AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_fusions003_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236896
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	CPn0456	300	hypothetical protein
#1	CPn0461	300	hypothetical protein
#2	CPn0464	25	hypothetical protein
#3	CPn0465	300	hypothetical protein

Motif 1
GTTGAGCACGTTTTCCTAACAAATACGTTATCGATTCTTAG	0	159	0
GTGTACTTGATGTCTAATACAAATTGTTTATTTTGTATTTT	0	218	1
TTCCTTGTACTTTTGAATCTAAACGTAAATTTCTT      	0	275	1
AAAAGAAGAATCTTCAAAAAAGAGCTCTGCT          	1	0	0
TTCATAAAATTTTTCTATACAAAAGAATCGTGGGATACCTA	1	125	0
TGACTTTTTATTTTTCAAATAAAAACGTTTTTAAAAATATT	1	184	1
AAAATATTATTATCATAATTAGATACTTATTTGTTTTAATG	1	217	1
TTAACAAAGTTATTTTAATCAAATAAGACATTAAAACAAAT	1	245	0
TTGTTAAAATTTTTATACATAAATTTCTATT          	1	279	1
ACCGAGGGTCTGTTAGAGATAAAAACAAAGGACCATCGGGG	3	145	1
TGATTTTGATTATTAGAAAATAATAGATTTTTTCTGTTTTT	3	235	1
ATTTTTTCTGTTTTTTAAAGTAAAGTATTTTTTAAAAGACT	3	261	1
          * **  * * ***    *  *
MAP Score: 7.68248

Motif 2
CTTTACAGGCGTGTCTTTGTGCCTATGGTCTCTC	0	79	1
CTCAACAAGAGCGTTTTATTTTCAGTGTACTTGA	0	194	1
TTATTTTCAGTGTACTTGATGTCTAATACAAATT	0	209	1
ACAAATTGTTTATTTTGTATTTTTGGCACATCAT	0	236	1
CTTTTTTGAAGATTCTTCTTTTTTCTTAGGTCAT	1	19	1
AGGTATCGAGGGTTCTTATTGTCTAGTTGTCTAT	1	67	1
AGGGTATCGAGGTTTTTTCTCTTAGGTATCCCAC	1	103	1
TCTTTACACTGACTTTTTATTTTTCAAATAAAAA	1	175	1
AGATACTTATTTGTTTTAATGTCTTATTTGATTA	1	237	1
GCTTAGAGCAGTTTTTGGTTCTCAGGGTCGTTTG	3	32	1
CGATGGTCCTTTGTTTTTATCTCTAACAGACCCT	3	149	0
GATTTTTGCTGATTTTGATTATTAGAAAATAATA	3	226	1
GAAAATAATAGATTTTTTCTGTTTTTTAAAGTAA	3	250	1
          * *****  * ***
MAP Score: 7.47278

Motif 3
AAGAGCGTTTTATTTTCAGTGTACTTGATGTCTAATACAAATT	0	200	1
TTTTGGCACATCATTTAAATTCCTTGTACTTTTGAATCTAAAC	0	256	1
AGCAGAGCTCTTTTTTGAAGATTCTTCTTTTTTCTTAGGTCAT	1	10	1
AAGCTTGAACTCTTTACACTGACTTTTTATTTTTCAAATAAAA	1	165	1
GATAATAATATTTTTAAAAACGTTTTTATTTGAAAAATAAAAA	1	188	0
ATTATTATCATAATTAGATACTTATTTGTTTTAATGTCTTATT	1	222	1
TTTTAATGTCTTATTTGATTAAAATAACTTTGTTAAAATTTTT	1	250	1
TTGCATACTTTGCTTAGAGCAGTTTTTGGTTCTCAGGGTCGTT	3	21	1
CTGATTTTGATTATTAGAAAATAATAGATTTTTTCTGTTTTTT	3	234	1
TTTTTTCTGTTTTTTAAAGTAAAGTATTTTTTAAAAGACTCAT	3	262	1
          *  *****      *    ** *
MAP Score: 7.4081

Motif 4
GAATCGATAACGTATTTGTTAGGAAAACGT	0	163	1
TCAACAAGAGCGTTTTATTTTCAGTGTACT	0	195	1
TTTGAAGATTCTTCTTTTTTCTTAGGTCAT	1	23	1
ATCGAGGGTTCTTATTGTCTAGTTGTCTAT	1	71	1
AGGGTATCGAGGTTTTTTCTCTTAGGTATC	1	103	1
TTTACACTGACTTTTTATTTTTCAAATAAA	1	177	1
TTTTAAAAACGTTTTTATTTGAAAAATAAA	1	190	0
TAATTAGATACTTATTTGTTTTAATGTCTT	1	232	1
GCTTAGAGCAGTTTTTGGTTCTCAGGGTCG	3	32	1
ATGGTCCTTTGTTTTTATCTCTAACAGACC	3	151	0
TATTCCTATAGATTTTTGCTGATTTTGATT	3	216	1
GAAAAAATCTATTATTTTCTAATAATCAAA	3	239	0
GAAAATAATAGATTTTTTCTGTTTTTTAAA	3	250	1
TTTAAAGTAAAGTATTTTTTAAAAGACTCA	3	274	1
          **********
MAP Score: 6.83602

Motif 5
      AGCAGAGCTCTTTTTTGAAGATTCTTCTTTTTTCTTAGGT	1	4	1
AAGATTCTTCTTTTTTCTTAGGTCATTCTGGGTTTTTTGAAGGTAT	1	27	1
TTACACTGACTTTTTATTTTTCAAATAAAAACGTTTTTAAAAATAT	1	178	1
AACAAATAAGTATCTAATTATGATAATAATATTTTTAAAAACGTTT	1	206	0
CATAATTAGATACTTATTTGTTTTAATGTCTTATTTGATTAAAATA	1	230	1
TCAAGCTCTTTGCATACTTTGCTTAGAGCAGTTTTTGGTTCTCAGG	3	12	1
TTTGCTGATTTTGATTATTAGAAAATAATAGATTTTTTCTGTTTTT	3	230	1
TAATAGATTTTTTCTGTTTTTTAAAGTAAAGTATTTTTTAAAAGAC	3	255	1
          *   *  ** *   * *      ***
MAP Score: 5.0245

Motif 6
TTTTGGCACATCATTTAAATTCCTTGTACTTTTGAATCTAAAC	0	256	1
  AGCAGAGCTCTTTTTTGAAGATTCTTCTTTTTTCTTAGGTC	1	8	1
TCTTCTTTTTTCTTAGGTCATTCTGGGTTTTTTGAAGGTATCG	1	32	1
AGGTTTTTTCTCTTAGGTATCCCACGATTCTTTTGTATAGAAA	1	112	1
TATAGAAAAATTTTATGAAAGCTTGAACTCTTTACACTGACTT	1	147	1
ACTGACTTTTTATTTTTCAAATAAAAACGTTTTTAAAAATATT	1	182	1
TTAAAAATATTATTATCATAATTAGATACTTATTTGTTTTAAT	1	214	1
TGTTTTAATGTCTTATTTGATTAAAATAACTTTGTTAAAATTT	1	248	1
TAAGAGCCACTTATCTCTATTCCTATAGATTTTTGCTGATTTT	3	199	1
TGATTTTGATTATTAGAAAATAATAGATTTTTTCTGTTTTTTA	3	235	1
AGATTTTTTCTGTTTTTTAAAGTAAAGTATTTTTTAAAAGACT	3	259	1
          * ** *   *   *     ****
MAP Score: 4.11942

Motif 7
CTAATACAAATTGTTTATTTTGTATTTTTGGCACATCATTT	0	231	1
AGCAGAGCTCTTTTTTGAAGATTCTTCTTTTTTCTTAGGTC	1	10	1
CCACGATTCTTTTGTATAGAAAAATTTTATGAAAGCTTGAA	1	133	1
GCTTGAACTCTTTACACTGACTTTTTATTTTTCAAATAAAA	1	167	1
ATAATAATATTTTTAAAAACGTTTTTATTTGAAAAATAAAA	1	189	0
TAGATACTTATTTGTTTTAATGTCTTATTTGATTAAAATAA	1	236	1
TGTATAAAAATTTTAACAAAGTTATTTTAATCAAATAAGAC	1	257	0
TTTGTTAAAATTTTTATACATAAATTTCTATT         	1	278	1
CTTTGCATACTTTGCTTAGAGCAGTTTTTGGTTCTCAGGGT	3	19	1
CCTATAGATTTTTGCTGATTTTGATTATTAGAAAATAATAG	3	220	1
ATTTTTTCTGTTTTTTAAAGTAAAGTATTTTTTAAAAGACT	3	261	1
          ***  * *      ** ** *
MAP Score: 4.11845