AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i CP/CP_operons005_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237326 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 rnc 105 Ribonuclease III #1 hemL 70 Glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase #2 CPn0142 119 hypothetical protein #3 CPn0483 98 hypothetical protein #4 hemA 300 Glutamyl tRNA Reductase #5 kdsA 300 KDO Synthetase #6 hemB 300 Porphobilinogen Synthase #7 CPn0921 129 snGlycerol-3-P Acyltransferase #8 bioF_1 53 Oxononanoate Synthase #9 aroA 70 Phosphoshikimate Vinyltransferase #10 bioB 206 Biotin Synthase Motif 1 AAAACGAACTAGATAACGTACATAAAGGGAAGAGCT 2 48 0 CATGTGTTAAAGTTTACATAAAAAAATAAATACATC 3 41 1 GAGGATCTTTACGTTGCTTTAAAAATTGAAAGGTAA 4 111 0 CAGCTAAGTTACTTTTCATTTATAAATTTAGTATAA 4 235 1 TTGCTCCTTAATTTTACCTATAAAATTACAGGTAAG 5 199 0 CCCTCATCCTATTTTTCTTTGAAAAATTGATGTAGA 6 55 1 AAAAGGGTTGATCTTGTGTTTATAAACATGCAAAAT 6 91 1 AAACCACATAAACTTCCCTCGAAAAACAAAGTTTTA 6 177 1 GAAGAAGAGAATATTATGTATAAATATAACAATATA 6 235 1 AATAGATAGCATAGTGCTTACAAAAAATTCTTTTTC 7 85 1 GAAGTCAGGCAAATTACCTAAAAAAAAAGAGATAAG 9 33 1 GACTTTCTCTAAATTCCATGTAAATATCTTAGGCTC 10 149 1 * ** * * ***** MAP Score: 15.6784 Motif 2 AAATTCCCAACTCTAAGTTTAAGGACGGCG 0 74 1 TCGTTTTCTATCTTAATTTTAAAGTCACTC 2 77 1 CTCGAAAAAGTTTTAACTTTGAATAATT 3 80 1 ATTTGATGGCTTCTAATTTTCTCTTCGTCT 4 202 1 ACCTCCTTACCTGTAATTTTATAGGTAAAA 5 194 1 CCAAGTTGCTCCTTAATTTTACCTATAAAA 5 210 0 CAACTTTTGGTTCTAACTTTCCAGGTTATA 5 257 0 AATTCCCTCATCCTATTTTTCTTTGAAAAA 6 51 1 TTTAACATAATCCTAACTTTTGCTAACATT 7 37 0 GCAAACTTATCTCTTTTTTTTTAGGTAATT 9 44 0 TCATGATTATTTCTAATTTTTTAAAAATAG 10 25 1 AATAAAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAG 10 37 0 AACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGAATAA 10 71 1 AATTTTTGGTTCCTATTTTTTATGGTATGA 10 109 0 ********** MAP Score: 15.1266 Motif 3 GGAATTTCTTTTAGTGAGTTTCCAC 1 55 0 GATGTATTTATTTTTTTATGTAAACTTTAAC 3 46 0 CCCGAACCTCTTTTTCCTAATCAAGGAAGAA 4 11 1 TCTTCATTGATTTCTCCTAGAGATCGTAGTC 4 76 1 GGCTTCTAATTTTCTCTTCGTCTATACAGCT 4 209 1 AGAATTGACTTTTTTCTTGGTAGACCTATAC 5 102 0 GATGAGGGAATTTTTGTTAGTTGTGTAGAAA 6 32 0 CCTCATCCTATTTTTCTTTGAAAAATTGATG 6 56 1 AGATCAACCCTTTTTCTACATCAATTTTTCA 6 74 0 AAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGGAACT 7 107 1 GTAGCCGTTTCTCTGGGTAGGTTGATAC 8 7 1 AATTTTTCTTAGACGACAAATCA 9 2 1 CTTATCTCTTTTTTTTTAGGTAATTTGCCTG 9 38 0 AAAAACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGAAT 10 68 1 TCCTATTGACTTTCTCTAAATTCCATGTAAA 10 142 1 ******** ** MAP Score: 14.2113 Motif 4 GAAAAAAGCTTAAAGTCTATAGTGCTTTTGGATTTGTTATCTTAT 0 20 0 TTTTTCCGCCTATAAAAATTCCCAACTCTAAGTTTAAGGACGGCG 0 59 1 GTTGGATCTATAGAGGTTCCAACCAGCTCTGGTTTCA 2 2 0 ATGTACGTTATCTAGTTCGTTTTCTATCTTAATTTTAAAGTCACT 2 61 1 CTCTATACGCTAAATTCTATCATGTGTTAAAGTTTACATAAAAAA 3 21 1 AATTATTCAAAGTTAAAACTTTTTCGAGTTTGATGTATTTA 3 67 0 GCAGAGAAAATAGATTATTTGATGGCTTCTAATTTTCTCTTCGTC 4 186 1 TCTCTTCGTCTATACAGCTAAGTTACTTTTCATTTATAAATTTAG 4 221 1 GATCGGAGAATACAATCCAAGTTGCTCCTTAATTTTACCTATAAA 5 211 0 TTTTTTAGAATAAAGCAACTTTTGGTTCTAACTTTCCAGGTTATA 5 257 0 CTACACAACTAACAAAAATTCCCTCATCCTATTTTTCTTTGAAAA 6 35 1 AAAATTGATGTAGAAAAAGGGTTGATCTTGTGTTTATAAACATGC 6 77 1 TTGTTATATTTATACATAATATTCTCTTCTTCTTTAGGGGGTGTG 6 222 0 TGTAAAGCAAACTTATCTCTTTTTTTTTAGGTAAT 9 45 0 ACAACAAGAAATAATTCATGATTATTTCTAATTTTTTAAAAATA 10 9 1 GCTGCTTTATTAAAAAACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGAATAA 10 56 1 GAAAGTCAATAGGAACCAATTTTTGGTTCCTATTTTTTATGGTAT 10 111 0 ** * * *** *** MAP Score: 11.7988 Motif 5 TTAATTTTAAAGTCACTCCTATTCTAAATCGAAGGG 2 89 1 ATGGCTTCTAATTTTCTCTTCGTCTATACAGCTAAG 4 207 1 TATACAGCTAAGTTACTTTTCATTTATAAATTTAGT 4 231 1 CTGAGCTATCGGTCCCTATTCTTGTACAACCTTGGG 5 26 1 CTGACACAAGATTTTCTTGTTCCCTAAAGAACTTCT 5 131 1 AGGAGGTGGAATTCGCTTTTTATATAGCTTTGAAAG 5 165 0 CTTGGATTGTATTCTCCGATCTTATAACCTGGAAAG 5 235 1 ACTAACAAAAATTCCCTCATCCTATTTTTCTTTGAA 6 42 1 TATACATAATATTCTCTTCTTCTTTAGGGGGTGTGG 6 221 0 AAAGCAAACTTATCTCTTTTTTTTTAGGTAATTTGC 9 41 0 AATTCATGATTATTTCTAATTTTTTAAAAATAGAGC 10 22 1 TAAAAAACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGAATAAT 10 66 1 * ** ** ** * ** MAP Score: 11.0158 Motif 6 AAGCTTTTTTCCGCCTATAAAAATTCCCAACT 0 54 1 AAGATCAGCTTCTCCAAAATATGTGGAAACTC 1 33 1 GTGTTAAAGTTTACATAAAAAAATAAATACAT 3 44 1 CGAACCTCTTTTTCCTAATCAAGGAAGAACAA 4 13 1 TTCATTGATTTCTCCTAGAGATCGTAGTCAAA 4 78 1 CAGTATAGGTCTACCAAGAAAAAAGTCAATTC 5 100 1 GATTTTCTTGTTCCCTAAAGAACTTCTTTCAA 5 140 1 CTCCTTAATTTTACCTATAAAATTACAGGTAA 5 200 0 TACATCAATTTTTCAAAGAAAAATAGGATGAG 6 57 0 CCACATAAACTTCCCTCGAAAAACAAAGTTTT 6 180 1 AGTTTCCACACCCCCTAAAGAAGAAGAGAATA 6 216 1 AAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGGAACTT 7 108 1 ATGTATCAACCTACCCAGAGAAACGGCTAC 8 8 0 GTCAGGCAAATTACCTAAAAAAAAAGAGATAA 9 36 1 GTTGAATTTACCCCCTAGGCAAAACAC 10 189 1 ** ****** ** MAP Score: 10.6058 Motif 7 GGAATTTCTTTTAGTGAGTTTCCACATAT 1 51 0 TTATCTAGTTCGTTTTCTATCTTAATTTTAAAGTC 2 68 1 TAAAGTCACTCCTATTCTAAATCGAAGGGGACT 2 96 1 GTTTGATGTATTTATTTTTTTATGTAAACTTTAAC 3 46 0 ACCCGAACCTCTTTTTCCTAATCAAGGAAGAA 4 7 1 GTTCCCGTGTTTTGTTCTTCCTTGATTAGGAAAAA 4 21 0 GCTATCGGTCCCTATTCTTGTACAACCTTGGGGTA 5 30 1 CAGAATTGACTTTTTTCTTGGTAGACCTATACTGA 5 99 0 GACCATCCTTTTTTAGAATAAAGCAACTTTT 5 279 0 ATTCCCTCATCCTATTTTTCTTTGAAAAATTGATG 6 52 1 AAGATCAACCCTTTTTCTACATCAATTTTTCAAAG 6 71 0 TGTTTAAAACTTTGTTTTTCGAGGGAAGTTTATGT 6 182 0 ATAATATTCTCTTCTTCTTTAGGGGGTGTGGAAAC 6 217 0 AATTTTTCTTAGACGACAAATCAGAA 9 1 1 AACTTATCTCTTTTTTTTTAGGTAATTTGCCTGAC 9 36 0 ATAAAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAAATAA 10 31 0 AGAGAAATTACGTTTTTTAATAAAGCAGCTCTATT 10 50 0 CGTAATTTCTCTTATTTTATTAGAATAATTCTCAA 10 73 1 ATTTTTGGTTCCTATTTTTTATGGTATGATTTGAG 10 103 0 *** ***** ** MAP Score: 10.3772 Motif 8 ACTTTAAAATTAAGATAGAAAACGAACTAGATAAC 2 67 0 GTGTTAAAGTTTACATAAAAAAATAAATACATCAA 3 44 1 TGTTCTTCCTTGATTAGGAAAAAGAGGTTCGGGT 4 9 0 ATCTTTACGTTGCTTTAAAAATTGAAAGGTAATTT 4 108 0 AAGTTACTTTTCATTTATAAATTTAGTATAAGTTT 4 240 1 TCTTTCAAAGCTATATAAAAAGCGAATTCCACCTC 5 164 1 CTCCTTAATTTTACCTATAAAATTACAGGTAAGGA 5 197 0 TCCGATCTTATAACCTGGAAAGTTAGAACCAAAAG 5 249 1 AAAGTTGCTTTATTCTAAAAAAGGATGGTC 5 280 1 TACATCAATTTTTCAAAGAAAAATAGGATGAGGGA 6 54 0 TTTGAAAAATTGATGTAGAAAAAGGGTTGATCTTG 6 72 1 AAATCCTCACTTATCAACAAAATGAACAATGTTTT 6 123 1 GAAGAGAATATTATGTATAAATATAACAATATATA 6 238 1 GTCAGGCAAATTACCTAAAAAAAAAGAGATAAGTT 9 36 1 TTATTTCTAATTTTTTAAAAATAGAGCTGCTTTAT 10 31 1 TAGAGCTGCTTTATTAAAAAACGTAATTTCTCTTA 10 52 1 * ** ** *** ** MAP Score: 10.0919 Motif 9 GAATTTTTATAGGCGGAAAAAAGCTTAAAGTCTATA 0 44 0 TAGAGATCGTAGTCAAAATTACCTTTCAATTTTTAA 4 93 1 TTAGCTGTATAGACGAAGAGAAAATTAGAAGCCATC 4 206 0 ATTTCAGAACAGTATGAAGGAAACTTATACTAAATT 4 259 0 AGTTCTTTAGGGAACAAGAAAATCTTGTGTCAGAAT 5 128 0 ATCCTTTTTTAGAATAAAGCAACTTTTGGTTCTAAC 5 270 0 AAAGAAAAATAGGATGAGGGAATTTTTGTTAGTTGT 6 39 0 ACTTATCAACAAAATGAACAATGTTTTAACAAAGTT 6 131 1 CACCCCCTAAAGAAGAAGAGAATATTATGTATAAAT 6 224 1 TAAGAATGTTAGCAAAAGTTAGGATTATGTTAAACT 7 33 1 CCCTTACTTAGGGAAAAAGAATTTTTTGTAAGCACT 7 97 0 TTACCTAAAAAAAAAGAGATAAGTTTGCTTTACA 9 46 1 ACAACAAGAAATAATTCATGATTATT 10 0 1 CTAATAAAATAAGAGAAATTACGTTTTTTAATAAAG 10 60 0 AGAGAAAGTCAATAGGAACCAATTTTTGGTTCCTAT 10 123 0 ** * *** * *** MAP Score: 8.88393 Motif 10 GACTTTAAAATTAAGATAGAAAACGAACTAGATAACG 2 66 0 GTGTTAAAGTTTACATAAAAAAATAAATACATCAAAC 3 44 1 TTGTTCTTCCTTGATTAGGAAAAAGAGGTTCGGGT 4 8 0 GATCTTTACGTTGCTTTAAAAATTGAAAGGTAATTTT 4 107 0 CAAAACGCAATGAGCAGAGAAAATAGATTATTTGATG 4 173 1 TACCCCAAGGTTGTACAAGAATAGGGACCGATAGCTC 5 28 0 ACCTGTAATTTTATAGGTAAAATTAAGGAGCAACTTG 5 202 1 CAAAAGTTGCTTTATTCTAAAAAAGGATGGTC 5 278 1 ACATCAATTTTTCAAAGAAAAATAGGATGAGGGAATT 6 51 0 CTTTGAAAAATTGATGTAGAAAAAGGGTTGATCTTGT 6 71 1 CCACATAAACTTCCCTCGAAAAACAAAGTTTTAAACA 6 180 1 AAGTTCCCCTTACTTAGGGAAAAAGAATTTTTTGTAA 7 102 0 AGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAAATAATCATGA 10 25 0 TTGAGAATTATTCTAATAAAATAAGAGAAATTACGTT 10 71 0 TCTCAAATCATACCATAAAAAATAGGAACCAAAAATT 10 102 1 GCCTAAGATATTTACATGGAATTTAGAGAAAGTCAAT 10 146 0 ** ***** *** MAP Score: 5.48641 Motif 11 TTCCTTGATTAGGAAAAAGAGGTTCGGGT 4 5 0 CGCAATGAGCAGAGAAAATAGATTATTTGATGGC 4 178 1 AAATTTATAAATGAAAAGTAACTTAGCTGTATAG 4 230 0 AGGTCTACCAAGAAAAAAGTCAATTCTGACACAA 5 106 1 GAAAGTTAGAACCAAAAGTTGCTTTATTCTAAAA 5 266 1 CTACACAACTAACAAAAATTCCCTCATCCTATTT 6 35 1 CAATTTTTCAAAGAAAAATAGGATGAGGGAATTT 6 50 0 ACACCCCCTAAAGAAGAAGAGAATATTATGTATA 6 223 1 CATAGTGCTTACAAAAAATTCTTTTTCCCTAAGT 7 94 1 AAATTACCTAAAAAAAAAGAGATAAGTTTGCTTT 9 43 1 AAATCATACCATAAAAAATAGGAACCAAAAATTG 10 106 1 AAAAATAGGAACCAAAAATTGGTTCCTATTGACT 10 119 1 * ******** * MAP Score: 4.76305 Motif 12 CAAGGAAGAACAAAACACGGGAACTGCAAAACATAGGCC 4 32 1 AATTCTGACACAAGATTTTCTTGTTCCCTAAAGAACTTC 5 127 1 AAGTTAGAACCAAAAGTTGCTTTATTCTAAAAAAGGATG 5 268 1 AATCAAAGCCAAAAGATCACAGTTTCTACACAACTAAC 6 9 1 ACACAACTAACAAAAATTCCCTCATCCTATTTTTCTTTG 6 37 1 TATAAACATGCAAAATCCTCACTTATCAACAAAATGAAC 6 111 1 TTTTGTTGTTCAAAACTTTGTTAAAACATTGTTCATTTT 6 141 0 ATAGTGCTTACAAAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGG 7 95 1 ***** * * * * * MAP Score: 0.13668 Motif 13 AAGTTTTAACTTTGAATAATT 3 87 1 ATTTATAAATTTAGTATAAGTTTCCTTCATA 4 252 1 CCATCCTTTTTTAGAATAAAGCAACTTTTGG 5 277 0 CCTATTTTTCTTTGAAAAATTGATGTAGAAA 6 62 1 TCTAGATACTTGAGGAAAATTCT 7 2 0 GATAAGAATGTTAGCAAAAGTTAGGATTATG 7 31 1 TCTAATAAAATAAGAGAAATTACGTTTTTTA 10 66 0 TCTTATTTTATTAGAATAATTCTCAAATCAT 10 82 1 TACATGGAATTTAGAGAAAGTCAATAGGAAC 10 140 0 **** ****** MAP Score: 0.0591908