AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BS/BS_fusions027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241480
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ybcO	300	ybcO
#1	ybcP	66	ybcP
#2	ybcQ	43	similar to hypothetical proteins
#3	ykpA	180	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)
#4	ythP	290	similar to ABC transporter (ATP-binding protein)
#5	tagG	164	permease
#6	ywiA	133	similar to hypothetical proteins
#7	yybM	113	yybM

Motif 1
GTTTATAGAACAAGAAAATATTCAAAACATAAGTGGA	0	61	1
ATATTTTAACCCTTTAAAAATAGAAAAGCTGACAAGC	0	135	0
AAAAATTACATTAATTAGTATAAATAGAATATTTTAA	0	163	0
ATGTAATTTTTAGGATAATATACAAAATCCCCCTTAC	0	189	1
CAATAGACTCTATGCAAAAATTGAGAGGAGGTTTACT	0	272	1
GAAATGATTCCCTGATAAAACAGAGAGAAAACACTTA	3	95	0
CAACGCGAAATTGGAAAAAATTAATAGGAGTTATCCC	4	158	0
AAATTTACTACGAAATAGAATAAAAAAAGTTTCTTTA	4	247	0
 TTTAGGTTATTTTATAAAATGTATAGCTGTCGATTT	5	9	1
TCTAAAAAGCTGCCGAAAAATCGACAGCTATACATTT	5	26	0
TTTTCACTTCTCAACAAGTATCTAAAAAGCTGCCGAA	5	46	0
TGTTGAGAAGTGAAAAAAAATGCAGGATCTGTTACAA	5	67	1
GGAATCTTTCTGTTTAAAATTTGAAAGCACCGCTGAT	5	106	0
CTTTTAGCCACGCGAAAAAATTTAGAATGATAATCTT	7	37	1
TCACTCAATTCTTAATAGAATAAATAAAAATGATAAT	7	82	0
          *    ******  * **
MAP Score: 10.1907

Motif 2
CATCAGAATTTTTATAACATAATGGACCGTCT	0	17	1
TTTTGACGTTTTGTTTATAGAACAAGAAAATA	0	49	1
CAAGAAAATATTCAAAACATAAGTGGAAAATT	0	71	1
TTTTAACCCTTTAAAAATAGAAAAGCTGACAA	0	137	0
ACATTAATTAGTATAAATAGAATATTTTAACC	0	161	0
ATTAATGTAATTTTTAGGATAATATACAAAAT	0	185	1
ACATCTGTAATTGTTAAAATAATTCGCCCTCA	4	97	1
AGCTATACATTTTATAAAATAACCTAAA    	5	6	0
TGCTTTCAAATTTTAAACAGAAAGATTCCCAA	5	114	1
AATGATAATCTTATAAAAAGATTATCATTCTA	7	59	0
TCTCACTCAATTCTTAATAGAATAAATAAAAA	7	89	0
          ** **** ****
MAP Score: 8.81039

Motif 3
GATAATATACAAAATCCCCCTTACTTCGACAA	0	202	1
GCAAATACGCTCAACTCCCTATTCTCAAATG 	1	9	0
        ATAAAATCCCCCTTAAGAGAAAAT	1	52	0
       AAAACCACTCCCTATCATAAGATCG	4	3	1
TAGTAGAATGACTATGCCCTTTTGGGAGATCC	6	10	0
TAGTCATTCTACTATGCCCTTTTTAAGTAAAT	6	28	1
       AATACCATCCCCTATACATATGATT	6	118	0
          ** ** ******
MAP Score: 8.7354

Motif 4
TTTTAACCCTTTAAAAATAGAAAAGCTGACAAG	0	136	0
TATGCAAAAATTGAGAGGAGGTTTACTT     	0	282	1
       CATTTGAGAATAGGGAGTTGAGCGTA	1	3	1
TGTGTTACAATTAAAGAGAGAGAATGCATCCGC	3	43	0
TATACTTTTATTGATGATAGACATGATGGAGGA	3	151	1
TCGTACGCAGTTGATAGTCGTGAGTTGTGGTTA	4	47	0
TTGGAAAAAATTAATAGGAGTTATCCCTAGATT	4	152	0
TAGATACTTGTTGAGAAGTGAAAAAAAATGCAG	5	59	1
ATCTTTCTGTTTAAAATTTGAAAGCACCGCTGA	5	107	0
TGTAATTTACTTAAAAAGGGCATAGTAGAATGA	6	31	0
TAGATTTTAGTTAAAAATTGTAATTTACTTAAA	6	49	0
TTTCGCGTGGCTAAAAGGTGCCAACGTTTTTAG	7	21	0
ATTTATTCTATTAAGAATTGAGTGAGAAC    	7	94	1
          ******** *  *
MAP Score: 6.76615

Motif 5
CAGGAGCTCACCCCTAATTTTCCACTTATGT	0	87	0
TAGGGGTGAGCTCCTGTTTTTCTCGAGAGGA	0	102	1
AGTAAACCTCCTCTCAATTTTTGCATAGAGT	0	278	0
ATACGCTCAACTCCCTATTCTCAAATG    	1	6	0
TTTGCTTATACTCCTTATTTTCTCTTAAGGG	1	36	1
CGGATGCATTCTCTCTCTTTAATTGTAACAC	3	44	1
TAAGTGTTTTCTCTCTGTTTTATCAGGGAAT	3	95	1
TTACAGATGTCTGCCTTTGTTGCTATTTCGT	4	76	0
AAATGTATAGCTGTCGATTTTTCGGCAGCTT	5	26	1
GTAACAGATCCTGCATTTTTTTTCACTTCTC	5	71	0
          ****** ****
MAP Score: 5.22627

Motif 6
AAATTTACTACGAAATAGAATAAAAAAAGTTT	4	252	0
TAAAATCCCCCTTAAGAGAAAATAAGGAGTAT	1	43	0
  GGATCTCCCAAAAGGGCATAGTCATTCTAC	6	8	1
ATTAATTAGTATAAATAGAATATTTTAACCCT	0	159	0
TCACTCAATTCTTAATAGAATAAATAAAAATG	7	87	0
TTAACCCTTTAAAAATAGAAAAGCTGACAAGC	0	135	0
CCCTGATAAAACAGAGAGAAAACACTTATACA	3	91	0
TAATTTACTTAAAAAGGGCATAGTAGAATGAC	6	30	0
TCCTGTTTTTCTCGAGAGGATAGCTTGTCAGC	0	113	1
CTGCCCAACGCGAAATTGGAAAAAATTAATAG	4	168	0
ATATTCAAAACATAAGTGGAAAATTAGGGGTG	0	78	1
CAACTGCGTACGAAATAGCAACAAAGGCAGAC	4	67	1
TTACAATTAAAGAGAGAGAATGCATCCGCCTG	3	40	0
GTCTATCATCAATAAAAGTATACCATGAATGC	3	141	0
AGGTTATTTTATAAAATGTATAGCTGTCGATT	5	13	1
          * ****** ***
MAP Score: 5.16617

Motif 7
GGCATCAGAATTTTTATAACATAATGGACCGTC	0	15	1
AGCTTTTCTATTTTTAAAGGGTTAAAATATTCT	0	142	1
TAAAATATTCTATTTATACTAATTAATGTAATT	0	164	1
ATTAATGTAATTTTTAGGATAATATACAAAATC	0	185	1
AAAGAAACTTTTTTTATTCTATTTCGTAGTAAA	4	248	1
TTTCGGCAGCTTTTTAGATACTTGTTGAGAAGT	5	45	1
TACTATGCCCTTTTTAAGTAAATTACAATTTTT	6	37	1
TAAATTACAATTTTTAACTAAAATCTACCTCTT	6	55	1
ACACAACCGTTTTTCATTTGAATCATATGTATA	6	98	1
GGTGCCAACGTTTTTAGAAGGTTCTTGT     	7	5	0
AATGATAATCTTTTTATAAGATTATCATTTTTA	7	62	1
TTATCATTTTTATTTATTCTATTAAGAATTGAG	7	83	1
          *******   ***
MAP Score: 4.80961

Motif 8
ATAATATACAAAATCCCCCTTACTTCGACAA	0	203	1
     AAGTAAACCTCCTCTCAATTTTTGCA	0	284	0
AAATACGCTCAACTCCCTATTCTCAAATG  	1	8	0
       ATAAAATCCCCCTTAAGAGAAAAT	1	52	0
CAGGCGGATGCATTCTCTCTCTTTAATTGTA	3	40	1
     AAAACCACTCCCTATCATAAGATCGG	4	5	1
TTGTTAAAATAATTCGCCCTCATTATACACG	4	107	1
TTTTTAACTAAAATCTACCTCTTGGATATAC	6	65	1
          ** ********
MAP Score: 1.79622