AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BS/BS_fusions019_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241215 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 ycgT 161 similar to thioredoxin reductase #1 ydbP 174 similar to thioredoxin #2 trxA 300 thioredoxin #3 yumC 300 similar to thioredoxin reductase #4 trxB 205 thioredoxin reductase #5 ahpC 300 alkyl hydroperoxide reductase (small subunit) Motif 1 ATTGATATTCATTCTCAATTAAAACTTTGA 0 114 1 TCTTTACTATCTTATCATTTTCACCGGAAA 1 56 1 ATTTTTGGGCATGCTGATGTTGAATGCATT 1 97 1 TGAATGGGATATGCTCTTTTTTTAAAACAC 2 157 0 CCAATGTGAAATGATGATTTTTAGTATAGC 2 268 0 GCTAACACAAATGATGATTTTATTATGGGT 3 12 0 CCGTAGCACTATTATCATGTTTATCCGGCT 3 101 1 ACCAAATGAAATGATCTTTTTCTGAATGTT 3 140 0 ATTAATAACAATTTTCATTTAGGAGGCAAT 3 274 1 TATTCTGCTTTTGGCCATTGT 5 1 1 GCTTTTGGCCATTGTCCTTTGCCCTTGACC 5 16 1 ACGGCCTGGCATTCTGATTTACAAAAGTCC 5 75 1 TGAGAGGCTGATTCTCAATTAGATAAGGTT 5 110 0 ATTGAAAGCGATTATGCTTTCTAATACATT 5 261 1 ********** MAP Score: 11.224 Motif 2 TATATCAAAGTTTTAATTGAGAATGAATATCAATAC 0 112 0 AAACTTTGATATAGATGTGAACGGGAGGCAGGACGG 0 135 1 ATTAGATCATTTTCCGGTGAAAATGATAAGATAGTA 1 60 0 TTATATTAAAATGGCATTGAAAAGGAGATGTGACAT 1 148 1 GGTAAAGTACATGACAGTGAAGAGGAGATGTGATCT 2 57 1 TATTGGGGCAATTGTAGTGATCGGGGCCATTATCAG 2 117 1 ACTCATTTTTATATGGTTGAATGGGATATGCTCTTT 2 168 0 CTGCTGACTCGTCAATTTGAACGGCAATATGGTATA 3 238 1 ACACGATTAAATGTATTCGAAAAGGGTATATGTTAA 4 54 0 TGGGTAAGGAATACGTTTGATGGGGATTCTTATCTT 4 132 1 CCATTGTCCTTTGCCCTTGACCATGGTGTCATAAAA 5 24 1 TGAAAACCTTATCTAATTGAGAATCAGCCTCTCATT 5 106 1 ATAATTAGAATTATTATTGAAAGCGATTATGCTTTC 5 246 1 ** **** **** MAP Score: 11.1666 Motif 3 ATGTCACATCTCCTTTTCAATGCCATTTT 1 155 0 CATGCCGGCGCTCTTTTTCAGGTTTTAAAA 2 10 1 AGCCGGTTTACTCATTTTTATATGGTTGAA 2 183 0 TTACTATCTTATCATTTTCACCGGAAAATG 1 59 1 AAGATCACATCTCCTCTTCACTGTCATGTA 2 64 0 AAATGAGAGGCTGATTCTCAATTAGATAAG 5 113 0 TGTATTGATATTCATTCTCAATTAAAACTT 0 111 1 CAAGTTTGGGCTCTTTCTTATAAGATAAGA 4 159 0 TTGTATGTAATTCCTTTTTATTTTATATTA 1 126 1 CCATAACCTACTTTTTTTCATCTTAATAAA 5 180 0 AAATAATTAGATCATTTTCCGGTGAAAATG 1 71 0 ATGTGAAATGATGATTTTTAGTATAGCATC 2 265 0 GCCTGGCATTCTGATTTACAAAAGTCCCTG 5 78 1 CCCACTACAATTCATCTTTACTATCTTATC 1 42 1 ATGGGATATGCTCTTTTTTTAAAACACAAA 2 154 0 AAATGAAATGATCTTTTTCTGAATGTTTCT 3 137 0 AAACAGAAGGCTCTTTCTTTATTAACATAT 4 33 1 ********** MAP Score: 10.3408 Motif 4 GATATAGATGTGAACGGGAGGCAGGACGG 0 142 1 GAGTATCCATTGAAAACAAGTCTAGGATTA 1 10 0 AAAATGGCATTGAAAAGGAGATGTGACAT 1 155 1 TTTTAAAACCTGAAAAAGAGCGCCGGCATG 2 10 0 TACATGACAGTGAAGAGGAGATGTGATCTT 2 64 1 GATTTGTGTTTTAAAAAAAGAGCATATCCC 2 152 1 TAAAATAGCGTGAACGAATGGGAGATGCTA 2 242 1 TCCTCCAATGTGAAATGATGATTTTTAGTA 2 272 0 GGGCCTTCTATAAACAGAAGGCTCTTTCTT 4 22 1 AGCCCAAACTTGAAAAGATGGTTTAAGGAG 4 177 1 TTTATTAAGATGAAAAAAAGTAGGTTATGG 5 180 1 ********** MAP Score: 8.73893 Motif 5 ATTCATCTTTACTATCTTATCATTTTCACC 1 51 1 CCTTTTCAATGCCATTTTAATATAAAATAA 1 143 0 CATGCCGGCGCTCTTTTTCAGGTTTTA 2 7 1 AAGAGGAGATGTGATCTTATGCTTCGTACC 2 76 1 TATGCTTCGTACCATTTTAATGATTATTGG 2 93 1 AATGGGATATGCTCTTTTTTTAAAACACAA 2 155 0 ATGCTTACAAATTATTTTTTCCTGATCACA 2 212 0 ATTCGTTCACGCTATTTTAATGCTTACAAA 2 231 0 ATGTGAAATGATGATTTTTAGTATAGCATC 2 265 0 AACACAAATGATGATTTTATTATGGGTCT 3 9 0 GCTTATTGGCGGGATTTTATGAAATATATT 3 46 1 ACCAAATGAAATGATCTTTTTCTGAATGTT 3 140 0 TTAGATCCTTACGATTTTTTCTGCTGACTC 3 218 1 ATGGTGATACGCTATTTTTTTGCTCAACAC 4 86 0 GTATCACCATGAGATTTTATAGGATATGGG 4 106 1 CACTCCTTAAACCATCTTTTCAAGTTTGGG 4 179 0 TTGGCATTTGAACATTTTATGACACCATGG 5 44 0 ********** MAP Score: 8.22709 Motif 6 CTGTTTCACCCAATTGGTTTTTGCCTATTATAGAGTTTTC 0 6 1 ATTTCAAGGGCCTTTGTTTATTCATTTCTTCTACCTTGTGGTCA 0 56 0 GATATACTTTGTATTGATATTCATTCTCAATTAAAACTTTGATA 0 102 1 CCCCCCACTACAATTCATCTTTACTATCTTATCATTTTCACCGG 1 39 1 GATGTTGAATGCATTTGTATGTAATTCCTTTTTATTTTATATTA 1 112 1 ATGTCACATCTCCTTTTCAATGCCATTTTAATATAAAATA 1 144 0 CATAAGATCACATCTCCTCTTCACTGTCATGTACTTTACCATGC 2 53 0 GAGGAGATGTGATCTTATGCTTCGTACCATTTTAATGATTATTG 2 78 1 ATAAACAGAAGGCTCTTTCTTTATTAACATATACCCTTTTCGAA 4 31 1 CCCATCAAACGTATTCCTTACCCATATCCTATAAAATCTCATGG 4 112 0 TATTCTGCTTTTGGCCATTGTCCTTTGCCCTTGACCAT 5 4 1 * ** * * * * * * * MAP Score: 7.66502 Motif 7 GGTCAATTGCTGAAAACTCTATAATAGGCAAAAACC 0 25 0 TCATTCTCAATTAAAACTTTGATATAGATGTGAACG 0 122 1 GAGTATCCATTGAAAACAAGTCTAGGATTA 1 4 0 CATTTTCCGGTGAAAATGATAAGATAGTAAAGATGA 1 53 0 AAAATGGCATTGAAAAGGAGATGTGACAT 1 155 1 CGGAGCTGTTTTAAAACCTGAAAAAGAGCGCCGGCA 2 12 0 TACATGACAGTGAAGAGGAGATGTGATCTTATGCTT 2 64 1 CCAATAATCATTAAAATGGTACGAAGCATAAGATCA 2 87 0 GATTTGTGTTTTAAAAAAAGAGCATATCCCATTCAA 2 152 1 TGAAATATATTGAAAAGTTTTTTGTGAAGTCCTTAC 3 65 1 CATCCGTTCTTGAAAATATTTCCGCAGGCCGCTACG 3 176 0 GCCTCCTAAATGAAAATTGTTATTAATTATACCATA 3 265 0 AGCCCAAACTTGAAAAGATGGTTTAAGGAGTGAATA 4 177 1 TTTTGGCATTTGAACATTTTATGACACCATGGTCAA 5 40 0 CAAAAGTCCCTGAAAACCTTATCTAATTGAGAATCA 5 96 1 ****** ** * * MAP Score: 6.82234 Motif 8 GTATCCATTGAAAACAAGTCTAGGATTA 1 3 0 CCCCCACTACAATTCATCTTTACTATCTTATCATT 1 40 1 GCTGATGTTGAATGCATTTGTATGTAATTCCTTTT 1 109 1 ATTTGTATGTAATTCCTTTTTATTTTATATTAAAA 1 124 1 TCTCCTTTTCAATGCCATTTTAATATAAAATAAAA 1 141 0 AAGTCCCTGAAAACCTTATCTAATTGAGAATCAGC 5 99 1 GGATTTAGGCATTTCTTTTATAATAAATGAGAGGC 5 132 0 ATGAATTATTAATTAATATATATTTTTTGTCAAGC 5 209 0 ATTAATTAATAATTCATATATAATTAGAATTATTA 5 227 1 TATGCTTTCTAATACATTTTTAGGAGGAATATACA 5 273 1 *** * * * ** ** MAP Score: 6.6302 Motif 9 AGTATATCATATTTCAAGGGCCTTTGTTTATTCATTT 0 73 0 TATGATATACTTTGTATTGATATTCATTCTCAATTAA 0 99 1 TTAAAATGGCATTGAAAAGGAGATGTGACAT 1 153 1 AGTACATGACAGTGAAGAGGAGATGTGATCTTATGCT 2 62 1 GCTTCGTACCATTTTAATGATTATTGGGGCAATTGTA 2 96 1 TTTTTATATGGTTGAATGGGATATGCTCTTTTTTTAA 2 162 0 AAATAGCGTGAACGAATGGGAGATGCTATACTAAAAA 2 244 1 GCTTCAGCTTATTGGCGGGATTTTATGAAATATATTG 3 40 1 TATGAAATATATTGAAAAGTTTTTTGTGAAGTCCTTA 3 63 1 ATAATAACCAAATGAAATGATCTTTTTCTGAATGTTT 3 139 0 TTTGGTTATTATCGTAGCGGCCTGCGGAAATATTTTC 3 164 1 TGACTCGTCAATTTGAACGGCAATATGGTATAATTAA 3 242 1 ATTAAATGTATTCGAAAAGGGTATATGTTAATAAAGA 4 48 0 TCACCATGAGATTTTATAGGATATGGGTAAGGAATAC 4 109 1 TAAGGAATACGTTTGATGGGGATTCTTATCTTATAAG 4 136 1 CAAATGCCAAAACGGCCTGGCATTCTGATTTACAAAA 5 64 1 ATTAGATAAGGTTTTCAGGGACTTTTGTAAATCAGAA 5 86 0 TGAAAACCTTATCTAATTGAGAATCAGCCTCTCATTT 5 106 1 **** * ** ** * MAP Score: 5.41407 Motif 10 GCCCTTGAAATATGATATACTTTGTATTGATATTCATTC 0 89 1 CAATTAAAACTTTGATATAGATGTGAACGGGAGGCAGGA 0 129 1 TCATCTTTACTATCTTATCATTTTCACCGGAAAATGATC 1 53 1 ATGTCACATCTCCTTTTCAATGCCATTTTAAT 1 152 0 AAGCATAAGATCACATCTCCTCTTCACTGTCATGTACTT 2 61 0 GGCGGGATTTTATGAAATATATTGAAAAGTTTTTTGTGA 3 53 1 TTTTTTCTGCTGACTCGTCAATTTGAACGGCAATATGGT 3 232 1 CATATACCCTTTTCGAATACATTTAATCGTGTTGAGCAA 4 58 1 AAATAGCGTATCACCATGAGATTTTATAGGATATGGGTA 4 99 1 AGGATATGGGTAAGGAATACGTTTGATGGGGATTCTTAT 4 126 1 TCATATATAATTAGAATTATTATTGAAAGCGATTATGCT 5 240 1 GCGATTATGCTTTCTAATACATTTTTAGGAGGAATATAC 5 268 1 * ** ** *** * * MAP Score: 5.26772 Motif 11 CAAGGTAGAAGAAATGAATAAACAAAGGCCCTTGAA 0 62 1 TATCAGATTTGTGTTTTAAAAAAAGAGCATATCCCA 2 147 1 TAAACCGGCTGTGATCAGGAAAAAATAATTTGTAAG 2 203 1 TTATTGGCGGGATTTTATGAAATATATTGAAAAGTT 3 48 1 TACGGGTAAGGACTTCACAAAAAACTTTTCAATATA 3 70 0 ACGGCAATATGGTATAATTAATAACAATTTTCATTT 3 258 1 TATGACAAGGGCCTTCTATAAACAGAAGGCTCTTTC 4 14 1 ACATTTAATCGTGTTGAGCAAAAAAATAGCGTATCA 4 76 1 AGTAGGTTATGGCTTGACAAAAAATATATATTAATT 5 198 1 AAGCATAATCGCTTTCAATAATAATTCTAATTATAT 5 244 0 * ** * ***** * MAP Score: 5.11617 Motif 12 CTACAATTCATCTTTACTATCTTATCATTTTCACC 1 46 1 GATGTTGAATGCATTTGTATGTAATTCCTTTTTAT 1 112 1 TGTATGTAATTCCTTTTTATTTTATATTAAAATGG 1 127 1 GCCGGTTTACTCATTTTTATATGGTTGAATGGGAT 2 177 0 GCACGTTAGATCCTTACGATTTTTTCTGCTGACTC 3 213 1 CAATATGGTATAATTAATAACAATTTTCATTTAGG 3 262 1 GAAGGCTCTTTCTTTATTAACATATACCCTTTTCG 4 38 1 AAGTTTGGGCTCTTTCTTATAAGATAAGAATCCCC 4 153 0 TTTAGGCATTTCTTTTATAATAAATGAGAGGCTGA 5 129 0 TATGAATTATTAATTAATATATATTTTTTGTCAAG 5 210 0 TATTAATTAATAATTCATATATAATTAGAATTATT 5 226 1 AAAGCGATTATGCTTTCTAATACATTTTTAGGAGG 5 265 1 ** ** *** * ** MAP Score: 4.33045 Motif 13 TGAATAAACAAAGGCCCTTGAAATATGATATAC 0 76 1 ATAAAATAAAAAGGAATTACATACAAATGCATT 1 119 0 TTATATTAAAATGGCATTGAAAAGGAGATGTGA 1 148 1 CAGCTCCGGCAGGGCATGGTAAAGTACATGACA 2 40 1 TTTCACATTGGAGGAATTCAATA 2 287 1 TGCTACGGGTAAGGACTTCACAAAAAACTTTTC 3 76 0 TATTATCGTAGCGGCCTGCGGAAATATTTTCAA 3 170 1 AAATATGACAAGGGCCTTCTATAAACAGAAGGC 4 11 1 AAATGCCAAAACGGCCTGGCATTCTGATTTACA 5 65 1 TAAGGTTTTCAGGGACTTTTGTAAATCAGAATG 5 84 0 AAAGTAGGTTATGGCTTGACAAAAAATATATAT 5 196 1 * ****** *** MAP Score: 2.60386 Motif 14 TCTACCTTGTGGTCAATTGCTGAAAACTCTA 0 40 0 GTATATCATATTTCAAGGGCCTTTGTTTATT 0 78 0 TATGATATACTTTGTATTGATATTCATTCTC 0 99 1 TTGATATAGATGTGAACGGGAGGCAGGACGG 0 140 1 CTAGACTTGTTTTCAATGGATACTCCCCCCA 1 15 1 GCATGCTGATGTTGAATGCATTTGTATGTAA 1 105 1 CACATCTCCTTTTCAATGCCATTTTAATATA 1 149 0 TTTTTATATGGTTGAATGGGATATGCTCTTT 2 168 0 ATTCCTCCAATGTGAAATGATGATTTTTAGT 2 273 0 TATTGAATTCCTCCAATGTGAA 2 288 0 AAAAGTTTTTTGTGAAGTCCTTACCCGTAGC 3 77 1 GACTCGTCAATTTGAACGGCAATATGGTATA 3 243 1 AAGGAATACGTTTGATGGGGATTCTTATCTT 4 137 1 ATGACACCATGGTCAAGGGCAAAGGACAATG 5 25 0 GTCATAAAATGTTCAAATGCCAAAACGGCCT 5 51 1 TAGAATTATTATTGAAAGCGATTATGCTTTC 5 251 1 ****** **** MAP Score: 0.922135