AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BS/BS_fusions008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240719
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	argC	206	N-acetylglutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
#1	carA	70	carbamoyl-phosphate transferase-arginine (subunit A)
#2	pyrB	145	aspartate carbamoyltransferase
#3	yunH	174	similar to allantoinase

Motif 1
TCAGCCTGTTTTTTTATGCGGCTGAAATGC	0	15	1
CGCATCAACGTTTTTGTGCTGGAGTCGTGC	0	50	1
GTCGTGCTGATTTTTTTTGAGCGGAATTCC	0	73	1
ATTTATAAATTTTCTGTTCAATGGGAATTC	0	96	0
ATATTTAATATTTTTATTCATTTATAAATT	0	115	0
ATTGAATTAATTTTTATTCATGTTATAATG	0	148	1
          TTTTTTTTCGATATAAAGGC	1	0	1
TAAAAATGAATTTTTATGCCTTTATATCGA	1	17	0
TAGACCGGGGTTTTTTTTCAGCCTTAAGTT	2	105	1
TTCTTTCCCCTCTCTTTTCAACTTAAGGCT	2	124	0
CACAACCAGTTCTATTTTCAACAGTTTACT	3	105	0
          **********
MAP Score: 14.4846

Motif 2
GAAAATTTATAAATGAATAAAAATATTAAATATA	0	112	1
ATATACGATTGAATTAATTTTTATTCATGTTATA	0	141	1
GGTCTTTGTGAAATTATTTAACATTATAACATGA	0	165	0
TTAATTATAAAAATGAATTTTTATGCCTTTATAT	1	20	0
ACCTCTTGATGAATAATTAATTATAAAAATGAAT	1	36	0
TGGTTAAGGTGAATAATTTTCAATAGGAATTCTA	3	38	1
          **** * ***  **
MAP Score: 4.07463

Motif 3
ATTTCAGCCGCATAAAAAAACAGGCTGACCGC	0	11	0
GAATTCCGCTCAAAAAAAATCAGCACGACTCC	0	70	0
GCGGAATTCCCATTGAACAGAAAATTTATAAA	0	93	1
TTATAACATGAATAAAAATTAATTCAATCGTA	0	144	0
TATGCCTTTATATCGAAAAAAAA         	1	1	0
GATATAAAGGCATAAAAATTCATTTTTATAAT	1	19	1
TTCAGCCTTAAGTTGAAAAGAGAGGGGAAAGA	2	121	1
CCAATGTTTTTATAGAAAAGGAGAATGCGCT 	3	9	0
CTAGAATTCCTATTGAAAATTATTCACCTTAA	3	41	0
AGCAGTAAACTGTTGAAAATAGAACTGGTTGT	3	102	1
CATAAACTGACATGGAAAATCGTCATCCTGAC	3	138	1
          *** ****** *
MAP Score: 3.49031

Motif 4
TAATTAATTATAAAAATGAATTTTTATGCCTTTATAT	1	20	0
AAAACATTGGTTAAGGTGAATAATTTTCAATAGGAAT	3	31	1
ATATTAAATATACGATTGAATTAATTTTTATTCATGT	0	134	1
TGTGCTGGAGTCGTGCTGATTTTTTTTGAGCGGAATT	0	64	1
ACCCTCTTGGTCTTTGTGAAATTATTTAACATTATAA	0	170	0
ACAGCCCACCTCTTGATGAATAATTAATTATAAAAAT	1	40	0
ACAGAAAATTTATAAATGAATAAAAATATTAAATATA	0	109	1
     CGCGGTCAGCCTGTTTTTTTATGCGGCTGAAA	0	5	1
AATTAATTTTTATTCATGTTATAATGTTAAATAATTT	0	152	1
          *     ****** ** *
MAP Score: 2.50574