AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i CP/CP_operons005_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944237355 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 rnc 105 Ribonuclease III #1 hemL 70 Glutamate-1-semialdehyde-2,1-aminomutase #2 CPn0142 119 hypothetical protein #3 yxjG_1 300 Hypothetical Protein #4 CPn0483 98 hypothetical protein #5 hemA 300 Glutamyl tRNA Reductase #6 kdsA 300 KDO Synthetase #7 hemB 300 Porphobilinogen Synthase #8 CPn0921 129 snGlycerol-3-P Acyltransferase #9 bioF_1 53 Oxononanoate Synthase #10 aroA 70 Phosphoshikimate Vinyltransferase #11 bioB 206 Biotin Synthase Motif 1 CGCCGTCCTTAAACTTAGAGTTGGGAATTT 0 74 0 GAGTGACTTTAAAATTAAGATAGAAAACGA 2 77 0 TCGCATCTAAAAACTAAGAAAAGAAAAACA 3 35 1 TATAGGATTAAAAATAAGAATAAACAAGTT 3 220 0 AATTATTCAAAGTTAAAACTTTTTCGAG 4 80 0 AGACGAAGAGAAAATTAGAAGCCATCAAAT 5 202 0 TTTTACCTATAAAATTACAGGTAAGGAGGT 6 194 0 TTTTATAGGTAAAATTAAGGAGCAACTTGG 6 210 1 TATAACCTGGAAAGTTAGAACCAAAAGTTG 6 257 1 TTTTTCAAAGAAAAATAGGATGAGGGAATT 7 51 0 AATGTTAGCAAAAGTTAGGATTATGTTAAA 8 37 1 AATTACCTAAAAAAAAAGAGATAAGTTTGC 10 44 1 CTATTTTTAAAAAATTAGAAATAATCATGA 11 25 0 CTAATTTTTTAAAAATAGAGCTGCTTTATT 11 37 1 TTATTCTAATAAAATAAGAGAAATTACGTT 11 71 0 TCATACCATAAAAAATAGGAACCAAAAATT 11 109 1 ********** MAP Score: 17.0808 Motif 2 CTTTTTTCCGCCTATAAAAATTCCCAACTCTA 0 57 1 TGGAAACTCACTAAAAGAAATTCC 1 56 1 CATCTAAAAACTAAGAAAAGAAAAACAGTTTG 3 38 1 ATAACTAGATCATTTAAAAATATTTGTAATTT 3 101 0 TATTTTTAATCCTATAGAAAATTCGACGTTTT 3 234 1 TTAAAGTTTACATAAAAAAATAAATACATCAA 4 47 1 GCTGTATAGACGAAGAGAAAATTAGAAGCCAT 5 207 0 TATAGGTCTACCAAGAAAAAAGTCAATTCTGA 6 103 1 CTTAATTTTACCTATAAAATTACAGGTAAGGA 6 197 0 TTCTACACAACTAACAAAAATTCCCTCATCCT 7 33 1 ATCAATTTTTCAAAGAAAAATAGGATGAGGGA 7 54 0 TTCCACACCCCCTAAAGAAGAAGAGAATATTA 7 219 1 TAGCATAGTGCTTACAAAAAATTCTTTTTCCC 8 91 1 GATTTGTCGTCTAAGAAAAATT 10 0 0 AGGCAAATTACCTAAAAAAAAAGAGATAAGTT 10 39 1 GAGAATTATTCTAATAAAATAAGAGAAATTAC 11 74 0 TCAAATCATACCATAAAAAATAGGAACCAAAA 11 104 1 * ** ******* MAP Score: 15.8394 Motif 3 ACGAACTAGATAACGTACATAAAGGGAAGAGCTGGTT 2 44 0 ATCAAATTATTCGCATCTAAAAACTAAGAAAAGAAAA 3 25 1 CACAATGTTCTAGCATTTAAGAACATAGGATATATTT 3 142 0 GTGTTAAAGTTTACATAAAAAAATAAATACATCAAAC 4 44 1 GATCTTTACGTTGCTTTAAAAATTGAAAGGTAATTTT 5 107 0 CTAAGTTACTTTTCATTTATAAATTTAGTATAAGTTT 5 238 1 AGTATAGGTCTACCAAGAAAAAAGTCAATTCTGACAC 6 101 1 CTCCTTAATTTTACCTATAAAATTACAGGTAAGGAGG 6 195 0 CAAAAGTTGCTTTATTCTAAAAAAGGATGGTC 6 278 1 TCATCCTATTTTTCTTTGAAAAATTGATGTAGAAAAA 7 58 1 CCACATAAACTTCCCTCGAAAAACAAAGTTTTAAACA 7 180 1 GTCAGGCAAATTACCTAAAAAAAAAGAGATAAGTTTG 10 36 1 TCTCAAATCATACCATAAAAAATAGGAACCAAAAATT 11 102 1 ** * * ***** * MAP Score: 15.2986 Motif 4 CTCCAAAATATGTGGAAACTCACTAAAAGA 1 44 1 CTTTAGGGGGTGTGGAAACTGTTTAAAACT 7 206 0 ATTTAGGACCTGTGGAAACTGTTGAAAGGA 7 272 1 GCTAGAACATTGTGGAAAGTATTAAGTAAC 3 165 1 TTGTTAGTTGTGTAGAAACTGTGATCTTTT 7 20 0 TTTTTAATCCTATAGAAAATTCGACGTTTT 3 236 1 TTTATTTTTTTATGTAAACTTTAACACATG 4 41 0 TCTAGATACTTGAGGAAAATTCT 8 3 0 GAAAAATTGATGTAGAAAAAGGGTTGATCT 7 75 1 ACATGGAATTTAGAGAAAGTCAATAGGAAC 11 140 0 TCCCCTTACTTAGGGAAAAAGAATTTTTTG 8 105 0 TGTAATTTTATAGGTAAAATTAAGGAGCAA 6 205 1 TTAGTTGGAATATATAAAATCATTAGCATT 3 73 0 CTTTCAAAGCTATATAAAAAGCGAATTCCA 6 165 1 ********** MAP Score: 11.2659 Motif 5 CGCCTATAAAAATTCCCAACTCTAAGTTTAAGGACGGC 0 65 1 GGAAAGTATTAAGTAACGATTCTGTCTTTCAGAAACGC 3 178 1 AACGCCTATAACTTGTTTATTCTTATTTTTAATCCTAT 3 211 1 ACGTTTTTCTACTTAGCTCTTTCCATTTCACTAGTCTG 3 259 1 ATCGTAGTCAAAATTACCTTTCAATTTTTAAAGCAACG 5 98 1 GATGGCTTCTAATTTTCTCTTCGTCTATACAGCTAAGT 5 206 1 CTATACAGCTAAGTTACTTTTCATTTATAAATTTAGTA 5 230 1 ACTGTTCTGAAATTATCGAATCGTGCTT 5 282 1 AATACAATCCAAGTTGCTCCTTAATTTTACCTATAAAA 6 210 0 AGAATAAAGCAACTTTTGGTTCTAACTTTCCAGGTTAT 6 258 0 AACTAACAAAAATTCCCTCATCCTATTTTTCTTTGAAA 7 41 1 ATTTATACATAATATTCTCTTCTTCTTTAGGGGGTGTG 7 222 0 TGTAAAGCAAACTTATCTCTTTTTTTTTAGGTAATTTG 10 42 0 TTATTAAAAAACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGAATA 11 62 1 AATAGGAACCAATTTTTGGTTCCTATTTTTTATGGTAT 11 111 0 ** * * *** *** MAP Score: 9.42788 Motif 6 TTTCTGAAAGACAGAATCGTTACTTAATACTTTCC 3 178 0 AATTATTCAAAGTTAAAACTTTTTCGAGTTTGATG 4 73 0 TAGAGATCGTAGTCAAAATTACCTTTCAATTTTTA 5 93 1 TAAATTTATAAATGAAAAGTAACTTAGCTGTATAG 5 230 0 GTCAATTCTGACACAAGATTTTCTTGTTCCCTAAA 6 124 1 GGAAAGTTAGAACCAAAAGTTGCTTTATTCTAAAA 6 265 1 CTACACAACTAACAAAAATTCCCTCATCCTATTTT 7 35 1 CAACAAAACCACATAAACTTCCCTCGAAAAACAAA 7 172 1 TTATATTTATACATAATATTCTCTTCTTCTTTAGG 7 229 0 CCGAAGTTTAACATAATCCTAACTTTTGCTAACAT 8 38 0 CATAGTGCTTACAAAAAATTCTTTTTCCCTAAGTA 8 94 1 TGTAAAGCAAACTTATCTCTTTTTTTTTA 10 51 0 AAAAATAGGAACCAAAAATTGGTTCCTATTGACTT 11 119 1 ** **** * *** MAP Score: 8.92005 Motif 7 GAGTTGGGAATTTTTATAGGCGGAAAAAAGCTTAAAGTCTATAGT 0 42 0 TGCTAATGATTTTATATATTCCAACTAAATTACAAATATTTTTAA 3 75 1 GTTGATCTTGTGTTTATAAACATGCAAAATCCTCACTTATCAACA 7 97 1 AAATTATTCGCATCTAAAAACTAAGAAAAGAAAAACAGTTTGCTT 3 28 1 AGTTTTAAACAGTTTCCACACCCCCTAAAGAAGAAGAGAATATTA 7 206 1 CTAAAGAACTTCTTTCAAAGCTATATAAAAAGCGAATTCCACCTC 6 154 1 CTATTGACTTTCTCTAAATTCCATGTAAATATCTTAGGCTCGGTC 11 144 1 ATATTTAGGACCTGTGGAAACTGTTGAAAGGATCTGAGAA 7 270 1 TTACCTTTCAATTTTTAAAGCAACGTAAAGATCCTCTGGTATATG 5 111 1 TTCTCCAAAATATGTGGAAACTCACTAAAAGAAATTCC 1 42 1 GTTTATTCTTATTTTTAATCCTATAGAAAATTCGACGTTTTTCTA 3 225 1 CTCACGGCTTTTTCTAGCCATTAAAGATCAGCTTCTCCAAAAT 1 8 1 GTAACTTAGCTGTATAGACGAAGAGAAAATTAGAAGCCATCAAAT 5 202 0 CTAACATTCTTATCTAGATACTTGAGGAAAATTCT 8 0 0 GATTGTCCTCCTTCAGACTAGTGAAATGGAAAGAGCTAAGTA 3 268 0 AAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAAATAATCATGAATTATTT 11 18 0 * * * * * **** * MAP Score: 6.27555 Motif 8 AAATCCAAAAGCACTATAGACTTTAAGCTTTT 0 30 1 GATCCAACCAGCTCTTCCCTTTATGTACGTTA 2 39 1 TTTCTACTTAGCTCTTTCCATTTCACTAGTCT 3 264 1 GAAAGTTTGCGCTCTATACGCTAAATTCTATC 4 10 1 TATACCAGAGGATCTTTACGTTGCTTTAAAAA 5 122 0 TATTTTCTCTGCTCATTGCGTTTTGAAGGCGG 5 166 0 GCGAATGCTCTATCCACTGAGCTATCGG 6 6 1 TCGCTTTCGTGCTCAATACCCCAAGGTTGTAC 6 49 0 TAGAAACTGTGATCTTTTGGCTTTGATT 7 6 0 ATAAACACAAGATCAACCCTTTTTCTACATCA 7 82 0 TTTTTTGTAAGCACTATGCTATCTATTATAGT 8 80 0 ******* * ** MAP Score: 5.22071 Motif 9 CGTTATCTAGTTCGTTTTCTATCTTAATTTTA 2 66 1 TTTAAAGTCACTCCTATTCTAAATCGAAGGGG 2 94 1 ATTAAGCAAACTGTTTTTCTTTTCTTAGTTTT 3 44 0 AACTTGTTTATTCTTATTTTTAATCCTATAGA 3 220 1 TTTGATGTATTTATTTTTTTATGTAAACTTTA 4 48 0 ACCCGAACCTCTTTTTCCTAATCAAGGAAG 5 8 1 TTCCCGTGTTTTGTTCTTCCTTGATTAGGAAA 5 23 0 ATTTGATGGCTTCTAATTTTCTCTTCGTCTAT 5 202 1 ACACAAGATTTTCTTGTTCCCTAAAGAACTTC 6 134 1 AACCAAAAGTTGCTTTATTCTAAAAAAGGATG 6 275 1 TTCCCTCATCCTATTTTTCTTTGAAAAATTGA 7 53 1 ACATAATATTCTCTTCTTCTTTAGGGGGTGTG 7 222 0 TTACAAAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGGGG 8 102 1 GCAAACTTATCTCTTTTTTTTTAGGTAATTTG 10 42 0 AATAAAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATTAGAA 11 35 0 AACGTAATTTCTCTTATTTTATTAGAATAATT 11 71 1 ***** **** * MAP Score: 5.20732 Motif 10 ATTACCTGAGAAATTATCAAATT 3 1 1 TATAACTAGATCATTTAAAAATATTTGTAATT 3 102 0 GTGTTAAAGTTTACATAAAAAAATAAATACAT 4 44 1 CGAACCTCTTTTTCCTAATCAAGGAAGAACAA 5 13 1 ATCTTTACGTTGCTTTAAAAATTGAAAGGTAA 5 111 0 GATTTTCTTGTTCCCTAAAGAACTTCTTTCAA 6 140 1 CTCCTTAATTTTACCTATAAAATTACAGGTAA 6 200 0 AAAGTTGCTTTATTCTAAAAAAGGATGGTC 6 280 1 CATCCTATTTTTCTTTGAAAAATTGATGTAGA 7 59 1 AAATGAACAATGTTTTAACAAAGTTTTGAACA 7 142 1 TTCTGATTTGTCGTCTAAGAAAAATT 10 4 0 GTCAGGCAAATTACCTAAAAAAAAAGAGATAA 10 36 1 TTATTTCTAATTTTTTAAAAATAGAGCTGCTT 11 31 1 AGAAATTACGTTTTTTAATAAAGCAGCTCTAT 11 51 0 ATTTGAGAATTATTCTAATAAAATAAGAGAAA 11 78 0 TCTCAAATCATACCATAAAAAATAGGAACCAA 11 102 1 * ********* MAP Score: 4.51998 Motif 11 ATAACAAATCCAAAAGCACTATAGACTTTA 0 25 1 AAAATATGTGGAAACTCACTAAAAGAAATT 1 48 1 ATTAAGATAGAAAACGAACTAGATAACGTA 2 64 0 ATCTTAATTTTAAAGTCACTCCTATTCTAA 2 86 1 TTTAAAAATTGAAAGGTAATTTTGACTACG 5 100 0 AACCGCCTTCAAAACGCAATGAGCAGAGAA 5 164 1 TTTATAAATGAAAAGTAACTTAGCTGTATA 5 231 0 CGAAAGCGAGCAAAGGAAATCCCTCAATCA 6 72 1 CTACCAAGAAAAAAGTCAATTCTGACACAA 6 110 1 ACTCTCCTTGCAAACTCACTATGTATCAAC 9 30 0 GCTTTATTAAAAAACGTAATTTCTCTTATT 11 59 1 GGAATTTAGAGAAAGTCAATAGGAACCAAT 11 136 0 ********** MAP Score: 4.23657 Motif 12 ATAGACTTTAAGCTTTTTTCCGCCTATAAA 0 45 1 AGATCCAACCAGCTCTTCCCTTTATGTACG 2 38 1 TTTTCTACTTAGCTCTTTCCATTTCACTAG 3 263 1 GAAAGTTTGCGCTCTATACGCTAAATTCT 4 9 1 ACCCGAACCTCTTTTTCCTAATCAAGGA 5 8 1 CCATCAAATAATCTATTTTCTCTGCTCATT 5 181 0 GCGAATGCTCTATCCACTGAGCTAT 6 5 1 AACCAAAAGTTGCTTTATTCTAAAAAAGGA 6 275 1 TTACAAAAAATTCTTTTTCCCTAAGTAAGG 8 102 1 TTAATAAAGCAGCTCTATTTTTAAAAAATT 11 39 0 ********** MAP Score: 0.133145