AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BS/BS_fusions016_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241098
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	opuAA	289	glycine betaine ABC transporter (ATP-binding protein)
#1	opuBA	274	choline ABC transporter (ATP-binding protein)
#2	opuCB	22	glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter (membrane protein)
#3	opuCA	263	glycine betaine/carnitine/choline ABC transporter (ATP-binding protein)

Motif 1
ATATAGGAGGATTACAGAGCATTTAGAAGCATAAA	0	140	1
TGTGTGGGAAGTTACATAAATGTTACGGTAATAAA	0	240	1
TTCCCTCCATATTAAGCAATCTTTATTACCGTAAC	0	261	0
CGATGTCAATATACCACATTTTTGATACGGCGAAA	1	28	1
TAAATCAGCGTTTACACATACTTTATAAATAATAT	1	129	1
GTTTACAATTTGTTCATATTATTTATAAAGTATGT	1	144	0
ATATGAACAAATTGTAAACTTTTTATTTTATAAAC	1	160	1
TAAACTTTTTATTTTATAAACTTTATTCTATAATG	1	174	1
TAAATTTAATTTTTCAGACAATTGAATGCTTCCCA	1	207	0
AACTGAACAAATTGAATAAACTTAATTTTGGAGGT	1	242	1
TTATATGTTATTTATAGATTATTTATTGTTATGAC	3	140	0
ATTTCAACACATTGTAAACTTTTTATTTTACAAAG	3	174	1
TAAACTTTTTATTTTACAAAGTTCAAACTATAATA	3	188	1
AGGATTATACTTTTCAGAAAATTTAAAGGAAACCT	3	223	1
          *** ** *   ****
MAP Score: 13.4458

Motif 2
ATAGGAGGATTACAGAGCATTTAGAAGCATAAATA	0	142	1
TGGATGTTTATAAAGAAATGGTACAGAATAAAAGA	0	193	1
AATAAGGAGATCAACACACGTCAATGCGGGTAAAT	1	99	1
AATCAGCGTTTACACATACTTTATAAATAATATGA	1	131	1
ATAAATAATATGAACAAATTGTAAACTTTTTATTT	1	153	1
AATTTAATTTTTCAGACAATTGAATGCTTCCCATT	1	205	0
AAATTTAAACTGAACAAATTGAATAAACTTAATTT	1	235	1
TCAGCTATTTTCAACACCAGGAAGAAATATGATAT	3	49	0
ACATATAATTTCAACACATTGTAAACTTTTTATTT	3	167	1
AACTTTTTATTTTACAAAGTTCAAACTATAATAAG	3	190	1
GATTATACTTTTCAGAAAATTTAAAGGAAACCTGC	3	225	1
          * **** * ** * *
MAP Score: 9.79124

Motif 3
ATTTAGAAGCATAAATAAGATCATGTGGTCA	0	160	1
CACATACTTTATAAATAATATGAACAAATTG	1	143	1
GGTCATAACAATAAATAATCTATAAATAACA	3	139	1
AGTTTATAAAATAAAAAGTTTACAATTTGTT	1	165	0
ACTTTGTAAAATAAAAAGTTTACAATGTGTT	3	179	0
TAAATAATCTATAAATAACATATAATTTCAA	3	150	1
CCTTTACTGGAAAAATAAGTTGCTTTTTCAA	0	18	0
AGTTCAAACTATAATAAGGATTATACTTTTC	3	207	1
TTTTCGCCGTATCAAAAATGTGGTATATTGA	1	33	0
TCGCACCTCCAAAATTAAGTTTATTCAATTT	1	250	0
TTCCCATTATAGAATAAAGTTTATAAAATAA	1	182	0
AAATGTTACGGTAATAAAGATTGCTTAATAT	0	257	1
          ********* *
MAP Score: 8.32914

Motif 4
GTTGAAAAAGCAACTTATTTTTCCAGTAAAGG	0	17	1
CACAAACAGCATATTCTCTTTTATTCTGTACC	0	212	0
ATTTCCTGCCAAATTCTCTTTTGACAGCATTT	1	61	0
AACAAATTGTAAACTTTTTATTTTATAAACTT	1	165	1
TTTATTTTATAAACTTTATTCTATAATGGGAA	1	181	1
TGTTCAGTTTAAATTTAATTTTTCAGACAATT	1	219	0
CAAATTGAATAAACTTAATTTTGGAGGTGCGA	1	249	1
CAATGTGTTGAAATTATATGTTATTTATAGAT	3	156	0
AACACATTGTAAACTTTTTATTTTACAAAGTT	3	179	1
          ******* * **
MAP Score: 6.9096

Motif 5
ATCACCCGTAAAATACAATCATATAGGAGGATTACA	0	120	1
ATAAATAAGATCATGTGGTCACATGGATGTTTATAA	0	170	1
AATTCCGATGTCAATATACCACATTTTTGATACGGC	1	23	1
ACTTTATAAATAATATGAACAAATTGTAAACTTTTT	1	148	1
AAATTAAATTTAAACTGAACAAATTGAATAAACTTA	1	230	1
    AGCTGATCATCCCTTCAAATGGCAATTGATGG	3	6	1
ATTGATGGTGTCAATATATCATATTTCTTCCTGGTG	3	34	1
AAATAACATATAATTTCAACACATTGTAAACTTTTT	3	162	1
          ****   * ** ** *
MAP Score: 5.80686

Motif 6
GGAATTGAATTCCTCCTTCCTCTTATGACTTC	0	54	0
TCCGGATACCTCCCACTTCCTCTGCATTCAGC	3	79	0
TCCTTCCTCTTATGACTTCCTGCTCCTTTACT	0	41	0
CAATATATCATATTTCTTCCTGGTGTTGAAAA	3	45	1
TCCTTATTGCTCCAATTTCCTGCCAAATTCTC	1	75	0
TTCTAAATGCTCTGTAATCCTCCTATATGATT	0	136	0
          ***  *******
MAP Score: 4.41682

Motif 7
TTACTGGAAAAATAAGTTGCTTTTTCAACACC	0	14	0
AATAAAAGAGAATATGCTGTTTGTGTGGGAAG	0	219	1
ATGTTACGGTAATAAAGATTGCTTAATATGGA	0	259	1
AAATTGGAGCAATAAGGAGATCAACACACGTC	1	89	1
AAGTTTATAAAATAAAAAGTTTACAATTTGTT	1	165	0
CCCATTATAGAATAAAGTTTATAAAATAAAAA	1	179	0
GAACAAATTGAATAAACTTAATTTTGGAGGTG	1	246	1
CGGTCATAACAATAAATAATCTATAAATAACA	3	138	1
AACTTTGTAAAATAAAAAGTTTACAATGTGTT	3	179	0
TTCAAACTATAATAAGGATTATACTTTTCAGA	3	209	1
          ****** *** *
MAP Score: 4.13576

Motif 8
CCTCTTATGACTTCCTGCTCCTTTACTGGAA	0	37	0
TTATTGGAATTGAATTCCTCCTTCCTCTTAT	0	60	0
TACGGGTGATTTTTCTCCTACCTTTAGTTGA	0	99	0
CTAAATGCTCTGTAATCCTCCTATATGATTG	0	135	0
          ATTTTCCCTCCATATTAAGCA	0	278	0
TGTTGATCTCCTTATTGCTCCAATTTCCTGC	1	84	0
        ACATCGCACCTCCAAAATTAAGT	1	261	0
    CTTAAAAGAGCTCCTCCCCTGG     	2	5	0
ACAATTACTCCGGATACCTCCCACTTCCTCT	3	88	0
GAAAATTTAAAGGAAACCTGCGGAGGTGCAC	3	239	1
        TCCGTGCACCTCCGCAGGTTTCC	3	250	0
          *** *******
MAP Score: 3.59658

Motif 9
ACCTTTAGTTGAAAACGCTTTTATTGGAATT	0	80	0
GAATAAAAGAGAATATGCTGTTTGTGTGGGA	0	218	1
TTGATACGGCGAAAATGCTGTCAAAAGAGAA	1	49	1
GTAATTGTAAGAACACCCTTTCCGTCTCGGT	3	111	1
TGAACAAATTGAATAAACTTAATTTTGGAGG	1	245	1
TAAAGTATGTGTAAACGCTGATTTACCCGCA	1	123	0
TAAATAATATGAACAAATTGTAAACTTTTTA	1	154	1
TCCCATTATAGAATAAAGTTTATAAAATAAA	1	181	0
CTATAATAAGGATTATACTTTTCAGAAAATT	3	215	1
          *** *******
MAP Score: 2.38434

Motif 10
GGTAGGAGAAAAATCACCCGTAAAATACAATCATATAGGA	0	108	1
ATGTTTATAAAGAAATGGTACAGAATAAAAGAGAATATGC	0	196	1
GCGTTTACACATACTTTATAAATAATATGAACAAATTGTA	1	136	1
CCATTATAGAATAAAGTTTATAAAATAAAAAGTTTACAAT	1	170	0
AGTTTAAATTTAATTTTTCAGACAATTGAATGCTTCCCAT	1	206	0
TAAATAATCTATAAATAACATATAATTTCAACACATTGTA	3	150	1
AATAAGGATTATACTTTTCAGAAAATTTAAAGGAAACCTG	3	219	1
          * *     ** * ***  **
MAP Score: 0.0589208