AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_sum_all005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944238766 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0431 108 conserved hypothetical protein #1 BB0434 118 stage 0 sporulation protein J (spo0J) #2 BB0724 87 K+ transport protein (ntpJ) #3 BB0836 114 excinuclease ABC, subunit B (uvrB) #4 BBH26 300 B. burgdorferi predicted coding region BBH26 #5 BBE21 300 conserved hypothetical protein #6 BBG06 300 conserved hypothetical protein #7 BBJ19 300 conserved hypothetical protein #8 BBK23 300 B. burgdorferi predicted coding region BBK23 #9 BBI19 101 conserved hypothetical protein #10 BBA18 296 conserved hypothetical protein #11 BBA19 47 conserved hypothetical protein #12 BBB10 121 conserved hypothetical protein #13 BBD21 300 conserved hypothetical protein #14 BBF14 300 conserved hypothetical protein #15 BBF25 21 conserved hypothetical protein #16 BBF26 300 conserved hypothetical protein Motif 1 TATTATAATTATAAAAAATAATGAGTGCTAAT 6 147 0 AAATTATAGTATATAAAATAATAAATTTCAAT 8 238 0 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGA 13 126 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGA 13 147 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGA 13 168 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGA 13 189 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGA 13 210 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGA 13 231 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGA 13 252 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAAAAGGAAG 13 273 1 TTTAAGAATAAAAAAAAAGAATGTTCCACGTG 1 40 0 AAGGATAAATAAATAAAATAATCTAAATTCTT 10 20 1 ATATTAAAAATAATGTAATTATGA 2 2 1 TTGAGAAGCAATACTAAAAAATCTAAGAACCT 7 79 0 TCATCTATAAATAATAAAAAATATTAAAAAAT 7 211 1 GTAATAAAATATAATAAATAATAAACTTATAT 10 126 0 GTATTTTTATATAAAAAATAAAAAAAAGTATA 10 202 0 TACATATTTTATACATAATAATAATTATTACA 7 258 1 TTCTGATATAAATCAAAACAATATTTTTGACT 14 105 1 TAATAATACTAAAATAAACAATATTATAGAGG 7 50 1 CTTCTCAATAAATTAAAAAAATAGAGAAATAA 7 103 1 GGGTGTAAATAATCAAAACAATCTAAAAAAAT 8 49 0 TAGTGGTTTAAAATAAAATAAAAAGACTATAG 4 142 0 CATAAATGATAAAAATAATAATATTTTAAATT 0 43 0 TTTATCACTAAAAAATAAAAATTTTTTATATT 5 260 0 GTTTGGCCATATAAAAATCAATATTTTTTTTA 16 199 1 ATTAAAAATTATAAAAATAAATTCTTAATTTA 4 22 1 TAAAAAAATCATAAAAATTAATAATTTATTGC 9 70 0 ATACTTTTATAAAAAAATCATAAAAATT 9 83 0 TATTTAAATATAATAAAAGAATGATAAAGAAC 5 71 1 ATATGAAAAAATTCATAAAAATTAAATATTGA 6 218 1 TAAAGCAATTATTGATAAAAATACACTGAACA 4 266 1 TTATCATATAATTTATAAGAATGTGTATTAAA 3 90 1 TCCCAACACCAATCAAAAAAAATATTTTTCAA 6 92 0 AATTTTATCTAAAAATAACAAAGAATACTCCA 6 266 1 ACTATTTCTAAAATTAAAAATTATAAAAATA 4 9 1 GTGATTAGCTAAAAATAATAAAATATTTAGTT 4 199 1 ACTATTTTAAATAAAAATTAAAGCGTAAAAAT 10 82 1 TTAGTTAGGTATTGAAATTAATCAAATATTTT 4 225 1 TAAACTATTTTTTAAAAAAAATATTGATTTTT 16 211 0 GGTAGAGATTAAAGTAATTAATATGTGATATA 13 109 1 GAAAGATTATTATAAAAATAATGGACAAAATC 6 11 0 AATCTTTGTTTAATAAAATAAAAGGAAATA 3 8 0 TTTGTAAAGTATATTTAACAAATATGTATTAA 10 169 1 TATAAGATAAATTTTTAATAATTTAAACAACT 2 63 1 ATATAATTCATTATAAATCAATATAATTTAAT 3 41 0 AACTAATCCTTAATTAACAAT 15 0 0 AAATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTTTAA 3 27 0 CTTTAATTATAATTTAATTAATAGTACAGTTT 10 248 0 CTAAATTCTTAATAAAATTAAACCCATCGCTA 10 42 1 *** **** *** MAP Score: 76.1513 Motif 2 TTTTTACATATTTTATACATAATAATAATTATTACACGAACAA 7 254 1 ATATTAATTATTTTATATCACATATTAATTATTTTATATCACA 13 132 0 ATATTAATTATTTTATATCACATATTAATTATTTTATATCACA 13 174 0 ATATTAATTATTTTATATCACATATTAATTATTTTATATCACA 13 216 0 CTTTTAATTATTTTATATCACATATTAATTATTTTATATCACA 13 258 0 TATTTCCTTTTATTTTATTAAACAAAGATTAATTAAATTA 3 7 1 ACTCATTATTTTTTATAATTATAATATTATATTTTAACTTGCG 6 153 1 TAACAACAAGTTTTATCTTTTTAAGATCAGATTTAAATAGAT 7 9 0 AACATTCTTTTTTTTTATTCTTAAATTGTAATTCAATATTATA 1 47 1 AATGTTAAAATATTATGCTATATAAGATAAATTTTTAATAATT 2 43 1 TGTAAAAAAGTATTGTGGATAAGAAAATGGATTTCGTCAATTT 14 167 0 TATTCTTTGTTATTTTTAGATAAAATTATAATTTGCCTAACTC 6 250 0 TATAGTCTTTTTATTTTATTTTAAACCACTATTTCTATAATCT 4 143 1 GCGATGGGTTTAATTTTATTAAGAATTTAGATTATTTTATTTA 10 29 0 ATTTATTATATTTTATTACAAAAACTTACTTTTGTAAAGTATA 10 139 1 TTCAGTGTATTTTTATCAATAATTGCTTTAATTATATTCAAAA 4 253 0 GATAGCGACCTTTTTTTGTTTAAAGCTTATATATCAACACGCT 16 115 1 AAGTAAACTATTTTTTAAAAAAAATATTGATTTTTATATGGCC 16 203 0 TTTTAATATTTTTTATTATTTATAGATGATATATTAGCTTTAA 7 197 0 TATTTTTGACTTTTATCTAAATCAGTTAATATACCTTTTGTAA 14 126 1 CCACAATACTTTTTTACAACTAGAACTTTAATTATTTTACTTT 14 192 1 AAAGAAAATCTATTTTTTTAGATTGTTTTGATTATTTACACCC 8 38 1 GATTGAAATTTATTATTTTATATACTATAATTTTTAACTGTAA 8 237 1 TACTTTTTTTTATTTTTTATATAAAAATACTTTACTTTTTTAA 10 204 1 AACATTGAAATATTATCATAATTACATTATTTTTAATAT 2 6 0 TTTAAAATATTATTATTTTTATCATTTATGTTTTAAAATATAA 0 45 1 GCTTTAATTTTTATTTAAAATAGTGAGCTTATTAGCGATGGGT 10 63 0 AAATATTTTATTATTTTTAGCTAATCACAGTTTTAAGTCAAAG 4 184 0 ATTTCTCTTTTTATTTGGTTTTGTTTTTATATTTTAAAACATA 0 71 0 TATCATTCTTTTATTATATTTAAATAGGGCATTCGAAGTGGTA 5 54 0 TCTTTAATTATAATTTAATTAATAGTACAGTTTCTTAAAAAAG 10 238 0 AGCGTAAAAATAATTTACTCCTAATATAAGTTTATTATTTATT 10 103 1 AGATTTTGTCCATTATTTTTATAATAATCTTTCTTA 6 3 1 ACATTACAAGTAATAAAACATTAAACAATTATTTGATTAATGT 14 252 1 AAAATAATAATATTTTAAATTAGTTTTTAAATATTTGATTATT 0 21 0 AACTTTACTTTTTTAAATAAGTGTATTACTATTAATTTTAGTG 12 51 1 AATAGTTTACTTTTCATTGCTTATTGAGTTATTATATTCCTTG 16 234 1 TTCTCTATTTTTTTAATTTATTGAGAAGCAATACTAAAAAATC 7 88 0 CCAAAAACCATTTTAAGAATATTTAAGCTAATTGGGAGAGGGG 8 177 0 ACCTCTATAATATTGTTTATTTTAGTATTATTAACAACAAGTT 7 40 0 ATTAATTATTTTATATCACATATTAATTACTTTAATCTCTACC 13 109 0 TTATAATGAATTATATACTTGATATAGAATTTATTATCATATA 3 57 1 AATTAAGAATTTATTTTTATAATTTTTAATTTTAGAAATAGT 4 9 0 TAAAAAATTTTTATTTTTTAGTGATAAACTTTACTTATCTGAA 5 264 1 TCTCAATATTTAATTTTTATGAATTTTTTCATATTTAGGTGGA 6 209 0 ATATAATTCATTATAAATCAATATAATTTAATTAATCTTTGTT 3 30 0 AAGTTTTCTTTTATGAATTCTTTTATTGCAATTGTTCTATATT 7 156 0 AAAGGATAAGTAATATTAAGTTGACTTGTGTTAATTGC 5 5 0 TTATTACTTGTAATGTAAATATGTAGCTTGTTTAAAGTAAAAT 14 225 0 **** * * * *** MAP Score: 42.6934 Motif 3 TATATTGATTTATAATGAATTATATACTTGATATAGAATTTAT 3 48 1 AGTATTTTTATATAAAAAATAAAAAAAAGTATATTTAATACAT 10 192 0 AAGTAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATAA 13 120 1 AAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATAA 13 162 1 AAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATAA 13 204 1 AAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATAA 13 246 1 GTTTTGTTTTTATATTTTAAAACATAAATGATAAAAATAATAA 0 54 0 ACTATTTCTAAAATTAAAAATTATAAAAATAAATT 4 2 1 TTCGAAGTGGTATTACACAAAGGATAAGTAATATTAAGTTGAC 5 23 0 AATTTACAGTTAAAAATTATAGTATATAAAATAATAAATTTCA 8 240 0 AATAGTGGTTTAAAATAAAATAAAAAGACTATAGGAAAAAGCC 4 133 0 CATAATTCTCTAATACCCAATGTACAGTCTATAGATACAATAA 5 169 1 AAAGAATTCATAAAAGAAAACTTAAAGCTAATATATCATCTAT 7 176 1 CTTGATATAGAATTTATTATCATATAATTTATAAGAATGTGTA 3 74 1 TAATAGGCTCAATTAAGAATAGAATAATAAATAACAACCAGGG 8 78 0 TCCACCTAAATATGAAAAAATTCATAAAAATTAAATATTGAGA 6 209 1 AATAATCAAATATTTAAAAACTAATTTAAAATATTATTATTTT 0 21 1 TTAATTAAATTATAATTAAAGAAACTACTTATATTAGGAGTAT 10 259 1 ATATTTTGAATATAATTAAAGCAATTATTGATAAAAATACACT 4 250 1 TTTCAATGTTAAAATATTATGCTATATAAGATAAATTTTTAAT 2 39 1 AGGTTGAAATTTTTACATATTTTATACATAATAATAATTATTA 7 245 1 CATAAAAATTAATAATTTATTGCAATGTTTATAATTGGGAAGA 9 50 0 AAAGTAAGTTTTTGTAATAAAATATAATAAATAATAAACTTAT 10 128 0 ACCTCTATAATATTGTTTATTTTAGTATTATTAACAACAAGTT 7 40 0 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142 0 TTTAAACCACTATTTCTATAATCTTTGACTTAAAA 4 162 1 TAAAACTGTGATTAGCTAAAAATAATAAAATATTT 4 192 1 GAATGCCCTATTTAAATATAATAAAAGAATGATAA 5 63 1 TCCCCCATGCATCATATAAAAATATCCATCTCAAA 5 112 1 ATCCATCTCAAAATGTTAAAAACAACGCCACCGAC 5 135 1 ACCGGCTCACAATATAAAAAATTTTTATTTTTTAG 5 250 1 GAAAGATTATTATAAAAATAATGGACAAAATCT 6 8 0 TAACATTTTGTTATACAAAAATCTTACACATCCAA 6 51 1 ATATTATAATTATAAAAAATAATGAGTGCTAATAA 6 145 0 GCAAGTTAAAATATAATATTATAATTATAAAAAAT 6 160 0 CTCCACCTAAATATGAAAAAATTCATAAAAATTAA 6 208 1 AAATTATAATTTTATCTAAAAATAACAAAGAATAC 6 259 1 TTGTTGTTAATAATACTAAAATAAACAATATTATA 7 43 1 ATTGAGAAGCAATACTAAAAAATCTAAGAACCTCT 7 77 0 TTGCTTCTCAATAAATTAAAAAAATAGAGAAATAA 7 100 1 GCTTCCAGACTTTTCTTAATATAGAACAATTGCAA 7 139 1 AATATAGAACAATTGCAATAAAAGAATTCATAAAA 7 156 1 AAGCTAATATATCATCTATAAATAATAAAAAATAT 7 200 1 AAATAATAAAAAATATTAAAAAATAGAGGTTGAAA 7 219 1 AATAATTATTATTATGTATAAAATATGTAAAAATT 7 252 0 CTTTAACCACTATTTATATAATCTTTGATTTA 8 7 0 AATCAAAACAATCTAAAAAAATAGATTTTCTTTAA 8 36 0 CAATTAAGAATAGAATAATAAATAACAACCAGGGT 8 77 0 AATTTCAATCTTCTGTTAAAATTAAAGCCAAAAAC 8 212 0 AAATTATAGTATATAAAATAATAAATTTCAATCTT 8 235 0 TGTGTTAATTTACAGTTAAAAATTATAGTATATAA 8 254 0 AAAAATCATAAAAATTAATAATTTATTGCAATGTT 9 64 0 ATACTTTTATAAAAAAATCATAAAAATTAAT 9 80 0 GAATGAAGGATAAATAAATAAAATAATCTAAATTC 10 15 1 CGCTTTAATTTTTATTTAAAATAGTGAGCTTATTA 10 72 0 ATAAAATATAATAAATAATAAACTTATATTAGGAG 10 120 0 AAGTAAGTTTTTGTAATAAAATATAATAAATAATA 10 135 0 ATATTTAACAAATATGTATTAAATATACTTTTTTT 10 179 1 TTTATATAAAAAATAAAAAAAAGTATATTTAATAC 10 194 0 AAGTAGTTTCTTTAATTATAATTTAATTAATAGTA 10 254 0 AGTAATACACTTATTTAAAAAAGTAAAGTTTTGTT 12 46 0 TTTTAGTGCTTAATGCAATAAAAGATCAAACGATA 12 86 1 TCAGATCTAATTCATTAAAAAATTTTGTGAAAGGG 13 66 1 ATTATTTTATATCACATATTAATTACTTTAATCTC 13 113 0 AATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGT 13 142 1 AATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGT 13 163 1 AATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGT 13 184 1 AATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGT 13 205 1 TTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATAT 13 231 1 AATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATGT 13 247 1 AATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAAAAGGA 13 268 1 AATCTACCAATTCTGATATAAATCAAAACAATATT 14 95 1 ATTAAAGTTCTAGTTGTAAAAAAGTATTGTGGATA 14 189 0 AGCTTGTTTAAAGTAAAATAATTAAAGTTCTAGTT 14 209 0 AATTATTTGATTAATGTAATAAGGAAAAAGAT 14 278 1 ATATAAGCTTTAAACAAAAAAAGGTCGCTATCTTT 16 112 0 GTAAACTATTTTTTAAAAAAAATATTGATTTTTAT 16 209 0 ** * ****** * MAP Score: 29.4216 Motif 5 AATTCTTAATTTATCCTGTGATAGCCTTTTAGATCCTTT 4 41 1 AAAATTTTTATTTTTTAGTGATAAACTTTACTTATCTGA 5 267 1 TTTTTTTGATTGGTGTTGGGATATATTCTGCACTTATAA 6 103 1 ATATTATATTTTAACTTGCGTTATAAATTCATCTCCACC 6 176 1 ATTAAAGTAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATG 13 116 1 TATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATG 13 137 1 TATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATG 13 158 1 TATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATG 13 179 1 TATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATG 13 200 1 TATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATG 13 221 1 TATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAATATG 13 242 1 TATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAATTAAAAGG 13 263 1 ** ** **** * * MAP Score: 28.3342 Motif 6 ATTAGTTTTTAAATATTTGATTATTTGACAT 0 15 0 TATATAAGATAAATTTTTAATAATTTAAACA 2 61 1 ATACCTAACTAAATATTTTATTATTTTTAGC 4 206 0 ATTATATTCAAAATATTTGATTAATTTCAAT 4 235 0 TAAATTCTTAAAAGATTTTATTGTATCTATA 5 198 0 TACTTTTGAAAAATATTTTTTTTGATTGGTG 6 87 1 TTTATAATTATAATATTATATTTTAACTTGC 6 164 1 TTTGTTCGTGTAATAATTATTATTATGTATA 7 267 0 TTACACGAACAAATAGGAGATTAAG 7 285 1 ACATTGCAATAAATTATTAATTTTTATGATT 9 65 1 TTTTACGCTTTAATTTTTATTTAAAATAGTG 10 81 0 TATATTTAACAAATATGTATTAAATATACTT 10 178 1 TTAAAGTAATTAATATGTGATATAAAATAAT 13 117 1 ATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATA 13 152 1 ATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAAT 13 180 1 ATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATA 13 194 1 ATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATA 13 215 1 ATAAAATAATTAATATGTGATATAAAATAAT 13 243 1 ATGTGATATAAAATAATTAATATGTGATATA 13 257 1 ATGTGATATAAAATAATTAAAAGGAAGTTTG 13 278 1 ***** ***** MAP Score: 8.90737 Motif 7 TCATTTATGTTTTAAAATATAAAAACAAAACCAAATAAAAAGA 0 66 1 ATGTTCCACGTGGAACATTCTTAAACAAGAAAAACCAATTCT 1 9 0 ATTGTCAAAACCTCCTACAACACAAAATTTTACCA 1 93 0 AATTATATGATAATAAATTCTATATCAAGTATATAATTCATTA 3 60 0 AATTTAAAATTTGAAAAAGGATCTAAAAGGCTATCACAGGATA 4 52 0 GAAATAGTGGTTTAAAATAAAATAAAAAGACTATAGGAAAAAG 4 135 0 CAATTATTGATAAAAATACACTGAACATGGAGATTAAAA 4 271 1 TTAAATATAATAAAAGAATGATAAAGAACTCAAATACTTCCCC 5 74 1 CCCCCATGCATCATATAAAAATATCCATCTCAAAATGTTAAAA 5 113 1 CATCTCAAAATGTTAAAAACAACGCCACCGACATAATTCTCTA 5 138 1 CATTTTGTTATACAAAAATCTTACACATCCAAATACTTTTGAA 6 54 1 CACCTAAATATGAAAAAATTCATAAAAATTAAATATTGAGAGT 6 211 1 TATCTAAAAATAACAAAGAATACTCCACCTACAATTTCT 6 271 1 AACTTGTTGTTAATAATACTAAAATAAACAATATTATAGAGGT 7 40 1 GAAGCAATACTAAAAAATCTAAGAACCTCTATAATATTGTTTA 7 64 0 TCTCAATAAATTAAAAAAATAGAGAAATAAAAAAGCTTCCAGA 7 105 1 TATTATTATGTATAAAATATGTAAAAATTTCAACCTCTATTTT 7 238 0 ATTTTATACATAATAATAATTATTACACGAACAAATAGGAGAT 7 263 1 ATACTTTTATAAAAAAATCATAAAAATTAATAATTTATTGCA 9 69 0 TCTAAATTCTTAATAAAATTAAACCCATCGCTAATAAGCTCAC 10 41 1 AGTATTTTTATATAAAAAATAAAAAAAAGTATATTTAATACAT 10 192 0 TAAGATTGGAATAAAGCTGACAACACCATTTTGTATGC 14 5 1 ACATTACAAGTAATAAAACATTAAACAATTATTTGATTAATGT 14 252 1 * **** *** * * MAP Score: 2.12249