AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_profile010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944238381
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0003	246	B. burgdorferi predicted coding region BB0003
#1	BB0411	171	endonuclease precursor (nucA)
#2	BB0683	93	3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase
#3	BBG11	47	B. burgdorferi predicted coding region BBG11

Motif 1
GTATAGCCACTTATGTTATTATACTTAAAAATTTGTTTTTT	0	69	1
ATAAAATTTTTTCTGAAATGATACTTGAAAAACTTAATTCT	0	171	1
  AGCTTGCATTCTCTTATATTACAAAAAAAAATCACTATG	3	8	1
TAGCAAAATCTTATATAATAAAACCTAAAAATGGAAGTTT 	2	9	0
GCCTTAAGTATTATATTATAATTTACAAAAATTAGCAAAAT	2	41	0
ACATAAGTGGCTATACTATTGATTATTAAAATTATAGCAAT	0	44	0
TAAAGAAAAGCTTATTAATATAAGCAAAAAAACAAATTTTT	0	95	0
GATATCTTACTACTCAAATAATAAGCAAAAAACACTATACC	1	80	1
TTTTATCAACTTTAACATTCATAAGTTAAAACCAAAACCCT	0	136	0
ATAATAGAAATAATACACTGACATTACAAAATCTATTCCAA	1	12	1
          ** *   **   *    ****
MAP Score: 12.337

Motif 2
TAATATAAGCAAAAAAACAAATTTTTAAGTAT	0	89	0
ATCTTATATAATAAAACCTAAAAATGGAAGTT	2	11	0
CATTCATAAGTTAAAACCAAAACCCTTAAAGA	0	130	0
AGAAGCCCAATTAATACCAAAAGGATATCTTA	1	57	1
TAATTTACAAAAATTAGCAAAATCTTATATAA	2	32	0
ACTACTCAAATAATAAGCAAAAAACACTATAC	1	88	1
ATTTTTAAGTATAATAACATAAGTGGCTATAC	0	69	0
AAACCCTTAAAGAAAAGCTTATTAATATAAGC	0	111	0
AAATGATACTTGAAAAACTTAATTCTGGCAAG	0	186	1
CTCTTATATTACAAAAAAAAATCACTATGACC	3	20	1
TAATACACTGACATTACAAAATCTATTCCAAT	1	22	1
GCTATACTATTGATTATTAAAATTATAGCAAT	0	44	0
        GGAAAATATTTAATGGATTCAAAA	0	232	0
TTTTTGTAAATTATAATATAATACTTAAGGCC	2	51	1
ATCATTTCAGAAAAAATTTTATCAACTTTAAC	0	161	0
          * **** *****
MAP Score: 10.2796

Motif 3
TTGATTATTAAAATTATAGCAATAATATGACTAGAAT	0	30	0
AACAAATTTTTAAGTATAATAACATAAGTGGCTATAC	0	69	0
CCCTTAAAGAAAAGCTTATTAATATAAGCAAAAAAAC	0	103	0
TTTAACATTCATAAGTTAAAACCAAAACCCTTAAAGA	0	130	0
ATTTCAGAAAAAATTTTATCAACTTTAACATTCATAA	0	153	0
ATTTTTTCTGAAATGATACTTGAAAAACTTAATTCTG	0	176	1
GTATTAGGACAAATCTTGCCAGAATTAAGTTTTTCAA	0	195	0
          AAATAATAGAAATAATACACTGACATT	1	0	1
TACCAAAAGGATATCTTACTACTCAAATAATAAGCAA	1	71	1
GCAAAATCTTATATAATAAAACCTAAAAATGGAAGTT	2	11	0
GTATTATATTATAATTTACAAAAATTAGCAAAATCTT	2	38	0
TTGCATTCTCTTATATTACAAAAAAAAATCACTATGA	3	13	1
          ***  ***  *   ***
MAP Score: 9.34614

Motif 4
GTATAGCCACTTATGTTATTATACTTAAAAATTTGTTTTTTTGC	0	69	1
AAAAATTTGTTTTTTTGCTTATATTAATAAGCTTTTCTTTAAGG	0	95	1
TCTTTAAGGGTTTTGGTTTTAACTTATGAATGTTAAAGTTGATA	0	130	1
ATAAAATTTTTTCTGAAATGATACTTGAAAAACTTAATTCTGGC	0	171	1
ATAATAGAAATAATACACTGACATTACAAAATCTATTCCAATAA	1	12	1
GGTATAGTGTTTTTTGCTTATTATTTGAGTAGTAAGATATCCTT	1	77	0
 AAACTTCCATTTTTAGGTTTTATTATATAAGATTTTGCTAATT	2	9	1
TTTTTGTAAATTATAATATAATACTTAAGGCCATTAATTCATTG	2	51	1
  AGCTTGCATTCTCTTATATTACAAAAAAAAATCACTATGACC	3	8	1
          ** *    * *****        *
MAP Score: 0.472232