AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_fusions007_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237018
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	fabH	94	Oxoacyl Carrier Protein Synthase III
#1	CPn0912	85	CT768 hypothetical protein
#2	CPn0914	50	hypothetical protein
#3	ybeB	60	IojAP superfamily ortholog
#4	CPn0921	129	snGlycerol-3-P Acyltransferase
#5	bioB	206	Biotin Synthase

Motif 1
CGAATGTAAAAATAAAATTCACATCACT   	0	7	0
      GTAAAGAAAAAAGCTAGTATACTAT	0	79	0
          AAAATAATTGACGTTAAAGAT	1	0	1
GGGCTTGACAAATAAAATTGTTAAAACTTAA	1	46	0
  TTCCATTTAAAAAAAAGCTCGACCTTATC	3	8	1
TAGATACTTGAGGAAAATTCT          	4	0	0
CCCGAAGTTTAACATAATCCTAACTTTTGCT	4	43	0
TATGCTATCTATTATAGTGCTACTCCCGAAG	4	67	0
TATAATAGATAGCATAGTGCTTACAAAAAAT	4	82	1
ATAGTGCTTACAAAAAATTCTTTTTCCCTAA	4	95	1
TAATTTTTTAAAAATAGAGCTGCTTTATTAA	5	38	1
TTATTTTATTAGAATAATTCTCAAATCATAC	5	84	1
          ** ********
MAP Score: 9.1431

Motif 2
TTCCTATTGACTTTCTCTAAATTCCATGTA	5	141	1
AAGGTCGAGCTTTTTTTTAAATGGAA    	3	6	0
TAATTCATGATTATTTCTAATTTTTTAAAA	5	21	1
ATAATCCTAACTTTTGCTAACATTCTTATC	4	31	0
TAAAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAA	5	35	0
AAAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGGAA	4	106	1
TGATTTGAGAATTATTCTAATAAAATAAGA	5	82	0
GGAAAAAGAATTTTTTGTAAGCACTATGCT	4	92	0
AAAAAACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGA	5	67	1
TTTTTGGTTCCTATTTTTTATGGTATGATT	5	107	0
TGATGTGAATTTTATTTTTACATTCGGGTC	0	12	1
TATACTAGCTTTTTTCTTTAC         	0	83	1
TCAGAGAGTTTATACTCTAACCTTAATTTA	0	49	0
CTGCTGCTAGCAATCTTTAACGTCAATTAT	1	13	0
AAAAGTTAGGATTATGTTAAACTTCGGGAG	4	46	1
AGAGAAATTACGTTTTTTAATAAAGCAGCT	5	55	0
          **********
MAP Score: 6.91451

Motif 3
  GTAAAGAAAAAAGCTAGTATACTATTCAG	0	75	0
ATCATACCATAAAAAATAGGAACCAAAAATT	5	108	1
GAATGTTAGCAAAAGTTAGGATTATGTTAAA	4	36	1
TCTATTTTTAAAAAATTAGAAATAATCATGA	5	25	0
AATAGGAACCAAAAATTGGTTCCTATTGACT	5	122	1
GTAGCACTATAATAGATAGCATAGTGCTTAC	4	75	1
TCGAGTATCCTAAAGCTGGTTTT        	3	47	1
TCTAATTTTTTAAAAATAGAGCTGCTTTATT	5	36	1
  TTCCATTTAAAAAAAAGCTCGACCTTATC	3	8	1
TAATTGACGTTAAAGATTGCTAGCAGCAGAC	1	14	1
ATTATTCTAATAAAATAAGAGAAATTACGTT	5	71	0
          ********* *
MAP Score: 4.43846

Motif 4
TGATGTGAATTTTATTTTTACATTCGGGTCTGGGGCCTAAATT	0	12	1
GAGTTTATACTCTAACCTTAATTTAGGCCCCAGACCCGAATGT	0	31	0
CTAACATTCTTATCTAGATACTTGAGGAAAATTCT        	4	2	0
TAGATAAGAATGTTAGCAAAAGTTAGGATTATGTTAAACTTCG	4	29	1
AAAAGTTAGGATTATGTTAAACTTCGGGAGTAGCACTATAATA	4	46	1
CAAAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGGAACTT         	4	105	1
AAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAAATAATCATGAATTAT	5	20	0
TTTGAGAATTATTCTAATAAAATAAGAGAAATTACGTTTTTTA	5	66	0
GCCTAAGATATTTACATGGAATTTAGAGAAAGTCAATAGGAAC	5	140	0
          * *      ** * ****    *
MAP Score: 3.49766