AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_fusions007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237010
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	fabH	94	Oxoacyl Carrier Protein Synthase III
#1	CPn0912	85	CT768 hypothetical protein
#2	CPn0914	50	hypothetical protein
#3	ybeB	60	IojAP superfamily ortholog
#4	CPn0921	129	snGlycerol-3-P Acyltransferase
#5	bioB	206	Biotin Synthase

Motif 1
TTCCTATTGACTTTCTCTAAATTCCATGTA	5	141	1
TAATTCATGATTATTTCTAATTTTTTAAAA	5	21	1
AAAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGGAA	4	106	1
TAAAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAA	5	35	0
AAGGTCGAGCTTTTTTTTAAATGGAA    	3	6	0
ATAATCCTAACTTTTGCTAACATTCTTATC	4	31	0
       AGAATTTTCCTCAAGTATCTAGA	4	3	1
TGATTTGAGAATTATTCTAATAAAATAAGA	5	82	0
AAAAAACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGA	5	67	1
GAAGTTTAACATAATCCTAACTTTTGCTAA	4	41	0
TTTTTGGTTCCTATTTTTTATGGTATGATT	5	107	0
GGAAAAAGAATTTTTTGTAAGCACTATGCT	4	92	0
TATACTAGCTTTTTTCTTTAC         	0	83	1
AGTTTATACTCTAACCTTAATTTAGGCCCC	0	43	0
TTTAACAATTTTATTTGTCAAGCCCCACAC	1	52	1
TGATGTGAATTTTATTTTTACATTCGGGTC	0	12	1
          **********
MAP Score: 8.3515

Motif 2
ATGTGAATTTTATTTTTACATTCGGGTCTGGGGCC	0	14	1
GTTTATACTCTAACCTTAATTTAGGCCCCAGACCC	0	37	0
CAAATAAAATTGTTAAAACTTAAAGTCTGCTGCTA	1	34	0
GGATACTCGATTATCCAAGATAAGGTCGAGCTTTT	3	22	0
AACATTCTTATCTAGATACTTGAGGAAAATTCT  	4	8	0
GATAAGAATGTTAGCAAAAGTTAGGATTATGTTAA	4	31	1
AAGTTAGGATTATGTTAAACTTCGGGAGTAGCACT	4	48	1
AAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGGAACTT   	4	107	1
GCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAAATAATCATG	5	26	0
TGAGAATTATTCTAATAAAATAAGAGAAATTACGT	5	72	0
CTAAATTCCATGTAAATATCTTAGGCTCGGTCGTT	5	157	1
          * *  ***  *****
MAP Score: 6.45628

Motif 3
CTCTCTGAATAGTATACTAGCTTTTTTCTTTAC   	0	71	1
TTGACGTTAAAGATTGCTAGCAGCAGACTTTAAGTT	1	17	1
AGGATACTCGATTATCCAAGATAAGGTCGAGCTTTT	3	22	0
TGGATAATCGAGTATCCTAAAGCTGGTTTT      	3	40	1
TATCTAGATAAGAATGTTAGCAAAAGTTAGGATTAT	4	25	1
AAAAGTTAGGATTATGTTAAACTTCGGGAGTAGCAC	4	46	1
GATTATTTCTAATTTTTTAAAAATAGAGCTGCTTTA	5	29	1
AAATAGAGCTGCTTTATTAAAAAACGTAATTTCTCT	5	49	1
AATTTCTCTTATTTTATTAGAATAATTCTCAAATCA	5	76	1
ATTCCATGTAAATATCTTAGGCTCGGTCGTTGAATT	5	161	1
          * *** *****    *
MAP Score: 1.32559