAATAGCTTTAAAATTCTACACATTTTACAAAATATA	0	122	0
AAAATAAAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGACCCGCACTAC	0	178	0
AATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCTATTTTC	0	201	1
TTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAA	0	239	0
CTAAATAGCTACTTACATTTAATCTCTTTAAAAAATTTTTA	0	266	0
ATATTTTAAGTATATGAATTTGAGGTATTTTA         	2	13	1
ATGCTAACATTATAAATTATAGATGTTTTCTGAATAAAAAC	5	19	0
TTTTATCTCTTTTGATAAATGGACAAATTATGCTAACATTA	5	48	0
GGCTATTTTTATTGACAAATAGTGCTGTTTTCAAATTAGTT	5	98	1
GTTTTAAGTGAATTTTTTATTAATTTATTTTAAGATTGTTG	5	136	1
GTCGGATGTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATCCTTTTTATT	5	192	1
ATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTTTTTACTAATTTAA	5	221	1
TTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGG	6	24	1
AAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAA	6	60	1
TTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAA	6	89	0
ATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTATATAT	7	13	1
AAATTATATTTATATATTATAATACAATATATAAACATAGG	7	37	1
          TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTA	8	0	1
TATATTGATTTATAATGAATTATATACTTGATATAGAATTT	8	48	1
CTTGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTG	8	74	1
          * * *  ***  *    ** *
MAP Score: 15.827

Motif 6
TTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTT	0	18	1
CTTTAATTAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATT	0	39	1
TCAATACGCTTAAACTTTTAAACTCAATTCACTACACATAT	0	80	0
CTTTAAAATTCTACACATTTTACAAAATATAGTCAATACGC	0	112	0
GTGTTTTTCTAAAAAATTTTAATAGCTTTAAAATTCTACAC	0	137	0
AAAATAAAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGACCCGCACTAC	0	178	0
AAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCTATTTT	0	200	1
AAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAAAA	0	237	0
CTAAATAGCTACTTACATTTAATCTCTTTAAAAAATTTTTA	0	266	0
         GTTAAGACTTTAAGGATATATTAATACTCTCT	1	1	1
ATTAATACTCTCTAAAGTTTAGGAGAATAAA          	1	29	1
          ATGATATTTTAAGTATATGAATTTGAGGTAT	2	0	1
CCGGCTATTTTTATCTCTTTTGATAAATGGACAAATTATGC	5	56	0
GCTGTTTTCAAATTAGTTTTAAGTGAATTTTTTATTAATTT	5	121	1
TTGGGTAGGGTCGGATGTTTTTGAGGTTTTATTTTTTAATC	5	183	1
GTTTTATTTTTTAATCCTTTTTATTTATGCAATGTTAGGTT	5	208	1
ATTTATGCAATGTTAGGTTTTTACTAATTTAATTTTTTTGT	5	230	1
TCCCTTTACATAAGAAATATAGCATAATAAAGATAGTAATT	6	26	0
GTAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTATAATGTA	6	58	1
TTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATACATAAAA	6	80	0
 AAAATACTCTCACTTTTTTTAATTCTTAAATTATATTTAT	7	9	1
TATGTTTATATATTGTATTATAATATATAAATATAATTTAA	7	35	0
          TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTA	8	0	1
TATTAAACAAAGATTAATTAAATTATATTGATTTATAATGA	8	25	1
ATATGATAATAAATTCTATATCAAGTATATAATTCATTATA	8	58	0
          * *    ****     *** *
MAP Score: 3.2436