AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BS/BS_fusions027_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241501 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 ybcO 300 ybcO #1 ybcP 66 ybcP #2 ybcQ 43 similar to hypothetical proteins #3 ykpA 180 similar to ABC transporter (ATP-binding protein) #4 ythP 290 similar to ABC transporter (ATP-binding protein) #5 tagG 164 permease #6 tagE 160 UDP-glucose:polyglycerol phosphate glucosyltransferase #7 tagD 300 glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase #8 sbo 300 subtilosin A #9 ywiA 133 similar to hypothetical proteins #10 yybN 300 yybN #11 yybM 113 yybM Motif 1 AGATTATCATTTTTATTTATTCTATTAAGAATTGA 11 80 1 GTCAGTAGTGTTTTTAATAGTGTTTAACATTAGGA 7 259 1 GACTTAATTGTTTTTGGGAATCTTTCTGTTTAAAA 5 124 0 AATGTTACATTTTTCCGAAATCTATCATTTCCTTT 8 170 1 TTTTCACATTTTTTTCAAAATATATGTATTGAATT 8 202 1 TTTAGGTTATTTTATAAAATGTATAGCTGTCGAT 5 9 1 TCCACTTATGTTTTGAATATTTTCTTGTTCTATAA 0 63 0 AGTGATATGATTTTCTCTTCTATATAAGGAAATGC 8 121 0 TAATGTGAAATTTTCGTTTTTATATCTAACTAAAT 10 225 0 ATTAATGTAATTTTTAGGATAATATACAAAATCCC 0 185 1 CTGTAAAGAATTTTATTGATAGTATTGGATTTTAT 10 58 0 TAAAGAAACTTTTTTTATTCTATTTCGTAGTAAAT 4 247 1 AATGATAATCTTTTTATAAGATTATCATTTTTATT 11 62 1 TCCTCTCAATTTTTGCATAGAGTCTATTGACATAG 0 266 0 AAATTACAATTTTTAACTAAAATCTACCTCTTGGA 9 56 1 GAATCCTCCCTTTTTTTGTTTTTCTAGCAGATCTA 8 271 0 TTCGGCAGCTTTTTAGATACTTGTTGAGAAGTGAA 5 46 1 TAATTACATATTTTGGAATGTTTTTCTCCTCATGA 7 115 1 AAAAACCTCCTTTTACGTAAAAGATTAACTATATT 10 112 0 GAGCTCCTGTTTTTCTCGAGAGGATAGCTTGTCAG 0 109 1 TGGACCGTCTTTTTGACGTTTTGTTTATAGAACAA 0 39 1 TACAAACAGGTTTTTAGAATTTAATCGCTAACGTC 7 227 1 GGCATCAGAATTTTTATAACATAATGGACCGTCTT 0 15 1 **** ** * *** MAP Score: 15.7594 Motif 2 AATTTTCCACTTATGTTTTGAATATTTTCTTGTTCTATAAACAA 0 59 0 TGAGGGCGAATTATTTTAACAATTACAGATGTCTGCCTTTGTTG 4 85 0 TGGGCAGCCATCCTTGTTGGATTACTATGTATTTCGGCTCAATA 4 193 1 AAAGAAACTTTTTTTATTCTATTTCGTAGTAAATTTTGGAGGTG 4 248 1 AAAGCACCGCTGATTATTGTAACAGATCCTGCATTTTTTTTCAC 5 76 0 TTTTTATCTTCCTTAGACTTAATTGTTTTTGGGAATCTTT 5 134 0 CAAAAAGTACTTCTTATTTCAATAAGAAGTACTTTAATTAGATA 6 37 0 TAACATTATCTTTACATTAAATTTAAATATGTTTCCAATTTTAC 7 20 1 AACCTGTTTGTATTCCTTATATCGACATATTTCTCGTATGTCTT 7 195 0 TTTTCATCATTCCACTTTGACTTGAATAGTATAATCA 8 3 1 TAAAGGTAATTAGTGATATGATTTTCTCTTCTATATAAGGAAAT 8 123 0 TGTTGTACTTTTATCTTAAAACTATCAAATTACTAATTCAATAC 8 227 0 CAAAAGGGCATAGTCATTCTACTATGCCCTTTTTAAGTAAATTA 9 18 1 ACACAACCGTTTTTCATTTGAATCATATGTATAGGGGATGGTAT 9 98 1 TAAAGAATTTTATTGATAGTATTGGATTTTATGTTATAAAGGAA 10 46 0 CCCATTACGGTCTTCATTTAATTTCATCCTGAGTTTTATTTAGT 10 188 1 AATTTTACAATCCTTTCAATATATATTTTATACTATCGGTT 10 269 0 TTTAGAATGATAATCTTTTTATAAGATTATCATTTTTATTTATT 11 57 1 TTATCATTTTTATTTATTCTATTAAGAATTGAGTGAGAAC 11 83 1 * ** ** * * * * * MAP Score: 12.8394 Motif 3 GGCATCAGAATTTTTATAACATAATGGACCGTCTT 0 15 1 TAATGGACCGTCTTTTTGACGTTTTGTTTATAGAA 0 36 1 TTTCCACTTATGTTTTGAATATTTTCTTGTTCTAT 0 65 0 GTTAAAATATTCTATTTATACTAATTAATGTAATT 0 162 1 ATTAATGTAATTTTTAGGATAATATACAAAATCCC 0 185 1 TTAAAGAAACTTTTTTTATTCTATTTCGTAGTAAA 4 246 1 TTTCGGCAGCTTTTTAGATACTTGTTGAGAAGTGA 5 45 1 TGTAATTACATATTTTGGAATGTTTTTCTCCTCAT 7 113 1 TACAAACAGGTTTTTAGAATTTAATCGCTAACGTC 7 227 1 ACGTCAGTAGTGTTTTTAATAGTGTTTAACATTAG 7 257 1 GATTTTCTCTTCTATATAAGGAAATGCTTTTTATG 8 113 0 TCAATACATATATTTTGAAAAAAATGTGAAAAGGA 8 199 0 ATTGAATTAGTAATTTGATAGTTTTAAGATAAAAG 8 229 1 GAATCCTCCCTTTTTTTGTTTTTCTAGCAGATCTA 8 271 0 CAACCGTTTTTCATTTGAATCATATGTATAGGGGA 9 101 1 TGTAAAGAATTTTATTGATAGTATTGGATTTTATG 10 57 0 GAAATTTTCGTTTTTATATCTAACTAAATAAAACT 10 219 0 GTATAAAATATATATTGAAAGGATTGTAAAATT 10 277 1 GGTGCCAACGTTTTTAGAAGGTTCTTGT 11 3 0 AGAATGATAATCTTTTTATAAGATTATCATTTTTA 11 60 1 GATTATCATTTTTATTTATTCTATTAAGAATTGAG 11 81 1 * ******* * * MAP Score: 11.8516 Motif 4 TGTTTTGAATATTTTCTTGTTCTATAAACAAAACGTCAAAAAG 0 47 0 TAATTAATGTAATTTTTAGGATAATATACAAAATCCCCCTTAC 0 183 1 CATGGGAGCTATGTCAATAGACTCTATGCAAAAATTGAGAGGA 0 258 1 CACCTCCAAAATTTACTACGAAATAGAATAAAAAAAGTTTCTT 4 249 0 CTTTTTAGATACTTGTTGAGAAGTGAAAAAAAATGCAGGATCT 5 54 1 TCCCAAAAACAATTAAGTCTAAGGAAGATAAAAA 5 140 1 TTGGAAACATATTTAAATTTAATGTAAAGATAATGTTAATCCT 7 15 0 TACGAGAAATATGTCGATATAAGGAATACAAACAGGTTTTTAG 7 201 1 TGCTCATCAGATTTGAAGATAAACCTCATAAAAAGCATTTCCT 8 87 1 CATAAAAAGCATTTCCTTATATAGAAGAGAAAATCATATCACT 8 113 1 TTGAATTAGTAATTTGATAGTTTTAAGATAAAAGTACAACATA 8 230 1 AATTCTTTACAGGTTATTACAGTTAAGATATAATATAGTTAAT 10 81 1 CCTATTTAAAACTTCAACACAAGTAATAAAAACCTCCTTTTAC 10 131 0 GTTCTCACTCAATTCTTAATAGAATAAATAAAAATGATAATCT 11 80 0 * ** * * * **** MAP Score: 11.5115 Motif 5 CATTTGAGAATAGGGAGTTGAGCGTATT 1 8 1 CTTAAGAGAAAATAAGGAGTATAAGCAAAT 1 35 0 GAAAAACAAAAAAAGGGAGGATTCAATT 8 282 1 TCTAGATGCCGAAAGGGAGTAAAAAA 6 144 1 CCGATCTTATGATAGGGAGTGGTTTT 4 6 0 TTGAAGTTTTAAATAGGAGTAACTCCATCT 10 157 1 TTCTTATTTCAATAAGAAGTACTTTAATTA 6 41 0 TTCTTATTGAAATAAGAAGTACTTTTTGAT 6 53 1 AATTTACTTAAAAAGGGCATAGTAGAATGA 9 31 0 GGATCTCCCAAAAGGGCATAGTCATTCTA 9 9 1 ATCTTTTACGTAAAAGGAGGTTTTTATTAC 10 122 1 AAAAAATGTGAAAAGGAAATGATAGATTTC 8 186 0 TGGAAAAAATTAATAGGAGTTATCCCTAGA 4 154 0 AATATGTCGATATAAGGAATACAAACAGGT 7 208 1 ACAAAACGTCAAAAAGACGGTCCATTATGT 0 33 0 TTATAAAGGAAAAAGGGTGGGCGATTTGCT 10 27 0 ********** MAP Score: 10.4811 Motif 6 CACCCCTAATTTTCCACTTATGTTTTGAATA 0 79 0 GCTTGTCAGCTTTTCTATTTTTAAAGGGTTA 0 135 1 CCTATTAATTTTTTCCAATTTCGCGTTGGGC 4 167 1 TCAGCGGTGCTTTCAAATTTTAAACAGAAAG 5 107 1 TTTAAATATGTTTCCAATTTTACAATTGAAT 7 41 1 CTGAGTGTAATTACATATTTTGGAATGTTTT 7 108 1 ACAAACAGGTTTTTAGAATTTAATCGCTAAC 7 228 1 ATAAAAAGCATTTCCTTATATAGAAGAGAAA 8 114 1 ATCATTTCCTTTTCACATTTTTTTCAAAATA 8 193 1 TTCACATTTTTTTCAAAATATATGTATTGAA 8 204 1 TTTAAGTAAATTACAATTTTTAACTAAAATC 9 49 1 CGCCCACCCTTTTTCCTTTATAACATAAAAT 10 34 1 TAATGTGAAATTTTCGTTTTTATATCTAACT 10 229 0 AAAACGAAAATTTCACATTATTTTTAACTAA 10 240 1 TTTACAATCCTTTCAATATATATTTTATACT 10 276 0 TTTTATAAGATTATCATTTTTATTTATTCTA 11 73 1 ***** ***** MAP Score: 9.08882 Motif 7 TTTAGGTTATTTTATAAAATGTATAGCTGTCGAT 5 1 1 CAGATCTATGTTGTACTTTTATCTTAAAACTATCAAATTACTA 8 236 0 TGGAAACATATTTAAATTTAATGTAAAGATAATGTTAATCCTT 7 14 0 TCATTTCCTTTTCACATTTTTTTCAAAATATATGTATTGAATT 8 194 1 AAGAAACTTTTTTTATTCTATTTCGTAGTAAATTTTGGAGGTG 4 249 1 TCTGCCTTTGTTGCTATTTCGTACGCAGTTGATAGTCGTGAGT 4 55 0 TTTTTATCTTCCTTAGACTTAATTGTTTTTGGG 5 141 0 TTTTCATCATTCCACTTTGACTTGAATAGTATAATCATTCGG 8 9 1 CATCTCCCCATTACGGTCTTCATTTAATTTCATCCTGAGTTTT 10 182 1 GACCGTCTTTTTGACGTTTTGTTTATAGAACAAGAAAATATTC 0 41 1 TTTTAAAGGGTTAAAATATTCTATTTATACTAATTAATGTAAT 0 153 1 TTTACAATCCTTTCAATATATATTTTATACTATCGGTTAGTTA 10 264 0 ATGTGAAATTTTCGTTTTTATATCTAACTAAATAAAACTCAGG 10 215 0 CCCACCCTTTTTCCTTTATAACATAAAATCCAATACTATCAAT 10 36 1 AAGATTATCATTTTTATTTATTCTATTAAGAATTGAGTGAGAA 11 79 1 ** * * * * * * ** MAP Score: 8.82574 Motif 8 AAAAAGACGGTCCATTATGTTATAAAAATTCTGATGC 0 16 0 CTTTTTGACGTTTTGTTTATAGAACAAGAAAATATTC 0 47 1 AGGGTTAAAATATTCTATTTATACTAATTAATGTAAT 0 159 1 TACTAATTAATGTAATTTTTAGGATAATATACAAAAT 0 180 1 GTGTTTTCTCTCTGTTTTATCAGGGAATCATTTCTCT 3 98 1 GGCAGACATCTGTAATTGTTAAAATAATTCGCCCTCA 4 92 1 TCGACAGCTATACATTTTATAAAATAACCTAAA 5 6 0 ATATCATTGGTTCAATATCTAATTAAAGTACTTCTTA 6 22 1 ACCGAATGATTATACTATTCAAGTCAAAGTGGAATGA 8 16 0 TATGATTTTCTCTTCTATATAAGGAAATGCTTTTTAT 8 114 0 CATTCTACTATGCCCTTTTTAAGTAAATTACAATTTT 9 32 1 TTAAGTAAATTACAATTTTTAACTAAAATCTACCTCT 9 50 1 GCCCACCCTTTTTCCTTTATAACATAAAATCCAATAC 10 35 1 AAATTTTCGTTTTTATATCTAACTAAATAAAACTCAG 10 216 0 * * *** *** ** MAP Score: 8.19646 Motif 9 GGTGAGCTCCTGTTTTTCTCGAGAGGATAG 0 106 1 CTTATACTCCTTATTTTCTCTTAAGGGGGA 1 40 1 AAGAAACTTTTTTTATTCTATTTCGTAGTA 4 249 1 GATCCTGCATTTTTTTTCACTTCTCAACAA 5 66 0 TTTTTTACTCCCTTTCGGCA 6 150 0 TATTTTGGAATGTTTTTCTCCTCATGAGTA 7 123 1 ATTAGTGATATGATTTTCTCTTCTATATAA 8 129 0 CCTTTTCACATTTTTTTCAAAATATATGTA 8 200 1 TCCCTTTTTTTGTTTTTCTAGCAGATCTAT 8 270 0 TAAATTACAATTTTTAACTAAAATCTACCT 9 55 1 TTTCACATTATTTTTAACTAACCGATAGTA 10 250 1 TCAATATATATTTTATACTATCGGTTAGTT 10 265 0 ********** MAP Score: 7.92208 Motif 10 ATGGACCGTCTTTTTGACGTTTTGTTTATAGAACAA 0 38 1 TCCACTTATGTTTTGAATATTTTCTTGTTCTATAAA 0 62 0 GTAAGGGGGATTTTGTATATTATCCTAAAAATTACA 0 190 0 TTTAGGATCCTGATATCATTGGTTCA 6 0 1 TAAGAAGTACTTTTTGATGCTTACATTGATTTTTGT 6 65 1 ATTGGAAACATATTTAAATTTAATGTAAAGATAATG 7 23 0 AATTACATATTTTGGAATGTTTTTCTCCTCATGAGT 7 116 1 AATCATTCGGTTTGTAAACTTCAACTGCTTCTATCT 8 42 1 GGAAATGCTTTTTATGAGGTTTATCTTCAAATCTGA 8 93 0 AGCAGATCTATGTTGTACTTTTATCTTAAAACTATC 8 245 0 TTATTGATAGTATTGGATTTTATGTTATAAAGGAAA 10 45 0 TTATTACTTGTGTTGAAGTTTTAAATAGGAGTAACT 10 145 1 TGCCAACGTTTTTAGAAGGTTCTTGT 11 0 0 CGCGAAAAAATTTAGAATGATAATCTTTTTATAAGA 11 47 1 TGATAATCTTTTTATAAGATTATCATTTTTATTTAT 11 64 1 *** *** ** * * MAP Score: 4.59916 Motif 11 ATTAGTATAAATAGAATATTTTAACCCTTTAAAA 0 153 0 AATTTTTAGGATAATATACAAAATCCCCCTTACT 0 193 1 TTACTACGAAATAGAATAAAAAAAGTTTCTTTAA 4 246 0 TATACATTTTATAAAATAACCTAAA 5 1 0 AACAAAGGATTAACATTATCTTTACAT 7 3 1 CATGAGGAGAAAAACATTCCAAAATATGTAATTA 7 115 0 TTTGACTTGAATAGTATAATCATTCGGTTTGTAA 8 25 1 AACCTCATAAAAAGCATTTCCTTATATAGAAGAG 8 108 1 ATTTCCTTATATAGAAGAGAAAATCATATCACTA 8 123 1 CATTTTTTTCAAAATATATGTATTGAATTAGTAA 8 208 1 AAAAATATTCTCAATTGAGCAAATC 10 1 1 AATTTTATTGATAGTATTGGATTTTATGTTATAA 10 51 0 CAGTTAAGATATAATATAGTTAATCTTTTACGTA 10 100 1 TAACTAACCGATAGTATAAAATATATATTGAAAG 10 264 1 ATATATATTGAAAGGATTGTAAAATT 10 284 1 TAGCCACGCGAAAAAATTTAGAATGATAATCTTT 11 41 1 TAATCTTTTTATAAGATTATCATTTTTATTTATT 11 67 1 TCAATTCTTAATAGAATAAATAAAAATGATAATC 11 81 0 **** *** *** MAP Score: 3.08696 Motif 12 GCTATCCTCTCGAGAAAAACAGGAGCTCACC 0 106 0 CTACGAAATAGAATAAAAAAAGTTTCTTTAA 4 246 0 TACTTGTTGAGAAGTGAAAAAAAATGCAGGA 5 63 1 TAAGTCTAAGGAAGATAAAAA 5 153 1 ATGCCGAAAGGGAGTAAAAAA 6 149 1 GTACTCATGAGGAGAAAAACATTCCAAAATA 7 123 0 TCGATATAAGGAATACAAACAGGTTTTTAGA 7 214 1 CATCAGATTTGAAGATAAACCTCATAAAAAG 8 91 1 TCCTTATATAGAAGAGAAAATCATATCACTA 8 126 1 ATTCTTAATAGAATAAATAAAAATGATAATC 11 81 0 ***** ***** MAP Score: 2.92516 Motif 13 TATTAGGCATCAGAATTTTTATAACATAAT 0 1 1 TAAGTGGAAAATTAGGGGTGAGCTCCTGTTTTTCTCGAG 0 90 1 CATTTGAGAATAGGGAGTTGAGCGTATTTGCTTATAC 1 8 1 TCTCTGTTTTATCAGGGAATCATTTCTCTTGCCCTGCAT 3 106 1 AGTGTTTAACATTAGGAAGGAGCGTTTCTTTAA 7 277 1 TCTCTTCTATATAAGGAAATGCTTTTTATGAGGTTTATC 8 104 0 CCTAAAGGTAATTAGTGATATGATTTTCTCTTCTATATA 8 130 0 AAAAAATGTGAAAAGGAAATGATAGATTTCGGAAAAATG 8 177 0 TATGTATTGAATTAGTAATTTGATAGTTTTAAGATAAAA 8 224 1 GGATCTCCCAAAAGGGCATAGTCATTCTACTATGCCCT 9 9 1 TGAAGTTTTAAATAGGAGTAACTCCATCTCCCCATTACG 10 158 1 TCGCGTGGCTAAAAGGTGCCAACGTTTTTAGAAGGTTCT 11 13 0 ****** * * * * MAP Score: 2.49731 Motif 14 AGTGATATGATTTTCTCTTCTATATAAGGAAATGCTTTTTAT 8 114 0 TATCATTTCCTTTTCACATTTTTTTCAAAATATATGTATTGA 8 192 1 TATAAGTGTTTTCTCTCTGTTTTATCAGGGAATCATTTCTCT 3 93 1 TTTGGAATGTTTTTCTCCTCATGAGTACTTAACCTTTTTTAG 7 126 1 ATACTCCTTATTTTCTCTTAAGGGGGATTTTAT 1 43 1 AAAAACGAAAATTTCACATTATTTTTAACTAACCGATAGTAT 10 239 1 GTTCTCACTCAATTCTTAATAGAATAAATAAAA 11 90 0 GGCGGATGCATTCTCTCTCTTTAATTGTAACACAGCTGGCTG 3 42 1 ATATCGACATATTTCTCGTATGTCTTCACTGATCATTAATTA 7 179 0 TGGACCGTCTTTTTGACGTTTTGTTTATAGAACAAGAAAATA 0 39 1 GAGCTCCTGTTTTTCTCGAGAGGATAGCTTGTCAGCTTTTCT 0 109 1 AATTTTACAATCCTTTCAATATATATTTTATAC 10 277 0 TATGTTTCCAATTTTACAATTGAATGAACGAATGAACAACAG 7 47 1 TCAGGGAATCATTTCTCTTGCCCTGCATTCATGGTATACTTT 3 117 1 TCATTCTAAATTTTTTCGCGTGGCTAAAAGGTGCCAACGTTT 11 25 0 ******* * * * MAP Score: 1.45846 Motif 15 TCAGAATTTTTATAACATAATGGACCGTCTTTTTGACGTTTTG 0 19 1 CTCGAGAGGATAGCTTGTCAGCTTTTCTATTTTTAAAGGGTTA 0 123 1 AAATTACATTAATTAGTATAAATAGAATATTTTAACCCTTTAA 0 155 0 GAGTTGAGCGTATTTGCTTATACTCCTTATTTTCTCTTAAGGG 1 24 1 GCTCAATATTATTATGGTTAAAGAAACTTTTTTTATTCTATTT 4 229 1 ATTGGTTCAATATCTAATTAAAGTACTTCTTATTGAAATAAGA 6 27 1 GTCTGAGTGTAATTACATATTTTGGAATGTTTTTCTCCTCATG 7 106 1 ACATTTCCTAAAGGTAATTAGTGATATGATTTTCTCTTCTATA 8 132 0 ACTATCAAATTACTAATTCAATACATATATTTTGAAAAAAATG 8 208 0 ACTATGCCCTTTTTAAGTAAATTACAATTTTTAACTAAAATCT 9 38 1 CATAAAATCCAATACTATCAATAAAATTCTTTACAGGTTATTA 10 57 1 ATAGTTAATCTTTTACGTAAAAGGAGGTTTTTATTACTTGTGT 10 115 1 ACGGTCTTCATTTAATTTCATCCTGAGTTTTATTTAGTTAGAT 10 194 1 GTTAGTTAAAAATAATGTGAAATTTTCGTTTTTATATCTAACT 10 229 0 AATTTTACAATCCTTTCAATATATATTTTATACTATCGGTT 10 269 0 ATCTTATAAAAAGATTATCATTCTAAATTTTTTCGCGTGGCTA 11 41 0 ATAATCTTTTTATAAGATTATCATTTTTATTTATTCTATTAAG 11 66 1 *** * * * **** MAP Score: 0.346708