AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i CP/CP_operons003_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944237233
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	rnc	105	Ribonuclease III
#1	lepB	196	Signal Peptidase I
#2	CPn0111_rl31	80	CPn0111: CT021 hypothetical protein, rl31: L31 Ribosomal Protein
#3	pfrA	238	Peptide Chain Releasing Factor
#4	rl19	27	L19 Ribosomal Protein
#5	rnhB_1	55	Ribonuclease HII
#6	CPn0574	33	hypothetical protein
#7	yhhY	300	Amino Group Acetyl Transferase
#8	gyrB_2	300	DNA Gyrase Subunit B
#9	CPn0717	104	CT656 hypothetical protein
#10	sfhB	286	predicted Pseudouridine Synthase
#11	CPn0720	109	CT659 hypothetical protein
#12	CPn0906	101	CT763 hypothetical protein
#13	CPn0908	47	CT764 hypothetical protein
#14	ftsY_sucC	70	ftsY: Cell Division Protein FtsY, sucC: Succinyl-CoA Synthetase, Beta
#15	CPn0976	300	hypothetical protein
#16	CPn0977	182	hypothetical protein
#17	CPn0978	259	hypothetical protein
#18	htrA	283	DO Serine Protease

Motif 1
GTGCTTTTGGATTTGTTATCTTATTCGGATACGT	0	10	0
GTTTTAGAGAATTTTTTATCTGATTCCATTTGAT	3	185	1
TTATTTAATGATTTATTTTTTAAAGTATATAAAT	15	193	1
GTTACATATGATTTGTTTTTTTAATATGCATTGT	17	181	1
ATGGTAAAATATTTTCTTTTTAAATTAGAATTAA	9	49	1
TTAAAATTGAATTTCATTTTTTAACATCTCTTTT	11	54	1
TTATAAAATAATTTACTTTTTAATAATTAAAATG	15	236	1
TTTTGGAGTAATTTCATTTTTTATATTATTTTAT	16	64	1
TCGCTTGGACATTTCCTGTTTCATGTCCCGTACG	7	212	0
TGAAATATTTATTGTATTTCTTAATAACTGTATA	16	123	1
CGATCAAGAGATTGCTTCTCTAAACGTTCTTGTA	7	99	0
TTTAATATGCATTGTATTTTTCAATAAATAATGA	17	200	1
        ACATTGACTTTTTCATTTTGAATATC	12	2	1
CTACAAAAGGATTTTTTATCTTTAGATTGAGAAT	17	137	0
CTACAAAGGGATTTTATATCTTTAGATTGAGAAT	18	143	0
GAAATTGTTAATTTTGTTTCTTTTCAAAGATTTT	15	27	1
CAATCTTTTGATTGCTTATCTATTTTGCGCCAAG	8	236	0
TCGAGGATTGTTTTGATTTTTCATTTAGGTCTTC	1	84	1
GAGTTATGTTTTTTTCTTTCTATATCTCAATTTA	12	66	1
TATTGTCTTATTTTGATTTTTATAATCTATAGTA	5	27	1
          ****  * *** **
MAP Score: 27.4132

Motif 2
CTATAATCAATCTAAAGAGATAGAATCTGACT	1	155	1
ATACAAGCTATTGCAAGAGAGAAAGCCCTCAC	3	78	0
CACGATAATTTTGAAATAGATAACGTTAGATG	3	132	1
TTAATTCTAATTTAAAAAGAAAATATTTTACC	9	51	0
  AAAATTGCTTTACAAAGACACTCGCATCTT	10	8	1
ATTTAATGAGTCTAAAAAGATAGAAATGCGTT	10	147	0
GTGTCTAAGATTCAAAAAGAGACTCTTTCTTT	10	198	1
TTAATGCGTTTCCTAAAATAAATGAACTTTTT	11	16	0
TCGCGTTGTCTTTAAAAAGAGATGTTAAAAAA	11	70	0
AGGATAGATATTCAAAATGAAAAAGTCAATGT	12	10	0
CTTCAGGAACTTTAAAAACATAGAGTTATGTT	12	44	1
AGATAAAATCTTTGAAAAGAAACAAAATTAAC	15	33	0
ACTGGAACTTTTATAAAAGATATCGAGTTCAG	15	140	1
GATATCGAGTTCAGAAAAGAAGAAAAAAACCT	15	158	1
TTTATATACTTTAAAAAATAAATCATTAAATA	15	194	0
ATGAAATTACTCCAAAAAGATGTATATCAAGA	16	49	0
ACAATAAATATTTCAAAAGAAACGAATTATAA	16	106	0
GTATTCTCAATCTAAAGATAAAAAATCCTTTT	17	135	1
TCATTATTTATTGAAAAATACAATGCATATTA	17	202	0
GTATTCTCAATCTAAAGATATAAAATCCCTTT	18	141	1
          ** ******* *
MAP Score: 19.0521

Motif 3
TTTCGATCCAAAATTATTTTGCTATATTGTTAGA	1	15	0
          AACTTCTTTTAGATTTCCCATTTA	3	0	1
ATACCACCTAAAATTCTCTTTCTT          	4	0	0
ATCTTACCCGAACCTCTTTTTCCTAATCAAGGAA	8	32	0
ATTTAAAAAGAAAATATTTTACCATCTCTTATTA	9	40	0
TAGACTCATTAAATTATTTTTGAAAAATTCTAAG	10	165	1
TTCATTTTTTAACATCTCTTTTTAAAGACAACGC	11	66	1
CTGGTAAGATAAAATCTTTGAAAAGAAACAAAAT	15	37	0
AGAAGAAAAAAACCTCTTTTATTTAATGATTTAT	15	175	1
TTATAATTATAAATTATTTATATACTTTAAAAAA	15	208	0
ATTAAAAAGTAAATTATTTTATAATTATAAATTA	15	226	0
GGTCTTGATATACATCTTTTTGGAGTAATTTCAT	16	47	1
TTATTTTATTAAAATCTTTATAATTCGTTTCTTT	16	89	1
         AAAACTACTTTTTAAAATATTAGCA	16	167	0
CTAAAGATAAAAAATCCTTTTGTAGTGCTGTGTT	17	146	1
       AAAAAAATATTTTCAAAACATTCGCGA	17	242	0
CTAAAGATATAAAATCCCTTTGTAGTAATGTTTT	18	152	1
          *** ******   *
MAP Score: 9.48127

Motif 4
GCGTATTAGATTTTTCGATCCAAAATTATTTTGCTATATTGTTAG	1	16	0
TTCTCGGGCTTGAGAGCCTGAGAATGGGTTTTATAAATGGGAAAT	3	22	0
        AATATACCACCTAAAATTCTCTTTCTT          	4	0	0
TAGCAAGACTTCATATTGTCTTATTTTGATTTTTATAATCTATAG	5	14	1
TGCGAATTTGAGATCCCCAAGCAATTTCCTTTTTATCTTTGCGAT	7	129	0
AAATATTTTCTTTTTAAATTAGAATTAAATTTATAGACACTATAA	9	55	1
TTTCTATCTTTTTAGACTCATTAAATTATTTTTGAAAAATTCTAA	10	153	1
TTTTAATGCGTTTCCTAAAATAAATGAACTTTTTAATGAA     	11	5	0
GCATTAAAATTAATTAAAATTGAATTTCATTTTTTAACATCTCTT	11	41	1
TGTTTTTTTCTTTCTATATCTCAATTTAATTTGGACTTT      	12	72	1
AGTTGAGTAGAGAGAAATTGTTAATTTTGTTTCTTTTCAAAGATT	15	14	1
ATGATTTATTTTTTAAAGTATATAAATAATTTATAATTATAAAAT	15	200	1
TACATTTTAATTATTAAAAAGTAAATTATTTTATAATTATAAATT	15	227	0
TTGATATACATCTTTTTGGAGTAATTTCATTTTTTATATTATTTT	16	51	1
TATTATTTTATTAAAATCTTTATAATTCGTTTCTTTTGAAATATT	16	87	1
AACTACTTTTTAAAATATTAGCAAATTGGTTTATATACAGTTATT	16	145	0
GTATTCTCAATCTAAAGATAAAAAATCCTTTTGTAGTGCTGTGTT	17	135	1
TAGTGCTGTGTTAGTTACATATGATTTGTTTTTTTAATATGCATT	17	168	1
GTATTCTCAATCTAAAGATATAAAATCCCTTTGTAGTAATGTTTT	18	141	1
          *           ****   *** **
MAP Score: 4.08967

Motif 5
AAGTCTATAGTGCTTTTGGATTTGTTATCTTATTCGGATACG	0	11	0
TATAGCAAAATAATTTTGGATCGAAAAATCTAATACGCTAGA	1	23	1
TCAGATTCTATCTCTTTAGATTGATTATAGAACGGCTGCATT	1	143	0
       AACTTCTTTTAGATTTCCCATTTATAAAACCCATT	3	3	1
TAGGTCACGATAATTTTGAAATAGATAACGTTAGATGCCTGT	3	127	1
TATTTTACCATCTCTTATTAATCAGAAGTTTTTTAGATAAAC	9	18	0
AATTTAATTCTAATTTAAAAAGAAAATATTTTACCATCTCTT	9	44	0
CGCATTTCTATCTTTTTAGACTCATTAAATTATTTTTGAAAA	10	149	1
AGAAAGAGTCTCTTTTTGAATCTTAGACACTTAGAATTTTTC	10	186	0
GAAATCTTGATAACTTTCTTTACTAGTTTAATATCGAATCAG	10	253	0
AAATTGAATTTCATTTTTTAACATCTCTTTTTAAAGACAACG	11	57	1
ATTGACTTTTTCATTTTGAATATCTATCCTTTCTTCAGGAAC	12	12	1
GTTATGTTTTTTTCTTTCTATATCTCAATTTAATTTGGACTT	12	68	1
TCTTTGCTTTTTCCTTCTTATCTTGTATCATTTCTTTTACTT	14	17	1
ATTGTTAATTTTGTTTCTTTTCAAAGATTTTATCTTACCAGT	15	30	1
GAGTGATGCGTGATTTTTTACATGTGACTTTTGGATCATGGA	15	96	1
ATTATTTATATACTTTAAAAAATAAATCATTAAATAAAAGAG	15	188	0
AAAAGTAAATTATTTTATAATTATAAATTATTTATATACTTT	15	214	0
ATAAAATAATTTACTTTTTAATAATTAAAATGTAAACTGTTT	15	238	1
TGGAGTAATTTCATTTTTTATATTATTTTATTAAAATCTTTA	16	67	1
TATAATTCGTTTCTTTTGAAATATTTATTGTATTTCTTAATA	16	107	1
AAGGATTTTTTATCTTTAGATTGAGAATACTTCATGATGTAG	17	123	0
ACATATGATTTGTTTTTTTAATATGCATTGTATTTTTCAATA	17	184	1
AGGGATTTTATATCTTTAGATTGAGAATACTTCATGATGTAG	18	129	0
TCAAGAAGGTTGTCTTTCGATGAAGCAGAATACCATCGTATA	18	242	0
          *  ****  **     *   **
MAP Score: 1.1339

Motif 6
TAGTGCTTTTGGATTTGTTATCTTATTCGGATA	0	13	0
       AACTTCTTTTAGATTTCCCATTTATA	3	3	1
GTGTTTTAGAGAATTTTTTATCTGATTCCATTT	3	183	1
AGAAAGAGTCTCTTTTTGAATCTTAGACACTTA	10	195	0
     ACATTGACTTTTTCATTTTGAATATCTA	12	5	1
TATCTTACCAGTCTCTTCTATTTGTCTGAGTTA	15	60	1
TTTTACATGTGACTTTTGGATCATGGATAACTG	15	111	1
TAAAATAATTTACTTTTTAATAATTAAAATGTA	15	239	1
TGGAGTAATTTCATTTTTTATATTATTTTATTA	16	67	1
GTAGAATATAGGATCTTCAAGCTCAAAGTCTCC	17	57	1
CCTCAAACTTTAATTCTACATCATGAAGTATTC	17	108	1
ACATCATGAAGTATTCTCAATCTAAAGATAAAA	17	125	1
CACTACAAAAGGATTTTTTATCTTTAGATTGAG	17	140	0
CATATGATTTGTTTTTTTAATATGCATTGTATT	17	185	1
AATATGCATTGTATTTTTCAATAAATAATGATA	17	203	1
GTAGAAGAGAGGATCTTCAAGCTCAAAGTCTCC	18	63	1
ACATCATGAAGTATTCTCAATCTAAAGATATAA	18	131	1
TACTACAAAGGGATTTTATATCTTTAGATTGAG	18	146	0
          * *****  ****
MAP Score: 0.0795852