AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BS/BS_fusions040_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944242040
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	yveR	24	similar to spore coat polysaccharide biosynthesis
#1	yveM	258	similar to capsular polysaccharide biosynthesis
#2	yveK	245	similar to capsular polysaccharide biosynthesis
#3	ggaA	300	membrane-bound protein
#4	tagE	160	UDP-glucose:polyglycerol phosphate glucosyltransferase
#5	tagD_tagA	399	tagD: glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase, tagA: tagA
#6	tagB	32	tagB

Motif 1
AAAGAACGAAAAATTCCTTATAATGAACGAAAT	2	40	0
GTTCTTTATAAAATTTAAAATAATAAGGGAAGT	2	66	1
CTTATTTTGCAATTTTTAAATAATAACGTTTTC	2	151	1
GGTTTTTTTAAAAATTCATATTATCAAAAAAGA	3	19	0
TTTTTTGCTGAAAATTAAAGTAAAAACCTCTGA	3	94	0
CTAAATTACAAAATTTATTATAAAAATCCTCAT	3	211	0
ACGATCCTTTAACTTCTAAATAAAGAGGTACAA	3	275	1
TCATTGGTTCAATATCTAATTAAAGTACTTCTT	4	25	1
TTTAGTCACAAAAATCAATGTAAGCATCAAAAA	4	75	0
TCCTTCCTTTAAGATTCTATTTATATAGTTAAA	5	20	1
TCCTTTGTTGAAGATTTATGTTAAAATATAAGG	5	85	0
AAACATATTTAAATTTAATGTAAAGATAATGTT	5	120	0
    AAACAAAACTTTCAAATAAATGGATGATA	6	6	1
          ** *** ** ***
MAP Score: 13.6664

Motif 2
 TTTATGCACGAGGAGCCGGTCATT       	0	9	1
ATTTTTTGGAGAGACGAAAACCGCCGCAGCTA	1	183	1
TGAGTTACCGGAGAAGACTGTCA         	1	245	1
GACAGGAATAGAGGAGAATTTCATATT     	2	5	0
GTTCTCTTTAGAGAACAAAATCATGATTTTCC	2	112	0
AAAGGGGCGCGGGAAGCCAGCCGCGGGAAGGC	2	207	1
ATTACTCTTTTAGAAGCCTTGCCTCTTCTAAA	3	239	0
TTAAAGGAAGGAGGAGCCAGAC          	5	0	0
AAGTACTCATGAGGAGAAAAACATTCCAAAAT	5	223	0
TTAATGATCAGTGAAGACATACGAGAAATATG	5	281	1
          *********  *
MAP Score: 9.38768

Motif 3
       TTTTTGTAAAGGTGATGTCTCCTGAC	1	3	1
TTTTCGTTCTTTATAAAATTTAAAATAATAAGG	2	61	1
AATGATTGGATTATAAAAGAAAACGTTATTATT	2	169	0
ACAAGGTTTTTTTAAAAATTCATATTATCAAAA	3	23	0
CTATGAGGATTTTTATAATAAATTTTGTAATTT	3	209	1
GCCTTGCCTCTTCTAAATTACAAAATTTATTAT	3	223	0
GTACCTCTTTATTTAGAAGTTAAAGGATCGTTT	3	273	0
ATCCGGGTAGATATAAATTTCAATGATCATATA	4	110	1
CCCTTTCGGCATCTAGAATATATGATCATTGAA	4	128	0
AAGATTCTATTTATATAGTTAAAAACCGAGAGT	5	30	1
AACCGAGAGTTTCTAAAAGCAAAATCAAGCTAC	5	53	1
TGAAGATTTATGTTAAAATATAAGGTAGCTTGA	5	77	0
TTGGAAACATATTTAAATTTAATGTAAAGATAA	5	124	0
ATGTTTCCAATTTTACAATTGAATGAACGAATG	5	147	1
TTAGGCGGTATGCTATAATTAATGATCAGTGAA	5	263	1
ACAAACAGGTTTTTAGAATTTAATCGCTAACGT	5	327	1
          ** ** **** **
MAP Score: 7.87916

Motif 4
GCTGCGGCGGTTTTCGTCTCTCCAAAAAATCGGCA	1	178	0
CCTGTCGTTATTTCGTTCATTATAAGGAATTTTTC	2	31	1
ATAAGGAATTTTTCGTTCTTTATAAAATTTAAAAT	2	52	1
AAAATCATGATTTTGTTCTCTAAAGAGAACTTATT	2	114	1
TATTGGCTTATTTTGCAATTTTTAAATAATAACGT	2	145	1
AACAACTCTTTTACCGTATCTATAAGTTCTTCACT	3	150	0
ATCCTCATAGTTATGATCTATATAAGGATTATGTA	3	184	0
TTATAATAAATTTTGTAATTTAGAAGAGGCAAGGC	3	221	1
TTTTACTCCCTTTCGGCATCTAGAATATATGATCA	4	133	0
AAACTCTCGGTTTTTAACTATATAAATAGAATCTT	5	30	0
TTTAAATATGTTTCCAATTTTACAATTGAATGAAC	5	140	1
          *****   * ** **
MAP Score: 7.64131

Motif 5
TTCCTGTCGTTATTTCGTTCATTATAAGGAATTTT	2	29	1
TTATAAGGAATTTTTCGTTCTTTATAAAATTTAAA	2	50	1
GGAAAATCATGATTTTGTTCTCTAAAGAGAACTTA	2	112	1
AAAGAAAACGTTATTATTTAAAAATTGCAAAATAA	2	152	0
AAATAATAACGTTTTCTTTTATAATCCAATCATTA	2	168	1
  ATTCTTCTGTCTTTTTTGATAATATGAATTTTT	3	8	1
AAAAATACAAGGTTTTTTTAAAAATTCATATTATC	3	27	0
AAAAAACCTTGTATTTTTTGTGTATGATCTCCCGG	3	44	1
TACGGTAAAAGAGTTGTTACATAATCCTTATATAG	3	167	1
ATAACTATGAGGATTTTTATAATAAATTTTGTAAT	3	205	1
GATCCTGATATCATTGGTTCAATATCTAATTAAAG	4	15	1
CAAAAAGTACTTCTTATTTCAATAAGAAGTACTTT	4	46	0
TGCTTACATTGATTTTTGTGACTAAAGTATCCGGG	4	82	1
CTTTGTTGAAGATTTATGTTAAAATATAAGGTAGC	5	81	0
          *  ** *** * ***
MAP Score: 7.40734

Motif 6
TTTCGTTCATTATAAGGAATTTTTCGTTCTTT	2	41	1
TAGAGAACAAAATCATGATTTTCCTCTAATTT	2	104	0
TCTTTTTTGATAATATGAATTTTTAAAAAAAC	3	19	1
ACACAAAAAATACAAGGTTTTTTTAAAAATTC	3	35	0
AGAGACTGTATCAGAGGTTTTTACTTTAATTT	3	84	1
TTATGATCTATATAAGGATTATGTAACAACTC	3	177	0
AGATCATAACTATGAGGATTTTTATAATAAAT	3	200	1
TTTTGATGCTTACATTGATTTTTGTGACTAAA	4	76	1
AAATATAAGGTAGCTTGATTTTGCTTTTAGAA	5	63	0
TAAGGAATACAAACAGGTTTTTAGAATTTAAT	5	319	1
          **  ********
MAP Score: 6.91174

Motif 7
  AATGACCGGCTCCTCGTGCATAAA       	0	3	0
AAAGGTGATGTCTCCTGACCTGTATCAATGGAG	1	17	1
TGTCGGTTTAGCTGCTGCCGATTTTTTGGAGAG	1	163	1
AACTCAACCTTTTCCCCCCTAATTCTTTTATCG	1	218	0
CTAATTTACTGCACTTCCCTTATTATTTTAAAT	2	78	0
GGCTTCCCGCGCCCCTTTCTGTTAATGATTGGA	2	192	0
        ATTCTTCTGTCTTTTTTGATAATAT	3	2	1
TTGTGTATGATCTCCCGGCTTATAGAGACTGTA	3	61	1
TTGAAGCAAGTTTCCTGGCGTTTTTTGCTGAAA	3	114	0
GTATCTATAAGTTCTTCACTTGTTTGAAGCAAG	3	137	0
      GTTTGTACCTCTTTATTTAGAAGTTAA	3	283	0
     GTCTGGCTCCTCCTTCCTTTAAGATTCT	5	5	1
GGAATGTTTTTCTCCTCATGAGTACTTAACCTT	5	228	1
TTAAAGAAACGCTCCTTCCTAATGTTAAACACT	5	376	0
          ******* **  *
MAP Score: 5.01173

Motif 8
GGGCAGCTGAAGTTGCTGCCTTAGATGCTG	1	67	1
TTGCTGCCTTAGATGCTGGTCGTCGCTGGC	1	79	1
AGATGCTGGTCGTCGCTGGCGGGGCGTGAG	1	89	1
TTGTCGGTTTAGCTGCTGCCGATTTTTTGG	1	162	1
AGACGAAAACCGCCGCAGCTAAACCGATAA	1	194	1
TCAGCCTTCCCGCGGCTGGCTTCCCGCGCC	2	212	0
          **********
MAP Score: 2.09982

Motif 9
AAAAGAATTAGGGGGGAAAAGGTTGAGTTACCGGA	1	222	1
AACAGAAAGGGGCGCGGGAAGCCAGCCGCGGGAAG	2	202	1
CGGGAAGCCAGCCGCGGGAAGGCTGAAGGCTATGA	2	216	1
TTGTAATTTAGAAGAGGCAAGGCTTCTAAAAGAGT	3	233	1
ATATATTCTAGATGCCGAAAGGGAGTAAAAAA   	4	138	1
CGAGAAATATGTCGATATAAGGAATACAAACAGGT	5	302	1
          *  * ** **** **
MAP Score: 1.16996

Motif 10
ATACGTCCTATGTATATATGAGATAAGTGGGCATTT	1	127	0
CCGCCGCAGCTAAACCGATAAAAGAATTAGGGGGGA	1	203	1
TTATAAAATTTAAAATAATAAGGGAAGTGCAGTAAA	2	71	1
TTTGATAATATGAATTTTTAAAAAAACCTTGTATTT	3	24	1
GCAAGGCTTCTAAAAGAGTAATTGAAACGATCCTTT	3	249	1
AAACGATCCTTTAACTTCTAAATAAAGAGGTACAAA	3	273	1
TATCATTGGTTCAATATCTAATTAAAGTACTTCTTA	4	23	1
ACTATATAAATAGAATCTTAAAGGAAGGAGGAGCCA	5	13	0
TGTTTCCAATTTTACAATTGAATGAACGAATGAACA	5	148	1
TAATGATCAGTGAAGACATACGAGAAATATGTCGAT	5	282	1
AACTTTCAAATAAATGGATGATAAAA          	6	16	1
          * **    **** ***
MAP Score: 0.808713